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Biología molecular > Vd. Secuenciación de ADN > Flashcards

Vd. Secuenciación de ADN Flashcards

1
Q

La secuenciación de ADN fue posible gracias a la introducción de:

A

Métodos electroforéticos
Conocimiento de la química de los nucleótidos
metabolismo del ADN

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Q

V o F, en la secuenciación del ADN en un principio se usó marca fluorescente y posteriormente radiactiva:

A

Falso, primero fue la radioactiva y luego la fluorescente

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3
Q

Son los 4 tipos de métodos de secuenciación del ADN:

A

Químico
Enzimático
Siguiente generación
Secuenciación por bisulfito

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4
Q

Método químico de la secuenciación de ADN:

A

Maxam y Gilbert (radioactividad)

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5
Q

Son los métodos enzimáticos de la secuenciación del ADN:

A

Sanger (radioactividad)
Automatizada (variación de sangrer usando fluorescencia)

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6
Q

Son los métodos de siguiente generación de la secuenciación del ADN:

A

454-Pirosecuenciación
Ilumina

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7
Q

Son las 3 etapas del método de Maxam y Gilbert:

A

Marcaje del ADN
Hidrólisis química específica del ADN
Análisis de los productos

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8
Q

El marcaje del ADN en el método de Maxam y Gilbert consiste en:

A

Marcar el extremo 5´de cada hebra

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9
Q

¿Qué es lo más común para marcar el extremo 5´de cada hebra en el Método de Maxam y Gilbert?

A

Polinucleótido cinasa
ATP radiactivo

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10
Q

La polinucleótido cinasa que es usada como nucleasa en el marcaje de ADN en el método de Maxam y Gilbert, in vitro esta actúa como:

A

Une nucleótidos en vez de separarlos

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11
Q

La hidrólisis química específica del ADN del método de________________es para obtener fragmentos de ADN de hebra____________ marcados, de longitud ___________y que terminen en un____________conocido:

A

Maxam y Gilbert
sencilla
variable
nucleótido

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12
Q

En la hidrólisis química específica del ADN del método de Maxam y Gilbert, la muestra se divide en ____________y cada una recibe____________diferente con el fin de eliminar separadamente las bases____________y___________

A

4 alícuotas
Tratamiento químico
Púricas (A y G)
Pirimidínicas (T y C)

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13
Q

Agentes químicos usados en la hidrólisis química específica del ADN del método de Maxam y Gilbert para dividir las muestras:

A

Dimetil sulfato
Ácido fórmico-dimetilsulfato-piperidina
Hidrazina-piperidina
Hidrazina-1-5M NaCl-piperidina

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14
Q

Agente químicos usado en la hidrólisis química específica del ADN que corta en la G:

A

Dimetil sulfato

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15
Q

Agente químicos usado en la hidrólisis química específica del ADN que corta en A o G:

A

Ácido fórmico-dimetilsulfato-piperidina

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16
Q

Agente químicos usado en la hidrólisis química específica del ADN que corta en C o T:

A

Hidrazina-piperidina

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17
Q

Agente químicos usado en la hidrólisis química específica del ADN que corta en C:

A

Hidrazina-1-5M NaCl-piperidina

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18
Q

En el análisis de los productos del método de Maxam y Gilbert las ____________ obtenidas se analizan por_______________:

A

4 mezclas
Electroforesis

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19
Q

Método que se basa en el mecanismo normal de la replicación

A

Método de Sangers

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20
Q

El método de Sanger, la DNA polimerasa extiende la cadena de DNA debiendo estar presente el ____________ en el _________ de la desoxirribosa

A

Grupo hidroxilo
Carbono 3’

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21
Q

Los_________ carecen del _________ necesario para que se lleve a cabo la polimerización

A

ddNTPs
Grupo 3’ hidroxilo

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22
Q

¿Qué sucede en la polimerización en el método de Sanger al agregar ddNTPs a la cadena creciente?

A

Se interrumpe y forma fragmentos de diferente logitud

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23
Q

La polimerasa empleada en el método de Sanger carece de esta actividad…

A

3’-5’ exonucleasa de corrección

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24
Q

En este método enzimático de la secuenciación del ADN los ddNTPs están marcados con fluorescencia

A

Secuenciación automatizada

25
Q

¿Qué tipo de electroforesis se usa en la separación de fragmentos de DNA en la secuenciación automatizada?

