CM2 - Prévention, diagnostic et antibiotiques nº 1 Flashcards
Microorganismes : 4 grandes classes traditionnelles
Les bactéries
Les virus
Les mycoses (champignons)
Les parasites
Nomenclature
- Bactéries, mycoses, parasites (nom latin)
Genre (commence par une majuscule)
Espèce (commence par une minuscule)
Italique ou souligné dans les textes
ex: Staphylococcus aureus (en italique)
«spp.» signifie
donne exemple pour Staphylococcus spp.
«spp.» signifie «species»
oStaphylococcus spp. (species)
- staphylocoques à coagulase négative (bcp moins mechantes)
- Staphylococcus epidermidis
- Staphylococcus saprophyticus
- Staphylococcus cohnii
- Staphylococcus capitis
- Staphylococcus hominis
etc. - Staphylocoque coagulase positive. (bcp + mechante!)
- Staphylococcus aureus
Nomenclature
Dans certaines circonstances, il est possible d’interchanger le nom latin et la dénomination commune.
Latin - Dénomination commune (pas de majuscule)
Les Staphylococcus - Les staphylocoques
Les Streptococcus - Les streptocoques
Les Streptococcus pneumoniae - Les pneumocoques
Les Neisseria meningitidis - Les méningocoques
«La souche de Staphylococcus aureus isolée des hémocultures de ce patient était sensible à l’oxacilline».
«Soixante-dix pourcent des souches de staphylocoques à coagulase négative isolées dans ce laboratoire sont résistantes à l’oxacilline».
Nomenclature
Virus
Virus (parfois en latin, parfois non en latin)
o Herpesviridae
«viridae» fait référence à une famille de virus
o Exemple de membres de la famille des Herpesviridae
- Herpès simplex
- Cytomégalovirus
Les bactéries: classification
selon quoi?
- Selon la forme
- Cocci
- Bâtonnet (bacille)
- Spiralée - Affinité tinctoriale
- Gram positif
- Gram négatif - Atmosphère incubation
- Anaérobie facultative (Peuvent pousser en presence d’oxygene ou sans)
- Anaérobie stricte (Absolument mettre dans environnement sans oxygene)
- Aérobie stricte (Absolument besoin d’oxygene)
STRUCTURE D’UNE BACTÉRIE
Paroi cellulaire (Paroi cellulaire = paroi bactérienne)
Membrane cytoplasmique
Chromosome (ADN)
Ribosomes (synthèse de protéines à partir de l’ ARN);
Une des différences fondamentales avec nos cellules = paroi cellulaire
Structure
Gram positif vs Gram négatif
Gram positif
0 Principalement composée d’une couche épaisse de peptidoglycan
0 Acide lipoteichoïque (polysaccharides)
- La paroi cellulaire épaisse des Gram positifs, leurs confère de la résistance et une survie plus facile dans l’environnement.
Gram négatif 0Couche mince de peptidoglycan 0Porines 0Lipopolysaccharides (LPS) 0 Protéines
Affinité tinctoriale (Coloration de Gram)
Gram + (bleu/violet) ou Gram – (rouge/rose)
Coloration de Gram
sert a quoi?
Permet de détecter des bactéries dans un échantillon clinique (ex. : expectoration, ponction articulaire, écouvillonnage de conjonctive).
Aide à l’identification d’une bactérie présente dans un bouillon d’enrichissement ou une bouteille d’hémoculture.
Aide à l’identification d’une bactérie capable de croître sur des milieux de laboratoire (ex.: gélose au sang de mouton). (Moins fait de nos jours dans les grands laboratoires)
Coloration de Gram
Permet de détecter des bactéries dans
un échantillon clinique
un bouillon ou une bouteille d’hémoculture
une colonie sur une gélose.
Méthode de coloration de Gram
Étapes pour Gram sur échantillon ou bouillon:
- Déposer l’échantillon sur une lame.
- Laisser sécher.
- Fixer à la chaleur.
- Recouvrir la lame de plusieurs gouttes de violet de cristal pendant 30 à 60 secondes. On rince à l’eau courante.
- Recouvrir la lame de plusieurs gouttes de lugol (iode) pendant 30 à 60 secondes. Un complexe violet de cristal-iode se forme dans la bactérie. On rince à l’eau courante.
