Cours 1-microbiologie Flashcards
Quelle est l’ordre des rang taxinomique pour la classification du vivant (9)?
1) Vie
2) Domaine (ex: bactérie)
3) Règne
4) Embranchement
5) Classe
6) Ordre
7) Famille
8) Genre
9) Espèce
On parle de critères génotypiques pour désigner les caractéristique (1) des microbes
génétique
Vrai ou faux: on parle de critères phénotypiques pour décrire les caractéristiques qui découlent de la génétique (morphologie, biochimie, physiologie, etc.)?
Vrai
Vrai ou faux: en clinique, les techniques développées visent plutôt l’identification des microorganismes, soit la capacité de détecter quel microbe précis a causé l’infection chez un patient?
Vrai
Quelles sont les 3 domaines de la vie?
- Eucaryotes
- Bactérie
- Archée
Quelle est la principale différence entre les procaryotes (archée et bactérie) et les eucaryotes?
Les eucaryotes ont un noyau
Vrai ou faux: la majorité des bactéries ou eucaryotes sont pathogènes pour l’humain
Faux c’est l’inverse
Vrai ou faux: les mitochondries et les chloroplastes sont des procaryotes à la base?
Vrai
Placer en ordre décroissant de taille : Procaryote, virus, eucaryote, protéine, petite molécule, atome,
Eucaryote, procaryote, virus, protéine, petites molécules, atomes
Quelles sont les caractéristiques d’un microorganisme (7)?
- Organisme de très petite taille
- Omniprésence et abondance dans la nature
- Unicellulaire (sauf pour mycètes qui peuvent être pluricellulaire ou les virus qui sont acellulaire
- Niveau d’organisation simple
- Inclut des procaryotes et des eucaryotes
- Dispose d’un potentiel métabolique
- Capables de se reproduire due façon autonome (Sauf virus)
Quelles sont les rangs taxonomiques important à retenir pour la pratique clinique en maladie infectieuse?
Famille, genre, espèce
Vrai ou faux: les cellules procaryotes ont généralement un seul chromosome libre dans le cytoplasme alors que les cellules eucaryotes ont plusieurs chromosomes libres dans le cytoplasme?
Faux, les chromosomes ne sont pas libres ils sont dans un noyau lorsqu’on parle de cellule eucaryotes.
Qu’est-ce qui différencie les archées des bactéries?
- Composition particulière de leurs ribosomes
- Lipides membranaires uniques
- Paroi chimiquement différente
- Capacité métaboliques uniques (formation de méthane juste chez les archées)
Vrai ou faux: aucun archée est pathogène pour l’être humain?
Vrai
Vrai ou faux, les archées sont retrouvés un peu partout et peuvent survivre à des conditions extrêmes (haute salinité, température, pH, etc)
Vrai
Comment sont décris les bactéries?
Les cellules procaryotes dont la membrane cytoplasmique est composée de phospholipides
Quelle est la taille en général des bactéries?
de l’ordre du micromètre
Vrai ou faux: les bactéries sont présentes dans tous les biotopes de notre planètes et particulièrement dans l’eau, le sol et le système respiratoire des animaux?
Faux, le système digestif
Vrai ou faux, aujourd’hui environ 17 000 espèces bactériennes ont été formellement décrites, mais il existe 200 000 espèces de bactéries dont on connait le génome et possiblement 2 millions d’espèce dont le génome est indéterminé ?
Faux, 45 555 espèces de bactéries dont on connait le génome
Vrai ou faux: parmis les eucaryotes, il existe 287 espèces de la branche des animaux qui sont pathogènes
Vrai
Quelles sont les 4 règnes du domaine des eucaryotes?
Protiste, mycètes, plantes, animaux
Quelles sont les règnes des procaryotes?
Il y en a pas
Les organisme sont désignés par deux mots qui correspondent au … ?
au genre et à l’espèce
Vrai ou faux: le mot désignant le genre commence par une majuscule et celui désignant l’espèce commence par une minuscule, les deux sont des noms
Faux, le genre est un nom, l’espèce est un adjectif
Exemple: Pseudomonas aeruginosa : (Imitationunité vert en latin)
Vrai ou faux: les bactéries d’une même espèce sont identiques
Faux, il faut donc utiliser le terme souche pour désigner chaque isolat
Nommer un exemple de souche de bactérie
Sakai de l’espèce Escherichia coli qui se trouve à être la cause de la maladie du hamburger.