A

Electroforesis capilar

26
Q

¿En qué dirección se encuentran los fragmentos más cortos en la secuenciación automatizada?

A

Hacia 5’

27
Q

¿Cuál es el fluorocromo empleado para A y qué emisión da?

A

JOE–> Verde

28
Q

¿Cuál es el fluorocromo empleado para C y qué emisión da?

A

FAM–> Azul

29
Q

¿Cuál es el fluorocromo empleado para G y qué emisión da?

A

TAMRA–> Amarillo

30
Q

¿Cuál es el fluorocromo empleado para T y qué emisión da?

A

ROX–> Rojo

31
Q

¿Cuáles flourocromos estan derivados de fluoresceína?

A

JOE y FAM

32
Q

¿Cuáles fluorocromos están derivados de rodamina?

A

TAMRA y ROX

33
Q

Cada ddNTP está marcado con un _________ único

A

Flourocromo

34
Q

V o F. La reacción de ddNTPs marcados se hace en diferentes tubos

A

Falso, solo en uno

35
Q

Gráfico realizado con los resultados de un análisis por electroforesis

A

Electroferograma

36
Q

V o F. La detección de un polimorfismo o mutación puntual se hace a través de un electroferograma

A

Verdadero

37
Q

Una reacción de secuenciación emplea un solo ________ o _________, y permite obtener la ________ de una de las cadenas

A

Primer
Cebador
Secuencia

38
Q

Método de reacción de DNA en tiempo real basado en la liberación de pirofosfatos

A

454-pirosecuenciación

39
Q

V o F. El método de Sangers permite secuenciar un genoma humano completo en un solo día o el de una bacteria en unas horas

A

Falso, es la 454-pirosecueciación

40
Q

V o F. La 454-pirosecuenciación requiere correr los fragmentos en un gel, marcadores fluorescentes y el uso de ddNTPs

A

Falso

41
Q

¿Al rededor de cuantas pares de bases la 454-pirosecuenciación puede fragmentar el genoma?

A

300-800pb

42
Q

Oligonucleótidos que se ligan en los extremos de los fragmentos de la 454-pirosecuenciación

A

A y B

43
Q

¿Cuál es la función del oligonucleótido B?

A

Amplificación y secuenciación, y permite hibridar un primer o cebador universal

44
Q

¿Cuál es la función del oligonucleótido A?

A

Para que la secuencia se una a una micro esfera

45
Q

V o F. En la preparación de la micromatriz, las microesferas se depositan en una microcelda, siendo una esfera por pozo

A

Verdadero

46
Q

¿Cuáles son las 4 enzimas necesarias para la pirosecuenciación?

A

DNA polimerasa
Sulfirilasa y su sustrato
Luciferasa y su sustrato
Apirasa

47
Q

Enzima para la pirosecuenciación que incorpora dNTPs liberando PPi

A

DNA polimerasa

48
Q

Enzima para la pirosecuenciación que sintetiza ATP a partir de PPi

A

Sulfirilasa

49
Q

Enzima para la pirosecuenciación que da una emisión de luz a partir de ATP

A

Luciferasa

50
Q

Enzima para la pirosecuenciación que degrada los dNTPs no incorporados

A

Apirasa

51
Q

Método de secuenciación donde usa los nucleótidos terminadores marcados bloqueados reversiblemente en el 3’ OH

A

Ilumina

52
Q

¿A través de qué reacciones se retira el bloqueo en el método de Ilumina?

A

Químicas o fotolíticamente

53
Q

¿Cuándo se retira el bloqueo en el método Ilumina?

A

Después de haber incorporado un nucleótido a la cadena y registrar la señal fluorescente

54
Q

Método de secuenciación que detecta patrones de metilación aberrantes

A

Secuenciación por bisulfito

55
Q

El tratamiento con bisulfito convierte la _________ en ___________ pero no afecta a la _______________

A

Citosina
Uracilo
5-metilcitosina

56
Q

V o F. El tratamiento con bisulfito es previo a la secuenciación

A

Verdadero

57
Q

¿En qué muestras por secuenciación por bisulfito se pueden dar falsos positivos?

A

Muestras con conversión incompletas y en RNA

58
Q

¿En qué tipos de análisis es útil la secuenciación por bisulfito?

A

Muestras forenses
Células madres
Cáncer

59
Q

V o F. En la secuenciación con bisulfito, las citocinas se metilan por este y forman uracilo

A

Verdadero

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