Vorlesung 3 Flashcards
Supercoil
DNA wickelt sich auf, um sich selbst
Typ I Topoisomerase
Monomer
schneiden in DNA Doppelhelix Strang durch
Strang geöffnet und wieder geschlossen
führen nick ein (ein Zucker-phosphat-rückgrat geschnitten)
Verändert Linking number um 1
ATP-unabhängig
Typ II Topoisomerase
Homodimer
jede UE schneidet einer der beiden Stränge, beide Stränge geöffnet und geschlossen
ATP-abhängig
Linking Number um 2 verändert
Typ I Topoisomerase Mechanismus
Tyrosin macht Umesterung
speichert damit Energie, deswegen kein ATP
daanach wieder Umesterung
kovalentes Reaktionsintermediat
Typ II Topoisomerase Mechanismus
klammer geht auf
DNA Segemnt wird eingelagert
transfer Segment (DNA) wird druafglegt
DNA geschnitten, trasfer Segment durchgezogen
DNA versiegelt, Topoisomerase entlässt Segmente
auch mit Tyrosin am 5’ Ende, nur 2x
Regulation der Gyrase (Typ II Topo in E coli)
YacG kann sich in Klammer einlagern und blockiert die
ohne YacG aktiv
(Supoercoiled) DNA in Agarose/Acyrlamid Gel
supercoilded schneller
linear schneller als circulär
Ethidiumbromid
interkaliert in Basenpaare
verindert Stacking
streckt die DNA Helix
erniedrigt den Twist-Wert, Writh geht hoch (Supercoil geringer)
beeinflustt Laufverhalten im Agarosegel
Funktionen von Histonen
Packung
Schutz vor Schädigung
Übertragunseinheit
Regulation der genexpression
Linker DNA zwischen Nucleosomen
20-60 bp
Domäne in Hostinen
histon fold: alpha-Helix, Linker, a-Helix, Linker, a- Helix
Histon Zusammenlagerung
2 H2A-H2B Dimere
H3 H4 Tetramer
bildern Kern
H1
Linker Histon
sitzt Außen am Kern, nicht Teil des Kerns
positive Ldg -> DNA Kontakt
sorgt für weitere Kondensierung der DNA
Konservierung von Histonen
haben keine INtrons
Mutationen fast immer tödlich
hochkonserviert
kein PolyA-Schwanz
N-termini von Histonen
ragen aus DNA raus
Protease treatment: Schwänze abgeschnitten
für Interaktion mit anderen Nucleosomen, 30 nm Struktur
30 nm Struktur
eigentlich keine Helix, sonder Zickzackförmig
auch 30 nm Durchmesser
in der Mitte der 30 nm Struktur keinen Kanal
Modifikationen an Nucleosomen
Acetylierung
Methylierung
Ubiquitinierung
Sumoylierung
Phosphorylierung
Acetylierung
Einfluss, Einführung/Entfernung
damit Arginin nicht an DNA binden
mit HAT Histon Acetylase
Entfernung: Histon Deacytlase HDAC
Writer Enzyme
Methylierung an histonen
Auswirkungen
ändert Ladung nicht
nur die Ausdehnung
dadurch N Termini weiter nach außen ragend
Reader Enyzme
sind TF
Proteine mit Bromodomäne an Acytlierung, führt zu Genaktivierung, findet sich im aktiven Euchromatin
Proteine mit Chromodonäne an Methylierung; inhibieren Assembling von Transkriptionskomplexen; findet man im silenced heterochromatin
Bromodomäne: Aufbau
4 Helix Bündel
Bindungstasche für Acetyllysin
Chromodomäne
Monomer oder Dimer
beta Faltblatt aus 3 Stränhgen und alpha-Helix
Bindungstasche für Methyllysin
bindet an silenced heterochromatin
epigentische Vererbung
Weitergabe von Eigenschaften, die nicht auf Abweichungen in der DNA-Sequenz zurück gehen, sondern auf eine vererbbare Änderung der Genregulation.
Epigenetischer COde, Histon-Code
Gesamtheit aller epigenetischen Veränderungen in einem Organismus. Er ist angelehnt an den genetischen Code, bezeichnet jedoch anders als dieser keine direkte Codierung von Informationen, sondern ist ein Sammelbegriff für epigenetische Modifikationen wie DNA-Methylierung und Histonmodifikationen