- Décolorer la lame avec quelques gouttes d’acétone-alcool pendant 1-5 seconde. On rince à l’eau courante.
À cette étape, l’alcool-acétone retire le violet de crystal de la paroi bactérienne des bactéries Gram négatif alors que les bactéries Gram positif peuvent retenir le violet de crystal. - On procède à l’étape de contre-coloration en déposant plusieurs gouttes de safranine pendant 30 à 60 secondes.
- Examen microscopique à immersion i.e. 1000X.
Limites de la coloration de gram
L’absence de bactérie à la coloration de Gram d’un échantillon clinique ne signifie pas que l’échantillon ne contient aucune bactérie. En faible quantité, la coloration de Gram pourrait être négative (absence de bactéries vues à l’examen microscopique) et la culture bactérienne pourrait montrer la présence de bactéries.
Certaines bactéries ne sont pas visibles à la coloration de Gram*1 (ex. : Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Treponema palidum).
*1 Ces bactéries seront traitées dans le cours sur les «Bactéries fantômes».
Prend vrm bcp de bactéries pour qu’on puisse les voir dans l’échantillon et il y a des bactéries qui ne sont pas capables de prendre la coloration de gram donc c pas pcq en voit pas qu il n’y en a pas
APPRENDRE
Bactéries : cocci Gram + en amas
Staphylococcus
*Cette coloration de Gram permet d’orienter vers le «Genre» «Staphylococcus».
Elle ne permet pas d’établir l’espèce (ex.: aureus, saprophyticus, etc.).
APPRENDRE
Bactéries : cocci Gram + en paires
Streptococcus pneumoniae
APPRENDRE
Bactéries : cocci Gram + en chainetes
Streptococcus
Enterococcus
Bactéries : cocci Gram - en paires
Neisseria
- meningitidis
- gonorrhoeae spp.
Moraxella catarrhalis (Cause fréquente d’infections des voies respiratoires – pneumonie, bronchite, etc.)
(Il existe plusieurs espèces de Neisseria non pathogènes.
On les retrouve le plus souvent sur les muqueuses.)
Bactéries : bâtonnets Gram +
(Bcp de cette catégorie mais peu qui sont importants dans notre vie quotidienne)
- Sporulés
Bacillus spp. (aérobie, ANTHRAX!)
Clostridium spp. (anaérobie, DIFFICILE!)
La spore permet une survie prolongée dans l’environnement.
Les spores sont détruites par la stérilisation, l’eau de javel et le peroxyde d’hydrogène).
Bactéries : bâtonnets Gram +
(Bcp de cette catégorie mais peu qui sont importants dans notre vie quotidienne)
- Lettres chinoises
Corynebacterium spp. (dyphtérie!)
Bactéries : bâtonnets Gram +
(Bcp de cette catégorie mais peu qui sont importants dans notre vie quotidienne)
- Longs et minces
Listeria monocytogenes (Vrm associé à la nourriture – dangeureux pour femme enceinte + 100% mortalité pour bébé_
Lactobacillus spp.
Erysipelothrix spp.
Bactéries : bâtonnets Gram +
(Bcp de cette catégorie mais peu qui sont importants dans notre vie quotidienne)
- Embranchés
Nocardia spp.
Actinomyces spp.
Bâtonnets Gram + sporulés
clostridioides/clostridium
Clostridium difficile - Colite (diarrhée)
Clostridium perfringens - Gangrène gazeuse
Clostridium botulinum - Botulisme (Toxine empeche contraction muscles donc arrête de respirer)
Clostridium tetani - Tétanos (contraction des muscles)
Clostridium spp. - Flore normale du colon
Bâtonnets Gram + sporulés
Bacillus
Bacillus anthracis Agent de l’anthrax
Bacillus cereus - Intoxication alimentaire
(Très rapidement après l’ingestion de l’aliment
- Diarrhée OU vomissement
- Classique: riz qu’on met au frigo et remange plus tard)
Bacillus spp. - Flore normale de la peau
Bactéries : bâtonnets Gram -
Entérobactéries (seulement retenir cette colonne)
- Escherichia coli (infection urinaire)
- Klebsiella pneumoniae (infection urinaire)
- Proteus mirabilis (infection urinaire)
- Salmonella spp. (Diarrhée surtout en pays en voie de dev)
- Shigella spp. (Diarrhée surtout en pays en voie de dev)
- Yersinia enterocolitica
- Enterobacter spp.
