Transcripción Flashcards
Alcaptonuria
enf. que descubrio Archibald Garrod, que se produce por ausencia de una enzima que oxida el Ac. HOMOGENISTICO ( formado durante el proces. de la Phe y Tyr)
RELACION ENTRE EL GEN, ENZIMA Y ENF METABOLICAS
Hongo neuspora ( exp. de enzimas)
el moho del pan solo puede crecer con 1 sola fuente de carbono ( 1 azucar), sales inorganicas y biotina.
con este experimento se dieron cuenta que al mutarlas, no proliferaban en medio minimo sino donde habian vitaminas como el AC. PANTOTENICO.
Alli se dieron cuenta que los genes codifican enzimas, o vitaminas, etc.
Piridoxina
vitamina b6
Tiamina
Vitamina b1
Transcripcion
sintesis de ARN a partir de una plantilla de ADN, existe un intermediario EL MRNA ( tiene la misma info que el adn y permite a la celula incrementar su actividad ya que puede procesarse y salir del nucleo, al citosol para empezar la traduccion
rRNA
RNA ribosomico.
da soporte estructural y catalizan la rxn para que los aa se unan de forma covalente para formar polipeptidos
tRNA
RNA de transferencia.
necesarios para traducir la info. codificada en el mrna en el ‘‘idioma’’ de los aa
dif. entre los p de b entre el ADN Y ARN
Los RNA contienen a menudo pares de bases que no son comunes y base nitrogenadas modificadas que sirven como sitios de reconocimiento a proteinas y otros rna, promueven el plegamiento de la molecula y a estabilizar la estructura
el Sno RNA, snRNA, siRA, piRNA, miRNA
son NO CODIFICADORES, que funcionan como reguladores o controlan la expresion genica.
Enzima encargada de la TRANSCRIPCION
---- RNA POLIMERASA---- va de 3--->5 incorpora 1 nucleotido a la vez cubre alrededor de 35 P DE B DEL ADN Se adhiere al ADn por un sitio llamado PROMOTOR con la ayuda de los Factores de Transcripcion
Albinismo
Convierte TYR en melanina
Dirección de la hebra control del ADN
5 —————-> 3
Direccion de la hebra plantilla o molde del ADN
3 ——————> 5
el Rna 1° tiene la misma direccion que la hebra control 5>3 porque es antiparalela y complementaria a esta
La transcripcion y la traduccion en las bacterias se produce en…
el CITOPLASMA ( no tienen nucleo)
Corriente abajo es hacia…
+ 3’
Corriente arriba es hacia…
- 5’
Los factores de transcripcion especificos (STF) se unen en…
los reguladores
Los factores de transcripcion Generales (GTF) se unen en…
los promotores
La unidad de Transcripcion…
del +1 hasta aprox. + 30.0000
En bacterias… la ARN polimerasa es
transcripcion
- Pentamerica
- act- helicasa (abre la burbuja)
- sintetiza cte abajo
En bacterias… el GTF es…
transcripcion
- Factor sigma (70)
- Se une a los promotores : - TTGACA (caja de consenso) y TATAAT( caja de pribnow) en la hebra control
En bacterias… el factor de terminacion en la transcripcion es…
50 % el FACTOR P RHO, que se desliza por el transcrito primario y desactiva a la rna polim.
50% por una sec. de terminacion
Monocistronicos
que tiene 1 SOLA UNIDAD DE TRANSCRIPCION
algunas bacterias y TODOS LOS EUCARIOTAS
Policistronicos
que tienen VARIAS UNIDADES DE TRANSCRIPCION (algunas bacterias)
OPERONES
En donde la replicacion, la transcripcion y la traduccion pueden ocurrir simultaneamente
BACTERIAS
En Eucariotas… la transcripcion depende de cuantos tipos de Rna polimerasa y cuantas subunidades tienen todas
3, pero 5 en plantas
TIENEN 12 SUBUNIDADES
En Eucariotas…
La RNA polimerasa I sintetiza…
rRNA 45s
En Eucariotas…
La RNA polimerasa II sintetiza…
mRNA IncRNA (xist) TeRNA sn y sno RNA miRNA y siRNA
En Eucariotas…
La RNA polimerasa III sintetiza…
rRNA 5s
tRNA
snRNAU6
scRNA75s
En Eucariotas…
Las RNA polimerasas IV Y V (plantas) sintetizan
siRNA
¿Cual RNA Polimerasa tiene la cola CTD?
y que secuencias de aa tiene
la RNA POLIMERASA II
tiene la secuencia TYR-SER-PRO-THR-SER-PRO-SER
repetidas 52 VECES
Transcripción del 45s…
l¿QUE HAY EN LA UNIDAD DE TRANSCRIPCION?
va del +1 al +13.0000
Estan los segmentos que se quieren transcribir
2 : Segm 18 s
4: segm 5,8 s
6: segm. 28 s
y tambien los segmentos espaciadores, que por estar en la unidad de transcripcion sí se transcriben: 1,3,5,7
Transcripción del 45s…
el regulador esta hacia
-200
Transcripción del 45s…
el promotor esta hacia
-100
Transcripción del 45s…
en el regulador: un STF llamado UBF
en el promotor: un GTF llamado SL-1 (compuesto de TBP Y TAF).
