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MICROBIOLOGIE DES ALIMENTS (3050) > Cours 09 > Flashcards

Cours 09 Flashcards

Microbiote et pathogènes alimentaires

1
Q

Qu’est-ce que le microbiote?

A

Une communauté microbienne

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Q

Qu’est-ce que le microbiome?

A

Ce sont les gènes de cette même communauté microbienne

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Q

Est-ce que le microbiote est identique dans l’ensemble du corps humain?

A

Non.
Environnements différents = microbiotes différents

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Q

Quels sont les facteurs qui peuvent affecter le microbiote?

A
  • Diètes et nutriments disponibles
  • Antimicrobiens : peptides antimicrobiens, biles, bactériocines
  • Caractéristiques de la niche écologique : pH, niveaux d’O2, eau libre
  • Phages
  • L’hôte
  • Utilisation d’antibiotiques et médicamentsù
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5
Q

Nommez différentes méthodes d’analyses du microbiote.

A
  • Amplicon
  • Métagénome : tous les gènes, virome
  • Métatranscriptome : tout l’ARN
  • Métabolome : tout ce qui est produit
  • Bio-information : LINUX
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6
Q

Décrivez l’amplicon comme méthodes d’analyses.

A
  • Bactérien : gènes codant ARN ribosomal 16S
  • Fungi : ITS
  • Protozoaires : gènes codant pour ARN ribosomal 18S
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7
Q

Pourquoi on analyse le microbiote bactérien 16S?

A
  • Ubiquitaire
  • Faiblement transféré
  • Zones variables ET zones conservées
  • 0,1% du matériel génétique
  • Faible amplification et séquençage des MO faiblement représentés
  • 9 régions variables
  • 10 régions conservées
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8
Q

Décrivez la PCR 16S.

A
  • Illumina : pairé
  • 454 : longs fragments, moins de fragments, PAS pairé
  • Ion Torrent : petits fragments, grande profondeur, PAS pairé
  • Nanopore et PacBio : tout le 16S au lieu d’une région
  • LoopSeq : tout le 16S,
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9
Q

Décrivez le workflow général du microbiote général 16S en bio-informatique.

A
  • Nettoyage et assemblage des séquences
  • Définition des OTU et ASV
  • Analyse de diversité
  • Analyse de la composition
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10
Q

Nommez les avantages de l’OTU comme méthodes d’analyses.

A
  • Normalisation entre labos
  • Diminue la taille des données à analyser
  • Conservateur : moins d’erreurs
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11
Q

Nommez les désavantages de l’OTU comme méthodes d’analyse.

A
  • N’est pas le réel reflet de l’espèce
  • Ne permet pas de voir les sous-types d’espèces
  • Ne capture pas la vraie diversité
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12
Q

Pourquoi le microbiote est important pour l’industrie alimentaire?

A
  • Microbiote intestinal : la ou vit les principaux pathogènes alimentaires bactéries.
  • Microbiote de carcasse : pathogènes et altération de la durée de vie.
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13
Q

Décrivez Campylobacter jejuni.

A
  • Bactérie
  • Gram (-), forme spiralée
  • Mobile : flagelle(s) polaire(s)
  • Croissance : 37 à 42 degrés
  • Ne se réplique PAS dans les aliments
  • Génome très variable
  • Pathogène alimentaire causant la campylobactériose
  • Assacharolytique
  • %GC = 27-31
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14
Q

Donnez les caractéristiques optimales pour la croissance de C.jejuni.

A
  • T : 20-45 degrés
  • pH : 4.9-9.0
  • Aw : 0.987
  • Respiration : microaérobie obligatoire (3-5% O2)
  • % sel : 2%
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15
Q

Décrivez la campylobactériose

A
  • Infection = diarrhée, crampes et vomissements
  • Durée moyenne de 4 jours
  • Variable selon l’âge mais les personnes âgées sont plus à risque
  • Infections sévères peuvent dégénérer en maladies auto-immunes
  • Dose infectieuse : 500 bactéries
  • Ingestion peut être faite via la muqueuse des yeux
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16
Q

Est-ce que Campylobacter peut affecter la volaille?

A

Oui.
- Colonsation ASYMPTOMATIQUE : pourrait être associée à une hépatite virionique et peut être retrouvé dans le foie et la rate des oiseaux
- Contamination horizontale des oiseaux
- Se répand très rapidement

17
Q

Décrivez Listeria monocytogenes.

