Cours 1 Flashcards
Qu’est-ce qui détermine nos traits phénotype et nos maladies? (Def)
L’ADN (susceptibilité génétique à la maladie) est la molécule qui constitue le génome humain. Elle est le support moléculaire de l’hérédité.
Qu’est-ce que le phénotype (caractère)?
Ensemble de traits qui déterminent notre apparence physique
2 ADN dans la cellule humaine:
- ADN nucléaire
- ADN mitochondrial (ADN mt)
- Combien de génome possède un être humain?
- D’où viennent-ils?
- Comment?
- 2 génomes dans le noyau cellulaire
- Un maternel et un paternel
- Ces deux génomes se sont recombinés de façon à être uniques et différents des génomes parentaux et fraternels
Quels sont les génomes les plus similaires entre 2 personnes?
Les génomes de jumeaux monozygotes issus d’une même spermatozoïde-ovule qui s’est ségrégé
- Est-ce que l’ADN du noyau peut adopter différentes conformations?
- De quoi dépend cette conformation?
- Que permet-elle?
- Oui
- Elle est très dépendante du cycle cellulaire (méiose…)
- La conformation permet de réguler l’expression des gènes
À quel moment l’ADN est-il compacté sous forme de chromosomes?
Pendant la métaphase (+prophase) -> méiose
Que signifie un génome diploïde?
Génome diploïde = 1 génome d’origine maternel (haploïde) + 1 génome d’origine paternel (haploïde)
- ADN: 2 génomes (6,4x10*9 pb)
- Nombre de chromosomes équivalent: 46 paires de chromosomes (2n=46) -> 2 paires de 23 chromosomes
Que signifie un génome haploïde? Où?
(Nb pb et chromosomes équivalents)
- 1 seul génome dans le noyau
-> haploïdie se retrouve essentiellement au niveau des gamètes - ADN: 1 génome (3,2x10**9 pb ou 3,2 Gigapb)
- Nombre de chromosomes équivalent: 23 chromosomes (n=23)
L’ADN nucléaire d’un adipocyte (cellules graisseuse) est:
Diploïde
L’ADN nucléaire d’un érythrocyte (globules rouges) est:
Les globules rouges ne contiennent pas d’ADN!
L’ADN nucléaire d’un gamète (spermatozoïde, ovule) est:
Haploïde
L’ADN nucléaire d’une cellule souche (pluripotente) est:
Diploïde
Quels moyens pour se repérer dans le génome (2 (+1))?
- La formule chromosomique
- Donner les coordonnées génomiques
- ( Le caryotype)
-> chaque chromosome a une identité différente = moyen de se repérer
Qu’est-ce que la formule chromosomique? (5)
- Nomenclature pour chaque chromosome
-
Faites de 5 parties:
1. Numéro du chromosome
Pour se situer à l’intérieur d’un chromosome:
2. Bras (long bras et petit bras séparés par le centromère)
3. Région
4. Bande (numérotations de 1 à 8 en partant du centromère)
(.)
5. Sous-bande
Qu’est-ce qui sépare le long bras et le petit bras dans un chromosome?
Le centromère:
télomère (pter) -> PETIT BRAS -> Centromère (q10 (p10)) -> GRAND BRAS -> télomère (qter)
Notation dans le formule chromosomique pour:
- Le grand bras
- Le petit bras
- q
- p
Normalement, p<q mais parfois, ils peuvent être égaux
Que peut-on dire du centromère (nature/localisation/notation)?
- Séquences répétées (spécifique au niveau du contenu du type d’ADN)
- Pas forcément situé au centre/milieu d’un chromosome
- Noté q10 ou p10 dans la formule chromosomique
Comment visualiser les chromosomes et leur bandes en laboratoire?
En réalisant un caryotype
Qu’est-ce que le caryotype?
+ 8 étapes du protocole
- Visualisation des chromosomes en laboratoire grâce à la coloration des bandes.
- Protocole:
- On prend typiquement du tissu humain, du sang (pas des globules rouges), de myocyte…
- Il faut qu’il y ait une quantité suffisante (sinon on les mets en culture pour qu’elles se multiplient grâce à des agents mitogènes)
- Cellules bloquées en métaphase (seul moment où on peut visualiser les chromosomes -> colchicine)
- Centrifugation
- Étalement sur la lame des suspensions de noyaux contenant les chromosomes
- Coloration des bandes en 2 étapes
- Classement (AI rassemble les chromosomes homologues à partir de photos et de données des caractéristiques de chaque chromosome)
- Visualisation
Qu’est-ce qu’on utilise pour bloquer les cellules en métaphase lors de la réalisation d’un caryotype?
