Untit 3: Chapter 12: Part 2: Levende fossielen: DNA neemt de geschiedenis van de aarde op. Flashcards
Noem 3 dingen die Carl Woese in zijn leven heeft onderzocht.
- Pionier in het gebruik van rRna in Phylogenetische studies.
- De drie domeinen van het leven opgesteld.
- Gezorgd voor een fylogenetisch raamwerk voor bacteria.
Noem 4 redenen waarom Small Subunit ribosomal RNA wordt gebruikt voor fyliogenetisch onderzoek.
- Het komt voor in alle domeinen van het leven.
- Functie is constant.
- Het veranderd langzaam.
- Het is lang genoeg.
Noem de naam van ssu rRNA in porkaryoten en in eukaryoten.
16S rRNA in prakaryota
18s rRNA in Eukaria
Voor wat voor soort onderzoek is ssu rRNA geschikt
Om de genetische relatie tussen alle organisme op aarde te onderzoeken.
Wat is het verschil tussen het 16s rRNA van Bacteria en Archrea
De secundaire folding is het zelfde alleen de sequenties verschillen in de primaire structuur.
Wat is Phyliogeny
- Evolutionaire geschiedenis van een groep Organisme
2. Het is een afgeleide van de nucleotide sequentie data.
Waar zorgt Horizontal Gene transfer voor.
Uitwisseling van genen tussen de verschillende takken,
Hoeveel evolutionaire groepen bevat Bacteria?
minstens 80 fylia
Waar komt de meeste kennis bij bacteria vandaan?
Alleen uit omgevings sequenties, er zijn weinig mogelijkheden om deze in het lab te houden.
Hoe komt het dat de groepen zo divers zijn?
Omdat de fenotype veel verschillen, ookal lijkt de phylogeny op elkaar.
Wat is er zo bijzonder aan deze groep?
Lange tijd voor evolutie al miljarden jaren
Uit hoeveel phylia bestaat archrea?
- (2 hiervan bevatten soorten die niet in een cultuur te houden zijn)
Welke twee groepen bevatten veel beschreven soorten?
Crenarchaeota & Euryarchaeota (begin van het alfabet)
Waar stammen de eukaryotische organellen van af?
Proteobacteria
Waar stammen de eukaryotische chloroplasten van af?
Cyanobacteria
Hoe kunnen de drie domeinen van het leven van elkaar worden onderscheiden?
Door fenotipische eigenschappen.
Noem de 3 stappen voor DNA Sequensing
- Amplification (vermeerderen van het gen)
- Sequencing (op volgorde zetten van het gen)
- Analisis ( analyseren van de sequentie tegenover andere sequenties)
Wat is PCR en waar wordt het voor gebruikt?
Polymerase chain reaction, PCR primers kunnen worden gebuikt om een deel van het RNA te kopieren.
Waarom wordt het DNA door de Agarose gel gehaald?
Om te zoeken naar de correcte grote.
Wanneer is een gen homoloog?
Als de genen komen van een gezamelijke voorouder.
Welke twee verschillende soorten homologen zijn er?
Ortholoog en paraloog
Wat is paraloog?
Gerelateerd door genduplicatie
Wat is Ortholoog
Komen van 1 voorouder.
Wat gebeurt er tijdens de sequentie alignment?
Er worden gaps toegevoegd, om de juiste positie homologie te krijgen.
Wat is een phyliogenetische tree?
Een grafische illustratie van de relatie tussen sequnties.
Waar uit bestaat een phyliogenetische Tree
Nodes and branches
Wat laten de branches zien?
De afstamming en voorouders van de knopen
Wat laat de lengte van de branches zien?
Het aantal veranderingen die zijn ontstaan langs die tak
Wat laten de uit eindes zien?
Soorten die vandaag de dag leven.
Wat is een unrooted tree?
Laat de relatie tussen de soorten zien maar niet de voorouder
Wat is een rooted tree?
Laat de positie van de voorouder zien van alle organisme die in dat diagram worden onderzocht.
Waarvoor wordt filyogenetisch onderzoek voor gebruikt?
Analyse van data van moleculaire sequenties om de ene correcte tree te krijgen.
Wat is de cladistic method
De verschillen tellen om zo een distance matrix te maken. deze gegevens worden gebruikt om een tree te maken.
Hoe worden algoritmes gebruikt voor de cladastic method?
Deze gebruikt bepaalde stappen om zo een tree op te stellen
Hoe worden optimale critiria gebruikt voor de cladastic method?
Selecteert de beste tree uit verschillende opties.