A
  • Pathogène intracellulaire facultatif
  • 17 espèces : monocytogenes et ivanovii
  • Gram (+), batônnet
  • Non sporulé
  • Ubiquitaire
  • pH = 4.1-9.6
  • 10% sel
  • Aw = 0.92
  • Psychrophile : -1 à 45 degrés
18
Q

Quelle est la problématique avec L.monocytogenes dans l’alimentation?

A
  • Nourriture et prêt-à-manager : surtout produits cuits
  • Produits laitiers
19
Q

Décrivez l’infection par L.monocytogenes.

A
  • Préférence pour les humaines immunocompétents
  • Dose infectieuse : 100 à 1000000 CFU
  • Période d’incubation : 3jrs à 3 mois
20
Q

Quelles sont les 3 formes de L.monocytogenes?

A
  • Gastro-intestinale
  • Systémique
  • Néonatale (avortement)
21
Q

Décrivez Salmonella.

A
  • Cause la salmonellose
  • Gram (-), motile
  • Ne forme pas de spores
  • Anaérobie facultatif
22
Q

Donnez les caractéristiques de croissance optimale pour Salmonella.

A
  • T = 5-45 degrés
  • pH = 3.5-9
  • NaCl = 0.5-5%
  • Aw = 0.93
23
Q

Est-ce que Salmonella est résistante à la dessication?

A

Oui, très.
Elle est donc très persistante dans l’environnement.

24
Q

Décrivez la salmonellose.

A
  • Maladie entérique classique, sans complication.
  • Dose infectieuse : 1 à 10^9 CFU
  • Apparition des symptômes en 6-24h
  • Vecteurs alimentaires principaux : volaille, porc, boeuf, légumes, eau contaminée
25
Q

Vrai ou faux.
Les infections virales figurent parmi les principales maladies d’origine alimentaire chez l’Homme.

A

Vrai

26
Q

Nommez les principaux virus d’intérêt responsables d’hépatites.

A
  • Virus hépatite A
  • Virus hépatite B
27
Q

Nommez les principaux virus d’interêt responsables de gastroentérites.

A
  • Norovirus
  • Rotavirus
28
Q

Décrivez les virus entériques.

A
  • Très résistants
  • Persistent dans l’environnement
29
Q

Comment les virus entériques peuvent-ils résister aux traitements appliqués dans les stations d’épuration et être rejetés dans l’environnement?

A

Par leur adsorption sur les particules et de leur résistance aux variations de pH et aux agents de désinfection.

30
Q

Comment sont transmis les virus entériques?

A
  • Par contact
  • Via l’ingestion d’aliments ou d’eaux contaminés
  • Transmission de personne à personne par contact direct avec un patient infecté ou indirect est la + importante
  • Le rôle de l’alimentation n’est PAS négligeable
31
Q

De quelle manière peuvent être contaminés les aliments?

A
  • Dans les différentes étapes de la chaîne alimentaire : élevage, culture, récolte, emballage et préparation
  • Contamination lors de la préparation par une personne excrétant le virus
  • Contamination des aliments, eaux potables ou de distribution contenant des virus
32
Q

Nommez les aliments le plus souvent associés aux maladies alimentaires d’origine virale.

A
  • Coquillages
  • Crustacés et leurs sous-produits, récoltés ou élevés dans des eaux à proximité d’une sortie d’égout
  • Fruits et légumes cultivés sur des terres fertilisées avec des eaux contaminées
  • Viandes insuffisamment cuites
33
Q

Quelle est la mesure la + efficace pour minimiser les risques de virus dans l’industrie agroalimentaire?

A
  • Mise en oeuvre de systèmes de sécurité sanitaire alimentaire BPA, BPH, BPF et l’HACCP
  • Norme ISO
34
Q

Qu’est-ce que la norme ISO?

A
  • Méthode de quantification des niveaux d’ARN de l’hépatite A et norovirus des génogroupes I (GI) et II (GII) présents dans des échantillons pour essai d’aliments ou sur des surfaces alimentaires.
  • Après libération des virus contenus dans l’échantillon pour essai, ARN viral est extrait par lyse à l’aide de thiocyanate de guanidine et par adsorption sur silice
  • Séquences cibles sont amplifiées et détectées par RT-PCR
35
Q

Qu’est-ce que peut permettre le perfectionnement des méthodes de détection?

A

Un meilleur contrôle de la présence de virus dans les aliments en général en réduisant les risques liés aux aliments fréquemment associés aux maladies alimentaires d’origine virale.

36
Q
A

MICROBIOLOGIE DES ALIMENTS (3050) (9 decks)

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