Vrai ou faux: les virus et les prions ne sont pas vivants
Vrai
QSJ? Agents pathogènes qui ne sont pas capable de se répliquer dépourvus d’acides nucléiques. Cette agent pathogène entraîne une cascade de changements conformationnels chez des protéines saines et provoque ainsi des dommages cellulaires. C’est une protéine.
Prions
QSJ? Agent pathogène répliquons semi-autonome grâce à des acides nucléiques. Incapable de se répliquer sans utiliser la machinerie cellulaire de leur hôte. Possibilité de migrer hors de la cellule hôte initial pour infecter une autre.
Virus
Combien de virus et prions sont connus pathogènes pour l’homme?
217
Nommer un exemple de maladie causé par un prion?
La maladie de la vache folle. (Atteinte du système nerveux des animaux en modifiant des protéines)
Vrai ou faux: les bactéries n’ont pas d’organes complexes (organites) telles des mitochondries, etc.
Vrai
Vrai ou faux: les bactéries possèdent de l’ADN, mais pas de l’ARN et se répliquent de façon autonome par division binaire
Faux, elles possèdent également de l’ARN
Vrai ou faux, les bactéries peuvent vivre à l’intérieur et à l’extérieur des cellules de l’hôte qu’elles infectent?
Vrai
Est-ce que toutes les bactéries peuvent vivres de façon “libre”?
Non, certaines ont besoins d’un hôte ou d’une autre source externe, car incapable de synthétiser certaines métabolites essentiels.
Comment faire pour visualiser les virus sachant qu’ils sont très petits (0,1 um ou moins)
Microscopie électronique
Vrai ou faux: les virus peuvent être composé d’ADN et d’ARN en même temps?
Faux, seulement un des deux
Comment se nomme la structure protéique qui entoure le matériel générique des virus?
La capside
Quelles sont les clés pour classifier les virus?
- Taille du virion
- Présence ou non d’enveloppe membranaire
- Architecture de la capside
- Quels hôtes peuvent-ils infecter
Vrai ou faux: les mycètes sont des procaryotes?
Faux, ce sont des eucaryotes
Quelles sont les synonymes pour mycètes?
Champignon ou fungi
Comment est-ce que les mycètes obtiennent leurs nutriments?
En tirant les substances qui leur sont nécessaires de matières organique en décomposition
Quelles sont les deux grandes catégories de mycètes?
Les levures et les moissisures
Vrai ou faux: les levures sont des mycètes multicellulaires qui se reproduisent par bourgeonnement. Les moisissures sont des mycètes multicellulaire pouvant se présenter sous forme filamenteuse ou dimorphe.
Faux, les levures sont unicellulaires alors que les moisissures sont multicellulaires
Les levures occupent une places essentielle dans l’industrie …
alimentaire
Vrai ou faux: certaines moisissures peuvent détériorer les aliments sans pour autant être toxiques?
Vrai, bien que plusieurs libères des toxines dangereuses qui peuvent engendrer des maladies
Vrai ou faux: les mycètes sont largement utile dans l’industrie alimentaire et pharmaceutique
Vrai (fromage, pénicilline)
Qu’est-ce qu’un parasite?
Micro ou macro organismes pouvant induire des infections. C’est un organisme qui vie sur ou dans un autre organisme et qui profite de lui à ses dépens. Les petits arthropodes porteurs de microbes impliqués dans les infections contractées au contact des animaux, helminthes et des protozoaires sont aussi des parasites.
Le terme infestation se réfère au parasite … non microbien.
Macroscopique
Le terme infection est utilisé pour décrire l’envahissement de l’intérieur d’un hôte par des … donc invisible à l’oeil nue
microorganisme
L’infestation peut être limitée à la surface de l’hôte, on parle alors … tels les tiques, les poux de têtes et les punaises de lit.
d’ectoparasites
Une infestation interne peut être causé par des … tels les vers qui se développent à l’intérieur de l’hôtes.
endoparasites
Vrai ou faux: en médecine, les pathologies causées par des endoparasites, même si ce sont des parasites macroscopiques sont souvent qualifiés d’infections alors que les affections causées par des ectoparasites même si ils sont microscopiques comme les acariens sont appelés infestation.
