IVd. Secuenciación de proteínas y cristalografía Flashcards
_______determinó la secuencia de ______ de las cadenas polipeptídicas de la hormona insulina:
Frederick Sanger
Aminoácidos
Es posible determinar la secuencia de aminoácidos a partir del conocimiento de________
Secuencia del genoma
La secuencia de _________ en un péptido o _______ se halla especifícada________
Aminoácidos
Proteínas
Genéticamente
Si una proteína se aísla puede analizarse para encontrar:
La secuencia de aminoácidos que la conforman
Se clona la secuencia de _______ que codifican a la__________, la cual también se clona para su estudio y hacer cambios en la secuencia. A esto se le llama:
ácidos nucleicos
proteína
Análisis funcional y/o estructurales
Es el flujo de trabajo para secuenciación:
- Extracción de proteínas
- Separación de proteínas
- Procesamiento para secuenciación
La cuantificación, por ejemplo Bradford, se usa en este paso de la secuenciación:
Extracción de proteínas
La SDS PAGE, 2D, se usa en este paso de secuenciación de proteínas:
Separación de proteínas
El SDS PAGE,2D, permite la separación de proteínas por:
Su criterio de pureza
Además del SDS PAGE, 2D, las proteínas pueden separarse por:
Cromatografía de exclusión molecular, de afinidad, de intercambio iónico
Los agentes reductores y alquilación de cisteínas se usan en este paso de secuenciación de proteínas:
Procesamiento para secuenciación
Eliminar puentes disulfuro:
Agentes reductores
Evita puentes disulfuro:
Alquilación de proteínas
Permite determinar cuáles aminoácidos están presentes y en qué proporción:
Hidrólisis completa
Son los pasos de procesamiento de secuenciación de proteínas:
- Extracción
- Separación
- Proceso de secuenciación:
3.1 Agentes reductores
3.2 Alquilación de proteínas
3.3 Hidrólisis completa
3.4 Digestiones individuales , purificación de los fragmentos, secuenciación de cada fragmento, determinación de la secuencia global
En el procesamiento para secuenciación; las digestiones individuales son:
Por 2 diferentes agentes
En el procesamiento para secuenciación, las digestiones individuales con dos agentes es para obtener:
Péptidos menores a 3 KDa
En el procesamiento para secuenciación, la determinación de la secuencia global es por:
Traslape de los fragmentos individuales
Los métodos de fragmentación de cadenas polipeptídicas todos son:
Proteasas
Los métodos de fragmentación de cadenas polipeptídicas todos son proteasas, excepto:
Bromuro de cianógeno
La ruptura de cadenas polipeptídicas por proteasas puede ocurrir en estas partes del aminoácidos indicado:
Extremo carboxilo (C)
Extremo amino (N)
La tripsina, de páncreas bovino, corta el aminoácido en esta parte:
Lisina (Lys) y Arginina (Arg)–> C
La proteasa submaxilar, corta el aminoácido en esta parte:
Arg (C)
La quimiotripsina, corta el aminoácido en esta parte:
Phe, Trp, Tyr –> C
Sthapylococcus aureus, corta el aminoácido en esta parte:
Asp, Glu (C)
La proteasa Asp-N-proteasa, corta el aminoácido en esta parte:
Asp, Glu (N)
La pepsina, corta el aminoácido en esta parte:
Leu, Phe, Trp, Tyr–>N
El bromuro de cianógeno, corta el aminoácido en esta parte:
Met (C)
La secuenciación de proteínas tiene lugar por estas 2:
- Reacciones para identificar el aminoácido N-t
- Espectrometría de masas
Las reacciones para identificar el aminoácido N-t son:
-Sanger
-Edman
MALDI, ESI y MS/MS son sistemas de ionización para:
Espectrofotometría de masas
Reactivo de Sanger:
2,4-dinitro-fluoro-fenilo
La reacción de la degradación de________ ha sido empleada en secuenciadores automáticos:
Edman
Los equipos que emplean la degradación de Edman solo pueden secuenciar los________ del extremo_____:
40 primeros aminoácidos
N-t
V o F, el rendimiento de la reacción de Edman es del 100%:
No, pierde el péptido poco a poco y al final ya no queda
En la degradación de Edman, se puede hidrolizar la proteína original y realizar la_________ de cada fragmento por________
Secuenciación
separado
La secuencia de una proteína es:
Única
La proteína al ser cortada origina:
Patrón peptídico específico
Los valores exactos del conjunto de __________ de los péptidos es la representación única de la ___________ de una determinada proteína:
Masas moleculares
estructura primaria
Es falso respecto al espectro de masas:
1. Información bidimensional
2. Representa la abundancia de los diferentes tipos de iones
en función de su relación masa/carga de cada uno
3. Evidencia la relación masa/carga (m/z) y se convierte en una huella digital:
Todas son correctas
La espectrometría de masas es la ionización de los componentes de la muestra en_________:
Fase gaseosa
Se separan las especies iónicas resultantes de la espectrometría de masas de acuerdo a:
Su relación masa/carga eléctrica usando campos electromagnéticos
¿Por qué la relación masa/carga eléctrica no se podía aplicar para macromoléculas?