Colchicine -> permet de synchroniser le cycle cellulaire des cellules et de les arrêter en métaphase
Quels sont les 2 étapes du marquage (coloration) des chromosomes pour la réalisation d’un caryotype?
Quels sont les 3 types de chromosomes?
-> Classement en fonction de l’indexe centromérique (position par rapport au centromère)
-> Classement en fonction de l’indexe centromérique (position par rapport au centromère)
2 exemples de caryotypes normaux:
+ exemple d’une anomalie détectée par caryotype, trisomie 21
- 46 chromosomes dont 2 gonosomes: X et Y
- 46 chromosomes et 2 gonosomes X (pas de Y)
Trisomie 21: détection de 47 chromosomes à partir de cellules du liquides amniotique prélevé
(+ il peut aussi y avoir des réarrangements de chromosomes -> possible anomalie de structure)
Comment sont obtenues les coordonnées génomiques?
(+notation et ce qu’il permet de connaître)
Chaque nucléotide de chaque chromosome est numéroté et marqué en fonction de sa POSITION (chaque nucléotide et numéroté en partant de 1 pour chaque chromosome -> importance de la numérotation des chromosomes)
-> On se repère grâce à la séquence référence du génome humain universelle et publique (connue et disponible)
Notation:
1. Info sur le chromosome (1-22 + X/Y)
2. Nucléotides (séparés par des tirets: position du début-fin)
3. Assemblage (version du génome)
=> Les coordonnées ne permette pas de connaître la séquence, uniquement sa localisation!
- Qu’est-ce que l’haplotype?
- Sa différence avec le génotype?
- Combinaison des allèles possibles pour 1 allèle (Ex: allèles C/G/G) => Lecture horizontale
-> plusieurs haplotypes pour 1 individu, possibilité d’avoir des haplotypes identiques chez 1 ou plusieurs personnes - Génotype = information des 2 allèles pour 1 individu (Ex: allèles CA/GG/GT) => Lecture verticale
Qu’elles sont les différentes variations de l’ADN (6 + 1)?
Quelles sont les diverses ploïdies (2) des anomalies chromosomique?
- Euploïdie
- Aneuploïdie
2 types de ploïdies (par cœur)
-> anomalies souvent retrouvées durant les grossesse
3 trisomies à retenir pour les AUTOSOMES (anomalies numériques):
- Trisomie 21(3 x chr21)
- Trisomie 13 (3 x chr13)
- Trisomie 18 (3 x chr18)
- Qu’est-ce qu’une anomalie numérique mosaïque?
- Comment peut-elle se produire?
Exemple?
- Seulement un certain pourcentage des cellules d’un individu possèdent cette aberration chromosomique (anomalie générique)
= mélange entre cellule qui ont l’anomalie et celles qui ne l’ont pas (Ex: une mosaïque à 20% = 20% des cellules de l’individu présentent une anomalie) - L’anomalie n’a pas été héritée mais s’est produite dans le zygote -> a initialement concerné une cellule précurseure qui a ensuite donné d’autres cellules filles (descendante) avec cette anomalie
= Formation de patch -> phénomène mosaïque
-> peut faire passer à côté du bon diagnostique
Que doit-on spécifier lors d’une anomalie numérique (4)?
- Qu’est-ce qu’une disomie uniparentale (UPD)?
- Situations possibles (3)?
- Présence de deux chromosomes homologues hérités d’un même parent
3 situations possibles:
- 1 Hétérosomie maternelle/paternelle
- 2 Isodisomies (= chromatides identiques) maternelle/paternelle
-> Il y a des disomies maternelles qui concernent plus certains chromosomes que d’autres: (ex: plus grande prévalence des disomies maternelles des chromosomes 16, 4, 1, 21 et 22 -> moins de disomies paternelles fréquentes)
Que peut-on dire sur la duplication segmentaire (SD)? (4)
Les duplications segmentaires font références à 2 régions, A et A’ qui sont:
- 2 régions distinctes du génome de référence (en -cis (même chr) ou en -trans (chr non-homo))
- D’une taille > 10 000pb
- Identiques entre elles à plus de 90%
-> SD est à l’origine de réarrangements chromosomiques (-> apparition de syndromes)