Vrai
Quel est le synonyme des protozoaires?
Protistes
Vrai ou faux: les protozoaires sont des microorganismes eucaryotes unicellulaires causant des infections
Vrai
Où vivent les protozoaires?
- Eau
- Sols humides
- Intérieur d’un organisme
Est-ce que les protozoaires agissent sous forme autonome ou parasitaire?
Les deux
Quelle est la maladie la plus connu qui est causé par des protistes?
Malaria
Quelles sont les entités qu’englobe le terme microbe?
Bactérie, fungi, protozoaire, virus
Quelles sont les constituants internes d’une bactérie?
- Cytoplasme
- Ribosome
- Matériel génétique (constitué d’ADN sous forme libre, mais de fragments d’ADN extra-chromosomiques appelées plasmides)
Quel est le rôle des ribosomes?
Synthèse des protéines à partir de la traduction de l’information véhiculé par l’ARN messager.
Vrai ou faux: les ribosomes bactériens ont la même structure et composition que les ribosomes humains
Faux, les ribosomes bactériens possèdes des sous-unités distincte.
Pourquoi est-ce que c’est un détail important de savoir que les ribosomes humains et bactériens sont différents?
Il s’agit d’une des cibles de l’antibiothérapie
QSJ: petites molécules d’ADN circulaire douées de réplication autonome, transférable d’un microbe à l’autre qui se trouve en addition du chromosome de la bactérie
Plasmides
Vrai ou faux: les plasmides sont médiateurs de nombreuses propriétés dont parfois la capacité de véhiculer des gènes à une bactérie lui permettant de résister à des antibiotiques?
Vrai
Vrai ou faux: le nombre d’espèce bactérienne hébergeant des plasmides porteurs de résistances est limitée
Faux, il est considérable ce qui se trouve à être un problème réel pour la médecine d’aujourd’hui.
Vrai ou faux: les plasmides ne peuvent toutefois pas conférer de gènes conférant des propriétés pathogènes aux bactéries qui les possèdent. Ces gènes proviennent toujours du chromosome.
Faux, les plasmides peuvent.
Vrai ou faux: la membrane cytoplasmique des bactéries est composée d’une bicouche de phospholipide?
Vrai
QSJ: système de transport qui permet la pénétration sélective de certaines substances dans la cellule
Perméases
Quel est le test afin d’en savoir plus sur le type de paroi d’une bactérie?
Le test de Gram
Quel est le constituant commun dans toutes les parois de bactérie?
Le peptidoglycane (partie glucidique et peptidique)
Vrai ou faux: le peptidoglycane est un polymère qu’on ne retrouve pas chez l’homme qui peut donc servir comme cible des antibiotiques?
Vrai
Nommer un exemple d’antibiotique qui s’attaque au peptidoglycane
Pénicilline
Vrai ou faux: la paroi des bactérie Gram positif consiste en majeure partie d’un épais peptidoglycane alors que celle des Gram négatif est plus complexe?
Vrai
Décrire la paroi des Gram négatif
La couche de peptidoglycan est très mince mais recouverte d’une seconde appelée membrane externe.
Que contient la membrane externe des bactérie Gram négatif
- Lipopolysaccharides appelés endotoxines (Antigène O)
- Canaux appelés porines par lesquels les substances nutritives pénètrent la cellule.
Pourquoi c’est important de savoir si c’est Gram + ou -?
La membrane externe des Gram - limite l’accès de certains antibiotiques.
Bien connaître le tableau diapo 28 sur les différences entre les Gram + et -
Lâche pas
QSJ: Couche la plus externe d’une bactérie, enveloppe visqueuse d’épaisseur variable présente sur certaines bactéries
La capsule
Vrai ou faux: Pour voir la capsule il faut utilisé les techniques de colorations usuelles avec un microscope
Faux, pour la mettre en évidence, il faut mélanger la suspension bactérienne avec de l’encre de chine
Quel sont les deux rôles essentiels de la capsule bien que les bactéries peuvent survivre sans?
Elle empêche la phagocytose par les cellules immunitaires et favorisent l’adhérence des bactéries aux cellules épithéliales de l’hôte.
Comment est appelée la capsule ?
Antigène K
Quel est le terme pour désigner les diverses souches bactériennes selon leurs caractéristiques capsulaires?
