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Biologie Moléculaire > Cours 2 : Structure du génome > Flashcards

Cours 2 : Structure du génome Flashcards

1
Q

Qu’est ce que la structure primaire des acides aminées

A

Chaîne d’acides aminés unis par des liens peptidiques

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Q

Quelles sont les 2 formes de structures secondaires des protéines

A

Hélice alpha (chaine R vers l’extérieur)
Feuillets Bêta (chaine R vers le haut et le bas)

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Q

Vrai ou faux : Les structures secondaires se forment spontanément

A

Vrai, grâce aux liens H au niveau des coeurs des acides aminés

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4
Q

Qu’est ce que la structure tertiaire des protéines

A

Un agencement d’hélices alpha et de feuillets bêta possédant des domaines fonctionnels

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5
Q

Qu’est ce qui détermine la fonction d’un domaine protéique

A

La forme de ce domaine (un même domaine se replie toujours de la même façon)

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6
Q

Vrai ou faux : un domaine donné ne fait parti que d’une seule protéine

A

Faux, un même domaine peut faire partie de plusieurs protéines

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7
Q

Qu’est ce que la structure quaternaire des protéines

A

Interaction entre plusieurs chaines peptidiques pour former une protéine fonctionnelle (assemblage de sous-unités)

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8
Q

Comment est l’ensemble de l’ADN génomique chez les procaryotes vs eucaryotes

A

Procaryotes : un seul chromosome circulaire
Eucaryotes : Plusieurs chromosomes

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9
Q

Où est situé l’ADN chez les procaryotes

A

Dans le cytoplasme et forme une structure appelée nucléoïde

Petites protéines qui aident à l’organisation spatiale de l’ADN

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10
Q

Quelles sont les 3 protéines qui compactent l’ADN chez les procaryotes

A
  1. H-NS : formation d’un pont
  2. Protéine d’enroulement
  3. Protéine pliant l’ADN
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11
Q

Vrai ou faux : le nucléoïde est dynamique

A

Vrai, il change selon les besoins de la cellule

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12
Q

Comment se trouve l’ADN eucaryote lors de la vie normale d’une cellule (interphase)

A

L’ADN est sous forme de chromatine

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13
Q

Comment se trouve l’ADN eucaryote lors de la mitose

A

L’ADN est condensé en chromosomes mitotiques

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14
Q

Qu’est ce que la chromatine

A

Un ensemble d’ADN et de protéines

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15
Q

Quels sont les 2 niveaux de compaction de la chromatine

A

Hétérochromatine : région non-transcrite (condensé de 30nm)
Euchromatine : région active pour la transcription (étendue de 11 nm)

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16
Q

Qu’est ce qu’un nucléosome

A

La structure de base de la chromatine et le premier niveau de compaction

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17
Q

De quoi est composé un nucléosome

A

ADN et 8 histones (2 H2A, 2 H2B, 2 H3, 2 H4)

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18
Q

Combien de fois l’ADN s’enroule autour d’un noyau d’histone et comment s’appelle l’ADN entre 2 nucléosomes

A

1,65 fois
ADN intercalaire

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19
Q

Qu’est ce qui explique la grande affinité non spécifique des Histones avec l’ADN

A
  1. Histones riches en lysines et arginines chargés positivement (ADN est -)
  2. Les séquences riches en AT se courbent plus facilement (moins d’encombrement)
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20
Q

Comment se retrouvent les dimères et les tétramères d’histones lorsqu’il n’y a pas d’ADN disponible

A

Ils sont en solution (pas assembler en noyaux)

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21
Q

Étapes de la formation du noyau des nucléosomes

A
  1. Tétramère H3-H4 se lie à l’ADN et l’enroule
  2. Les 2 dimères H2A-H2B se joignent au complexe et le stabilise
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22
Q

Où se retrouvent les queues N-terminales des histones dans le nucléosome et quel est leur rôle

A

à l’extérieur, elles stabilisent l’ADN autour du noyau et permettent des interactions entre nucléosomes

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23
Q

Combien y a-t-il de points de contact ADN-Histone et combien de liens hydrogènes sont formés pour 1 nucléosome

A

14 points de contact (1 à chaque fois que le sillon mineur fait face au noyau)
40 liens hydrogènes

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24
Q

Par où émergent les queue N-terminales des histones du nucléosomes

A

H2B et H3 : entre 2 brins d’ADN où 2 sillons mineurs se font face
H4 et H2A : en haut et en bas de 2 hélices

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25
Q

Vrai ou faux : les queues N-terminales des histones peuvent être modifiées par des enzymes

A

Vrai

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26
Q

Quelles sont les 3 modifications possibles des queues d’histones

Ces modifications sont elles réversibles

A
  1. Acétylation
  2. Phosphorylation
  3. Méthylation. et ubiquitination

Oui

27
Q

Que fait l’acétylation des queues N-terminales des histones

A

Cache la charge + des lysines des histones ce qui crée une perte d’interaction avec l’ADN

28
Q

Que fait la phosphorylation des queues N-terminales des histones

A

Le P ajouté sur les sérines neutralise une charge + voisine de la lysine ou d’arginine ce qui augmente l’effet de répulsion de l’ADN

29
Q

Que fait la méthylation et l’ubiquitination des queues N-terminales des histones

A

Rend l’histone compatible à d’autres protéines

30
Q

Qu’est ce que l’Assemblage préférentiel des nucléosomes

A

Des protéines se lient aux nucléosomes existants et aident au recrutement d’autres nucléosomes dans la région

31
Q

Que fait l’histone H1

A

interagit avec l’ADN intercalaire et avec une partie de l’ADN du nucléosome : permet de resserrer les nucléosomes entre eux

