3. les grands groupes de microorganismes (microbio) Flashcards
ordre des rangs taxonomiques pour la classification du vivant
- souche
- espèce
- genre
- famille
- ordre
- classe
- embranchement
- règne
- domaine
- vie
domaines de la vie
bactéries et archées (procaryotes)
eucaryotes
différence entre les procaryotes et les eucaryotes
les procaryotes n’ont pas de noyau
quels domaines n’ont pas de règnes définis
bactéries et archées
4 types d’eucaryotes
protistes
fungi
plantes
animaux
classification des virus et prions, vivants ou non
- agents infectieux acellulaires (ils n’appartiennent à aucun domaine ou règne)
- pas vivants
quelle structure permet aux virus d’être des réplicons semi-autonomes
acides nucléiques
comment les virus font-ils pour infecter pleins de cellules
- infectent une cellule pour se faire répliquer par la machinerie cellulaire de leur hôte, puis, lorsqu’ils sont répliqués, ils migrent hors de leur cellule hôte initiale pour aller en infecter une autre
définition de prions
agents pathogènes de nature protéique dépourvus d’acides nucléiques
vrai ou faux : les prions ne sont pas des réplicons
vrai
comment les prions agissent-ils pour provoquer des dommages aux cellules infectées
le prion infectieux entraine une cascade de changements conformationnels chez des protéines apparentées saines
qu’est-ce que le terme microbe/microorganisme désigne
bactéries, fungi, protozoaires et virus
caractéristiques d’un microorganisme (taille, degré d’abondance, uni ou pluri, complexité du niveau d’organisation, domaines inclus, potentiel métabolique et reproduction)
- très petite taille
- omniprésence et abondance dans la nature
- unicellulaires (exceptions : les fungis incluent les uni et pluri et les virus sont acellulaires)
- relativement simple
- procaryotes et eucaryotes
- oui, sauf les virus
- oui, sauf les virus
pourquoi l’identification bactérienne est-elle nécessaire
pour le diagnostic et la thérapie
génotype vs phénotype
génotype : connaissance des gènes microbiens
phénotype : caractéristiques observables, résultat de l’expression des gènes
quels sont les types d’outils de classification et d’identification (6)
- morphologiques
- biochimiques
- physico-chimiques
- sérologiques
- protéomique
- génétiques
tailles du vivant en ordre
- eucaryotes
- procaryotes
- virus
- protéines
- molécules
- atomes
quelle est la nomenclature des bactéries
genre (majuscule) et espèce puis souche si nous avons plusieurs organismes de la même espèce (désignée par un numéro, une lettre ou un nom commun)
quels sont les types d’appellation dans la terminologie bactérienne
- appellation suivant la racine latine
- appellation suivant la racine grecque
- appellation en l’honneur de personnalités
- nom commun
quels sont les 6 paramètres des colonies de bactéries analysés sur gélose
- forme
- élévation
- rebord
- couleur
- transparence
- surface
vrai ou faux : toutes les bactéries possèdent des capsules
faux, seulement certaines
à quoi sert la capsule pour les bactéries
elle procure un pouvoir pathogène en empêchant la phagocytose et en aidant l’adhérence à l’extérieur des cellules
de quoi sont composées les capsules
de polysaccharides (antigènes K)
définition du glycocalyx
sorte de capsule intercellulaire formant des biofilms agglutinants
rôle et exemple de glycocalyx
favorise l’adhésion aux matériaux comme les prothèses et les tuyaux (streptococcus mutans -> carie dentaire)
définition et types de paroi cellulaire
enveloppe rigide qui assure la forme de la bactérie , cela peut être GRAM + ou -
différence entre Gram + ou -
l’épaisseur du peptidoglycan, s’il est épais c’est positif
caractéristique spécifique du Gram -
enveloppe supplémentaire : endotoxine = LPS (lipopolysaccharides) = antigène O
composition de la membrane cytoplasmique avec le rôle de la barrière osmotique, du transport et des enzymes
bicouche de phospholipides avec protéines transmembranaires
barrière osmotique : contrôler les taux ioniques
transport : régulation des échanges internes/externes
enzymes : métabolisme énergétique
quels sont les constituants internes de la bactérie + définition
- cytoplasme : contient l’appareil nucléaire et les ribosomes (synthèse de protéines)
- appareil nucléaire : ADN double brin sans membrane nucléaire
- plasmides : ADN extra-chromosomique, circulaire, réplication autonome, codent pour des protéines facilitant la survie (incluant des gènes de résistance contre les antibiotiques) et aussi des gènes conférant des propriétés pathogènes aux bactéries les possédant
quels sont les appendices externes des bactéries, essentiel ou facultatif
flagelles
pili
fimbriae
facultatif
rôle des flagelles, type d’antigène et exemples
- assurent la mobilité
- antigène H