Sérotype
QSJ? Feutrage extracellulaire de fibres polysaccharidiques présentes à la surface de certaines bactéries dans leur milieu naturel
Glycocalyx
Qu’est-ce que permette le glycocalyx ?
Une adhésion aux surfaces et entre bactéries
La production de glycocalyx favorise l’adhésion à quels types de matériaux?
Prothèses, tuyaux, etc.
Quelle est la différence entre le glycocalyx et la capsule sachant que leur composition est pratiquement la même?
Le glycocalyx est une structure plus irrégulière
Quand est-ce qu’on utilise le terme glycocalyx et celui de capsule?
1) Lorsque les bactéries sont reliées entre elles dans cette matrice extracellulaire
2) Lorsque les polysaccharides demeurent confinés à des bactéries individuelles
Qu’est-ce que la couche-S?
Couche de surface d’une épaisseur mono moléculaire formée par un ou deux types de protéines ou glycoprotéines auto-assemblé de manière symétrique
Quel est le rôle de la couche-S?
Protéger la cellule en agissant comme barrière à la diffusion des macromolécules et peut dans certains cas servir comme facteur de virulence
QSJ: Surface où une communauté de plusieurs cellules sont attachés ensemble après avoir auto-secrété du matériel extracellulaire (capsule, glycocalyx, capsule-S)
Biofilm
Quel est le rôle du biofilm?
Protège les bactéries qui en font partie en agissant comme une barrière physique, métabolique, active et génétique contre les agents externes dont les antibiotiques
Nommer les deux principaux appendices externes des bactéries?
Flagelles et pili
Quel est le rôle des flagelles ?
Assurer la mobilité de la bactérie
Quel est le nom des protéines qui composent les flagelles?
Flagellines
Comment sont appelés les différentes formes antigéniques ?
Antigène H
Décrire le nombre et la disposition des flagelles chez les monotriches
Un seul flagelle à l’extrémité de la cellule
Décrire le nombre et la disposition des flagelles chez les lophotriches
Plusieurs flagelles à une extrémité de la cellule
Décrire le nombre et la disposition des flagelles chez les péritriches
Plusieurs flagelles répartis sur toute la surface de la cellule
Décrire le nombre et la disposition des flagelles chez les amphitriches
Un ou plusieurs flagelles aux deux extrémités de la cellule
Qu’est-ce que des pilis?
Poils plus courts que les flagelles
Chez quelle type de bactérie ont retrouve les pilis?
Chez les bactéries à Gram négatif
Quel est le rôle principal des pilis?
Aide à la fixation à des surfaces plutôt qu’à faire avancer comme les flagelles
Vrai ou faux: Certain pili sexuels servent au transfert unilatéral de matériel génétique d’une bactérie à l’autre
Vrai
Comment se nomme le phénomène de transfert unilatéral de matériel génétique d’une bactérie à l’autre
Conjugaison
Quel est le matériel génétique qui est transféré à l’aide des pilis?
Les plasmides
Dans quelle situation les bactéries forme des spores intracellulaire (endosport) dans lesquelles elles stockent leur matériel génétique et d’autres éléments vitaux?
Dans les situations de survie, en se débarrassant du reste. Elles peuvent résister de longues années sans eau ni nourriture, à des températures extrêmes et deviennent insensible à l’action de composés chimiques tels les antibiotiques.
Comment se nomme le phénomène où le spore de la bactérie reprend sa forme végétative active
Germination
Vrai ou faux: seule la forme active de bactérie peut se reproduire et être pathogène
Vrai
Vrai ou faux: c’est souvent sous forme de sport que les bactéries vont se disséminer?
Vrai
Vrai ou faux: les spores des mycètes peuvent se reproduire et se disperser?
Vrai
Le volume, la forme, la localisation de la spore bactérienne à l’intérieur de la bactéries sont des caractéristiques … permettant l’identification des espèces
constantes pour une espèce donnée
Nommer des exemples de maladies par bactéries sporulées:
Tétanos, gangrène, botulisme, intoxications alimentaire
Voir le cycle de la spoluration et germination
Diapo 39 et 40
Quelles sont les composantes obligatoires d’une bactérie?
- Paroi cellulaire
- Membrane plasmique
- Cytoplasme
- Chromosome
- Ribosomes
Quelles sont les composantes facultatives?
