Cours 7 : maturation ARNm Flashcards
Est ce que l’ARN procaryote a besoin d’une maturation
Non
Qu’est ce que la traduction co-transcriptionnelle
ARNm recrutent les ribosomes pour commencer la traduction avant la fin de la transcription
À quelles questions répond la régulation
Quelle cellule doit produire quelle protéine et à quel moment
À quel endroit se produit la traduction eucaryote
Dans le cytoplasme de la cellule (ribosomes
Vrai ou faux : seule l’étape de l’exportation de l’ARNm du noyau vers les ribosomes est régulée
Faux, toutes les étapes du processus de maturation peut être régulée par la cellule
Quels sont les 3 processus qui ont lieu dans le noyau au fur et à mesure que le transcrit primaire est produit
- Ajout de la coiffe en 5’
- Épissage des exons
- Clivage et polyadénylation à l’extrémité 3’ à la fin de la transcription
Vrai ou faux : l’épissage peut commencer dès que le premier intron a complètement émergé de la polymérase
Vrai
Vrai ou faux : la queue CTD est courte
Faux, elle est très longue
Qu’est ce qui est stimulé par l’association des enzymes d’épissage au domaine CTD
Stimule le taux de transcription par l,ARN pol II
À quoi est associé le CTD durant la transcription
- Enzymes responsables de l’assemblage de la coiffe
- Enzyme de reconnaissance du site de polyadénylation
- Enzyme responsable de l’épissage des exons
Qu’est ce que la coiffe 5’ (molécule)
7-méthylguanylate
3 étapes de l’ajout de la coiffe en 5’
- Phosphatase retire le phosphate gamma du premier nucléotide du transcrit
- Guanylyl transférase ajoute un GMP en liaison inverse (5’-5’ avec un pont triphosphate)
- Méthylase ajoute un groupement CH3 sur la guanosine (parfois sur les sucres)
Vrai ou faux : l’ajout de la coiffe 5’ est catalysée par une enzyme qui s’associe au domaine CTD non-phosphorylé
Faux, le domaine CTD doit être phosphorylé
Est ce que l’ajout de la coiffe 5’ est semblable entre les espèces
Oui, les 3 mêmes étapes sont toujours retrouvées
Quelles sont les fonctions de la coiffe 5’
- Distinction des ARNm des autres espèces d’ARN
- Protège contre la dégradation des exonucléases
- Rôle dans la reconnaissance et la traduction de l’ARNm par les ribosomes
Quel est le rôle du complexe CBC
Facilite la maturation correcte de l’ARNm et son transport à travers le pore nucléaire (s’associe à la coiffe)
Quels sont les rôles de la queue poly A
- Protection contre la dégradation des exonucléases
- Permet l’exportation du noyau vers le cytoplasme
Vrai ou faux : les transcrits incorrectement polyadénylés sont conservés dans le cytoplasme
Faux, ils sont rapidement dégradés dans le noyau
Que contient le signal Poly-A de toutes les cellules animales
- Séquence AAUA en amont de la queue poly A
- Région riche en GU ou U en aval du site de clivage
Lors de la polyadénylation, quel est le résultat de la liaison des protéines CPSF, CStF et CF1/2
La structure est prête à recevoir l’enzyme PAP et à être clivé (bon positionnement de l’ARN)
Que fait l’enzyme PAP lorsqu’elle se lie au complexe sur l’ARNm
- Stimule le clivage du transcrit un peu en aval de la première partie du signal de polyadénylation
- Assure la rapidité de la polyadénylation après le clivage (protection)
Par quelles enzymes est fait le clivage du transcrit lorsque la PAP se lie au complexe sur l’ARNm
CF1 et CF2
Quel est le rôle de l’enzyme PABP2
Recruté par PAP, la présence de PABP2 accélère la réaction de polyadénylation par PAP
Est ce que les facteurs de clivage (CF1 et 2, CStF) sont relâchés lorsque le transcrit est clivé
OUI
Que se passe-t-il lorsque la queue poly A atteint 200-250 nucléotides
PABP2 signale l’arrêt de la réaction
Vrai ou faux : rare sont les gènes eucryotes qui contienne des introns
