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Biología molecular > Va. Extracción, cuantificación y purificación de ácidos nucleicos > Flashcards

Va. Extracción, cuantificación y purificación de ácidos nucleicos Flashcards

1
Q

La cuantificación y determinación de pureza de los ácidos nucleicos está dada por:

A

Espectrofotómetro

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Q

La purificación de los ácidos nucleicos está dada por:

A

Cromatografía de afinidad
Electroforesis

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Q

Tipos de electroforesis:

A

Convencional en gel
Campo pulsado
Capilar

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4
Q

Es el primer paso en la tecnología del ADN recombinante:

A

Aislamiento del ADN

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5
Q

¿Dónde se halla el ADN genómico de la célula eucariota?

A

Núcleo

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6
Q

El ADN genómico se halla asociado a:

A

Proteínas

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7
Q

¿Dónde se halla el ADN plasmídico?

A

Procariotas

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8
Q

¿Cuál es la función del buffer de lisis en la extracción de ADN genómico?

A

Mantener pH
Romper membranas
Desnaturaliza y degrada proteínas

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9
Q

Son los 7 pasos para la extracción de ADN genómico:

A
  1. Muestra de células
  2. Añadir buffer de lisis
  3. Precipitar proteínas
  4. Precipitar ADN
  5. Lavado
  6. Resuspender en agua libre nucleasas
  7. Cuantificar y determinar pureza
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10
Q

En la extracción del ADN genómico, este se precipita con:

A

Alcohol frío
Concentraciones elevadas de sal

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11
Q

Es el método más común para separar las células mononucleares de sangre periférica (CMSP):

A

Gradiente de Ficoll que separa por diferencias de gradientes

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12
Q

Son los componentes que forman al buffer de lisis:

A

Tris-HCL: 50 mM
SDS: 1%
Proteasas: proteína K (2mg/ml)

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13
Q

¿A qué pH se debe de hallar el Tris-HCL del buffer de lisis?

A

8.0

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14
Q

¿Cuál es la función del Tris-HCL en el buffer de lisis?

A

Mantener pH para que el ADN mantenga su carga negativa

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15
Q

Detergente aniónico del buffer de lisis para romper las membranas y se libere el ADN:

A

SDS 1%

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16
Q

¿Cuál es la función del SDS en el buffer de lisis?

A

Desnaturaliza proteínas y sean accesibles a proteasas

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17
Q

La proteinasa K del buffer de lisis se aisló de:

A

Hongo Tritirachium album

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18
Q

¿En qué condiciones se halla activa la proteinasa K del buffer de lisis?

A

Bajo condiciones desnaturalizantes

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19
Q

V o F, la proteinasa K es una serina proteasa:

A

Verdadero

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20
Q

Son las 3 funciones de la proteinasa K del buffer de lisis:

A

Activa contra proteínas nativas y desnaturalizadas
Inactiva ARNasas ADNasas
Destruyen proteínas que crean un enlace con el ADN

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21
Q

¿Qué proteínas que crean un enlace con el ADN, pueden ser destruidas por la proteinasa K?

A

Polimerasas
Factores de transcripción
Histonas

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22
Q

La proteinasa K del buffer de lisis aumenta:

A

-Pureza de ADN y que se contamine menos por proteínas
-Calidad/cantidad de ADN no degradado

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23
Q

¿Con qué soluciones se puede precipitar las proteínas para la extracción de ADN genómico?

A

Soluciones de acetona

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24
Q

¿Qué queda en el sobrenadante cuando se centrifugan proteínas para poder precipitarlas?

A

Ácido nucleico

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25
Q

Al precipitar ADN por sales (NaCl), estos iones se encargan de:

A

Neutralizar cargas negativas de los grupos P

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26
Q

V o F, al precipitar ADN con sales, las moléculas se repelen:

A

Falso, se juntan

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27
Q

Al precipitar el ADN con sales, disminuye_______________ y así se facilita____________ al añadir__________:

A

Solubilidad del ADN
Precipitar el ADN
Alcohol

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28
Q

Son características del alcohol frío (etanol) que precipita el ADN:

A

Miscible con agua
Menos polar que el agua

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29
Q

V o F, el ADN es soluble en etanol:

A

Falso, no lo es

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30
Q

¿Quién es más polar del ADN y ARN en alcohol frío (etanol)?