- Capsule
- Endotoxine
- Plasmide
- Flagelle
- Pili
- Spore
- Corps d’inclusion/ granule
Sur quelles caractéristiques peuvent se basent les outils d’identifications et de classification des bactéries
- Morphologiques
- Biochimiques
- Physico-chimiques
- Sérologiques
- Protéomique
- Génétique
Quelles sont les différentes formes d’une bactérie?
- Bâtonnet (bacille)
- Sphère (cocci)
- Entre-deux (coccobacilles)
- Virgule (vibrio)
- Spirales (spirochètes)
- Forme variable (pléömorphes)
Quelles sont les différents arrangements spatiaux des bactéries?
- Isolées
- Paires (diplocoque)
- Chaînettes (streptocoque)
- Paquet organisées en cubes (Sarcina)
- Amas désorganisés (staphylocoques)
Vrai ou faux: la morphologie des colonies que produisent les bactéries dans un milieux de cultures gélosés peut permettre de la classer?
Vrai
Qu’est-ce qui est nécessaire avant de faire des tests colimétriques?
Une fixation préalable du spécimen sur lame
Quelles sont les 3 types de colorations ?
- Coloration simple
- Coloration différentielle
- Coloration spécifique
Quel est le but de la coloration simple?
Ressortir les cellules en entier en utilisant une solution aqueuse ou alcoolisée d’un seul colorant basique
Quel est le nom de l’agent chimique ajouté parfois en coloration simple pour intensifier la coloration?
Mordant
Quelles sont les colorants simples les plus souvent utilisés ?
- Bleu de méthylène
- La fuchsine basique
- Le violet de cristal
- La safranine
Quelles sont les étapes pour effectuer une coloration différentielle (coloration de Gram)?
1) Coloration primaire avec cristal-violet que toutes bactéries absorbent surtout en ajoutant de l’iode comme mordant. (toutes bactéries sont violettes)
2) On lave ensuite avec une solution d’éthanol ou d’acétone, ce qui décolore certaines espèces de bactéries
3) On soumet le frottis à un second colorant (contre-colorant) qui est la safranine, de couleur rosée
4) Seuls les bactéries qui étaient décolorées à l’éthanol absorbent le contre-colorant
Les bactéries violettes sont des Gram … alors que les bactéries roses sont des Gram …
- Positif
- Négatif
Vrai ou faux: certaines bactéries réagissent mal à la coloration de Gram à cause de leur composition de leur paroi?
Vrai
Quel est la coloration qui remplace celle de Gram lorsque la bactérie ne réagit pas bien avec celle de Gram?
Coloration de Ziehl-Neelsen
Quand est-ce qu’on sait que la coloration de Ziehl Neelsen montre des mycobactéries?
Lorsque les mycobactéries ne se décolorent pas et demeurent rouges, car la fuchsine s’intègres aux lipides typiques de leur paroi.
Quelles sont les structures qui sont observé à l’aide de coloration de structure spécifique?
- Capsule (encre de chine)
- Endospore (vert de malachite, safranine contre-colore le reste de la bactérie, bactéries sporulées roses avec une spore verte)
- Flagelle (procédé fastidieux avec un mordant qui sert à enrober les flagelles et former une couche suffisamment épaisse pour les rendre visibles)
Quelles sont les étapes du test de Gram ? (pas de description)
1) Fixation
2) Cystal violet
3) Iode
4) Décoloration
5) Safranine
QSJ: Microscopie utilisée de façon courante en laboratoire. Les cellules colorées apparaissent foncées sur un fond lumineux brillant.
Microscopie en champ claire
Qu’est-ce qu’on examine lors d’une microscopie en champ clair?
- Spécimen soumis à une coloration spécifiques
- Frotis de microorganisme inertes et colorés
Vrai ou faux: même en absence de coloration, il est facile de voir les cellules microbiennes qui sont translucides.
Faux, il faut une coloration, car c’est difficile à voir
Quel est le type de microscope utilisée lorsque certains microbes peuvent difficilement être colorés?
Un microscope à fond noir
Comment est-ce que le microscope à fond noir fonctionne?
Un condensateur particulier est utilisé pour que seule la lumière traversant le microbe puisse pénétrer l’objectif.
Vrai ou faux: la microscopie sur fond noir est également utile pour les microbes qui vivent en suspension?
Vrai
Quel est le but de la microscopie à contraste de phase?