- monotriche (un flagelle), lopotriche (plusieurs flagelles à une extrémité), péritriche (flagelles répartis sur toute la surface) et amphitriche (flagelles des 2 côtés de la bactérie)
rôle des pili et fimbriae
fixation à des surfaces (plutôt que de faire avancer les bactéries)
rôle des pilus sexuels
transfert de plasmides et d’ADN
dans quels genres trouvent-ont des spores (endospores) et que permettent-ils (+ mécanisme)
- bacillus
- clostridium
- survivre dans des conditions défavorables (les spores intracellulaires stockent le matériel génétique et autres éléments vitaux), sous la forme d’endospore, les bactéries sont insensibles aux composés chimiques comme des antibiotiques
vrai ou faux : le volume, la position et la forme des spores ne peuvent pas servir à l’identification
faux, puisqu’ils sont constants pour une même espèce
vrai ou faux : la fonction des spores des bactéries est très différente des spores des mycètes
vrai
rôle chez les bactéries : survie
rôle chez les mycètes : reproduction et dispersion
exemples de maladies par bactéries sporulées
gangrène
tétanos
botulisme
anthrax
quel antigène correspond aux flagelles, capsules et endotoxine avec paroi Gram -
H = flagelle K = capsule O = endotoxine avec Gram -
composantes obligatoires d’un virus
- paroi cellulaire
- membrane plasmique
- cytoplasme
- chromosome
- ribosomes
composantes facultatives d’un virus (7)
- capsule (et autres matériaux extracellulaires)
- endotoxine
- plasmide
- flagelle
- pili
- spore
- corps d’inclusion/granule
- substance utilisée dans la coloration simple
- objectif de la coloration simple
- définition mordant
- 4 exemples de colorants de coloration simple
- 1 exemple de coloration
- solution aqueuse ou alcoolisé d’un seul colorant basique
- faire ressortir les cellules en entier
- agent chimique qui intensifie la coloration
- bleu de méthylène, safranine, violet de crystal et fuchsine basique
- coloration hémalogique de Wright sur LCR, bacillus anthracis
quels sont les types d’observation microscopique
- microscopie optique (champ clair = observation régulière)
- microscopie à fluorescence et confocale (les lasers excitent les anticoprs colorés par un vert fluorescent qui reconnait l’antigène, reconstruction 3D par ordi, phénomènes d’interactions vivantes peuvent être filmés)
- microscopie électronique (à transmission - 2D, à balayage - 3D et couteau diamant)
à quoi servent les tests biochimiques
- identification
- déterminer le degré de sensibilité d’une souche envers un antibiotique
quelles sont les étapes pour le test de Gram et l’utilité de ce test
- fixation
- crystal violet
- iode (agent mordant)
- décoloration avec éthanol ou acétone (Gram + va garder son apparence mauve du complexe crystal violet-iode)
- ajout de safranine comme contre-colorant pour bien distinguer la gram + (mauve) du gram - (rouge)
sélection des antibiotiques à administrer
pourquoi les bactéries gram + restent mauves après la décoloration
parce que leur paroi est plus épaisse à cause du peptidoglycan
quels étaient les paramètres évalués dans les tests biochimiques (5)
- source de carbone
- aérobiose, anaérobiose
- potentiel de fermentation
- produits terminaux du métabolisme
- tolérance aux inhibiteurs métaboliques et antibiotiques
comment le test Micro-Scan peut-il identifier une bactérie
chaque rangée du test = pointage selon la réponse positive ou négative
le cumul de points donne un résultat final sous forme de code chiffré qui correspond à un phénotype spécifique permettant d’identifier les espèces
comment fonctionne le test ELISA
il y a une double reconnaissance (augmente la spécificité) de l’antigène (ou une protéine) par l’anticorps de capture et par l’anticorps de détection marqué par un réactif coloré enzymatique (augmente la sensibilité)
comment fonctionne le test immunochromatographique rapide
- on dépose l’échantillon qui se propage sur la feuille
- les bactéries atteignent les anticorps conjugués au latex
- les complexes latex-bactérie se font reconnaitre par les anticorps de la ligne test
- le latex restant se fait reconnaitre par la ligne controle
** s’il n’y a pas de ligne de contrôle, le test est invalide
quelles sont es 4 principales différences entre les virus et les autres microorganismes
- très petits (microscope électronique)
- ARN ou ADN seulement
- parasites obligatoires
- cycle de réplication dans l’hôte
virus : vivant ou non structure reproduction culture traitement
- acellulaire (non vivant)
- structure simple : acide nucléique et emballage
- pas de reproduction autonome
- culture sur hôte seulement
- antiviral (antibiotiques inefficaces)
vrai ou faux : un virus peut porter à la fois de l’ADN et de l’ARN
faux
de quoi sont enveloppés certains virus en sortant de l’hôte par bourgeonnement
bicouche lipidique
.