A

ARN, por lo tanto no precipita

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31
Q

Función de la T° al precipitar el ADN:

A

Al disminuirse la T° se insolubiliza más el ADN

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32
Q

Función del etanol al 75% en los lavados:

A

Remueve sales e impurezas no disueltas en el ADN

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33
Q

La solubilización del ADN en agua libre de nucleasas se da en este paso de la extracción del ADN genómico:

A
  1. Resuspensión del ADN
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34
Q

Los espectros de absorbancia de á. nucleicos y proteínas muestran estos niveles máximos:

A

260nm: á. nucleicos
280nm: proteínas

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35
Q

El espectrofotómetro calcula la concentración de á. nucleicos en la solución con base a:

A

Absorbancia a 260 nm

36
Q

Coeficiente que determina la pureza:

A

260/280

37
Q

¿En qué paso de la extracción del ADN genómico se utilizan los espectros para calcular la concentración de ácidos nucleicos?

A
  1. Concentración y pureza
38
Q

El método del Fenol-cloroformo en la extracción del ARN, tiene esta función similar al SDS en la extracción de ADN:

A

Romper membranas
Desnaturaliza proteínas
Libera ácidos nucleicos asociado a otras moléculas

39
Q

En la extracción del ARN, la adición de más cloroformo provoca:

A

Separación de las fases

40
Q

Entre el fenol y el cloroformo, ¿quién tiene mayor polaridad?

A

Fenol, el cloroformo es inmiscible en agua

41
Q

El ADN al ser menos polar que el ARN, se queda entre estas dos fases:

A

Fase acuosa y fenólica junto con las proteínas

42
Q

¿En qué fase el ARN se halla disuelto?

A

Fase acuosa

43
Q

¿Qué tipo de alcohol se adiciona para poder precipitar el ARN y después centrifugarlo?

A

Alcohol frío (isopropanol)

44
Q

Entre el isopropanol y el etanol, ¿cuál es más polar?

A

Etanol

45
Q

Factores extrínsecos a la partícula que determinan su movilidad electroforética:

A

1.Concentración de agarosa
2. Voltaje que se aplica
3. Tiempo de corrida
4. T°

46
Q

El polisacárido de Agarosa se halla formado por:

A

B-(1-4)-(3-6)-anhidro-L-galactosa
a-(1-3)-D-galactosa

47
Q

La agarosa es soluble en agua y a temperaturas superiores a:

A

65°C

48
Q

Concentración de agarosa:

A

0.5-4%

49
Q

La movilidad_________al aumentar el % de agarosa:

A

Disminuye, pero se separa mejor

50
Q

Cuando se aumenta el voltaje la movilidad__________ aunque puede no_____________la resolución:

A

Aumenta
incrementar

51
Q

Voltaje típico por cada cm de gel

A

Aprox. 10V/cm de gel

52
Q

Aproximadamente, ¿Cuánto mide un gel de agarosa y cuál es el voltaje adecuado para su tamaño?

A

100-130V y mide 10-15 cm

53
Q

¿Qué voltaje genera una mejor resolución por cm de gel?

A

5V/cm de gel

54
Q

V o F. A mayor tiempo de corrida menor resolución

A

Falso, es mayor la resolución

55
Q

Al ______ la temperatura, la movilidad ______ como si hubiera ______ la concentración de agarosa

A

Incrementar
Aumenta
Disminuido

56
Q

¿Qué le sucede al gel si la temperatura aumenta más de lo normal?

A

El gel puede fundirse, la temperatura se mantiene lo más bajo posible

57
Q

Agentes que se usan para la visualización de los ácidos nucleicos por su florescencia

A
  1. Bromuro de etidio
  2. SYBR
58
Q

¿Qué agente que se usa para la visualización de ácidos nucleicos se intercala entre las bases?