Augmenter le contraste entre des structures d’épaisseurs variées qui ne sont pas visibles avec un microscope à champ clair
Comment est-ce que la microscopie à contraste de phase permet de ne pas endommager les structures des microorganismes tout en les observant?
Car, les composantes du microscopes convertissent les différences d’indice de réfraction des structures cellulaires en différences d’intensité lumineuse. Cela permet de les rendre visible sans les colorer ce qui pourrait les abimer
Quel est le nom du marqueurs utilisé en microscopie à fluorescence qui s’attachent au structures qu’on veut identifier ?
Fluorochrome
Qu’est-ce que l’immunofluorescence ?
Lorsque le fluorochrome (marqueur) se fixe à un anticorps de la structure.
QSJ: Microscopie qui fait usage de fluorochrome et de laser permettant d’avoir une clarté de 40% supérieur à tout autre microscopie optique?
Microscopie confocale
Vrai ou faux: la microscopie confocale est couplée à un ordinateur pour reconstituer les images en 3D?
Vrai
Vrai ou faux: la microscopie électronique fait traverser l’échantillon par un faisceau d’électrons qui se déplacent sous la forme d’ondes?
Vrai
Quel est l’avantage de la microscopie électronique?
Permet de grossir énormément le spécimen observer. Utile notamment pour les virus, etc.
Le grossissement du microscope électronique peut aller jusqu’à
100 000 fois plus grand
Vrai ou faux: le microscope électronique donne des images uniquement en 3D?
Faux, 2D (à transmission) et 3D (à balayage)
Quand est-ce que sont utilisées les tests biochimiques?
Pour identifier les bactéries une fois leur croissance obtenue en culture pure.
Vrai ou faux, les tests biochimiques exploitent une panoplie de propriété bactériennes?
Vrai
Nommer un exemple de propriété bactérienne utilisée pour des tests biochimiques?
La capacité de certaine bactéries entériques de fermenter le lactose, avec production de gaz et d’acide lactique détectable par un indicateur colométrique de pH. D’autres fermentent pas ce sucre.
Qu’est-ce que le système API?
Languettes multi-puits (plusieurs tests biochimiques en même temps) dans lesquels des substrats déshydratés sont déjà incorporés. L’addititon de gouttelette avec des bactéries + incubation de 4 à 24 heures permet aux enzymes bactériens de réagir en sorte de produire des couleurs finales caractéristiques de chaque espèce.
Analyse se fait par un ordinateur qui forme pour chaque test un pointage selon si la réponse est positive. Cela donne un résultat final sous forme de code chiffrés qui correspondent aux phénotypes spécifiques permettant d’identifier les espèces. Le manufacturier a fourni les résultats selon les différents codes chiffrés
Quel est le nom de la première galerie API apparue dans le monde qui est destinée à identifier des entérobactéries?
API20E
Vrai ou faux: aujourd’hui les tests API avec les puits se font de façon automatisés avec l’utilisation d’un ordinateur?
Vrai
Qu’est-ce qui est obtenu après chaque test API?
Un pointage dont le cumul donne un résultat final sous forme de code chiffrés qui correspondent aux phénotypes spécifiques permettant d’identifier les espèces bactériennes.
Vrai ou faux: Ces tests API servent uniquement à l’identification?
Faux, ils peuvent également permettre d’observer l’efficacité de certains antibiotiques.
Vrai ou faux: Les bases de données phénotypiques sont propriétaires, lourdes à maintenir et sont limités aux organismes déjà bien caractérisées?
Vrai
Nommé des propriétés bactériennes utiles pour les tests biochimiques
- Source de carbone
- Aérobiose
- Anaérobiose
- Potentiel de fermentation
- Produits terminaux du métabolisme
- Tolérances aux inhibiteurs métaboliques et antibiotiques
Qu’est-ce que permet la spectrométrie de masse?
Détecter, identifier et quantifier des molécules d’intérêts en mesurant leur masse
Quel est le nom de la spectrométrie de masse qui a révolutionné la microbiologie médicale en permettant l’analyse en quelques minutes seulement des colonies d’intérêts isolées à partir des milieux de culture?