Faux, la majorité des gènes eucaryotes contient des séquences non-codantes (introns)
Comment a-t-on démontrer la présence des introns
Par l’hybridation d’ARNm avec un ADN génomique correspondant produit de larges boucles non-appariés dans l’ADN (il manque des bouts dans l’ARN = épissage des introns)
Vrai ou faux : les ARNm peuvent être fonctionnels en conservant leurs introns
Faux, les introns doivent être éliminés pour que l’ARNm soit fonctionnel
y a-t-il des séquences consensus pour permettre l’épissage
Oui, de chaque côté (5’ et 3’) = 30-40 nucléotides à chaque bout
Vrai ou faux : le site d’épissage en 3’ contient une séquence riche en pyrimidines
Vrai
Quels sont les dinucléotides introniques invariants dans tous les introns
5’ = GU
3’ = AG
Vrai ou faux : dans le site de branchement (épissage), le A est toujours conservés
Vrai
Quelles sont les 2 réactions de transestérification successives pour couper un intron
- Le 2’OH sur le A au site de branchement attaque le G au site 5’ d’épissage = lien sucre/phosphate est coupé et le 5’ de l’intron s’attache au A dans le site de branchement
- Le 2’OH libéré de l’exon du site d’épissage 5’ attaque le groupe phosphate du site 3’ d’épissage = libération de l’intron
Sous quelle forme est libéré l’intron après l’épissage
Forme de lasso (lien entre l’extrémité 5’ de l’intron avec le site de branchement A)
Est ce que l’épissage nécessite un apport d’énergie
Non, les 2 réactions de transestérification ne requiert aucun besoin énergétique
Qu’est ce que le spliceosome
Complexe protéique qui aide aux réactions de transestérifications lors de l’épissage
Quels sont les rôles du spliceosome
- Reconnaitre les sites d’épissage
- Rapprocher les sites
- Réactions de clivage et de ligation
Que font les snARN
Chaque snARn s’Associent à 6-10 protéines nucléaires pour former des particules ribonucléoprotéiques (snRNP)
Quels sont les 5 snARN
U1, U2, U4, U5 et U6
Vrai ou faux : par appariement des bases, les snARN dictent l’assemblage du spliceosome
Vrai
Quelles sont les interactions possible dans le complexe du spliceosome
ARN/ARN
ARN/protéines
Protéines/protéines
Étapes de l’assemblage du spliceosome
- Site d’épissage 5’ est reconnu par snARN U1 et la protéine aux
- U2AF lie la zone polypyrimidine près du site d’épissage 3’ (permet à BBp de lier le site d’embranchement A)
- snRNP/U2 déplace la BBp et lie le site d’embranchement = A ressort du brin
- snRNP/U4 et U6 (déjà assemblés) lient snRNP/U5 = création d’un complexe avec U1 et U2
Vrai ou faux : l’intron en forme de lasso est rapidement dégradé
Vrai, par une enzyme de débranchement et d’autres RNase qui forme un complexe nommé exosome
Après la formation du complexe d’épissage, que permet la reconfiguration extensive des appariements de bases
Libération des snRNP U1 et U4 (U6 remplace U1 et U6 remplace U4)
Vrai ou faux : la reconnaissance des jonctions introns exons chez les organismes complexes nécessite d’autres protéines tels que SR et U2AF
Vrai
Que font les protéines SR
- Interagissent avec les exons sur des séquences d’amplificatrices d’épissage (ESE)
- Peuvent faire des liaisons protéines-protéines qui favorise la formation du spliceosome
- Définition précise des frontières d’un exon
Que font les protéines U2AF
Lie l’ARn et aide la liaison de U2 au point de branchement
Quel est le rôle des hnRNPs
Régulent l’association du complexe d’épissage au pré-ARNm sans interagir avec le pré-ARNm
À quels sites se lient généralement les hnRNPs et qu’est ce que cette liaison provoque
ESS des exons qui empêche l’épissage en bloquant l’accès aux protéines SR ou au complexe d’épissage directement
Vrai ou faux : les hnRNPs participent à l’épissage alternatif
Vrai