A

Bromuro de etidio

59
Q

El bromuro de etidio absorbe de _________ a________ y emite fluorescencia de _______________

A

260-300nm
Rojo-naranja

60
Q

V o F. El bromuro de etidio detecta hasta 3 ng

A

Falso, es más sensible, detecta 1 ng; el agente que si detecta 3ng es el SYBR

61
Q

¿Qué agente es menos tóxico pero menos sensible?

A

SYBR

62
Q

¿En qué situaciones se agrega el bromuro de etidio?

A

Agarosa o post corrida

63
Q

Son mezclas de moléculas de diferente PM que sirven de referencia para el análisis cualitativo de las muestras analizadas

A

Marcadores de peso molecular

64
Q

Los marcadores de peso molecular son una mezcla de estas moléculas…

A

Ácidos nucleicos

65
Q

Ejemplos de marcadores de peso molecular

A

DNA de fagos o plásmidos digeridos por enzimas de restricción

66
Q

¿A qué se refiere el análisis cualitativo en marcadores de peso molecular?

A

Determinar el PM en una banda específica

67
Q

La EMSA mide el….

A

Análisis de retraso en gel

68
Q

¿Cuál es el fundamento de la EMSA?

A

Está basada en la interacción de ácidos nucleicos y proteínas (las cuales tienen mayor PM)

69
Q

V o F. La electroforesis en gel de campo pulsado, se usa para la separación de grandes fragmentos de ADN

A

Verdadero, hasta millones de bases

70
Q

En este tipo de electroforesis las moléculas se reorientan por cambios periódicos en la dirección del cambio eléctrico

A

Electroforesis en gel de campo pulsado

71
Q

Al aplicar E1 las cadenas de ADN se ____________ y ____________ en esa dirección

A

Estiran
Orientan

72
Q

Al aplicar E2, perpendicular a E1, se obliga a las cadenas de ADN a ___________, _______________, y ___________ en una nueva dirección

A

Relajarse
Elongarse
Alinearse

73
Q

En la electroforesis en gel de campo pulsado les toma_____________ tiempo reorientarse y exhiben ____________ movilidad

A

menor
mayor

74
Q

¿Cuál es el ángulo de reorientación entre E1 y E2?

A

> 100°

75
Q

¿Qué medios para evitar que el DNA se fragmente, se utilizan en la electroforesis de gel de campo pulsado?

A

Concentraciones de alta viscosidad y células completas

76
Q

Previo al corrimiento electroforético en gel de campo pulsado, ¿Qué sucede con el ADN genómico?

A

Se digiere con enzimas de restricción

77
Q

Cuando el ángulo alfa se incrementa, los campos eléctricos son…

A

Campos eléctricos no homogéneos

78
Q

Cuando el ángulo alfa es constante, los campos eléctricos son…

A

Campos eléctricos homogéneos

79
Q

¿Cuáles son los campos eléctricos no homogéneos?

A

PFGE
OFAGE
TAFE

80
Q

¿Cuáles son los campos eléctricos homogéneos?

A

FIGE
CHEF: más usada
RGE

81
Q

Cuanto _________ es el tamaño del ADN a separar, ___________ es la duración de los pulsos y __________ el voltage

A

mayor
mayor
menor

82
Q

Electroforesis que es empleada en la secuenciación automatizada:

A

Electroforesis capilar

83
Q

En la electroforesis capilar, se usan capilares de:

A

Sílice (SiO2) recubiertos de poliamidas

84
Q

Campo eléctrico de la electroforesis capilar:

A

mayor a 100-500 V/cm

85
Q

Tiempo que tarda en dar resultados la electroforesis capilar:

A

5-60 min

86
Q

El ADN del gen discontinuo posee:

A

Intrones=mayor PM

87
Q

El ADNc se corresponde a:

A

ARNm, que carece de intrones=menor PM

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