Rick Orij Proteomics

Question 1

Wat betekent Proteomics?

Answer 1

De studie van proteïnen of het proteoom.

Question 2

Wat is het proteoom?

Answer 2

De verzameling van alle eiwitten van een organisme of van een cel.

Question 3

Hoeveel genen heeft het humane genoom en hoeveel bevatten eiwitdata?

Answer 3

Van de 20.000 genen hebben er 16.500 eiwitdata.

Question 4

Wat wordt gedaan tijdens Alternatieve splicing?

Answer 4

Uit DNA worden intronen verwijderd.

Question 5

Waar zorgt Alternatieve splicing voor?

Answer 5

Diversiteit in proteoom en in mensen.

Question 6

Wat zijn Post-translationele modificaties?

Answer 6

Wijziging van een eiwit na de eiwitsynthese. Door bijv. acetylatie. –> Door deze modificatie ontstaat er een meestal een verandering in functie van het eiwit.

Question 7

Hoe kunnen eiwitten worden gedetecteerd? Waarom is het lastig?

Answer 7

Door antilichamen ELISA en Massa spectrometrie. Door het isoleren van eiwitten en complexiteit van samples.

Question 8

Hoe worden eiwitten geisoleerd?

Answer 8

Door de cel kapot te maken met lysatie; mechanisch of chemisch.

Question 9

Het ene eiwit komt véél meer voor dan het andere. Als je dan beide wilt meten is dat lastig. Wat is hiervoor de oplossing?

Answer 9

Fractinatie

Question 10

Met welke 2 methodes kun je fractineren?

Answer 10

Door 2D-gelelectroferese. 
Door HPLC (liquid chromatografie).

Question 11

Wat is 2D-gelelectroferese?

Answer 11

Eerst eiwitten scheiden op basis van lading daarna op grootte.

Question 12

Wat is HPLC (liquid chromatografie)?

Answer 12

Eiwitten worden gescheiden op basis van affiniteit met de kolom.

Question 13

Wat wordt er gedaan als een eiwit te groot is?

Answer 13

Het eiwit wordt geknipt met trypsine. Trypsine knipt peptide ketens aan de carboxyl kant bij de aminozuren lysine of arginine.

Question 14

Wat is massa spectrometrie?

Answer 14

Techniek die chemische stoffen ioniseert en deze sorteert in een spectrum op basis van de massa-tot-lading. Moleculen hebben hun eigen unieke massa’s, deze kun je vergelijken met bestaande massa’s.
Om massa en lading te bepalen, zijn er meerdere pieken nodig. Door de afstanden tussen de pieken van de isotopen, kan je afleiden hoe vaak het molecuul geladen is.

Question 15

Wat zijn de onderdelen van een Massaspectrometer en hun functie in het kort?

Answer 15

1. Ion source = eiwitten lading geven
2. Massa analyzer = scheiden ionen
3. Detector = amplificeren signaal

Question 16

Welke 2 technieken zijn er om eiwitten elektrisch te laden (Ion Source)?

Answer 16

1. Electrospray Ionization = ESI

2. Matrix-assisted laser desportion/ionization = MALDI

Question 17

Wat gebeurd er tijdens de ESI methode?

Answer 17

1. Dun capillair waar eiwitten inzitten met een geladen oplossing.
2. De oplossing verdampt en de eiwitten worden geladen.
   - Met deze methode zijn er veel meervoudig geladen peptiden.

Question 18

Wat gebeurd er tijdens de MALDI methode?

Answer 18

1. Op een matrix met geladen moleculen wordt een laser geschenen.
2. De lading van de matrix springt over tot de peptiden.
   - Met deze methode ontstaan er vooral eenvoudig geladen peptiden.

Question 19

Wat doet de Mass Analyzer?

Answer 19

Scheidt de ionen volgens hun massa tot lading verhouding.

Question 20

Welke 3 manieren zijn er om ionen te scheiden?

Answer 20

1. Time-of-flight
2. Quadrupole
3. Orbitrap

Question 21

Beschrijf de Time-of-flight methode?

Answer 21

• Massa tot lading wordt berekend door de tijd die het duurt voordat een ion de detector bereikt. Zwaardere ionen doen er langer over om bij de detector te komen.
• Om de resolutie te verhogen wordt er gebruikt gemaakt van een reflector

Question 22

Beschrijf de Quadrupole methode?

Answer 22

Laat alleen ionen met een specifieke massa tot lading door met behulp van geladen palen.

Question 23

Beschrijf de Orbitrap methode?

Answer 23

Bestaat uit een magneet met 2 polen. Daar gaan ionen omheen draaien en er komt een specifieke frequentie uit.