-.
qu’est-ce qu’une capside mixte des virus bactériens
une capside icosaédrique + hélicoïdale
donne 3 exemples d’enzymes de rétrovirus comme le VIH et leurs rôles
- transcriptase inverse : rétro-transcrit l’ARN viral en ADN
- intégrase : intègre l’ADN viral au chromosome de l’hôte
- protéase : favorise la maturation des protéines virales
donne un exemple d’enzyme des virus Influenza et son rôle
- neuraminidase : contribue au relargage des virus hors des cellules
donne 2 exemples de mycètes (ou fungi) et dit s’ils sont uni ou pluri
- levures : uni
- moisissures : pluri
comment les levures se reproduisent elles
en produisant des pseudohyphes (reproduction par boourgeonnement)
comment les moisissures se reproduisent-elles
par spores asexués volatiles
décrit l’apparence des levures en culture sur gélose vs celle des moisissures
- levures : colonies lisses et muqueuses
- moisissures : colonies chevelues et poudreuses
quels sont les 3 embranchements de mycètes d’intérêt médical
- zygoycètes
- ascomycètes
- basidiomycètes
définition des protozoaires
protistes unicellulaires ayant des cycles de vie complexes pouvant affecter plusieurs espèces d’hôtes différents dans leur développement
3 exemples de maladies causées par des protozoaires
- toxoplasmose
- giardiase
- malaria
composition membrane cytoplasmique et paroi cellulaire des bactéries
- phospholipides
- peptidoglycane
membrane cytoplasmique, paroi cellulaire et exemples d’archées
- étherlipides
- pseudopeptidoglycans
- organismes méthanogènes, bactéries halophiles extrêmes et bactéries thermophiles extrêmes
quels sont les groupes de microbes qui peuvent être pathogènes pour l”humain
- bactéries et eucaryotes
de quelle nature sont les tests de laboratoire qui permettent de classifier et identifier les microbes
phénotypique
comment se distinguent fondamentalement les virus des procaryotes et eucaryotes
absence d’organisation cellulaire et de capacité de reproduction autonome
de combien de chromosomes sont constituées les bactéries
1
à part le fait qu’ils n’ont pas de noyaux, une autre différence entre les bactéries et les eucaryotes
pas d’organelles complexes (organites)
type de microscopie pour les virus et bactéries
- microscopie électronique
- microscopie optique
composition du génome des virus et des bactéries
- ARN ou ADN, jamais les deux en même temps
- ARN et ADN
rôle de la capside du virus
entoure le matériel génétique du virus
quels sont les éléments nécessaires pour la classification virale (8)
- nature du génome
- configuration du génome
- taille du génome
- sens de l’encodage du matériel génétique
- enveloppe ou non (prise à l’hôte)
- morphologie (conformation structurale)
- taille du virion
- hôte
les mycètes sont des __________ environnementaux
saprophytes
vrai ou faux : tous les mycètes sont pathogènes à l’homme
faux, certains prennent les substances qui leur sont nécessaires dans les matières organiques en décomposition
vrai ou faux : les levures peuvent causer des infections à l’homme
vrai, exemple : vaginite à candida albican
à quoi réfère une infestation
parasites macroscopiques non microbiens
ectoparasite vs endoparasite
ecto : infestation limitée à la surface de l’hôte (affection)
endo : infestation interne (infection)
de quoi sont composées les enveloppes qui entourent les bactéries
- matériel extracellulaire (capsule, glycocalyx, couche-s)
- paroi cellulaire
- membrane cytoplasmique
vrai ou faux : les capsules des bactéries sont indispensables
faux
comment pouvons-nous visualiser les capsules des bactéries
