Cours 09 Flashcards
Microbiote et pathogènes alimentaires
Qu’est-ce que le microbiote?
Une communauté microbienne
Qu’est-ce que le microbiome?
Ce sont les gènes de cette même communauté microbienne
Est-ce que le microbiote est identique dans l’ensemble du corps humain?
Non.
Environnements différents = microbiotes différents
Quels sont les facteurs qui peuvent affecter le microbiote?
- Diètes et nutriments disponibles
- Antimicrobiens : peptides antimicrobiens, biles, bactériocines
- Caractéristiques de la niche écologique : pH, niveaux d’O2, eau libre
- Phages
- L’hôte
- Utilisation d’antibiotiques et médicamentsù
Nommez différentes méthodes d’analyses du microbiote.
- Amplicon
- Métagénome : tous les gènes, virome
- Métatranscriptome : tout l’ARN
- Métabolome : tout ce qui est produit
- Bio-information : LINUX
Décrivez l’amplicon comme méthodes d’analyses.
- Bactérien : gènes codant ARN ribosomal 16S
- Fungi : ITS
- Protozoaires : gènes codant pour ARN ribosomal 18S
Pourquoi on analyse le microbiote bactérien 16S?
- Ubiquitaire
- Faiblement transféré
- Zones variables ET zones conservées
- 0,1% du matériel génétique
- Faible amplification et séquençage des MO faiblement représentés
- 9 régions variables
- 10 régions conservées
Décrivez la PCR 16S.
- Illumina : pairé
- 454 : longs fragments, moins de fragments, PAS pairé
- Ion Torrent : petits fragments, grande profondeur, PAS pairé
- Nanopore et PacBio : tout le 16S au lieu d’une région
- LoopSeq : tout le 16S,
Décrivez le workflow général du microbiote général 16S en bio-informatique.
- Nettoyage et assemblage des séquences
- Définition des OTU et ASV
- Analyse de diversité
- Analyse de la composition
Nommez les avantages de l’OTU comme méthodes d’analyses.
- Normalisation entre labos
- Diminue la taille des données à analyser
- Conservateur : moins d’erreurs
Nommez les désavantages de l’OTU comme méthodes d’analyse.
- N’est pas le réel reflet de l’espèce
- Ne permet pas de voir les sous-types d’espèces
- Ne capture pas la vraie diversité
Pourquoi le microbiote est important pour l’industrie alimentaire?
- Microbiote intestinal : la ou vit les principaux pathogènes alimentaires bactéries.
- Microbiote de carcasse : pathogènes et altération de la durée de vie.
Décrivez Campylobacter jejuni.
- Bactérie
- Gram (-), forme spiralée
- Mobile : flagelle(s) polaire(s)
- Croissance : 37 à 42 degrés
- Ne se réplique PAS dans les aliments
- Génome très variable
- Pathogène alimentaire causant la campylobactériose
- Assacharolytique
- %GC = 27-31
Donnez les caractéristiques optimales pour la croissance de C.jejuni.
- T : 20-45 degrés
- pH : 4.9-9.0
- Aw : 0.987
- Respiration : microaérobie obligatoire (3-5% O2)
- % sel : 2%
Décrivez la campylobactériose
- Infection = diarrhée, crampes et vomissements
- Durée moyenne de 4 jours
- Variable selon l’âge mais les personnes âgées sont plus à risque
- Infections sévères peuvent dégénérer en maladies auto-immunes
- Dose infectieuse : 500 bactéries
- Ingestion peut être faite via la muqueuse des yeux
Est-ce que Campylobacter peut affecter la volaille?
Oui.
- Colonsation ASYMPTOMATIQUE : pourrait être associée à une hépatite virionique et peut être retrouvé dans le foie et la rate des oiseaux
- Contamination horizontale des oiseaux
- Se répand très rapidement
Décrivez Listeria monocytogenes.
