cours 4 mcb2992

Question 1

qu’est-ce qu’un régulon

Answer 1

gènes et opérons qui réponde au même régulateur

Question 2

qu’est-ce qu’un stimulon

Answer 2

ensemble de régulons qui répondent au même signal de environnement

Question 3

exemples de régulateurs globaux

Answer 3

• facteurs sigma
• petits ARNs
• système à 2 composantes
• activateur/répresseur
• petites molécules effectrices (ppGpp)

Question 4

la régulation de l’assimilation du carbone se fait par qui chez E.coli

Answer 4

régulation appelée effet glucose
par CAP et AMPc

Question 5

qu’est-ce que l’effet glucose et la croissance diauxique

Answer 5

glucose donne meilleur rendement
ATP et va réprimer les opérons pour les autres sources de C

croissance diauxique:
- commence avec glucose
- quand plus de glucose: phase latence pour faire enzymes des autres sources de C
- croissance avec autre sucre (plus lente)

Question 6

quelle est la concentration d’AMPc en milieu riche vs pauvre

Answer 6

riche: pas bcp AMPc
pauvre: bcp AMPc

Question 7

comment se fait la régulation AMPc en milieu pauvre

Answer 7

quand milieu pauvre:
ratio PEP/pyruvate élevé
1. PEP donne P à Hpr= Hpr-P + pyruvate
2. Hpr-P donne P à IIAGlc = IIAGlc-P
3. IIAGlc-P activé adénylate cyclase (AC)
4. AC synthétise AMPc

Question 8

comment se fait la régulation AMPc en milieu riche

Answer 8

riche: ratio PEP/pyruvate bas
1. pas de PEP qui donne P à Hpr
2. pas Hpr-P qui donne P à IIAGlc
3. les petites quantités de IIAGlc-P donnent P au glucose
3. IIAGlc bloque LacY (perméase)

Question 9

qu’est-ce que exclusion de l’inducteur

Answer 9

IIAGlc non P bloque perméase: empêche les autres sucres d’entrer et induire leur expression

Question 10

quelles sont les conditions pour que les opérons catabolites-sensibles soient activés

Answer 10

• meilleure source de carbone doit être absente
• inducteur opéron doit être dans le milieu

Question 11

comment se fait la régulation catabolique par CAP-AMPc

Answer 11

après AMPc formé:
1. AMPc lie CAP
2. CAP-AMPc lie site attachement CAP (CAP ne se lie pas sans AMPc)
3. active transcription en interagissant avec ARNpol (pas toujours même interactions)

Question 12

comment se fait la régulation catabolique par CAP-AMPc pour lac

Answer 12

promoteur class I
contact avec CTD-alpha pour former complexe fermé

Question 13

comment se fait la régulation catabolique par CAP-AMPc pour gal

Answer 13

promoteur class II
chevauchement avec site attachement ARN pol, contact NTD-alpha pour former complexe ouvert

Question 14

comment se fait la régulation catabolique par CAP-AMPc pour ara

Answer 14

contact avec CTD-alpha pour former complexe fermé
AraC entre CAP et CTD-alpha

2 éléments permet activation

Question 15

que sont les gène cya et crp

Answer 15

cya: adénylate cyclase
crp: CAP

Question 16

que sont des mutations pléitropiques

Answer 16

qui afffectent plusieurs opéron (exemple mutation cya et crp)

Question 17

quelles sont les différentes mutations de opéron lac qui affecte activation CAP-AMPc

Answer 17

• classe I: mutation L8 inactive site attachement CAP: pas activation promoteur
• class II: mutation région -35 affaiblie force promoteur et réponse à activation CAP-AMPc
• class III: change 2 pb dans région -10: devient promoteur fort, plus besoin CAP-AMPc donc insensible à présence glucose

Question 18

comment faire pour isoler mutants cya et crp

Answer 18

indicateur tétrazolium
tourne rouge, mais si utilisation autre que glucose: blanc

milieu lac+gal: si mutant pour un de deux sucre; va utiliser l’autre = colonies blanches
si mutant cya/crp: colonie rouge pcq utilise aucun des 2 sucres

Question 19

comment se fait la régulation catabolique chez B.subtilis

Answer 19

pas avec AMPc mais CcpA par répression

Question 20

étape régulation catabolique B.subtilis

Answer 20

si bcp glucose
fructose 1,6 bi-P phosphoryle HpR = Hpr-S-P
HpR-S-P lie CcpA pour interagir avec sites cre: peut activer ou réprimer

pour activer: cre en amont promoteur
réprimer: chevauche promoteur

Question 21

comment ecq CcpA régule pH du milieu chez B.subtilis

Answer 21

quand bcp glucose: B.subtilis produit acétate: fait baisse de pH
CcPa active gènes cre pour produire acétoine
acétoine remplace acétate: pas de baisse de pH

Question 22

quelles sont les deux composantes d’un système à deux composantes

Answer 22

• senseur dans membrane qui a activité kinase
• régulateur transcriptionnel cytoplasmique qui peut être phosphorylé

Question 23

comment fonctionne le système à deux composantes

Answer 23

kinase: partie qui détecte stimuli et partie qui possède la kinase
quand stimuli: kinase s’autophosphoryle et phosphoryle régulateur
régulateur possède domaine qui se lie à ADN pour réguler transcription

Question 24

comment se fait la régulation du système Ntr

niveau protéiques (pas parler de promoteurs)

Answer 24

selon niveau glutamine
GnlD ajoute/enlève UMP à PII
PII-UMP: peut pas inhiber NtrB, autophosphorylation NtrB, phosphorylation NtrC et activation opéron

comme faible [NH3]: bcp GS = pas bcp glutamine = accumulation alpha-ceto
alpha-ceto inhibe PII

Question 25

quel est l’opéron du système Ntr

Answer 25

glnA-ntrB-ntrC: synthèse glutamine

Question 26

quels sont les promoteurs de glnA-ntrB-ntrC

Answer 26

P1 et P3 sous contrôle de sigma70
P2 (promoteur le plus fort) contrôler par sigma54/sigmaN

Question 27

que permet chaque promoteur de glnA-ntrB-ntrC

Answer 27

P1: permet quantité minimale de glutamine pour faire a.a.
P2: assimilation N (forte transcription)
P3: faible

Question 28

différence entre sigma70 et sigmaN

Answer 28

séq très différentes (pas mêmes endroits)
70: -35,-10
N: -24,-12

Question 29

de quoi est constitué la protéine NtrC

Answer 29

• domaine N-terminal: phosphorylation du résidus aspartate
• domaine central: activité ATPase (permet complexe ouvert)
• domaine C-terminal: interagit avec séquence UAS en amont promoteur P2

Question 30

que cause une mutation glnB-

Answer 30

mutation de PII: reconnait plus UMP donc inhibe toujours NtrB

Question 31

que cause une mutation glnL-

Answer 31

aussi appelé ntrB
NtrB ne reconnait plus PII: donc jamais inhibé