- pas visible en microscopie optique par les techniques de coloration usuelles
- il faut donc la mettre en évidence en mélangeant la suspension bactérienne avec de l’encre de Chine
vrai ou faux : le glycocalyx est sur la surface de toutes les bactéries
faux
rôle de la couche-s
protège la cellule en agissant comme barrière à la diffusion de macromolécules et peut, dans certains cas servir de facteur de virulence
qu’est-ce qui explique que le peptidoglycan peut servir de cible aux antibiotiques
nous n’en retrouvons pas sur les cellules humaines
quelles sont les 3 formes possibles des bactéries
- sphère
- bâtonnet
- spirale
pourquoi certaines molécules sont moins efficaces contre Gram - que Gram +
car l’endotoxine supplémentaire de gram - limite l’accès de certains antibiotiques à leur cible
qu’est-ce que le phénomène de conjugaison
dissémination des gènes de résistance par le transfert de plasmides par les pilus sexuels
dans quelle sorte de Gram retrouve-t-on beaucoup de pili
négatif
sporulation ou germination
- conditions défavorables
- conditions favorables
- sporulation
- germination
sous quelle forme les bactéries en dormance dans l’environnement vont-elles souvent disséminées
sous leur forme de spore
donne un exemple pour chaque forme ou arrangement spatial de la morphologie bactérienne
- bâtonnet
- sphère
- entre-deux du bâtonnet et de la sphère
- spirales
- virgule
- difforme
- isolée (pas d’exemple)
- paires
- chaînettes
- amas
- cube
- bacille
- cocci
- coccobacille
- spirochètes
- vibrio
- pléïomorphe
- diplo
- strepto
- staphylocoques
- sarcina
quels sont les 6 paramètres de la morphologie coloniale
- forme
- élévation
- bordure
- couleur
- transparence/opacité
- surface
quelle technique de coloration différentielle devons-nous utiliser pour les micro-organismes à paroi séreuse qui réagissent mal à Gram
Ziehl-Neelsen
exemple de microorganisme qui utilise Ziehl-Neelsen + mécanisme
colorant primaire rouge : safranine
contre-colorant : bleu de méthylène
résultat : les mycobactéries (acido-alcoolo-résistantes) ne se décolorent pas et demeurent rouges
d’où vient l’expression : coloration négative de la capsule
L’encre de Chine colore la bactérie en noire et la capsule est translucide autour
de quelle façon faisons-nous la coloration des endospores
endospore : vert de malachite
safranine contre-colore la bactérie Gram +
de quelle façon faisons-nous la coloration des flagelles
avec un mordant qui enrobe les flagelles pour former une couche suffisamment épaisse pour les rendre visible
quel type de microscopie optique pour
- observation régulière
- examiner en détail les structures internes des micro-organismes sans les déformer
- observer les microbes vivants en suspension
- observer les cellules adhérées aux parois
- champ clair
- constraste de phase
- fond noir
- microscope à inversion
quel est l’avantage principal de la microscopie électronique
grossir le spécimen
approche génotypique qui permet de détecter la présence d’un microbe particulier dans un échantillon + exemple
TAAN : test d’amplification des acides nucléiques
ex ; PCR
qu’est-ce que la spectrométrie de masse MALDI-TOF permet de faire et comment
détecter, identifier et quantifier une molécule d’intérêt en mesurant sa masse
technique d’identification de la plus rapide à la plus lente
- MALDI-TOF
- Génotypique
- phénotypique
quelle est la chose nécessaire pour n’importe quelle technique d’identification
base de données fiables et exhaustives
par quoi pouvons-nous distinguer les souches bactériennes
leurs antigènes