- Pathogène intracellulaire facultatif
- 17 espèces : monocytogenes et ivanovii
- Gram (+), batônnet
- Non sporulé
- Ubiquitaire
- pH = 4.1-9.6
- 10% sel
- Aw = 0.92
- Psychrophile : -1 à 45 degrés
Quelle est la problématique avec L.monocytogenes dans l’alimentation?
- Nourriture et prêt-à-manager : surtout produits cuits
- Produits laitiers
Décrivez l’infection par L.monocytogenes.
- Préférence pour les humaines immunocompétents
- Dose infectieuse : 100 à 1000000 CFU
- Période d’incubation : 3jrs à 3 mois
Quelles sont les 3 formes de L.monocytogenes?
- Gastro-intestinale
- Systémique
- Néonatale (avortement)
Décrivez Salmonella.
- Cause la salmonellose
- Gram (-), motile
- Ne forme pas de spores
- Anaérobie facultatif
Donnez les caractéristiques de croissance optimale pour Salmonella.
- T = 5-45 degrés
- pH = 3.5-9
- NaCl = 0.5-5%
- Aw = 0.93
Est-ce que Salmonella est résistante à la dessication?
Oui, très.
Elle est donc très persistante dans l’environnement.
Décrivez la salmonellose.
- Maladie entérique classique, sans complication.
- Dose infectieuse : 1 à 10^9 CFU
- Apparition des symptômes en 6-24h
- Vecteurs alimentaires principaux : volaille, porc, boeuf, légumes, eau contaminée
Vrai ou faux.
Les infections virales figurent parmi les principales maladies d’origine alimentaire chez l’Homme.
Vrai
Nommez les principaux virus d’intérêt responsables d’hépatites.
- Virus hépatite A
- Virus hépatite B
Nommez les principaux virus d’interêt responsables de gastroentérites.
- Norovirus
- Rotavirus
Décrivez les virus entériques.
- Très résistants
- Persistent dans l’environnement
Comment les virus entériques peuvent-ils résister aux traitements appliqués dans les stations d’épuration et être rejetés dans l’environnement?
Par leur adsorption sur les particules et de leur résistance aux variations de pH et aux agents de désinfection.
Comment sont transmis les virus entériques?
- Par contact
- Via l’ingestion d’aliments ou d’eaux contaminés
- Transmission de personne à personne par contact direct avec un patient infecté ou indirect est la + importante
- Le rôle de l’alimentation n’est PAS négligeable
De quelle manière peuvent être contaminés les aliments?
- Dans les différentes étapes de la chaîne alimentaire : élevage, culture, récolte, emballage et préparation
- Contamination lors de la préparation par une personne excrétant le virus
- Contamination des aliments, eaux potables ou de distribution contenant des virus
Nommez les aliments le plus souvent associés aux maladies alimentaires d’origine virale.
- Coquillages
- Crustacés et leurs sous-produits, récoltés ou élevés dans des eaux à proximité d’une sortie d’égout
- Fruits et légumes cultivés sur des terres fertilisées avec des eaux contaminées
- Viandes insuffisamment cuites
Quelle est la mesure la + efficace pour minimiser les risques de virus dans l’industrie agroalimentaire?
- Mise en oeuvre de systèmes de sécurité sanitaire alimentaire BPA, BPH, BPF et l’HACCP
- Norme ISO
Qu’est-ce que la norme ISO?
- Méthode de quantification des niveaux d’ARN de l’hépatite A et norovirus des génogroupes I (GI) et II (GII) présents dans des échantillons pour essai d’aliments ou sur des surfaces alimentaires.
- Après libération des virus contenus dans l’échantillon pour essai, ARN viral est extrait par lyse à l’aide de thiocyanate de guanidine et par adsorption sur silice
- Séquences cibles sont amplifiées et détectées par RT-PCR
Qu’est-ce que peut permettre le perfectionnement des méthodes de détection?
Un meilleur contrôle de la présence de virus dans les aliments en général en réduisant les risques liés aux aliments fréquemment associés aux maladies alimentaires d’origine virale.
