cours 4 mcb2992 Flashcards
qu’est-ce qu’un régulon
gènes et opérons qui réponde au même régulateur
qu’est-ce qu’un stimulon
ensemble de régulons qui répondent au même signal de environnement
exemples de régulateurs globaux
- facteurs sigma
- petits ARNs
- système à 2 composantes
- activateur/répresseur
- petites molécules effectrices (ppGpp)
la régulation de l’assimilation du carbone se fait par qui chez E.coli
régulation appelée effet glucose
par CAP et AMPc
qu’est-ce que l’effet glucose et la croissance diauxique
glucose donne meilleur rendement
ATP et va réprimer les opérons pour les autres sources de C
croissance diauxique:
- commence avec glucose
- quand plus de glucose: phase latence pour faire enzymes des autres sources de C
- croissance avec autre sucre (plus lente)
quelle est la concentration d’AMPc en milieu riche vs pauvre
riche: pas bcp AMPc
pauvre: bcp AMPc
comment se fait la régulation AMPc en milieu pauvre
quand milieu pauvre:
ratio PEP/pyruvate élevé
1. PEP donne P à Hpr= Hpr-P + pyruvate
2. Hpr-P donne P à IIAGlc = IIAGlc-P
3. IIAGlc-P activé adénylate cyclase (AC)
4. AC synthétise AMPc
comment se fait la régulation AMPc en milieu riche
riche: ratio PEP/pyruvate bas
1. pas de PEP qui donne P à Hpr
2. pas Hpr-P qui donne P à IIAGlc
3. les petites quantités de IIAGlc-P donnent P au glucose
3. IIAGlc bloque LacY (perméase)
qu’est-ce que exclusion de l’inducteur
IIAGlc non P bloque perméase: empêche les autres sucres d’entrer et induire leur expression
quelles sont les conditions pour que les opérons catabolites-sensibles soient activés
- meilleure source de carbone doit être absente
- inducteur opéron doit être dans le milieu
comment se fait la régulation catabolique par CAP-AMPc
après AMPc formé:
1. AMPc lie CAP
2. CAP-AMPc lie site attachement CAP (CAP ne se lie pas sans AMPc)
3. active transcription en interagissant avec ARNpol (pas toujours même interactions)
comment se fait la régulation catabolique par CAP-AMPc pour lac
promoteur class I
contact avec CTD-alpha pour former complexe fermé
comment se fait la régulation catabolique par CAP-AMPc pour gal
promoteur class II
chevauchement avec site attachement ARN pol, contact NTD-alpha pour former complexe ouvert
comment se fait la régulation catabolique par CAP-AMPc pour ara
contact avec CTD-alpha pour former complexe fermé
AraC entre CAP et CTD-alpha
2 éléments permet activation
que sont les gène cya et crp
cya: adénylate cyclase
crp: CAP
que sont des mutations pléitropiques
qui afffectent plusieurs opéron (exemple mutation cya et crp)
quelles sont les différentes mutations de opéron lac qui affecte activation CAP-AMPc
- classe I: mutation L8 inactive site attachement CAP: pas activation promoteur
- class II: mutation région -35 affaiblie force promoteur et réponse à activation CAP-AMPc
- class III: change 2 pb dans région -10: devient promoteur fort, plus besoin CAP-AMPc donc insensible à présence glucose
comment faire pour isoler mutants cya et crp
indicateur tétrazolium
tourne rouge, mais si utilisation autre que glucose: blanc
milieu lac+gal: si mutant pour un de deux sucre; va utiliser l’autre = colonies blanches
si mutant cya/crp: colonie rouge pcq utilise aucun des 2 sucres
comment se fait la régulation catabolique chez B.subtilis
pas avec AMPc mais CcpA par répression
étape régulation catabolique B.subtilis
si bcp glucose
fructose 1,6 bi-P phosphoryle HpR = Hpr-S-P
HpR-S-P lie CcpA pour interagir avec sites cre: peut activer ou réprimer
pour activer: cre en amont promoteur
réprimer: chevauche promoteur
comment ecq CcpA régule pH du milieu chez B.subtilis
quand bcp glucose: B.subtilis produit acétate: fait baisse de pH
CcPa active gènes cre pour produire acétoine
acétoine remplace acétate: pas de baisse de pH
quelles sont les deux composantes d’un système à deux composantes
- senseur dans membrane qui a activité kinase
- régulateur transcriptionnel cytoplasmique qui peut être phosphorylé
comment fonctionne le système à deux composantes
kinase: partie qui détecte stimuli et partie qui possède la kinase
quand stimuli: kinase s’autophosphoryle et phosphoryle régulateur
régulateur possède domaine qui se lie à ADN pour réguler transcription
comment se fait la régulation du système Ntr
niveau protéiques (pas parler de promoteurs)
selon niveau glutamine
GnlD ajoute/enlève UMP à PII
PII-UMP: peut pas inhiber NtrB, autophosphorylation NtrB, phosphorylation NtrC et activation opéron
comme faible [NH3]: bcp GS = pas bcp glutamine = accumulation alpha-ceto
alpha-ceto inhibe PII
quel est l’opéron du système Ntr
glnA-ntrB-ntrC: synthèse glutamine
quels sont les promoteurs de glnA-ntrB-ntrC
P1 et P3 sous contrôle de sigma70
P2 (promoteur le plus fort) contrôler par sigma54/sigmaN
que permet chaque promoteur de glnA-ntrB-ntrC
P1: permet quantité minimale de glutamine pour faire a.a.
P2: assimilation N (forte transcription)
P3: faible
différence entre sigma70 et sigmaN
séq très différentes (pas mêmes endroits)
70: -35,-10
N: -24,-12
de quoi est constitué la protéine NtrC
- domaine N-terminal: phosphorylation du résidus aspartate
- domaine central: activité ATPase (permet complexe ouvert)
- domaine C-terminal: interagit avec séquence UAS en amont promoteur P2
que cause une mutation glnB-
mutation de PII: reconnait plus UMP donc inhibe toujours NtrB
que cause une mutation glnL-
aussi appelé ntrB
NtrB ne reconnait plus PII: donc jamais inhibé