La spectrométrie de masse MALDI-TOF
Quelles sont les étapes pour la spectrométrie de masse MALDI-TOF
1) Prendre une colonie
2) Mélanger avec une matrice chimique pour favoriser l’ionisation des protéines bactériennes
3) Faire un frottis localisé sur une zone cible à la surface d’une plaque
4) Entrer la plaque dans la chambre d’ionisation
Quelles sont les protéines étudiés dans le test de MALDI-TOF?
Protéines ribosomales et des protéines abondantes dans la cellule bactériennes.
Vrai ou faux: L’utilisation des m/z (masse/charge) des protéines bactériennes permet au test MALDI-TOF d’avoir une précision d’identification comparables aux méthodes génotypiques?
Vrai
Quel est le nom des tests utilisant des anticorps pouvant répondre à 2 types de questions?
Les tests immunologiques
Que permet la détection d’anticorps spécifique de la réponse de l’hôte à la suite d’une infection?
Savoir s’il y a une infection depuis au moins un certain temps
Quel est le nom du test qui permet de savoir s’il y a une infection depuis au moins un certains temps (détection anticorps réponse de l’hôte suite à l’infection)
Test sérologique
Que permet la détection d’antigènes microbiens?
Savoir s’il y a une infection actuellement ou quel type de microbe est en culture
Quel est le nom des tests permettant la détection d’antigène microbiens?
Tests antigéniques
QSJ: Test qui consiste à incorporer des échantillons d’une colonie bactérienne dans des gouttes de solution saline placées sur différentes lames, on ajoute ensuite un antisérum différent à chaque lame, les bactéries s’agglutinent lorsqu’elles correspondent aux anticorps d’un antisérum particulier. Ces tests permettent de distinguer plusieurs souches d’une même espèce ?
Tets d’agglutination sur lame
QSJ: Test qui consiste à faire l’usage d’anticorps spécifique, placés dans des plaques de 96 puits
Méthode ELISA
Vrai ou faux: la méthode d’ELISA permet seulement de rechercher un antigène microbien dans un échantillon clinique donné (VIH dans le sang)?
Faux, elle permet également de rechercher des anticorps qui ont été formés contre cet antigène (anticorps anti-VIH)
Quel est le principe de la méthode d’ELISA?
Fixer un anticorps (ou antigène) dans le fond d’une plaque. L’anticorps (ou antigène) réagira spécifiquement avec l’antigène (ou anticorps) recherché dans le spécimen si il est présent.
Que faire pour vérifié si l’antigène a réagi avec l’anticorps dans la méthode de Elisa (revoir méthode en détail, car questions pas assez complète sur cette section) ?
Ajouter un élément révélateur qui se trouve à être un second anticorps qui a été préalablement marqué (réactif coloré fluorescent ou enzymatique) .
La lecture finale se fait à l’aide d’un lecteur de fluorescence ou d’un spectromètre dans lequel on place des plaques de 96 puits.
QSJ: Tests basés sur la mobilité d’un liquide dans une membrane poreuse afin de déplacer un mélange contenant des antigènes à analyser et des anticorps marqués en direction d’une zone de test suivie d’une zone de contrôle
Tests immunochromatographiques rapides
Quelles sont les étapes du tests immunochromatographie rapide?
1) Échantillon clinique resuspendue dans le tampon afin de libérer les antigènes
2) Déposition de gouttelettes du mélange échantillon tampon dans un puit
3) Le puit contient des anticorps marqués (petites billes de latex roses) capables de reconnaître l’antigène d’intérêt du test.
4) Le liquide va déplacer le mélange échantillon-tampon-anticorps-bille vers l’autre extrémité de la bandelette
5) Le mélange va rencontré ainsi une zone test où il y a des anticorps spécifiques qui y sont disposés afin d’avoir une sorte de sandwich anticorps - antigène - anticorps - billes. Si le test est positif, il y aura une accumulation de bille rose qui pourront être vu à l’oeil nue comme une ligne rose.
6) Le surplus, anticorps, billes et antigènes qui n’ont pas réagit se déplacera vers une seconde zone la zone de contrôle où ils réagiront avec des anticorps anti-anticorps qui permettra de s’assurer que le mélange a bel et bien traversé la zone test.
7) Cette zone de contrôle devient rose si le test a bien été fait (positif ou non), car les anticorps-bille qui étaient présents dans le puits vont réagir avec les anti-anticorps spécifique à ces dernier pour former une dernière ligne rose qui confirme que le test a bien été fait.
Quand est-ce qu’on sait qu’un test immunochromatographique rapide est positif ou négatif?
