Run-On, Gro-Seq, Net-Seq

Question 1

Nennen Sie zwei Beispiele, warum Transkriptionsrate und Transkriptakkumulation nicht korrelieren müssen.

Answer 1

• Transkriptakkumulation hängt nicht nur von Rate ab, sonder auch von Abbau
• Export aus Nukleus beeinflusst RNA-Menge

Question 2

Nennen sie drei Beispiele für Prozesse, die kotranskriptional passieren?

Answer 2

• splicing
• Polyadenilierung
• capping
• DNA-Reperatur
• Export

Question 3

Warum werden für Run-On erst Kerne aus Zellen isoliert?

Answer 3

Markierte Nukleotide müssen in den Kerne eingebracht werden. Diese können die Kernmembran durch Poren durchtreten, aber nicht die Zellmembran. Anreicherung der Polymerase im Zellkern

Question 4

Was ist der wesentliche Unterschied zwischen Gro-Seq und Net-Seq

Answer 4

Gro-Seq: frisch produzierte RNA wird angereichert

Net-Seq: Gebundene RNA wird isoliert, Polymerase wird angereichert

Question 5

Inwiefern stellt Pro-Seq eine Verbesserung gegenüber Gro-Seq dar?

Answer 5

Nukleotidgenaue Auflösung > Stoppen der Polymerase am angehängten Biotin

Question 6

Nennen sie einen technischen Nachteil von Gro-Seq gegenüber Net-Seq.

Answer 6

• Markierte Nukleotide müssen eingebracht werden

- Kernisolation

Question 7

Sie wollen die Transkription in Mitochondrien von HeLa Zellen mittels Gro-Seq messen. Welches Problem müssen sie lösen.

Answer 7

Markierte Nukleotide müssen in die Mitochondrien eingbracht werden. Bei Kernen ist das kein Problem, da die Nukleotide durch Kernporen ins innere gelangen. Da die Mitochondrien aber von einer Doppelmembran umgeben sind und keine Poren besitzen müssen sie anders eingebracht werden.