Autres
- Haemophilus influenzae (Infections respiratoires)
- Pseudomonas aeruginosa (Souvent infections nosocomiales)
- Campylobacter spp. (Cause 1 des diarrhées bactériennes au Qc)
- Vibrio cholerae (Choléra – diarrhée (10-15L/jour))
- Pasteurella multocida (Infections de la peau – se trouve dans bouche du chat)
- Bordetella pertusis (coqueluche)
- Bacteroides fragilis (anaérobie stricte) (Dans tube digestif)
Bactéries anaérobies strictes
vs
Bactéries anaérobies facultatives
Les bactéries anaérobies strictes sont tuées par l’oxygène. Il faut les mettre dans un lieu où l’on aura remplacé l’oxygène par de l’azote pour leur croissance.
Les bactéries anaérobies facultatives peuvent croître en présence ou en l’absence d’oxygène.
Exemple de bactéries anaérobies strictes
Clostridium spp.
Bacteroides fragilis
Streptococcus anaerobius
Exemple de bactéries anaérobies facultatives
Entérobactéries
Streptocoques β-hémolytiques (groupe A, B, C, G)
Streptococcus viridans
Bacillus anthracis
Enterococcus spp.
Staphylococcus spp.
Prévention des infections – pratiques de base
- Hygiène des mains
Avant de toucher au patient
Avant une intervention aseptique
Après un risque de contact avec un liquide biologique
Après tout contact avec un patient ou son environnement
Avec quoi
La plupart du temps:
Solutions hydroalcooliques ou eau/savon
- Hygiène respiratoire
Tousser dans son coude
Porter un masque si Sx respiratoires - Équipement de protection individuel (EPI) lors de situations particulières
Gants/blouses/protection du visage
(Si risque exposition a liquides biologiques) - Utilisation des objets tranchants
Précautions de contact
+ exemples
En plus des pratiques de base
On ajoute
Gants
Jaquettes
Exemple:
- SARM
- ERV
- Clostridium difficile
- Gastro-entérites
Précautions respiratoires
(gouttelettes)
+ exemples
Gouttelettes >5 microns (1 mètre)
Ajout d’un masque de procédure + protection oculaire
Chambre individuelle
Exemples:
- Covid-19
- Infections invasives à Streptococcus pyogenes
- Influenza/autres virus respiratoires
- Méningite
*La gouttelette va tomber – ne reste pas en suspension dans l’air
Précautions aérienne
(aérosols)
+ exemples
Particules < 5 microns
Chambre à pression négative
Chambre individuelle avec salle de bain
Masque N-95
Exemples:
- COVID-19?
- TB
- VZV
- Rougeole
- MRSI (maladie respiratoire sévère infectieuse)
*Reste en suspension dans l’air
Pour VIH – mesures de prévention de base (pas de contact, ou aerienne, etc.)
Hémocultures
But :
But : rechercher la présence de bactéries (parfois de levures) dans la circulation sanguine
Quand le médecin doit-il prescrire des hémocultures?
- Patient qui présente de la fièvre avec signes d’atteinte systémique sévères
- Atteinte de l’état général
- Frissons solennels
- Tension artérielle basse - Lorsque certains diagnostics graves sont évoqués
- Méningite
- Endocardite
- Infection rénale
- Pneumonie avec dyspnée - Tableau de fièvre chez la femme enceinte
- Tableau de fièvre chez un hôte immuno-supprimé (cancer, VIH +, greffé)
- Tableau de fièvre ou hypothermie chez la personne âgée
Hémocultures
Comment procede?
le médecin prescrit 2 hémocultures
L’infirmière prélève 4 bouteilles
L’infirmière se lave les mains.
Elle nettoie la peau du patient avec de l’alcool.
Elle nettoie les bouchons des deux bouteilles d’hémoculture (aérobie et anaérobie).
Elle met le garrot.
Elle met des gants.
Elle désinfecte la peau du patient avec de la chlorhexidine.
Elle ponctionne la veine.
Elle dépose environ 10 ml de sang dans la bouteille aérobie et 10 ml de sang dans la bouteille anaérobie.
Elle retire le garrot puis l’aiguille.
Elle enlève ses gants
Elle se lave les mains.