La RNA Polimerasa I, sintetiza corriente abajo agregando nucleotidos hacia 3’, primero crea puentes de hidrogeno y luego los enlaces fosfodiester
y termina cuando alcanza la secuencia POLI T
El arbol de navidad
Es porque en la transcripcion el 45s, las RNA polimerasas entran cada 100 p de b.
HAY 13O ‘RAMAS’ porque la 45s tiene 13000 P DE B
Distancias de la RNA polim I en el 45s
ella Ocupa 35 p de b, de los cuales 15 p de b estan dentro de la burbuja de transcripcion, y dentro de la burbuja hay 9 p de b que son hibridos de ADN-ARN
¿Como se procesa el 45s para dar los rRNA maduros 18s, 5,8s y 28 s?
unas SNO RNP (prot. nucleolares pequeñas)
1° un snoRNP U3 : elimina y corta los espaciadores
ME QUEDA UN RRNA 41S
2° otra snoRNP corta al 41s en 2 para darme
- rRNA 20 S y una rRNA 32s
3° un HEXOSOMA digiere el extremo 3’ del 20 s para dar el rRNA 18 S DE 2000 NU
4° del rRNA 32s viene un snoRNP y le corta en 2 otra vez, y tambien un exosoma digiere el extremo 3’
5° se forman en rRNA 5,8s (160 NU) Y EL rRNA 28 s(7000 nu)
Hexosoma
enzima con actividad exonucleasa que digiere los extremos 3’
tiene 12 SUBUNIDADES
Procesamiento del 45s…
LA METILACION
LA SNORNP U20( proteinas + snoRNA o part. U) que en la sno RNA tiene una secuencia CUGA(caja c/b) hacia su extremo 3’ que se une al rRNA y permite metilarla en el C2 de la ribosa
Procesamiento del 45s…
SEUDOURIDINACION
LAS SNO RNP U68 tiene una secuencia ACA ( CAJA H/ACA) hacia su 3’
trasforman 100 uridinas en 100 seudouridinas.
1° separan el uracilo de la ribosa
2° Giran 120° el uracilo
3° vuelven a unirlo a la ribosa
Procesamiento del 45s…
PLEGAMIENTO
las RNA HELICASAS le separan a las sno rnp y permiten que puedan plegarse y formar tallos, asas, etc.
Procesamiento del 45s…
ENSAMBLADO
18 s + 33 proteinas s = subunidad menor 40 s
28s + 5,8 s + 49 proteinas L + 5s = subunidad mayor 60 s
se unen a 82 proteinas para formar al ribosoma 80 s
Que es el procesamiento co- transcripcional
en el rRNA 45 s ambos ocurren simultaneamente en el nucleolo.
Centros fibrilares : contiene a las 200 copias de los genes
Componente Fibrilar Denso: cortes, metilaciones, seudouridinaciones
Componente Granular: plegamiento y ensamblado
N° de nucleolos en humanos
5
pero generalmente se unen todos en 1
rRNA 5s
sec. moderadamente repetidas.
2000 copias en el par cromosomico 1
teRNA
sec. moderadamente repetidas
50 tipos de teRNA y 1300 genes de est en humanos
Transcripcion del rRNA 5s y teRNA
- RNA polimerasa: III
- GTF : TFIIIA, TFIIIB Y TFIIIC
tiene un promotor interno ( QUE esta dentro de la unidad de transcripcion)
Procesamiento del 5s…
-metilaciones, seudouridinaciones, plegamiento
el maduro posee 150 NU DE LARGO
- se transporta al nucléolo donde se une al 28 s, 5,8 s etc. para formar la sub mayor 60s
Procesamiento del pre tRNA…
Tiene 3 partes:
- Espaciadores: son eliminados por la Ribonucleasa P (ribozima)
- Intrones: eliminado por endonucleasas
- exones: que se unen/empalman por una RNA LIGASA.
luego una enzima agrega la secuencia ACC al 3’
sufre tb metilaciones, etc.
