Structure secondaire des protéines Flashcards
Définition de la structure secondaire
Repliment local de plusieurs acides aminés pour former des motifs
Par quels types d’interactions entre les A.A les motifs sont-ils maintenus?
interactions non covalente
Quels types de motifs existe-t-il?
Hélice alpha et feuillet plissée beta
Décrivez la structure de l’hélice alpha.
Liaison H entre NH3+ et COO- n-4
Angle phi et psi entre les A.A= -60 et -50
S’il y a 36 A.A acides aminées engagés combien cela formera-t-il de tour?
10 tours
L’hélice tourne dans quel direction et pourquoi?
Right handed car il y a moins d’encombrement stérique
La stabilité de l’hélice aplha est influencé par le type de chaine latérale. Quels A.A sont favorables à la formation d’hélice alpha?
Ala, Glu (acide glutamique), Leu, Met
La stabilité de l’hélice aplha est influencé par le type de chaine latérale. Quels A.A sont défavorables à la formation d’hélice alpha et pourquoi?
Pro: la chaine latérale est fixé à l’amine, alors forte contrainte phi et psi qui causent une distortion de l’hélice + pas de H sur N du lien peptidique, donc pas de pont H possible avec l’AA n-4
Gly: absence de chaine latérale donc faible contrainte des angles phi et psy; très flexible
Où retrouve-t-on Gly et Pro?
Aux etrémités de l’hélice
Décrivez la structure du feuillet plissé beta.
- Composé de chaine polypeptidique (5-8A.A) disposé parrallèlement ou antiparallèlement
- Formé de 2 à 15 segments polypetidiques
- Les groupes NH et COO de chaque A.A sont liés aux groupes NH et COO des A.A d’un polypeptide aligné.
- Les chaines latérales sont projetées alternativement au dessus et en dessous du plan feuillet
Par quel type de liaison sont lié les polypetides du feuillet plissé beta?
Pont H entre H de l’amine du Caplha et le O du carbonyle du Calpha
Lorsqu’on lie de gauche à droite un feuillet antiparallèle, de quel façon retrouverons-nous les Nter et Cter?
Nter-Cter-Nter…
Lorsqu’on lie de gauche à droite un feuillet parallèle, de quel façon retrouverons-nous les Nter et Cter?
Nter-Nter-Nter…
Quel disposition du feuillet est plus stable et pourquoi?
Antiparrallèle car la distance entre les atomes est plus petites donc les pont H sont plus stables
Qu’est-ce qui fait de la fibroïne de soi, une protéine fibreuse constituée de feuillet beta anti-parrallèle, une structure inextensible dans une direction et souple dans l’autre?
les liens covalents entre les A.A= rigide
pont H entre les polypeptide qui possède de petites chaine latérale diminue l’encombrement stérique= souple
