Cours 1 Flashcards
1
Q
Qu’est-ce qui détermine nos traits phénotype et nos maladies? (Def)
A
L’ADN (susceptibilité génétique à la maladie) est la molécule qui constitue le génome humain. Elle est le support moléculaire de l’hérédité.
2
Q
Qu’est-ce que le phénotype (caractère)?
A
Ensemble de traits qui déterminent notre apparence physique
3
Q
2 ADN dans la cellule humaine:
A
- ADN nucléaire
- ADN mitochondrial (ADN mt)
4
Q
- Combien de génome possède un être humain?
- D’où viennent-ils?
- Comment?
A
- 2 génomes dans le noyau cellulaire
- Un maternel et un paternel
- Ces deux génomes se sont recombinés de façon à être uniques et différents des génomes parentaux et fraternels
5
Q
Quels sont les génomes les plus similaires entre 2 personnes?
A
Les génomes de jumeaux monozygotes issus d’une même spermatozoïde-ovule qui s’est ségrégé
6
Q
- Est-ce que l’ADN du noyau peut adopter différentes conformations?
- De quoi dépend cette conformation?
- Que permet-elle?
A
- Oui
- Elle est très dépendante du cycle cellulaire (méiose…)
- La conformation permet de réguler l’expression des gènes
7
Q
À quel moment l’ADN est-il compacté sous forme de chromosomes?
A
Pendant la métaphase (+prophase) -> méiose
8
Q
Que signifie un génome diploïde?
A
Génome diploïde = 1 génome d’origine maternel (haploïde) + 1 génome d’origine paternel (haploïde)
- ADN: 2 génomes (6,4x10*9 pb)
- Nombre de chromosomes équivalent: 46 paires de chromosomes (2n=46) -> 2 paires de 23 chromosomes
9
Q
Que signifie un génome haploïde? Où?
(Nb pb et chromosomes équivalents)
A
- 1 seul génome dans le noyau
-> haploïdie se retrouve essentiellement au niveau des gamètes - ADN: 1 génome (3,2x10**9 pb ou 3,2 Gigapb)
- Nombre de chromosomes équivalent: 23 chromosomes (n=23)
10
Q
L’ADN nucléaire d’un adipocyte (cellules graisseuse) est:
A
Diploïde
11
Q
L’ADN nucléaire d’un érythrocyte (globules rouges) est:
A
Les globules rouges ne contiennent pas d’ADN!
12
Q
L’ADN nucléaire d’un gamète (spermatozoïde, ovule) est:
A
Haploïde
13
Q
L’ADN nucléaire d’une cellule souche (pluripotente) est:
A
Diploïde
14
Q
Quels moyens pour se repérer dans le génome (2 (+1))?
A
- La formule chromosomique
- Donner les coordonnées génomiques
- ( Le caryotype)
-> chaque chromosome a une identité différente = moyen de se repérer
15
Q
Qu’est-ce que la formule chromosomique? (5)
A
- Nomenclature pour chaque chromosome
-
Faites de 5 parties:
1. Numéro du chromosome
Pour se situer à l’intérieur d’un chromosome:
2. Bras (long bras et petit bras séparés par le centromère)
3. Région
4. Bande (numérotations de 1 à 8 en partant du centromère)
(.)
5. Sous-bande
16
Q
Qu’est-ce qui sépare le long bras et le petit bras dans un chromosome?
A
Le centromère:
télomère (pter) -> PETIT BRAS -> Centromère (q10 (p10)) -> GRAND BRAS -> télomère (qter)
17
Q
Notation dans le formule chromosomique pour:
- Le grand bras
- Le petit bras
A
- q
- p
Normalement, p<q mais parfois, ils peuvent être égaux
18
Q
Que peut-on dire du centromère (nature/localisation/notation)?
A
- Séquences répétées (spécifique au niveau du contenu du type d’ADN)
- Pas forcément situé au centre/milieu d’un chromosome
- Noté q10 ou p10 dans la formule chromosomique
19
Q
Comment visualiser les chromosomes et leur bandes en laboratoire?
A
En réalisant un caryotype
20
Q
Qu’est-ce que le caryotype?
+ 8 étapes du protocole
A
- Visualisation des chromosomes en laboratoire grâce à la coloration des bandes.
- Protocole:
- On prend typiquement du tissu humain, du sang (pas des globules rouges), de myocyte…
- Il faut qu’il y ait une quantité suffisante (sinon on les mets en culture pour qu’elles se multiplient grâce à des agents mitogènes)
- Cellules bloquées en métaphase (seul moment où on peut visualiser les chromosomes -> colchicine)
- Centrifugation
- Étalement sur la lame des suspensions de noyaux contenant les chromosomes
- Coloration des bandes en 2 étapes
- Classement (AI rassemble les chromosomes homologues à partir de photos et de données des caractéristiques de chaque chromosome)
- Visualisation
21
Q
Qu’est-ce qu’on utilise pour bloquer les cellules en métaphase lors de la réalisation d’un caryotype?
A
Colchicine -> permet de synchroniser le cycle cellulaire des cellules et de les arrêter en métaphase
22
Q
À quoi est dû le fait que certaines bandes sont colorées et d’autres pas dans un caryotype?