orden creciente del tamaño de los
premRNA , rRNA 45 S y xist RNA
pre mRNA> xistRNA > rRNA 45s
Transcripción del mRNA…
La unidad de transcripcion
varia de +1 a +35 000 nucleotidos, y depende del tamañno de la proteina que se quiere sintetizar
Transcripción del mRNA…
Promotores
Caja CAAT —- caja GCGC—— Caja TATA — Ut
Transcripción del mRNA…
obs principales
RNA Polimerasa: II
GTF: NF-1 , SL-1 y los TFII A,B,D,E,F,H
Transcripción del mRNA…
INICIACION
1° TFIID (TBP Y TAF) se une a TATA
2°TFII A Y B se unen a TATA y forman un angulo de 80°
3° TFIIF y la ARN Poli. 2 se unen
4° ingresan la TFIIE y la TFIIH ( TIENE 9 SUBUNIDADES) una de ellas es una cinasa que fosforila a la ser 5 de la cola ctd, y dos de ellas son helicasas XP-B Y XP-D que abren la burbuja
TODOS ESTOS FORMAN EL COMPLEJO PIC
LA TBP esta presente en…
el TFIID, SL-1 Y TFIIIB
Nombres de los factores de elongacion de la mRNA
ELL
TFII5
pTEF-b
Transcripción del mRNA…
ELONGACION
La RNA polim- II se separa del complejo y se une a factores de elongacion, ELL, TFII5 y pTEF-b que fosforila a la SER 2 de la cola ctd ( es una cinasa)
y ya sale el transcrito primario
Transcripción del mRNA
nombre del transcrito 1°
pre-mRNA o hnRNA
Transcripción del mRNA…
TERMINACION
NO hay secuencias de terminacion.
pero 20 NUCLEOTIDOS DESPUES de transcribir la SEÑAL DE POLIADENILACION (AATAA) el pre-mrna se corta y se libera a la rna polim.
Transcripción del mRNA…
quien realiza el corte del Pre-mRNA en la terminación, 20 nu dsp de haber alcanzado la señal de poliadenilacion?
CPSF : factor de corte especifico y poliA
CSF: Factor estimulante del corte
CF-I: factor de corte i
CF-II Factor de corte II
Longitud de Intrones en el mRNA
3500 nu (95%)
Longitud de EXONES del mRNA
165 nu (5%)
cuantos intrones y exones contiene el pre-mRNA
9 intrones
10 exones
Procesamiento del mRNA
PASOS
- Agregado del casquete/capuchon
- Eliminacion de intrones y empalme de exones
- Agregado de la cola poli-A
Procesamiento del mRNA
como se agrega del casquete
El extremo 5’ de la pre-mRNA debe ser protegida de las exonucleasas, para ello una ADN-TRIFOSFATASA agrega 3 fosfatos, luego una GUANOSIL TRANSFERASA transforma GTP en GMP y se une INVERTIDAMENTE.
osea que en vez que se una su 3’ al 5 del mRNA, se une por su extremos 5’-5’ (fosfodiester) asi sera casi imposible para las exonucleasas poder eliminar.
luego una METIL TRANSFERASA metila la base G (formando la 7mG) y tambien metila la ribosa del 1° nucleotido del pre-mRNA
Estructura del INTRON
5’GU—— —–YUNAY————— YYYYYY—————- AG3’
inicio ramific. finalizac.
caso especial de la estructura del intron
1% de los casos= el intron inicia con AU y termina con AC intrones ATAC ( en vez de usar U2 se usa U12)
Y
pyrimidina cualquiera
u o c
U
uracilo
N
base cualquiera. U C A G
A
adenina
R
purina cualquiera
A O G
Las señales de la estructura del intrón son reconocidas por
Particulas U1
snRNP
snRNP U1 estructura
snRNA 1 + anillo heptamerico de proteinas SM ( D1, D2,D3,B,G,E,F) + prot. U1-A, 70K, UL-C
Intrones de autoempalme
intrones que catalizan su propia eliminacion, y tambien empalman a los exones (actuan como ribozimas)
ej: en el pre-rRNA del protista TETRAHYMONA
ej: en el pre-rRNA de bacterias, arqueas, cloroplastos,mit, y hongos.
