IVd. Secuenciación de proteínas y cristalografía Flashcards

1
Q

_______determinó la secuencia de ______ de las cadenas polipeptídicas de la hormona insulina:

A

Frederick Sanger
Aminoácidos

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2
Q

Es posible determinar la secuencia de aminoácidos a partir del conocimiento de________

A

Secuencia del genoma

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3
Q

La secuencia de _________ en un péptido o _______ se halla especifícada________

A

Aminoácidos
Proteínas
Genéticamente

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4
Q

Si una proteína se aísla puede analizarse para encontrar:

A

La secuencia de aminoácidos que la conforman

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5
Q

Se clona la secuencia de _______ que codifican a la__________, la cual también se clona para su estudio y hacer cambios en la secuencia. A esto se le llama:

A

ácidos nucleicos
proteína
Análisis funcional y/o estructurales

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6
Q

Es el flujo de trabajo para secuenciación:

A
  1. Extracción de proteínas
  2. Separación de proteínas
  3. Procesamiento para secuenciación
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7
Q

La cuantificación, por ejemplo Bradford, se usa en este paso de la secuenciación:

A

Extracción de proteínas

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8
Q

La SDS PAGE, 2D, se usa en este paso de secuenciación de proteínas:

A

Separación de proteínas

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9
Q

El SDS PAGE,2D, permite la separación de proteínas por:

A

Su criterio de pureza

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10
Q

Además del SDS PAGE, 2D, las proteínas pueden separarse por:

A

Cromatografía de exclusión molecular, de afinidad, de intercambio iónico

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11
Q

Los agentes reductores y alquilación de cisteínas se usan en este paso de secuenciación de proteínas:

A

Procesamiento para secuenciación

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12
Q

Eliminar puentes disulfuro:

A

Agentes reductores

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13
Q

Evita puentes disulfuro:

A

Alquilación de proteínas

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14
Q

Permite determinar cuáles aminoácidos están presentes y en qué proporción:

A

Hidrólisis completa

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15
Q

Son los pasos de procesamiento de secuenciación de proteínas:

A
  1. Extracción
  2. Separación
  3. Proceso de secuenciación:
    3.1 Agentes reductores
    3.2 Alquilación de proteínas
    3.3 Hidrólisis completa
    3.4 Digestiones individuales , purificación de los fragmentos, secuenciación de cada fragmento, determinación de la secuencia global
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16
Q

En el procesamiento para secuenciación; las digestiones individuales son:

A

Por 2 diferentes agentes

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17
Q

En el procesamiento para secuenciación, las digestiones individuales con dos agentes es para obtener:

A

Péptidos menores a 3 KDa

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18
Q

En el procesamiento para secuenciación, la determinación de la secuencia global es por:

A

Traslape de los fragmentos individuales

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19
Q

Los métodos de fragmentación de cadenas polipeptídicas todos son:

A

Proteasas

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20
Q

Los métodos de fragmentación de cadenas polipeptídicas todos son proteasas, excepto:

A

Bromuro de cianógeno

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21
Q

La ruptura de cadenas polipeptídicas por proteasas puede ocurrir en estas partes del aminoácidos indicado:

A

Extremo carboxilo (C)
Extremo amino (N)

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22
Q

La tripsina, de páncreas bovino, corta el aminoácido en esta parte:

A

Lisina (Lys) y Arginina (Arg)–> C

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23
Q

La proteasa submaxilar, corta el aminoácido en esta parte:

A

Arg (C)

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24
Q

La quimiotripsina, corta el aminoácido en esta parte:

A

Phe, Trp, Tyr –> C

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25
Q

Sthapylococcus aureus, corta el aminoácido en esta parte:

A

Asp, Glu (C)

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26
Q

La proteasa Asp-N-proteasa, corta el aminoácido en esta parte:

A

Asp, Glu (N)

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27
Q

La pepsina, corta el aminoácido en esta parte:

A

Leu, Phe, Trp, Tyr–>N

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28
Q

El bromuro de cianógeno, corta el aminoácido en esta parte:

A

Met (C)

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29
Q

La secuenciación de proteínas tiene lugar por estas 2:

A
  1. Reacciones para identificar el aminoácido N-t
  2. Espectrometría de masas
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30
Q

Las reacciones para identificar el aminoácido N-t son:

A

-Sanger
-Edman

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31
Q

MALDI, ESI y MS/MS son sistemas de ionización para:

A

Espectrofotometría de masas

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32
Q

Reactivo de Sanger:

A

2,4-dinitro-fluoro-fenilo

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33
Q

La reacción de la degradación de________ ha sido empleada en secuenciadores automáticos:

A

Edman

34
Q

Los equipos que emplean la degradación de Edman solo pueden secuenciar los________ del extremo_____:

A

40 primeros aminoácidos
N-t

35
Q

V o F, el rendimiento de la reacción de Edman es del 100%:

A

No, pierde el péptido poco a poco y al final ya no queda

36
Q

En la degradación de Edman, se puede hidrolizar la proteína original y realizar la_________ de cada fragmento por________

A

Secuenciación
separado

37
Q

La secuencia de una proteína es:

A

Única

38
Q

La proteína al ser cortada origina:

A

Patrón peptídico específico

39
Q

Los valores exactos del conjunto de __________ de los péptidos es la representación única de la ___________ de una determinada proteína:

A

Masas moleculares
estructura primaria

40
Q

Es falso respecto al espectro de masas:
1. Información bidimensional
2. Representa la abundancia de los diferentes tipos de iones
en función de su relación masa/carga de cada uno
3. Evidencia la relación masa/carga (m/z) y se convierte en una huella digital:

A

Todas son correctas

41
Q

La espectrometría de masas es la ionización de los componentes de la muestra en_________:

A

Fase gaseosa

42
Q

Se separan las especies iónicas resultantes de la espectrometría de masas de acuerdo a:

A

Su relación masa/carga eléctrica usando campos electromagnéticos

43
Q

¿Por qué la relación masa/carga eléctrica no se podía aplicar para macromoléculas?

