Cours 09 Flashcards
Microbiote et pathogènes alimentaires
Qu’est-ce que le microbiote?
Une communauté microbienne
Qu’est-ce que le microbiome?
Ce sont les gènes de cette même communauté microbienne
Est-ce que le microbiote est identique dans l’ensemble du corps humain?
Non.
Environnements différents = microbiotes différents
Quels sont les facteurs qui peuvent affecter le microbiote?
- Diètes et nutriments disponibles
- Antimicrobiens : peptides antimicrobiens, biles, bactériocines
- Caractéristiques de la niche écologique : pH, niveaux d’O2, eau libre
- Phages
- L’hôte
- Utilisation d’antibiotiques et médicamentsù
Nommez différentes méthodes d’analyses du microbiote.
- Amplicon
- Métagénome : tous les gènes, virome
- Métatranscriptome : tout l’ARN
- Métabolome : tout ce qui est produit
- Bio-information : LINUX
Décrivez l’amplicon comme méthodes d’analyses.
- Bactérien : gènes codant ARN ribosomal 16S
- Fungi : ITS
- Protozoaires : gènes codant pour ARN ribosomal 18S
Pourquoi on analyse le microbiote bactérien 16S?
- Ubiquitaire
- Faiblement transféré
- Zones variables ET zones conservées
- 0,1% du matériel génétique
- Faible amplification et séquençage des MO faiblement représentés
- 9 régions variables
- 10 régions conservées
Décrivez la PCR 16S.
- Illumina : pairé
- 454 : longs fragments, moins de fragments, PAS pairé
- Ion Torrent : petits fragments, grande profondeur, PAS pairé
- Nanopore et PacBio : tout le 16S au lieu d’une région
- LoopSeq : tout le 16S,
Décrivez le workflow général du microbiote général 16S en bio-informatique.
- Nettoyage et assemblage des séquences
- Définition des OTU et ASV
- Analyse de diversité
- Analyse de la composition
Nommez les avantages de l’OTU comme méthodes d’analyses.
- Normalisation entre labos
- Diminue la taille des données à analyser
- Conservateur : moins d’erreurs
Nommez les désavantages de l’OTU comme méthodes d’analyse.
- N’est pas le réel reflet de l’espèce
- Ne permet pas de voir les sous-types d’espèces
- Ne capture pas la vraie diversité
Pourquoi le microbiote est important pour l’industrie alimentaire?
- Microbiote intestinal : la ou vit les principaux pathogènes alimentaires bactéries.
- Microbiote de carcasse : pathogènes et altération de la durée de vie.
Décrivez Campylobacter jejuni.
- Bactérie
- Gram (-), forme spiralée
- Mobile : flagelle(s) polaire(s)
- Croissance : 37 à 42 degrés
- Ne se réplique PAS dans les aliments
- Génome très variable
- Pathogène alimentaire causant la campylobactériose
- Assacharolytique
- %GC = 27-31
Donnez les caractéristiques optimales pour la croissance de C.jejuni.
- T : 20-45 degrés
- pH : 4.9-9.0
- Aw : 0.987
- Respiration : microaérobie obligatoire (3-5% O2)
- % sel : 2%
Décrivez la campylobactériose
- Infection = diarrhée, crampes et vomissements
- Durée moyenne de 4 jours
- Variable selon l’âge mais les personnes âgées sont plus à risque
- Infections sévères peuvent dégénérer en maladies auto-immunes
- Dose infectieuse : 500 bactéries
- Ingestion peut être faite via la muqueuse des yeux
Est-ce que Campylobacter peut affecter la volaille?
Oui.
- Colonsation ASYMPTOMATIQUE : pourrait être associée à une hépatite virionique et peut être retrouvé dans le foie et la rate des oiseaux
- Contamination horizontale des oiseaux
- Se répand très rapidement
Décrivez Listeria monocytogenes.
- Pathogène intracellulaire facultatif
- 17 espèces : monocytogenes et ivanovii
- Gram (+), batônnet
- Non sporulé
- Ubiquitaire
- pH = 4.1-9.6
- 10% sel
- Aw = 0.92
- Psychrophile : -1 à 45 degrés
Quelle est la problématique avec L.monocytogenes dans l’alimentation?
- Nourriture et prêt-à-manager : surtout produits cuits
- Produits laitiers
Décrivez l’infection par L.monocytogenes.
- Préférence pour les humaines immunocompétents
- Dose infectieuse : 100 à 1000000 CFU
- Période d’incubation : 3jrs à 3 mois
Quelles sont les 3 formes de L.monocytogenes?
- Gastro-intestinale
- Systémique
- Néonatale (avortement)
Décrivez Salmonella.
- Cause la salmonellose
- Gram (-), motile
- Ne forme pas de spores
- Anaérobie facultatif
Donnez les caractéristiques de croissance optimale pour Salmonella.
- T = 5-45 degrés
- pH = 3.5-9
- NaCl = 0.5-5%
- Aw = 0.93
Est-ce que Salmonella est résistante à la dessication?
Oui, très.
Elle est donc très persistante dans l’environnement.
Décrivez la salmonellose.
- Maladie entérique classique, sans complication.
- Dose infectieuse : 1 à 10^9 CFU
- Apparition des symptômes en 6-24h
- Vecteurs alimentaires principaux : volaille, porc, boeuf, légumes, eau contaminée