Pasos de la remocion del intron
1° -SnRNP U1 se une al GU (3') - snRNP U2 se une a YUNAY - U2AF se una a poli-y y al 3' de AG 2° -se unen U4, U5 Y U6 a U2 - se doblan y se forma el empalmosoma 3° - salen U1 y U4 con 1 exon - U6(ribozima) corta el 5' del intron y lo une a la ''A'' de YUNAY (5---2) - la subunidad PRP8 de la U5 corta el 3' del intron y empalma los exones ( 5---3)
Agregado de la cola POLI-A
- una enzima poli-A polimerasa (PAP) agrega al 3’ del mRNA 200-250 ADENOSINAS
- una CPSF recluta a las Proteinas PABP que protegen de exonucleasas en 3’
¿Porque el procesamiento del mRNA y su transcripción ocurren paralelamente?
por las enzimas y las snRNP unidas a la cola CTD.
mRNA maduro estructura
puro exones, de 1650 NU.
- Hacia 7mG hay una zona NO traducible UTR5’
- Hacia cola poli A zona NO traducible UTR 3’
En el nucleo eucariota, las fabricas de transcripción se agrupan…
de 20 a 50 zonas
la fabrica de transcripción formada por complejos responsables de la transcp
Los empalmosomas se agrupan en…
de 20 a 50 zonas llamadas Motas ( speckles)
Cuantas acumulaciones del rDNA tiene el genoma humano
5
Cual es el UNICO GTF que posee actividad enzimatica
TFIIH
la enzima llamadas RNA-trifosfatasa realiza la
siguiente acción…
Elimina un fosfato del trifosfato que está en el extremo 5’ del pre-mRNA
La snRNP U1 posee un snRNA de …………….. y ………….. proteínas:
165 N – 10 proteínas
Que hace el U4 del empalmosoma
U4 es inhibidor de la U6
El RNA conocido como snRNA U6 es sintetizado por la misma RNA polimerasa que sintetiza el…
tRNA
La señal de poliadenilación AAUAAA de un mRNA formaría parte de:
El último exón del pre-mRNA
.Los lncRNA pueden ser considerados …………………… de la transcripción.
Represores
Las enzimas HDAC (histona-desacetilasas) se vinculan con…
La represión de la transcripción
El sustrato de la enzima SUV39H1 es…
La cola N-terminal de la histona H3 de los nucleosomas
¿El rRNA tiene exones e intrones?
Sí ej. tetrahymona, etc.
peero, NO EN ANIMALES.
En animales/ humanos los únicos rRNA que tenemos son el 45s, 5s, etc que No tienen intrones ni exones
Donde se encuentra el rRNA 5s
en el Componente granular ( allí ocurre el plegamiento,etc)
Según el Karp, el U6 tiene su promotor en…
Corriente arriba 5’
tiene un promotor interno y un externo pero el karp le nombra al externo
En que casos la RNA polimerasa III tiene su promotor interno o externo
- Se une a un promotor interno (corriente abajo) cuando transcribe rRNA 5s o un pre-tRNA
- Se une a un promotor 5’ (corriente arriba) si transcribe a los precursores de otros pre RNA, incluida la snRNA U6
Cuando la U5 corta el 3’ del intron y empalma a los exones…
La U5 del empalmosoma se une al extremo 5´del exón del pre-mRNA
En promedio, cuanto mide los exones e intrones juntos
33150 nu (9.3500 + 10. 165)
Donde se encuentra la región del marco de lectura del mRNA
Desde el codón de inicio (AUG) hasta los codones de terminación(UGA,UAG,UAA) que es la región traducible o marco de lectura ORF
¿Todos los exones forman parte del marco de lectura del mRNA?
—————NOO————
Algunos forman parte de las regiones no traducibles UTR5’ y UTR3’
¿La señal de poliadenilación estará incluida en la cola poli-A?
———–NOO——–
La secuencia de poli adenilacion AAUAAA se encuentra a 20-30 nu ANTES de la cola poli-A
Mecanismo de actuación del represor IncRNA
- Ej. XistRNA——> represor de los genes del cromosoma X (corpúsculo de Barr) ——–> recluta al CO RREPRESOR SUV39H1———–> metilación del H3K9——-> recluta a Hp-1 (cromodominio) que transforma de eucromatina activa a heterocromatina activa.
- Ej. HotairRNA————–> represor de genes HOX humanos (de desarrollo embrionario)————–> que;
a- recluta a HDMT de H3K4 (ej LSD1)
b- recluta a HMT de H3K27 (ej, PRC2)
TRABAJA EN LA INACTIVACIÓN
El correpresor CoREST (SMRT/N-CoR)
En una secuencia potenciadora, se une una STF represora, a esta se le une el CoREST, a la cual se le une 1 HDAC sin 3, una HMT souv39h1 o una HDMT lsd-1, y se reprime la transcripción
Para la formación del ribosoma 80 s se requieren _______ genes
84
Que RNA puede inhibir la transcripción
siRNA