Debido a que el calentamiento para transitar a fase gaseosa las descomponía
Permite deducir la masa de la molécula con mucha presición:
Espectrometría de masas
V o F, la espectrometría de masas requiere muy poca cantidad de muestra:
Verdadero–> ng ej. spot del 2D
Son 3 componentes básicos de espectrometría de masas:
- Sistema de ionización
- Analizador de masas
- Detector de iones
El sistema de ionización de espectrometría de masas incluye________ e_________ a partir de moléculas____________:
Vaporización –> moléculas en fase gaseosa
Ionización
Neutras
El analizador de masas de la espectrometría de masas separa los iones en función de:
La relación masa/carga m/z
El detector de iones de la espectrometría de masas detecta:
Iones formados y registro adecuado de la infor.
Son los 2 sistemas de ionización usados en la espectrometría de masas:
MALDI
ESI
El sistema de ionización MALDI, usa muestras en esta fase:
Fase sólida
El sistema de ionización ESI, usa muestras en esta fase:
Fase líquida
Son analizadores de masas de la espectrometría de masas:
TOF
TOF-TOF
Trampa de iones tridimensional (ion trap)
Q (Quadrupolo)
V o F, en el TOF, la muestra de iones se acelera después de salir del tubo:
Falso, se acelera antes de entrar al tubo de tiempo de vuelo
En el TOF, los iones más pesados se desplazan más:
Lento
En el TOF, el tiempo que tardan en atravesar los iones el tubo nos dice:
Su masa
Los iones son atrapados aplicando una radiofrecuencia en la dirección radial y un potencial continuo repulsivo en la lente de salida:
Trampa de iones
En la trampa de iones, al acumularse estos, salen de la trampa por un:
Voltaje auxiliar
Analizador de masas que funciona como un verdadero filtro de masas:
Quadrupolo
Por los pares alternos de las 4 barras metálicas se aplica un potencial constante que origina un movimiento lateral oscilante de los iones:
Quadrupolo
En el Quadrupolo, determinado ion se puede mover sin chocar con las barras e ingresar a:
Detector
Sistema de ionización, que consiste en una técnica de estado sólido que da préstamos en pulsos, más adecuada para el tiempo de vuelo:
MALDI
Sistema de ionización que es una técnica de solución que proporciona un flujo continuo de lentes, mejor para cuadrupolo, trampas de iones, etc.
ESI
En la detección de iones, se detecta:
Flujo iónico
El espectro de masas evidencia el número de __________en la muestra y el ___________ de cada uno:
Componentes
Peso molecular
En la interpretación de la detección de iones se puede identificar también:
Coafactores unidos
iones metálicos
modificaciones covalentes
Método que determina la estructura tridimensional de una macromolécula:
Cristalografía de rayos X
La cristalografía de rayos X determina la estructura tridimensional de una macromolécula por medio de:
Un análisis del patrón de difracción de rayos x por un compuesto cristalino
La cristalografía de rayos X determina la separación de los_____ en una red cristalina, midiendo las ___________ producidas en una _________ por un_____________ difractado:
Átomos
Ubicaciones de manchas
Película fotográfica
Haz de rayos X
Distancia mínima a la cual el equipo puede mostrar dos puntos como entidades separadas:
Resolución
La resolución depende de:
La longitud de onda de la luz
A menor longitud de onda de luz, hay:
Mayor resolución
Los rayos x tienen longitudes de onda comparables a:
Las distancias atómico
Los rayos X se producen al someter una carga eléctrica a:
Una aceleración (lanzar electrones sobre un metal)
V o F, los electrones de la macromolécula en estudio emiten a su vez rayos x:
Verdadero
Conforme pasa la onda los electrones______________ y la emisión es__________:
Oscilan, se aceleran
En todas direcciones
Las emisiones de varios electrones experimentan______________:
Interferencia en diferentes direcciones
Son las interferencias que presentan las emisiones de los electrones:
Interferencia constructiva
Interferencia destructiva
En la interferencia constructiva en la pantalla aparece:
Una mancha
En la interferencia destructiva en la pantalla aparece:
No existe señal y se observan regiones oscuras
La amplitud de las ondas se incrementa cuando se hallan en:
Fase
