Cours 17 Flashcards
Comprendre ce que sont les marqueurs génétiques et en particulier les marqueurs
moléculaires./génétiques
- marqueur génétique : marque a des endroits précisp avec lexistance dalleles muté
- importance du maruque : confere un phenotype permettant de déterminer si oui ou nin il y a eu de la recombinaison.
- marqueurs génétiques : type polymorphe, se présentent sou plusieurs formes.
Faire la différence entre les différents types de marqueurs moléculaires vus en classe
(RFLP, microsatellites, SNP) et connaître les méthodes d’analyse employées pour
déterminer le génotype de ces marqueurs chez un individu
-RFLP : polymorphisme de longueur de fragments de restriction
-MICROSAT :
-SNP : single nucletotide polymorphism
-marque molé : pas de phynotype quils conefent, il est juste révélé par le séqeuncage ou methode transfert de southern.
-ils représentent la variation naturelle des régions non codantes du genome., donc polymorphismes sans conséquences phenotyipiques. mais SNP maybe.
-RFLP + MICROSAT : sans effet phenotypique, co-dominants (2 alleles observables en mm temps)
-
-séquences deja clonés : RFLP -> sonde
MICROSAT -> amorces, essentielles pour etablir genotype pour la cartographie., mais aussi sonde pour marche sur le genome.
• Connaître et comprendre la notion de polymorphisme génétique
- on l’utilise quand il y a plus d’une forme génotypique ou phénotypique pour un mm gene.
- polymorphisme génétiques responsable de la variation phénotypique
- polymorphisme quand : au moins 2% d’hétérozygotes, donc la moitié de leur alleles va etre rare (moins de 1%).
- absence de polymorphisme génétique : lignée pure, tous les individus seront identiques, ex : jumeaux identiques auraient théoriquement des genomes identiques.
Détails sur les RFLP?
- polymorphismes de longueur de fragments de restriction
- en évidence via southern sur ADN soumis digestion par enzyme de restriction
- dus a des polymorphismes des sites de restrictions ou existance de répétitions en tandem (VNTR)
Détails sur microsat?
- microsat polymorphes
- mise en évidence par PCR
- les régions des amorces sont le mm pour tous, cest la longueur des rep qui est variables = STR
- '’satellites’’ = dus présence ADn dont % GC negale pas de ADN principal.
- séquences ADN simples, répétitives entourant les tellomerees et les centromeres
- ministaellites (VNTR - 16-70p)
- microsat (STR - 2-4 pb)
Détails sur SNP ?
Single nucleotide polymorphism, on peut obtenir par séquencage de new génération, ils sont abondants.
• Comprendre l’utilité des marqueurs polymorphes pour la cartographie génétique et le
clonage positionnel.
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• Comprendre l’utilité des marqueurs polymorphes pour la cartographie génétique et le
clonage positionnel.
-clonage positionnel ÉTAPES :
1- identifier cliniquement les personnes affectées et saine
2-analyses génétiques ^pour localiser le gène de la maladie avec des marqueur polymorphes (SNP de nos jours) sur tout le génome. On met en évidence le e gene de la maladie quand elle a tendance a etre cohéritée avec des marqueurs. Région environ de 1 cM.
3-Marche sur le chromosome. entre le marqueur le plus proche et le gene de la maladie ou entre 2 marqueurs plus proches.
4-gènes candidats vérifié pour leur expression dans le tissu affecté + présence de mutations (souvent perte de fonction)
5-quand on a une différence nucléotidique -> exclure que cest un polymorphisme banal (pas de conséquence phénotypique) —> on vérifie la séquence de bcp de chromo de personnes saines, si différence juste chez malades = responsabble maladie (tenant compte des rapport de dominance)
• Comprendre comment l’analyse d’événements de crossing over permet de localiser un
gène associé à un trait ou une maladie.
- exemple de neurofibromateuse de type I :
- analyse de l’ADN par southern pour déduire le phéno au locus important.
- pour cette maladies, c’est juste le genotype au locus N qui importe. (N dominant = personnes atteinte), mais le genotype du marque polymorphe na pas deffet.
- Avec DARIER, on a pu analyser des événements de crossing over pour faire la cartographie du gène.
- avec valeur lod et marqueur, on a su que le gène responsable de la maladie se trouve dans un intervalle de 4 cM : (cartographie, marche, identification des gènes, recherche de mutations). -> perte de fonction
Neurofibromatose de type I c’est quoi ?
- autosomale dominante
- code pour une protéine impliquée dans la régulation de la division cellulaire des cellules nerveuses
- tumeur bénigne a la surface de la peau..
- génotype au locus NF1 affecté
Qu’est-ce qu’un haplotype ?
-c’est une combinaison d’allèles de locus qui sont liés et ont tendance à être hérités ensemble.
Maladie de Darier ?
autosomal dominant aussi
Comprendre le concept de déséquilibre de liaison.
- Il s’agit d’un haplotype qui est conservé et qui constitue une ‘‘signature d’une mutation’’, partie haplotype où la mutation s’est produite.
- des combinaisons d’allèles à différents loci sont observé fréquemment dans une population.
Comprendre le concept d’identité par filiation.
-Segments ADN sont identiques par filiation sils sont hérités d’un ancêre commun.
Comprendre comment on peut utiliser la cartographie par homozygotie chez des familles
où il y a consanguinité afin de localiser le gène associé à une maladie pour des maladies à
transmission autosomale récessive.
- on recherche des régiosn d’homozygotie conservées.
- On part que 2 allèles mutés des malades sont identiques par filiation + régiosn environnantes = homozygotes.
- sert de SNP partout dans le génome et trouvé des régions consécutifs avec homozygotie chez les gens atteints.
- ampli par PCR + séquencage pour trouver une seule variante responsable de la maladie.