Positif = 2 lignes roses
Négatif = 1 ligne rose
Peut prendre 15 minutes dépendaient du manufacturier
Quand est-ce qu’on sait qu’un test immunochromatographique rapide est positif ou négatif?
Positif = 2 lignes roses
Négatif = 1 ligne rose
Peut prendre 15 minutes dépendaient du manufacturier
Quel est l’avantage des tests génotypiques (séquences d’acides nucléiques) ?
Peu importe la technologie utilisée pour les obtenir, le résultat est uniforme d’un laboratoire à l’autre et il existe des bases de données publiques fiables et exhaustives
Vrai ou faux: le séquençage de l’ADN est utilisé en routine dans les laboratoires médicaux?
Faux, c’est encore trop complexe et long. (Ne pas mélanger séquençage de l’ADN et TAAN)
Quel est le but des séquençage systémique des microbes?
Identifier pour chaque espèces les régions contenant des séquences signatures qui leurs sont propres.
Quel est le nom du tests qui permet d’identifier des espèces bactériennes lorsqu’on connait des séquences particulières pour une espèce x.
Le test d’amplification des acides nucléiques
Quel est le nom de la technologie TAAN la plus répendue?
PCR : Polymerase chain reaction qui est utilisé de routine pour les virus et mycètes.
Vrai ou faux: il existe des trousses de détection d’un seul microbe spécifique comme il existe des trousses syndromiques qui permettent de faire la détection simultanée de plusieurs espèces de microbes?
Vrai
Vrai ou faux: la séquence des tests qui suivent les tests microbiologistes et biochimiques est toujours la même?
Faux, elle change et de nombreuses étapes sont requises pour l’identification
QSJ: Méthodes d’identification les plus utilisés en laboratoire médicaux pour identifier les bactéries. Méthode qui requiert une culture pure des bactéries (24 à 48 heures) suivit d’une batteries de tests biochimiques et microbiologiques.
Tests phénotypiques
QSJ: Méthode qui est disponible que pour certains pathogènes. Méthodes qui est rapide en théorie, mais qui prend quelques jours en pratique.
Tests génotypiques de type TAAN
QSJ: méthode physicochimique qui peut permettre l’identification de la majorité des bactéries d’intérêt médical en à peine plus d’une journée
Le MALDI-TOF
Quelles sont les caractéristiques qui distinguent les virus des autres microorganismes?
- Très petits (microscope électronique)
- ARN ou ADN (pas les deux)
- Parasite obligatoires (pas de reproduction autonome)
- Cycle de replication dans l’hôte
Quelles sont les différences au niveau du génome viral?
- ADN ou ARN
- Simple ou double brin
- Brin positif ou négatif
Vrai ou faux: certaines capsides sont organisées avec une certaine asymétrie pour produire des formes hélicoïdale ou icosaédrique?
Faux, symétrie
Qu’est-ce qu’une nucléocapside?
Capside (assemblage de capsomère protéique) + acide nucléique
Comment est-ce que certains virus obtiennent une enveloppe d’une bicouche lipidique?
Lors de leur sortie des cellules de l’hôte par bourgeonnement
Vrai ou faux: les virus peuvent n’avoir qu’une seule forme de capside?
Faux, ils peuvent avoir une capside mixte (hélicoïdale et icosaédrique)
Quelles sont les 3 enzymes des rétrovirus (virus à ARN dont le mode de réplication passe par la transcription de son ARN en ADN capable de s’intégrer dans le génome de l’hôte comme le VIH) et leurs rôles?
- Transcriptase inverse : rétro-transcrit l’ARN viral en ADN
- Intégrase : intègre l’ADN viral au chromosome de l’hôte
- Protéase : favorise la maturation des protéines virales
Quelle est l’enzyme des virus comme l’influenza et sa fonction ?
Neuraminidase: contribue au relargage des virus hors des cellules
Comment se reproduisent les levures?
Ils peuvent se reproduisent par bourgeonnement pour produire des pseudohypes (cellules filles qui ne s’est pas bien séparée)
Comment se reproduisent les moisissures?
Elles se reproduisent par spores asexuées volatiles
Quel est la morphologie des colonies sur gélose des levures vs moisissures?
Levure = colonie lisse et muqueuse
Moissisures = colonies chevelues et poudreuse
