Cours 1 : Structure de l'ADN Flashcards
Qu’est ce qu’un atome
La plus petite unité possédant les propriétés d’un élément
Quelles sont les 3 principales particules élémentaires qui constituent les atomes
- Neutron
- Protons
- Électrons
Où se retrouvent les neutrons et les protons dans l’atome
Dans le noyau
Où se retrouvent les électrons dans l’atome
Ils gravitent autour de l’atome à la vitesse de la lumière
Qu’indiquent les rangées dans le tableau périodique des éléments
Le nombre de couches d’électrons pour chaque atome
Qu’est ce que la couche de valence
C’est la dernière couche d’électrons
Que permet la couche de valence
Les interactions entre les atomes
Qu’est ce que la règle de l’octet
Pour être stable, un atome cherche à compléter sa dernière couche électronique avec 8 électrons en faisant des liaisons chimiques avec d’autres atomes
Quels atomes font exception à la règle de l’octet
H et He (2 électron sur leur couche de valence)
Qu’est ce que l’état électriquement neutre
Le nombre de protons est égal au nombre d’électrons
Pourquoi la formation d’une liaison chimique entre 2 atomes dégage-t-elle de l’énergie
Parce que les atomes deviennent stable et bougent moins
Que faut-il apporter pour briser une liaison chimique
De l’énergie pour permettre aux atomes de retrouver leur mouvement initial
Classer les types de liaisons chimiques de la plus énergétique à la moins énergétique
- Covalentes (polaires et non-polaires)
- Ioniques
- Hydrogènes
- Interactions hydrophobes
- Van Der Waals
Par quel type de liaison s’effectue la formation de chaînes carbonnées
Liaison covalente
3 types de liaisons que peuvent faire les carbones entre eux
3 types de squelettes carbonnés
Simple, double ou triple
Longue rectiligne, ramifiée ou cyclique
Est ce que les chaînes carbonées peuvent faire des liaisons avec d’autres molécules
Oui, pour construire des tissus et des organes
De quoi dépendent les propriétés d’une molécule organique
- Disposition des carbones
- Molécules se liant au squelette carboné
Qu’est ce qu’un groupement fonctionnel
Groupement d’atomes qui participent aux réactions chimiques des molécules organiques
Quel est l’avantage de posséder des liaisons covalentes polaires par rapport aux liaisons covalentes non-polaires
Favorise l’équilibre et l’efficacité énergétique
Quel type de liaison contiennent les groupements fonctionnels
Covalentes polaires (parfois ionisés)
Par quoi est déterminé la forme d’une macromolécule
Par la séquence
Par quel type de liaison les monomères sont-ils liés les uns aux autres
Par des liaisons covalentes
Par quels types de liaisons la structure 3D des macromolécules sont-elles stabilisées
Liaisons covalentes et non-covalentes
Vrai ou faux : Plus 2 molécules s’assemblent bien, plus elles forment de lien covalents entre elles
Faux, plus elles forme de liens NON-COVALENTS
Pourquoi les interactions de faible énergie sont elles efficaces pour stabiliser les molécules
Parce qu’elles sont très nombreuses
Dogme central de la biologie
Réplication
Transcription
Traduction
Qu’est ce qu’un nucléotide
Sucre + base azotée + groupement phosphate
Qu’est ce qu’un nucléoside
Sucre + baze azotée
Différence entre ribose et désoxyribose
OH sur le C2 du sucre (ribose)
H sur le C2 du sucre (désoxyribose)
Quelles sont les 2 purines
Adénine
Guanine
Quelles sont les 2 pyrimidines
Cytosine
Thymine (Uracile)
Qu’est ce que le lien phosphodiester
Lien entre le C5 du sucre et le groupement phosphate
Qu’est ce que le lien glycosidique
Lien entre le C1 du sucre et la base azotée
Lors de la formation des liaisons phosphodiester et glycosidique, quelle molécule est relâchée
H2O (réaction de condensation)
