molekularbiologische Bergriffe Flashcards
DNA-Klonierung
DNA-Fragment wird in Vektor eingebaut und in Wirt eingeschläust um dor vervielfätigt zu werden
Hybridisierung
Nucleinsäurehybridisierung, der Nachweis von auf einer Nylonmembran oder einem Nitrocellulosefilter immobilisierter DNA oder RNA mit Hilfe von radioaktiv markierten oder neuerdings auch chemisch modifizierten Gensonden. Aufgrund der komplementären Basenpaarung können diese einzelsträngigen kurzen DNA- oder RNA-Fragmente spezifisch an diejenigen Bereiche binden, mit deren Sequenz sie übereinstimmen.
Stringenz
im molekularbiologischen Sprachgebrauch die Beschreibung für den Grad der Exaktheit von bestimmten Bedingungen, Übereinstimmungen oder Paßgenauigkeiten. Bei hoher Stringenz müssen bestimmte Anforderungen besser erfüllt sein als bei niederer Stringenz. Insbesondere bei der Hybridisierung von Nucleinsäuren werden je nach Anwendung und Zielsetzung bestimmte, unterschiedlich stringente Bedingungen eingestellt. Hierbei spricht man von hoher Stringenz (high stringency), wenn die Reaktionsbedingungen bei der Hybridisierung so eingestellt sind, daß nur sehr gut zueinander passende, komplementäre Moleküle (Komplementarität) miteinander hybridisieren können. Alle Hybride mit einem (je nach genauen Bedingungen) hohen Anteil an Basen-Fehlpaarungen fallen wieder zu Einzelsträngen auseinander, unerwünschte Kreuzhybridisierungen können so meist unterdrückt werden. Niedere Stringenz (low stringency) oder nicht-stringente Bedingungen andererseits ermöglichen auch die partielle Hybridisierung von Molekülen mit mehr oder weniger großen Abschnitten ungepaarter bzw. fehlgepaarter Nucleinsäurebasen. Unter nieder-stringenten Bedingungen können auch nur entfernt ähnliche Nucleinsäuremoleküle zur Hybridisierung gebracht werden (Sequenzhomologie).
ChIP-Seq
Chromatinimmunopräzipitation: mol.bio. Methode zur Bestimmung der Protein-DNA-Interaktion. Crosslinking>Fragmentieren>IP>Crosslink auflösung>Seq
Run-On/Gro-Seq
Mol.bio. Methode zum messen der Transkriptionsrate. Frisch produzierte markierte rna wird angereichert und detektiert(PCR,NGS)
Pro-Seq
Verbesserung der Gro-Seq Technik (precision nuclear run-on and sequencing): nucleargenaue Auflösung durch stoppen der Polymerase am Biotin
Net-Seq
Mol.bio. Methode zum messen der Transkriptionsrate. Aufreinigung der Polymerase und Isolierung der gebundenen RNA durch Polymerase IP und detektion durch NGS
IRES
Internal Ribosome Entry Site: Stocktur in mRNA die es dem Ribosom erlaubt direkt an Start-Kodon zu binden. Viren benutzen dieses System und blockieren eIF4F um damit nur Vierentranskript gebildet wird
PABP
Polyadenylate binding protein: bindet an Poly-A-Schwanz und eIF4G um Zirkulation der mRNA zu erzeugen
mikoRNA
Bilden RNA-induced silencing complex (RISC) mit Argonauteprotein. Führen zur down Regulierung der Translation durch Deandenilation des Poly-A-Schwanzes und repression von eIF4G
Ribo-Seq
misst aktive Translation = von Polysomen gebundene RNA
uORF
upstram Open Reading Frame. Regulieren die eigentlichen ORFs. Wenn uORFs translatiert werden, fällt Ribosom ab und ORFs werden nicht translatiert.
RBP
RNA-Binding Protein
RBD
RNA-Binding Domain
IDR
Intrinsically disordered region: unstrukturierte Region eines Proteins