Prélèvement #2 - 15 à 20 minutes plus tard…doit ponctionner à un deuxième site, pas le même que la première fois
Hémocultures : au total
2 bouteilles aérobies
2 bouteilles anaérobies
40 ml de sang
Question d’examen!
Pourquoi prélever 2 hémocultures i.e. 40 ml de sang?
La probabilité de trouver la bactérie dans le sang dépend du volume de sang cultivé.
- Plus le volume est grand, plus la probabilité est haute
- Risque « coût-bénéfice » devient moins intéressant après 40 mL
- Facteur le plus important pour trouver des bactéries dans le sang si elles sont présentes.
*1e hémoculture – 65% de sensibilité, 2e passe à 95% de sensibilité, 3e passe à 98% donc préfère en faire 2
Pour les enfants, ça dépend de leur poids, on fait pas souvent de bouteille anaérobie non plus
Quand prescrire plus que 2 hémocultures (>40 mL de sang)?
Endocardite subaiguë (germe en général peu virulent, patient non instable):
- Obtenir 3 hémocultures en 30 – 60 minutes
- Prélever 2 autres hémocultures si la première série est négative après 24 heures.
(Chaque hémoculture correspond au prélèvement d’une bouteille aérobie et d’une bouteille anaérobie)
Pourquoi prélever en « 2 temps »?
Évaluer la contamination cutanée
Évaluer le caractère continu de la bactériémie
hemoculture
Le contamination
Parce que si l’étape de nettoyage de la peau n’a pas été bien réalisée ou si le prélèvement a été difficile à faire, le risque de contamination du sang par des bactéries de la peau est grand.
En conséquence, l’isolement d’une bactérie peu pathogène et reconnue comme colonisant la peau dans une seule hémoculture sera interprété par le MD comme un contaminant.
Hémoculture
La bactériémie continue…
Si S. aureus dans une seule hémoculture sur deux (bien prélevées), bactériémie continue peu probable
Si S. aureus dans deux hémocultures sur deux, bactériémie continue plus probable
- Plus de délai entre les deux HC est grand, plus la probabilité de bactériémie continue est grande.
Hémocultures
Pourquoi une bouteille aérobie et une anaérobie?
Volume de sang « idéal » par hémoculture = 20 mL
Ratio bouillon/sang par bouteille est d’environ 10 mL
La littérature montre que 10 mL (aé) + 10 mL (ana) = meilleur recouvrement de bactéries
- À cause des anaérobies (augmentation légère)
- Meilleure croissance de certaines bactéries aérobies dans les bouteilles anaérobies (principale raison)
Traitement des hémocultures au laboratoire
Dès la réception au laboratoire, les bouteilles d’hémoculture sont déposées dans un appareil qui maintient la température à 37ºC et qui brasse les bouteilles de façon continue.
L’appareil détecte la présence de croissance bactérienne grâce aux métabolites générés par les bactéries dans la bouteille.
La technicienne effectue une coloration de Gram sur le liquide de la bouteille d’hémoculture «positive» et ensemence des milieux de culture (géloses) ce qui permettra d’identifier la bactérie impliquée et de procéder à un antibiogramme
*Pastille au fond de la bouteille qui change de couleur au contact des bactéries – devient jaune si a bactéries donc laser peut voir le changement de couleur tranquillement du vert au jaune et compare si changement correspond a celui auquel on s’attend normalement dans le sang – si a plus que prevu, l’appareil sonne = bouteille positive donc ensuite fait gram directement sur la bouteille
Hémocultures
Est-ce important de savoir quelle(s) bouteille(s) est(sont)+?
Pas vraiment
- Un S. epidermidis dans les 2 bouteilles d’une hémoculture n’est pas plus significatif que s’il était retrouvé dans une seule bouteille (contaminant probable - En prenant la prise de sang)
- Même si on trouve un BGN seulement dans la bouteille anaérobie, probabilité demeure élevée que ça sera une bactérie aérobie
Interprétation des résultats des Gram d’hémoculture
Cocci Gram + amas
Staphylococcus
Interprétation des résultats des Gram d’hémoculture
Cocci Gram + en chaînettes
Streptococcus, Enterococcus
Pneumocoque
Interprétation des résultats des Gram d’hémoculture
Cocci Gram + en paires
Pneumocoque
Interprétation des résultats des Gram d’hémoculture
Cocci Gram – en paires
Neisseria, Moraxella
