Vorlesung 3

Question 1

Supercoil

Answer 1

DNA wickelt sich auf, um sich selbst

Question 2

Typ I Topoisomerase

Answer 2

Monomer
schneiden in DNA Doppelhelix Strang durch
Strang geöffnet und wieder geschlossen
führen nick ein (ein Zucker-phosphat-rückgrat geschnitten)
Verändert Linking number um 1
ATP-unabhängig

Question 3

Typ II Topoisomerase

Answer 3

Homodimer
jede UE schneidet einer der beiden Stränge, beide Stränge geöffnet und geschlossen
ATP-abhängig
Linking Number um 2 verändert

Question 4

Typ I Topoisomerase Mechanismus

Answer 4

Tyrosin macht Umesterung
speichert damit Energie, deswegen kein ATP
daanach wieder Umesterung
kovalentes Reaktionsintermediat

Question 5

Typ II Topoisomerase Mechanismus

Answer 5

klammer geht auf
DNA Segemnt wird eingelagert
transfer Segment (DNA) wird druafglegt
DNA geschnitten, trasfer Segment durchgezogen
DNA versiegelt, Topoisomerase entlässt Segmente
auch mit Tyrosin am 5’ Ende, nur 2x

Question 6

Regulation der Gyrase (Typ II Topo in E coli)

Answer 6

YacG kann sich in Klammer einlagern und blockiert die
ohne YacG aktiv

Question 7

(Supoercoiled) DNA in Agarose/Acyrlamid Gel

Answer 7

supercoilded schneller
linear schneller als circulär

Question 8

Ethidiumbromid

Answer 8

interkaliert in Basenpaare
verindert Stacking
streckt die DNA Helix
erniedrigt den Twist-Wert, Writh geht hoch (Supercoil geringer)
beeinflustt Laufverhalten im Agarosegel

Question 9

Funktionen von Histonen

Answer 9

Packung
Schutz vor Schädigung
Übertragunseinheit
Regulation der genexpression

Question 10

Linker DNA zwischen Nucleosomen

Answer 10

20-60 bp

Question 11

Domäne in Hostinen

Answer 11

histon fold: alpha-Helix, Linker, a-Helix, Linker, a- Helix

Question 12

Histon Zusammenlagerung

Answer 12

2 H2A-H2B Dimere
H3 H4 Tetramer
bildern Kern

Question 13

H1

Answer 13

Linker Histon
sitzt Außen am Kern, nicht Teil des Kerns
positive Ldg -> DNA Kontakt
sorgt für weitere Kondensierung der DNA

Question 14

Konservierung von Histonen

Answer 14

haben keine INtrons
Mutationen fast immer tödlich
hochkonserviert
kein PolyA-Schwanz

Question 15

N-termini von Histonen

Answer 15

ragen aus DNA raus
Protease treatment: Schwänze abgeschnitten
für Interaktion mit anderen Nucleosomen, 30 nm Struktur

Question 16

30 nm Struktur

Answer 16

eigentlich keine Helix, sonder Zickzackförmig
auch 30 nm Durchmesser
in der Mitte der 30 nm Struktur keinen Kanal

Question 17

Modifikationen an Nucleosomen

Answer 17

Acetylierung
Methylierung
Ubiquitinierung
Sumoylierung
Phosphorylierung

Question 18

Acetylierung

Answer 18

damit Arginin nicht an DNA binden
mit HAT Histon Acetylase
Entfernung: Histon Deacytlase HDAC
Writer Enzyme

Question 19

Methylierung an histonen

Answer 19

ändert Ladung nicht
nur die Ausdehnung
dadurch N Termini weiter nach außen ragend

Question 20

Reader Enyzme

Answer 20

sind TF
Proteine mit Bromodomäne an Acytlierung, führt zu Genaktivierung, findet sich im aktiven Euchromatin

Proteine mit Chromodonäne an Methylierung; inhibieren Assembling von Transkriptionskomplexen; findet man im silenced heterochromatin

Question 21

Bromodomäne: Aufbau

Answer 21

4 Helix Bündel
Bindungstasche für Acetyllysin

Question 22

Chromodomäne

Answer 22

Monomer oder Dimer
beta Faltblatt aus 3 Stränhgen und alpha-Helix
Bindungstasche für Methyllysin

Question 23

epigentische Vererbung

Answer 23

Weitergabe von Eigenschaften, die nicht auf Abweichungen in der DNA-Sequenz zurück gehen, sondern auf eine vererbbare Änderung der Genregulation.

Question 24

Epigenetischer COde, Histon-Code

Answer 24

Gesamtheit aller epigenetischen Veränderungen in einem Organismus. Er ist angelehnt an den genetischen Code, bezeichnet jedoch anders als dieser keine direkte Codierung von Informationen, sondern ist ein Sammelbegriff für epigenetische Modifikationen wie DNA-Methylierung und Histonmodifikationen