10. diagnostic de laboratoire des infections (microbio) Flashcards
quelles sont les 3 phases du cheminement diagnostique en infectiologie
- phase pré-analytique
- phase analytique
- phase post-analytique
quelles sont les 5 étapes de la phase pré-analytique
- patient consulte avec des symptômes/signes d’une maladie infectieuse
- diagnostic clinique tentatif
- prescription de prélèvements de culture
- prélèvements identifiés au nom du patient puis acheminés au labo avec la demande d’analyse
- réception des prélèvements au labo
quelles sont les 8 étapes de la phase analytique
- examen direct sur le prélèvement
- rapport partiel émis au médecin : interprétation
- mise en culture du prélèvement
- incubation des milieux ensemencés
- lecture des milieux (le lendemain)
- identification bactérienne
- rapport partiel : interprétation
- finalisation de l’identification
quelles sont les 2 étapes de la phase post-analytique
- émission du rapport final
2. interprétation finale du médecin
quelles sont les raisons pour effectuer un examen direct (4)
- quantifier les globules blancs présents dans le prélèvement
- exprimer en valeur relative la quantité de polynucléaires présents dans le prélèvement (dans certains cas)
- observations de micro-organismes pour poser un diagnostic présomptif
- évaluation de la qualité du prélèvement pour décider si le résultat final sera fiable
à quoi sert de quantifier les globules blancs
nous informe sur la réponse inflammatoire et la “purulence” de l’échantillon
quels sont les micro-organismes que nous pouvons observer dans un examen direct en microbiologie (5)
- bactéries
- éléments mycéliens (champignons)
- levure
- structures parasitaires
- inclusions virales
quels sont les 4 examens directs
- sérum physiologique
- hydroxyde de potassium (KOH)
- iode
- fond noir
à quoi sert l’examen direct du sérum physiologique
- permet d’observer la mobilité de certains micro-organismes
- permet d’évaluer rapidement les micro-organismes avec des formes particulières
quel est le mécanisme de l’examen direct de l’hydroxyde de potassium et à quoi sert-il
- KOH 10% digère la kératine
- utile pour diagnostiquer des éléments mycéliens (champignons) à partir de prélèvement (ongles, peau, cheveux)
comment fonctionne l’examen direct de l’iode et à quoi sert-il
- colore les noyaux et organelles cytoplasmiques
- utile pour colorer rapidement les selles d’un patient et diagnostiquer la présence de protozoaires
à quoi sert l’examen direct du fond noir
- mettre en évidence des micro-organismes mal visualisés en microscopie optique standard et qui se colorent difficilement
quels sont les examens directs avec coloration
- coloration de Gram
- coloration de Ziehl-Neelsen
quel est le principe de la coloration de Gram
se base sur le fait que la teneur en lipides de la paroi cellulaire des bactéries est variable
- pauvre en lipides : retiennent plus le colorant cristal violet (Gram positif)
- riche en lipides : le cristal violet ne s’imprègne pas de façon permanente (Gram négatif)
quelle est la technique de la coloration de Gram (10 étapes)
- étaler sur une lame une couche mince du prélèvement à colorer
- fixer à la chaleur
- cristal violet (1 minute)
- laver
- iode (1 minute) pour bien fixer le cristal violet
- décolorer quelques secondes à l’acétone alcool
- laver
- safranine (1 minute)
- laver, assécher
- lire au microscope
quelle est l’interprétation à faire pour une bactérie de couleur bleue et pourquoi (gram)
- paroi pauvre en lipides : Gram positif
- le cristal violet n’a pas été décoloré par l’acétone alcool
- la contre-coloration à la safranine (rose) a été inefficace
quelle est l’interprétation à faire d’une bactérie de couleur rose et pourquoi (gram)
- riche en lipides : Gram négative
- cristal violet est facilement libéré de la paroi par le décolorant : la conter-coloration à la safranine est possible puisque la paroi est libre de colorant
quelles sont les 4 utilités de la coloration de Gram
- reconnaitre rapidement le/les bactéries possiblement pathogènes et d’en informer le clinicien
- évaluer la présence ou l’absence de flore normale quand le prélèvement provient d’un site non stérile
- évaluer la réponse inflammatoire car les globules blancs sont colorés dans le processus
- quantifier de façon relative les polynucléaires vs les cellules mononucléées (distinction d’infection bactérienne vs virale)
quel est le principe de la coloration de Ziehl-Neelsen
La paroi de certains micro-organismes est épaisse et cireuse et ne se colore pas facilement. Une fois les parois colorées par contre elles résistent à la décoloration par un solvant tel l’acidealcool. Ces bactéries sont appelées par conséquent « bacilles
acido-alcoolo résistants » ou B.A.A.R.