Est ce qu’il est possible de polymériser l’ADN avec des nucléotides monophosphates
Non, la polymérisation de l’ADN requiert des nucléotides triphosphates
3 fonctions des nucléotides
- Source d’énergie chimique (liaison entre les gr. phosphate)
- Coenzyme (association avec différents gr. chimiques)
- Molécules de signalisation
Combien d’énergie donne l’hydrolyse de l’ATP à pH7
7.3 kcal/mol
Par quel lien se fait la polymérisation de l’ADN
Par le lien phosphodiester
2 éléments requis pour la polymérisation de l’ADN
- Polymérase (enzyme)
- apport en nucléotide triphosphate
Dans quel sens se fait la polymérisation et quelle molécule est libérée
Du 5’ au 3’
On libère une molécule de pyrophosphate
Quelle est la charge globale de l’ADN
négative
Quel groupe se retrouve à l’extrémité 3’ et à l’extrémité 5’ des chaines de nucléotides
5’ : groupe phosphate
3’ : groupe hydroxyle libre
Comment est identifier une séquence de chaîne de nucléotides
Avec les bases azotées (du 5’ vers 3’)
Quelles liaisons assurent la formation de la structure bicaténaire de l’ADN
Les liaisons hydrogènes (faibles, mais nombreuses)
Quelles sont les règles de Chargaff
- Peu importe la source, %A=%T et %C=%G
- Le rapport des purines sur pyrimidines est toujours de 1
- % de (G+C)/(G+C+A+T) d’un génome dépend de l’espèce (mais est toujours le même pour une espèce donnée)
Quels nucléotides se lient ensembles avec combien de liens H
A se lie avec T (2 liens H)
G se lie avec C (3 liens H)
Que veut dire orientation antiparallèle
Les liens H ne se forment entre les couples compatibles que si le 5’ est face au 3’
Les bases sont-elles situées vers l’intérieur ou l’extérieur de l’ADN
Vers l’intérieur
Qu’est ce qui constitue l’information génétique
Le nombre et l’ordre précis des bases
Les protéines peuvent-elles toujours lire les séquences de bases
Non, il faut avoir accès aux bases
Vrai ou faux : certaines protéines peuvent reconnaitre des séquences à travers les sillons de l’ADN
Vrai
Peut ont répliquer l’ADN sans ouvrir la double hélice d’ADN
Non, il faut briser les liens H entre les bases pour ouvrir l’ADN
pourquoi y a-t-il un sillon mineur et un sillon majeur dans l’ADN
À cause de l’angle entre 2 liens glycosidiques d’un couple de nucléotides (2 angles différents)
Quels sont les angles des sillons mineurs et majeurs
Mineur : 120
Majeur : 240
Quels sont les groupes chimiques exposés dans chaque sillon
Mineur : AHA et ADA
Majeur : ADAM, MADA, HDAA et AADH
Une protéine peut lire plus d’information dans le sillon mineur ou majeur
Majeur, elle a aussi plus de place pour approcher le sillon majeur
Qu’est ce que la dénaturation
Perte de la structure quaternaire, tertiaire ou secondaire présente dans la forme native de la molécule
Qu’arrive-t-il si on chauffe l’ADN à 95 degrés
On brise les liens H entre les bases azotées et on obtient 2 chaines d’ADN à un seul brin
Est ce que la dénaturation est réversible
Oui, lorsque la température redescend, les brins se réassocient selon leur compatibilité
Comment peut-on détecter une séquence spécifique d’ADN dans un échantillon
En hybridant l’ADN avec un brin ajouté qui correspond à la séquence complémentaire de la séquence recherchée (voir diapo 32-33)
Qu’est ce que la spécificité
Le degré de complémentarité entre 2 molécules (dépend de la complémentarité de forme et du nombre de liens chimiques formés)
Vrai ou faux : plus la température d’hybridation est élevée, plus l’hybride est spécifique
Vrai
Qu’est ce que la technique d’hybridation in situ
Permet de voir une séquence cible grâce à l’hybridation de l’ADN avec sonde marquée fluorescente (voir diapo 35-36)
Technique d’hybridation sur membrane
Voir diapo 38-41
