Cours 6 : Transcription Flashcards
Composition nucléotide ARN
Phosphate
Sucre (ribose)
Base (AUGC)
Définition ARN
Chaîne monocaténaire de ribonucléotides unis par des liaisons phosphodiesters
3 différences entre ADN et ARN
ARN simple brin
Présence d’un groupement OH en 2’ du sucre (ARN)
Remplacement de la thymine par uracile (ARN)
Vrai ou faux : le simple brin d’ARN peut former des repliements par appariement de ses bases
Vrai
Quel est l’incidence sur le plan chimique d’avoir un groupement hydroxyle sur le C2 des sucres de l’ARN
La fonction alcool rend l’ARN plus sensible à l’hydrolyse alcaline
Quelle caractéristique permet la cyclisation du phosphate dans l’ARN
La présence de 2 oxygènes en cis sur les positions C2 et C3 du sucre
Que provoque la cyclisation du nucléotide d’ARN
Une coupure de la chaine ribose-phosphate
Vrai ou faux : la synthèse de l’uracile est moins «Couteuse» que celle de la thymine
Vrai (1 CH3 en moins)
Est ce que l’uracile peut être utilisé dans l’ADN
NON
Qu’est ce que la désamination de cytosine
Altération spontanée des bases azotées qui change une cytosine en uracile
Quelle enzyme peut réparer la désaminasion de cytosine
Uracil DNA glycosylase : enlève le U (site AP) et le remplace par un nouveau C
Est ce que l’ARN est capable de produire des structures secondaires
Oui (boucles, noeuds, etc.)
Qu’est ce que la structure tertiaire de l’ARN
La somme des structures secondaires (forme en 3D)
Quels sont les avantages de pouvoir faire une structure tertiaire d’ARN
Plus de stabilité
Peut avoir des activités enzymatiques
Vrai ou faux : Dans l’ARN, G peut se lier avec U
Vrai = diversification des structures secondaires
Qu’est ce qui détermine la séquence d’ARN produit lors de la réplication
La séquence monocaténaire d’ADN du brin matrice (par appariement des bases)
Étapes de la transcription (3)
- Ouverture du double brin d’ADN
- Appariement antiparallèle entre simple brin ADN-ARN
- Complémentarité C-G, G-C, A-U, U-A
Par quelle enzyme est réalisée la transcription d’ADN en ARN
Par l’ARN polymérase ADN dépendante
Quels sont les rôles de l’ARN polymérase ADN dépendante (3)
- S’attache sur une séquence d’ADN
- Ouvre le double brin d’ADN
- Synthétise de l’ARN complémentaire au brin matrice de l’ADN en additionnant des rNTPs sur 3’OH
Est ce qu’on déroule tout l’ADN pour faire la transcription
NON, au fur et à mesure que l’ARN polymérase se déplace, il y a déroulement d’un tour de double hélice à la fois
Est ce que l’ARN nouvellement polymérisée reste attaché à la matrice d’ADN
Non, il se détache ce qui permet de reformer la double hélice d’ADN
Quelle est l’organisation générale de l’ARN polymérase ADN dépendante
Pince de crabe :
Site catalytique similaire entre les espèces
Périphérie variable (selon les interactions avec les protéines régulatrices)
Combien d’entrée/sortie possède l’ARN polymérase ADN dépendante
5 :
1. Entrée de rNTP
2. Sortie d’ARN
3. Entrée du double brin d’ADN
4. Sortie du brin codant
5. Sortie du brin matrice
De quoi est composé le site catalytique de l’ARN polymérase ADN dépendante
2 sous unités (bêta et Bêta’) qui se situe à la base de la pince (centre catalytique)
Vrai ou faut : le site catalytique de l’ARN polymérase ADN dépendante fonctionne en catalysant l’addition de nucléotides en faisant intervenir 2 ions métalliques
Vrai, dont le zinc
Combien d’ARN polymérase ADN dépendante possèdent les bactéries + combien de sous unités
1 seule
5 sous-unités
Combien d’ARN polymérase ADN dépendante possèdent les eucaryotes
3
Quel est le rôle de L’ARN pol 2
Séquence codant des protéines
Quel est le rôle de l’ARN pol 1 et 3
Séquences codant d’autres ARN
Est ce que l’ARN polymérase ADN dépendante a besoin d’une amorce
Non
Est ce que la transcription recopie tout le génome
Non, seulement une région précise du génome
Vrai ou faux : le nombre de copies produites est extrêmement variable
Vrai : dépendant de l’environnement et d’autres facteurs (régulation de la transcription)
Différences entre réplication et transcription (4)
- rNTPs au lieu de dNTP
- ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce ni d’hélicase
- L’ARN nouvellement synthétisée se détache de la matrice au fur et à mesure (ADN revient db derrière)
- Moins précis (ARN sont temporaires)
Vrai ou faux : plusieurs ARN polymérases peuvent se suivre une après l’autre pour produire plusieurs d’ARN en peu de temps
Vrai
3 grandes étapes de la transcription
- Initiation
- Élongation
- Terminaison
Comment numérote-t-on les nucléotides lors de la transcription
Le premier nucléotide transcrit est le +1
Ceux qui sont avant (région régulatrice/promoteur) : -1, -2, -3
Ceux qui sont après : +2, +3
3 étapes de l’initiation de la transcription
- ARN polymérase se lie au promoteur : formation du complexe fermé
- La double hélice s’ouvre sur 14 nucléotide (bulle de transcription) : complexe ouvert
- Les rNTP initiaux (moins que 10) sont assemblés sur la matrice : complexe de transcription initial
Vrai ou faux : ARN polymérase arrive à se détacher du promoteur du premier coup
Faux, elle doit s’y prendre à plusieurs reprises avant d’arriver à se détacher (petits transcrits sont relâchés)
Le promoteur se trouve en amont ou en aval du gène à transcrire
En amont
Vrai ou faux : la liaison de l’ARN polymérase au promoteur se fait dans une orientation particulière
Vrai
Qu’est ce qui est déterminé par le promoteur
- Le brin matrice
- Le sens de la transcription
Dans quelle orientation sort le brin d’ARN
5’ –> 3’
Par quoi est déterminé la force du promoteur
Par le nombre de transcrits générés à partir de ce promoteur dans un laps de temps donné
3 facteurs qui influencent la force du promoteur
- La capacité du promoteur à lier l’ARN polymérase (plus de points de contacts reconnus et liés = plus fort)
- Isomérisation efficace : le passage du complexe fermé à ouvert (rapidement = promoteur fort)
- La facilité de l’ARN pol à échapper au promoteur (début de la phase d’élongation)