Bio mol Flashcards
Nommer 5 utilités du WGS
- Diagnostic microbiologique sur un spécimen pour un germe fastidieux
- Diagnostic microbiologique sur un spécimen décapité par ATB
- Suivi épidémiologique de souches circulantes (ex VIH)
- Investigation éclosion
- Détection de gènes de résistance surtout pour germes fastidieux / impossibles ou lents à cultiver
Vous remarquez qu’un test rapide de PCR que vous avez implanté est trop coûteux car il est très souvent utilisé. Nommez 6 façons ou stratégies que vous pouvez faire pour améliorer son utilisation dans l’hôpital
- Revoir et restreindre les indications d’ordonnance
- Exiger une pré-autorisation
- Prioriser les populations à haut risque
- Améliorer la disponibilité et les TOT des autres tests disponibles (PCR moins rapides)
- Sensibiliser les cliniciens aux coûts associés au test et à ses indications
- Revoir la requête justificative
Nommez 4 critères essentiels dans la sélection des amorces pour un PCR
Règles de base:
- Contenu G+C égal à ce qui sera retrouvé dans l’amplicon (idéalement 50%)
- Éviter une structure secondaire dans l’amorce, surtout à l’extrémité 3`
- Amorce non complémentaire entre elles
- Longueur de 20-30 paires de bases
Critères additionnels pour RT-PCR:
- Choisir l’amorce après avoir choisi les sondes
- Amorce près de la sonde, mais sans chevauchement
- 30-80% de contenu G + C
- Éviter une répétition identique de nucléotides (surtout, éviter 4 ou plus G de suite)
- Melting temperature entre 58-70 degrés celcius
Quels sont les éléments importants dans la sélection des sondes pour un PCR?
- Identifier une séquence unique et spécifique (signature) si possible
- Même règles de base que pour les amorces
Quelles sont les 4 causes principales de faux positif de PCR (contamination)?
4 sources majeures de contamination:
- Contamination croisée de spécimens (aérosols/éclaboussures)
- Contamination du spécimen/produit d’amplification par le contrôle positif ou l’environnement
- Contamination des réactifs, buffers, matériel ou équipement par des amplicons (carryover)
- Signal non spécifique
Nommer des avantages et inconvénients du GeneXpert TB
Avantages:
- Rapide (2h)
- Nécessite peu d’expertise technique
- Peut être fait directement sur spécimen
- Système fermé qui inactive le spécimen (pas besoin de BSL-3)
- Permet de détecter R génotypique au Rif
Inconvénients:
- Coût élevé
- Cartouche avec durée de vie de 18mois
- Calibration annuelle nécessaire
- Nécessite source d’électricité constante
Nommez 4 avantages du WGS de nouvelle génération par rapport au séquençage classique
- Peut donner information semi-quantitative sur abondance d’un pathogène
- Pouvoir discriminatoire
- Applicabilité universelle
- Reproductibilité
- rapide, + sensible, + spécifique
