Next Generation Sequenzing Flashcards
Welches dieser Projekte wär am besten für NGS geeignet?
missense-Mutation in einem Tumor bestimmen
Transkriptom eines Tumors erkennen
DNA Probe auf SNPs untersuchen
Transkriptom eines Tumors zu bestimmen. Alle zu einem Zeitpunkt expressionierten Gene können erkannt werden.
Welcher dieser Schritte ist wichtig für die Erstellung eines Templates für NGS? DNA Isolierung DNA Zerkleinerung zu Fragmenten Qualität und Quantität überprüfen all of the above
all of the above
Nachdem die Sequenz mit NGS abgelesen ist, was tun sie als nächstes?
Bioinformatische Analyse der Daten (Kartieren/mappen der Sequenz)
Was bedeutet Brückenamplifikation?
Lokale Amplifikation auf mit Primern übersäten Oberfläche, bei der Einzelstang DNA an zwei Enden wie eine Brücke auf der Oberfläche befestigt ist.
Wie unterscheiden sich 454 und Illumina NGS Techniken?
Illumina ist sehr viel schneller. Bei 454 wird bei Kettenverlängerung das entstehende Pyrophosphat verwendet um mit ATP-sulfurylase und Luciferase ein Photon zu emittieren. Bei Illumina werden 4 markierte reversieble Terminatoren und DNA-Polymerase eingebracht un mit Laser angeregt.
Welches Reaktionsprodukt der Kettenverlängerung wird für die Visualisierung der Pyrosequenzierung genutzt?
Das entstehende Pyrophosphat wird verwendet um mit ATP-sulphurylase ATP zu bilden. ATP wird von Luziferase verwendet um aus Luziferin Oxoluziferin zu bilden. Dabei entsteht Licht.
10 Gene von Chromosom 22 werden mit PCR aufgereinigt und mit Sanger sequenziert. An bestimmten Positionen treten Ambiguitäten auf. Wiso?
SNPs (single nucleotide polymorphism) treten auf, da Chromosom aus dem der Mutter und des Vaters zusammengesetzt ist
PCR Produkt wird mit Illuminaplattform sequenziert. Es treten keine SNPs mehr auf. Warum und mit welcher informatische Analyse kann das getestet werden?
Bei Illumina wird nur ein DNA stück amplifiziert, bei Sanger sind alle DNA stücke in der Lösung. Bioinformatisch kann gemappt werden. 50/50 SNP/kein SNP