A
Dû au contenu de la chromatine avec les protéines de l’ADN qui influence l’accessibilité de l’ADN pour le colorant et donc la coloration
23
Q
Quels sont les 2 étapes du marquage (coloration) des chromosomes pour la réalisation d’un caryotype?
A
24
Q
Quels sont les 3 types de chromosomes?
-> Classement en fonction de l’indexe centromérique (position par rapport au centromère)
A
-> Classement en fonction de l’indexe centromérique (position par rapport au centromère)
25
- Quels sont les chromosomes **Acrocentriques** (par cœur)?
- Quelle est leur particularité?
- **Chromosomes 13, 14, 15, 21, 22**
- Ils sont souvent à l'origine de syndromes
-> Ils sont très petits
-> Séquences du _bras p_ (minuscule) sont des _séquences répétées_ ribosomales avec des fonctions différentes
26
Classification des chromosomes en fonction de trois caractéristiques: (caryotype)
- **Index centromérique** -> reconnaître les types de chromosomes
- **Taille** -> classement du plus grand au plus petit 1-22
- **Homologie du profil des bandes** -> constituer les paires
27
Quels sont les 2 types _majeurs_ de chromosomes?
- **Autosomes** (44 -> 1-22)
- **Gonosomes** (2 -> X, Y) = chromosomes sexuels
28
2 exemples de caryotypes normaux:
*+ exemple d'une anomalie détectée par caryotype, trisomie 21*
- 46 chromosomes dont 2 gonosomes: X et Y
- 46 chromosomes et 2 gonosomes X (pas de Y)
*Trisomie 21: détection de 47 chromosomes à partir de cellules du liquides amniotique prélevé
(+ il peut aussi y avoir des réarrangements de chromosomes -> possible anomalie de structure)*
29
Comment sont obtenues les coordonnées génomiques?
(+notation et ce qu’il permet de connaître)
**Chaque nucléotide de chaque chromosome est _numéroté_ et _marqué_ en fonction de sa POSITION** (chaque nucléotide et numéroté en partant de 1 pour chaque chromosome -> importance de la numérotation des chromosomes)
-> On se repère grâce à la **séquence référence du génome humain** universelle et publique (connue et disponible)
_Notation:_
1. Info sur le chromosome (1-22 + X/Y)
2. Nucléotides (séparés par des tirets: position du début-fin)
3. Assemblage (version du génome)
**=> Les coordonnées ne permette pas de connaître la séquence, uniquement sa _localisation_!**
30
Est-ce que a séquence de référence du génome humain contient toutes les infos de la variation des génomes humains?
NON elle **n'implémente pas les variabilités** (= mélange de génomes de plusieurs individus (extraits du sang), utilisée comme référence mais _peut encore évoluer_)
31
- Qu'est-ce que le génotype?
(2 types)
- Les allèles sont-ils que des versions d’un gène?
**Information des 2 allèles d’une personne (à un locus donné)**
- _Homozygote_= l’allèle maternel est identique à l’allèle paternel
- _Hétérozygote_= l’allèle maternel est différent de l’allèle paternel
***LES ALLÈLES ne sont pas que des versions d’un gène*** -> on peut parler d'allèle pour un segment d'ADN qui n'est pas un gène (pour une _position_)
32
Qu’est-ce qu'un locus (pluriel : loci) dans un génome?
**_Position_** donnée dans le génome (peut être un gène, un nucléotides...)
33
Que peut-il y avoir lorsqu'on compare les génomes de deux personnes? (3)
- Des **séquences répétées**
- Des **différences de _bases nucléotidiques_** (~toutes les 1000 pb)
- Des **différences de _nombres de copies_** (copie manquante ou en plus -> *pas forcément signe de maladie*)
…
34
____% d’un génome humain diffère par sa séquence d’un autre génome humain , nous sommes donc tous et toutes identiques à _____%
**0.96%** d’un génome humain diffère par sa séquence d’un autre génome humain , nous sommes donc tous et toutes identiques à **99.04%**
35
Quelle est l'espèce animal dont le génome est le plus proche de celui de l'Homme?
Le chimpanzé (98-99%)
36
Comment-se fait-il qu'il n'y ai que 85% d'homologies entre les _génomes_ de l'humain et de la souris alors que 99% de leurs gènes sont orthologues?
Car les gènes ne représentent que 1,5% du génome!
37
Dans la population suisse, deux allèles sont détectés A ou un G. Quels sont les génotypes possibles dans la population suisse à ce locus ?
2 homzygotes, 1 hétérozygote:
AA/ AG/ GG
*-> AG ou GA c'est la même chose, nomenclature ne diffère pas*
38
De quoi parle-ton quand on parle de la _fréquence des allèles_?
= **Pourcentage d'un allèle dans une population**
= _Nombres d'allèle (1 en particulier)_ _à un locus donné_ des individus d'_une population donnée_ par rapport au nombre total d'allèles (toutes les possibilités) de ce locus dans cette population
-> **Fréquence allélique *toujours déterminée par une population***
-> Donnée en pourcentage
-> On doit toujours *spécifier si c'est suivant le **continent/ une population donnée/ tous pays confondus....*** => pourcentages diffèrent (allèles *spécifique* d'un continent/ d'une population...)