32
Q

Quels sont les 2 modèles possibles pour le rapprochement des nucléosomes

A

Solénoïde
Zigzag

33
Q

Que permettent les protéines Sir

A

Organiser l’hétérochromatine en boucle

34
Q

Par quoi sont stabilisés les bases de chaque boucle formée par les protéines Sir

A

Par un échafaudage nucléaire (agrégat protéique)

35
Q

Quelles sont les protéines de l’échafaudage nucléaire et quels sont leur rôle

A
  1. Topoisomérase II : maintient de la structure et s’assurent que les boucles demeurent séparées l’une de l’autre
  2. SMC et condensines : pinces auto-complémentaires
36
Q

Quel est le rôle du chromosome mitotique

A

Assurer la transmission efficace des gènes aux cellules filles lors de la division (protection de l’information par sa structure compacte)

37
Q

Qu’est ce qu’un génome

A

L’ensemble des informations contenues dans l’ADN dont les séquences sont nécessaires pour coder tous les ARN et toutes les protéines de l’organisme

38
Q

Quelles sont les fonctions d’un chromosome (4)

A
  1. Compacter l’ADN pour qu’il entre dans le noyau
  2. Protéger l’ADN
  3. Organiser l’ADN
  4. Transmettre l’ADN durant la mitose
39
Q

Comment représente-t-on l’ADN génomique

A

On représente un seul brin et on déduit le 2e par complémentarité

40
Q

Est-il possible d’aligner les séquences d’ADN et de protéines

A

Oui,
ADN = BLAST

41
Q

Qu’est ce que la ploïdie et quelle est la ploïdie des procaryotes vs eucaryotes

A

Nombre de copie de chaque chromosome
Procaryotes : haploïdes
Eucaryotes : plusieurs chromosomes linéaires dans le noyau (humins = diploïdes)

42
Q

Vrai ou faux : la taille du génome est le nombre de paire de base contenu dans tous les chromosomes d’un organisme

A

FAUX, c’est le nombre de paire de base contenu dans 1n

43
Q

Vrai ou faux : Plus un organisme est complexe, plus son nombre de gène est grand

A

Vrai

44
Q

Qu’est ce qu’un plasmide

A

ADN circulaire indépendant du chromosome et pouvant être transmis d’un individu à l’autre (procaryotes)

45
Q

Est ce que les plasmides sont essentiels à la survie des procaryotes

A

Non, mais ils apportent un grand avantage à la survie

46
Q

Quels sont les 2 organites eucaryotes qui ont leur propre génome

A

Mitochondries et chloroplastes

47
Q

Quelles sont les caractéristiques spécifiques du génome des chloroplastes et des mitochondries

A

Existent en plusieurs copies par organites
Réplication indépendante du reste de la cellule
Transmission non-mendélienne
Génome circulaire
Séquences ressemblant aux génome bactérien

48
Q

Qu’est ce qu’un gène

A

Un caractère transmissible porté par l’ADN (segment d’acides nucléiques contenant l’information pour produire un ARN)

49
Q

Comment sont organisés les gènes bactériens

A

En opérons et donnent des transcrits d’ARN polycistronique (pour plusieurs protéines)

50
Q

Comment sont organisés les gènes eucaryotes

A

Longs et discontinus (présence d’introns), l’ARNm code pour une seule protéine

51
Q

Qu’est ce que la densité génique

A

Nombre de gène/Mb d’ADN

52
Q

Comment est la densité génique des procaryotes

A

Haute densité génique (1000 gènes/Mb)
- Génome majoritairement fait de séquences codantes
- Peu de séquences non-codantes régulatrices

53
Q

Vrai ou faux : plus un organisme est complexe, plus sa densité génique est basse

A

Vrai

54
Q

Qu’est ce qu’un intron

A

Portion non-codante d’ADN situé dans un gène, transcrite puis éliminée par épissage dans les ARN matures

55
Q

4 types de séquences uniques de l’ADN intergénique

A
  1. Séquences régulatrices de l’expression génique
  2. Pseudogènes et fragments de gènes
  3. ARN régulateurs (non-traduits impliqués dans la régulation)
  4. Origines de réplication
56
Q

3 séquences répétées de l’ADN intergénique

A
  1. Microsatellites
  2. Télomères (au bout des chromosomes)
  3. Transposons
57
Q

Quels sont les 2 complexes protéiques qui permettent le dynamisme histone-ADN

A
  1. Complexes remodelant la chromatine (ATP-dépendants)
  2. Complexes de modifications post-traductionnelles des queues d’histones
58
Q

Par qui sont recrutés les complexes remodelant la chromatine

A

Facteurs de transcription ou queues N-terminales des histones du nucléosome

59
Q

Pourquoi les complexes remodelant la chromatine ont-ils besoin d’ATP

A

Pour permettre une redistribution des liens entre l’ADN et les histones (déplacement ou glissement)

60
Q

Combien de sous-familles de complexes remodelant la chromatine existe-il

Que peut faire SW1/SNF
Que peut faire INO80

A

4 sous-familles qui permettent toutes le glissement

SW1/SNF permet l’éjection des nucléosomes
INO80 permet l’échange d’histones (histones modifiées pour permettre la régulation)

61
Q

Qu’est ce que la transgenèse

A

L’introduction d’un gène étranger dans un génome d’intérêt

62
Q

2 types de transgenèses

A
  1. Gène étranger (ex : provenant d’une bactérie et introduit dans une tomate)
  2. Gène d’un parent proche ou modifié
63
Q

2 types de sélection classique pour modifier un génome

A
  1. Croisement
  2. Mutagenèse (radiation ou agent mutagène)
64
Q

Techniques de transgenèses

A

Voir diapo 54-55

Biologie Moléculaire (4 decks)

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