quelle est la technique de la coloration de Ziehl-Neelsen (8 étapes)
- préparer une lame à partir du prélèvement comme la coloration de Gram
- “carbol fuchsin”
- laver
- acide-alcool
- laver
- bleu de méthylène
- laver, assécher
8, lire au microscope
quelle est l’interprétation à faire d’une bactérie de couleur rose et pourquoi (ziehl)
- bacille acido-alcoolo résistant (BAAR)
- La paroi épaisse et cireuse a capté le premier colorant de la coloration de Ziehl-Neelsen (« carbol fuchsin ») et a résisté au décolorant
- contre-coloration au bleu de méthylène = inefficace
quelle est l’interprétation à faire d’une bactérie de couleur bleue et pourquoi (ziehl)
- pas d’un BAAR
- La paroi plus mince de la bactérie, moins imperméable que dans
le cas précédent, a pris le « carbol fuchsin » (rose) mais n’a pas résisté au décolorant - contre-coloration avec le bleu de méthylène possible
quelles sont les 2 utilités de la coloration Ziehl-Neelsen
- identification présomptive des mycobactéries sans pouvoir les identifier à l’espèce
- d’autres germes sont des BAAR
quelles sont les caractéristiques macroscopiques
- forme de la colonie
- couleur de la colonie
- grosseur de la colonie
- présence ou non d’hémolyse autour de la colonie
identification préliminaire : grosse colonie convexe, jaune, hémolyse Bêta (complète)
staphylocoque
identification préliminaire : petite colonie convexe,
translucide, hémolyse Bêta
large
streptocoque
identification préliminaire : colonie plate, ombiliquée,
translucide, hémolyse alpha
(incomplète - aspect verdâtre)
pneumocoque
identification préliminaire : colonie surélevée, semiopaque, grise
entérobactérie
identification préliminaire : colonie plate, opaque, verdâtre, odeur fruitée
pseudomonas
quelles sont les 5 étapes de l’identification finale dans une culture
- performance de tests biochimiques à partir des colonies
- rapport partiel
- identification finale de la bactérie
- performance de l’antibiogramme
- émission du rapport final
quels sont les sites normalement stériles dans lesquels nous pouvons effectuer un prélèvement
le sang et tous les liquides biologiques comme le liquide céphalo-rachidien, le liquide synovial et le liquide pleural
que faut-il faire si un ou plusieurs germes sont identifiés à partir de prélèvement de zone stérile
toujours lire les rapports attentivement
quels sont les pathogènes classiques pour :
- liquide céphalo-rachidien
- liquide synovial
- liquide pleural
- méningocoque
- staphylococcus aureus
- penumocoque
comment faut-il procéder pour prélever du liquide céphalorachidien
on pique à travers la peau vis-à-vis la colonne lombaire
vrai ou faux : si la ponction est difficile et que nous introduisons des germes dans le liquide, ceux-ci ne sont pas considérés comme pathogène puisqu’on parle de contamination lors du prélèvement
vrai
qu’est-ce qu’un site non stérile + exemples
- un site où il est connu qu’une flore normale s’y retrouve
- bouche
- vagin
- peau
- rectum ou selles
que faut-il faire pour interpréter les résultats de cultures obtenus à partir de sites non stériles
- connaitre la flore normale de ces sites
- porter attention seulement aux bactéries qui ne font pas partie de cette flore ou qui sont reconnues pour causer des infections
quelles sont les 2 méthodes pour obtenir un diagnostic rapide
- détection rapide d’antigènes
2. méthode moléculaire
quels types d’antigènes sont souvent utilisés pour détecter rapidement la présence d’antigènes
protéines de surface
en quoi consistent les méthodes moléculaires
- amplifier une partie du génome du germe à identifier
- appliquer une méthode de détection de la portion du génome maintenant amplifier pour confirmer la présence d’un pathogène suspecté
dans quels cas les méthodes nucléaires sont-elles particulièrement utiles
- germe à détecter se cultive difficilement ou se retrouve en faible quantité dans un prélèvement donné
exemple de virus qui nécessite la méthode moléculaire pour être cultivée
herpès simplex
exemple de type de méthode d’amplification
PCR
quel est le principe de sérologie
mettre en évidence des preuves indirectes de la présence d’un agent infectieux
qu’est-ce qui est détecté en sérologie
la présence d’anticorps spécifiques au lieu de détecter le germe directement
quelle est l’utilité de la sérologie
diagnostic des infections virales car les virus sont plus longs et difficiles à mettre en évidence par culture
5 virus>maladies où la sérologie est la méthode diagnostique la plus utilisée
- VIH
- hépatite A, B, C
- rougeole
- rubéole
- varicelle
quels sont les 2 types d’anticorps utiles en microbiologie diagnostique
- anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type M ou IgM
- anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type G ou IgG
que révèle la présence d’IgM dans une sérologie
que l’infection est très récente ou actuelle (en phase aiguë)
que révèle la présence d’IgG dans une sérologie
- phase de convalescence d’une infection
- produit une immunité à long terme contre l’agent infectieux
comment est appelé le passage des IgG de négatif à positif et en combien de temps se fait-il
- séroconversion
- au moins 2 semaines
sur quel phénomène la séroconversion s’applique-t-elle
la vaccination
quels sont les 3 éléments que les examens directs permettent d’évaluer rapidement
- la réponse de l’hôte à l’infection
- la qualité de l’échantillon soumis
- l’agent causal présumé de l’infection