39
Que peut-on déterminer à partir de la fréquence allélique dans une population?
*Comment ces variations sont elles répertoriées?*
- **L'allèle _mineur_** (= celui dont le pourcentage de fréquence est le plus petit)
-> allèle le moins représenté dans la population
- **L'allèle majeur** = allèle le plus représenté dans la population
-> un allèle ne peut pas être à la fois majeur et mineur!
*=> On a attribué un numéro à chaque variation observée sur Terre, qui correspond à ses coordonnées génomique simplifiées -> référence dans des bases de données (ex: rs6025)*
40
Comment s'appelle la fréquence de l'allèle mineur?
*Ex?*
Le **MAF (minor allèle frequency)**
*Ex: MAF du rs6025 = 0,01 pour tous pays confondus*
41
- Qu'est-ce que l'_haplotype_?
- Sa différence avec le *génotype*?
- Combinaison des allèles possibles pour 1 allèle (*Ex: allèles C/G/G*) **=> Lecture horizontale**
*-> plusieurs haplotypes pour 1 individu, possibilité d'avoir des haplotypes identiques chez 1 ou plusieurs personnes*
- Génotype = information des _2 allèles_ pour 1 individu (*Ex: allèles CA/GG/GT*) **=> Lecture verticale**
42
Qu'elles sont les différentes variations de l'ADN (6 + 1)?
43
Quels sont les deux autres noms des **anomalies chromosomique**?
- Anomalies numériques
- Anomalies de nombre de chromosome
44
Quelles sont les diverses ploïdies (2) des **anomalies chromosomique**?
- Euploïdie
- Aneuploïdie
45
2 types de ploïdies (par cœur)
*-> anomalies souvent retrouvées durant les grossesse*
46
3 trisomies à retenir pour les AUTOSOMES (anomalies numériques):
- Trisomie 21(3 x chr21)
- Trisomie 13 (3 x chr13)
- Trisomie 18 (3 x chr18)
47
3 trisomies + 1 monosomie à retenir pour les GONOSOMES (anomalies numériques):
- **Trisomie X** (3 x chrX)
- **Syndrôme 47, XXY** (2 x chr X et 1 x chrY)
- **Syndrôme 47, XYY** (1 x chrX et 2 x chrY)
- **Monosomie X / Syndrôme 45, X** (1 x chrX)
48
Quelle est la cause la plus fréquente des fausses couches?
+%
- _Processus naturel_ qui engendre une _évacuation_ lorsque le foetus présente des anomalie (**7-8% anomalies numériques**)
**-> 15% des femmes enceintes font des fausses couches**
49
- Incidence des enfants qui naissent avec une trisomie 21 en _Europe_:
- Qu'en est-il pour les Trisomie 18 et 13?
- **1 bébé sur 800 -> 1,2%**
- Trisomie 18 (0,01%)
Trisomie 13 (0,04%)
-> espérance de vie inférieure à 1 an
50
Qu'est-ce qu'une **anomalie numérique homogène**?
Anomalie contenue dans l'**entièreté des cellule du corps**
51
- Qu’est-ce qu'une **anomalie numérique _mosaïque_**?
- Comment peut-elle se produire?
*Exemple?*
- Seulement un **certain pourcentage des cellules d'un individu possèdent cette aberration chromosomique (anomalie générique)**
= mélange entre cellule qui ont l'anomalie et celles qui ne l'ont pas (*Ex: une mosaïque à 20% = 20% des cellules de l’individu présentent une anomalie*)
- L'anomalie **n'a pas été héritée mais s'est produite dans le zygote** -> a initialement concerné une cellule précurseure qui a ensuite donné d'autres cellules filles (descendante) avec cette anomalie
= **Formation de patch -> phénomène mosaïque**
*-> peut _faire passer à côté du bon diagnostique_*
52
Que doit-on _spécifier_ lors d'une anomalie numérique (4)?
53
- Qu’est-ce qu'une **disomie uniparentale** (UPD)?
- Situations possibles (3)?
- **Présence de deux chromosomes homologues hérités d’un _même parent_**
_3 situations possibles:_
- 1 **Hétérosomie** maternelle/paternelle
- 2 **Isodisomies (= chromatides identiques)** maternelle/paternelle
*-> Il y a des disomies maternelles qui concernent plus certains chromosomes que d'autres: (ex: plus grande prévalence des disomies maternelles des chromosomes 16, 4, 1, 21 et 22 -> moins de disomies paternelles fréquentes)*
54
Que peut-on dire sur la _duplication segmentaire (SD)_? (4)
Les duplications segmentaires font références à 2 régions, **A** et **A'** qui sont:
- 2 régions _distinctes_ du génome de référence (en **-cis (même chr)** ou en **-trans (chr non-homo)**)
- D'une taille > 10 000pb
- Identiques entre elles à plus de 90%
**-> SD est à l’origine de réarrangements chromosomiques (-> _apparition de syndromes_)**