Quels sont les sites de liaison des SR et des hnRNPs dans les introns
ISE et ISS
Que produit l’épissage alternatif
Produit plusieurs ARNm à partir d’un seul pré-ARNm
Vrai ou faux : un seul gène peut engendrer plusieurs protéines
Vrai
Vrai ou faux : différents ARNm peuvent être produits dans différents tissus ou à différents stades du développement à partir d’un même gène
Vrai (épissage alternatif)
Par quelles protéines peut être régulé l’épissage alternatif
- Par des répresseurs (hnRNP) qui peuvent bloquer l’introduction d’un exon
- Activateurs qui promouvoient l’insertion de certains exons en interagissant avec les facteurs d’épissage
Vrai ou faux : des erreurs lors de l’épissage peuvent être liés au développement de cancers
Vrai (exemple : récepteur Fas)
Vrai ou faux : un ARNm ne contient seulement des régions codantes
Faux, il contient toujours des régions non-codantes
À quel endroit se situent les séquences non codantes des ARNm matures et que peuvent-ils contenir
Aux 2 extrémités (régions 5’UTR et 3’UTR) qui peuvent contenir des éléments régulateurs
Vrai ou faux : la région codante des ARNm mature est délimitée par le codon initiateur et un codon stop
Vrai
Vrai ou faux : certains ARNm sont altérés à la suite de leur transcription complète
Vrai, plus fréquent chez les protozoaires et les mitochondries
Vrai ou faux : les ARNm altérés sont plus fréquents chez les eucaryotes supérieurs
Faux, beaucoup plus rare et se limite à une seule base
Quels sont les 2 mécanismes de contrôle pour les ARNm mature altérés
- Désamination (A ou C)
- Insertion/délétion d’Uridine
Qu’est ce que les protéines ApoB-100 et ApoB48
ApoB-100 est produite dans le foie = transport des lipides
APoB48 est produite dans l’intestin = absorption des lipides
Comment l’ApoB-100 est-elle «coupée» en ApoB-48
Une enzyme intestinale désamine la cytosine = C devient un U et le codon CAA devient UAA (stop)
48 premiers a.a = liaison des lipides
52 derniers a.a = lie les récepteurs lipidiques
De quoi dépend la concentration d’un ARN dans la cellule
De son taux de transcription et de sa stabilité (taux de dégradation)
Quelle est la demie-vie des ARNm chez les eucaryotes vs procaryotes
Eucaryotes : plusieurs heures
Procaryotes : quelques minutes
Vrai ou faux : la stabilité d’un ARNm contrôle l’arrêt de synthèse d’une protéine
Vrai :
ARNm stable = traduction continue après arrêt de la transcription
ARNm non-stable = arrêt rapide de la production de protéines
Quelles sont les 3 enzymes qui dégradent l’ARNm
- Exonucléase 5’
- Exonucléase 3’
- Endonucléase
Vrai ou faux : La nécessité de certaines enzymes de dégradation dépendent du bout par lequel la dégradation commence
Vrai
Que faut-il retirer avant de pouvoir dégrader l’ARN, par des exonucléases 5’
Retirer la coiffe par une enzyme décoiffante
Comment commence la dégradation des ARNm par la queue polyA
Déadénylase raccourcit la suite des adénines et les exonucléases 3’ forment un complexe (exosome)
3 voies de dégradation d’ARNm
- Exonucléase 5’ et enzyme décoiffante
- Déadénylase et exonucléases 3’
- Endonucléase
Quelles séquences se retrouvent dans les ARNm instables (dégradation rapide)
AUUUA dans leur extrémités 3’
Comment se fait la dégradation ultra rapide des ARNm
Des protéines liant l’ARN (TTP/TIS11b) reconnaissent la séquence AUUUA et interagissent avec la déadénylase et l’exosome
À quoi s’associent U1 et U6
Au site d’épissage ne 5’ de l’intron (par appariement des bases)
À quoi s’associent U2
Au site de branchement
Vrai ou faux : les U (U1…U6) peuvent s’associer entre eux
Vrai
Vrai ou faux : des protéines auxiliaires (qui ne sont pas des snRNP) interagissent avec l’ARNm indépendamment de la séquence
Faux, ils interagissent avec l’ARNm selon la séquence