A

Debido a que el calentamiento para transitar a fase gaseosa las descomponía

44
Q

Permite deducir la masa de la molécula con mucha presición:

A

Espectrometría de masas

45
Q

V o F, la espectrometría de masas requiere muy poca cantidad de muestra:

A

Verdadero–> ng ej. spot del 2D

46
Q

Son 3 componentes básicos de espectrometría de masas:

A
  1. Sistema de ionización
  2. Analizador de masas
  3. Detector de iones
47
Q

El sistema de ionización de espectrometría de masas incluye________ e_________ a partir de moléculas____________:

A

Vaporización –> moléculas en fase gaseosa
Ionización
Neutras

48
Q

El analizador de masas de la espectrometría de masas separa los iones en función de:

A

La relación masa/carga m/z

49
Q

El detector de iones de la espectrometría de masas detecta:

A

Iones formados y registro adecuado de la infor.

50
Q

Son los 2 sistemas de ionización usados en la espectrometría de masas:

A

MALDI
ESI

51
Q

El sistema de ionización MALDI, usa muestras en esta fase:

A

Fase sólida

52
Q

El sistema de ionización ESI, usa muestras en esta fase:

A

Fase líquida

53
Q

Son analizadores de masas de la espectrometría de masas:

A

TOF
TOF-TOF
Trampa de iones tridimensional (ion trap)
Q (Quadrupolo)

54
Q

V o F, en el TOF, la muestra de iones se acelera después de salir del tubo:

A

Falso, se acelera antes de entrar al tubo de tiempo de vuelo

55
Q

En el TOF, los iones más pesados se desplazan más:

A

Lento

56
Q

En el TOF, el tiempo que tardan en atravesar los iones el tubo nos dice:

A

Su masa

57
Q

Los iones son atrapados aplicando una radiofrecuencia en la dirección radial y un potencial continuo repulsivo en la lente de salida:

A

Trampa de iones

58
Q

En la trampa de iones, al acumularse estos, salen de la trampa por un:

A

Voltaje auxiliar

59
Q

Analizador de masas que funciona como un verdadero filtro de masas:

A

Quadrupolo

60
Q

Por los pares alternos de las 4 barras metálicas se aplica un potencial constante que origina un movimiento lateral oscilante de los iones:

A

Quadrupolo

61
Q

En el Quadrupolo, determinado ion se puede mover sin chocar con las barras e ingresar a:

A

Detector

62
Q

Sistema de ionización, que consiste en una técnica de estado sólido que da préstamos en pulsos, más adecuada para el tiempo de vuelo:

A

MALDI

63
Q

Sistema de ionización que es una técnica de solución que proporciona un flujo continuo de lentes, mejor para cuadrupolo, trampas de iones, etc.

A

ESI

64
Q

En la detección de iones, se detecta:

A

Flujo iónico

65
Q

El espectro de masas evidencia el número de __________en la muestra y el ___________ de cada uno:

A

Componentes
Peso molecular

66
Q

En la interpretación de la detección de iones se puede identificar también:

A

Coafactores unidos
iones metálicos
modificaciones covalentes

67
Q

Método que determina la estructura tridimensional de una macromolécula:

A

Cristalografía de rayos X

68
Q

La cristalografía de rayos X determina la estructura tridimensional de una macromolécula por medio de:

A

Un análisis del patrón de difracción de rayos x por un compuesto cristalino

69
Q

La cristalografía de rayos X determina la separación de los_____ en una red cristalina, midiendo las ___________ producidas en una _________ por un_____________ difractado:

A

Átomos
Ubicaciones de manchas
Película fotográfica
Haz de rayos X

70
Q

Distancia mínima a la cual el equipo puede mostrar dos puntos como entidades separadas:

A

Resolución

71
Q

La resolución depende de:

A

La longitud de onda de la luz

72
Q

A menor longitud de onda de luz, hay:

A

Mayor resolución

73
Q

Los rayos x tienen longitudes de onda comparables a:

A

Las distancias atómico

74
Q

Los rayos X se producen al someter una carga eléctrica a:

A

Una aceleración (lanzar electrones sobre un metal)

75
Q

V o F, los electrones de la macromolécula en estudio emiten a su vez rayos x:

A

Verdadero

76
Q

Conforme pasa la onda los electrones______________ y la emisión es__________:

A

Oscilan, se aceleran
En todas direcciones

77
Q

Las emisiones de varios electrones experimentan______________:

A

Interferencia en diferentes direcciones

78
Q

Son las interferencias que presentan las emisiones de los electrones:

A

Interferencia constructiva
Interferencia destructiva

79
Q

En la interferencia constructiva en la pantalla aparece:

A

Una mancha

80
Q

En la interferencia destructiva en la pantalla aparece:

A

No existe señal y se observan regiones oscuras

81
Q

La amplitud de las ondas se incrementa cuando se hallan en:

A

Fase