Vorlesung 10 Flashcards

Question

Ablauf GTFs

Answer 1

erst bindet TBP, dann TFIIB landing Platform auf DNA für RNA Pol-> Präinitiationskomplex C Terminus bindet an GTFs TFIIH kommt hinzu: vom geschlossenem in offenen Komplex Abortive Initatition oder Transkription durch Phosphoryleriung der C-term- Domäne der RNAP

Answer 2

Heptatpeptid-Wiederholungen C terminale Domäne der RNA Pol

Answer 3

bindet nicht über helix loop helix motiv oder alpha Helix, sondern erkennt über kleine Furche und beta-Faltblatt bindet Dimer aus 2 identischen UE DNA bei Bindung stark abgewinkelt -> kleine Furche nach außen TATA erkannt, obwohl in kleiner Furche nicht zwischen bp unterschieden werden kann; steckt Phe zum base stacking in bp rein; nur wenn die reinpassen, dass DNA stabil und TATA Box erkennt an allen eukaryotischen Promotoren beteiligt

Answer 4

zusätzlicher Mediator aus vielen verschiedenen Proteinen (TF) An Mediator binden Aktivatoren, binden an distale Kontrollemenete an Aktivatorren binden auch Chromatin Remodeller und HAT

Answer 5

Polymerase stoppt (Transkriptional Pausing), RNA kann währenddessen von DNA abgehen Elongationsfaktoren sorgen dafür, dass DNA RNA wieder gepaart wird gibt auch hier Proof Reading analog hydrolytisches Editing

Answer 6

hilft auch bei Reifungsschritten CTD wird dephosphoryliert Capping enzyme bindet, wartet auf 5' Ende und bindet dann stattdessen an RNA Phosphorylierungsmuster geänder, Splicing machinerie bindet, wandert dann zu RNA neues Phosphrylierungsmuter; Polyadenylierungsproteine und RNA schnitt-Proteine rekriert, die spingen dann auf DNA sorgt mit unterschieldichen Phosphorylierngsmustern dafür, dass Prozesseiungsmacschinerie zur richtigen Zeit am richtigen Ort rekrutiert wird

Answer 7

gamma-Phosphat vom A am 5' Ende abgespalten Guanylyltransferase sorgt dafür, dass Pp von GTP abgespalten wird, während beta-Phosphat der RNA am alpha-Posphat von GTP angreift -> 5'-5'-Bindung mit Methyltransferase 7 methyl G gebildet wenn 1. Base ein A, dann N6-methlyiert außerdem an 1. und 2. Base der 2'OH der Ribose zum Methoxyester

Answer 8

Faktoren CPSF und CstF binden an C terminale Domäne der RNAP und binden dann an RNA; sobald A Signal transkribiert ist; sorgen dafür, dass RNA geschnitten und Poly A Polymerase rekrutiert wird Poly-A-Schwanz gebildet und Poly A binding Proteine, die A stretch stabilisierten, rekrutiert

Answer 9

alle CTD Kinasen fallen ab, mehr Phosphatasen rekriteirt desphosphorylierung der CTD Polymerase verliert Aktivität und Affinität zur DNA = Prozessivität Pol fällt ab benötigt also keine Signalsequenz auf DNA oder RNA, sondern auf Pol

Answer 10

für rRNA hat Core Promotor und zudem UCE (upstream control element) aus Sequenzen A und B, das Promotor verstärkt UBF (upstream binding factor) bindet an UCE SL1 und TBP binden an Core Promotor, die beiden zusammen rekrutieren RNAPI = Landing Platform

Answer 11

für tRNAs, 5srRNA, U6 snRNA sind downstream nach Transkriptionsstart Promotor wird mit transkribiert: Promotor 0 aktive Transkriptionseinheit BoxA und BoxB dadurch in tRNA Armen SINE/Alu elemente sind durch Pol III entstanden, haben also ihren Promotor dabei an BoxA und Box B bindet TFIIIC und vorher TFIIIB und TBP gibt Ausnahmen mit upstream promotor

Answer 12

winziger universeller TF in Eukaryoten bindet an TATA Box TATA binding Protein

Answer 13

aus grünem Knollenblätterpilz blockiert RNA Pol II in allen Organismen, irreversibel

Answer 14

2 mRNAs und eineige tRNAs codiert aus einer UE mit 2 Zusatzfaktoren Gemeinsamkeiten mit Prokaryoten: einziges Polypeptid Initiationsfaktor ähnelt sigma70 Faktor hemmbar durch Rafampicin ähnliche Promotoren zu T3 und T7 strukturelle Ähnlichkeit zu T3 oder T7 RNA Polymerasen

Answer 15

Sigma Faktor wird gestreockt, damit er an beide Regionen bindet 75Anström Distanz

Answer 16

RNAP bleibt oft an Promotor hängen, weil sigma Faktor nicht abdiffundiert kleine RNA-Polymere entstehen, die bald wieder abgebaut werden