Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Molecular and cellular methods in biomedicine > Protein methods > Flashcards

Protein methods Flashcards

1
Q

Hvad er det genomiske dogme?

A

Det er udviklingen af proteiner fra DNA til RNA til protein.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvad består proteiner af?

A

Aminosyrer, som består af en central carbon atom sammensat med en aminogruppe, en carboxylgruppe, et hydrogen atom og en varibel komponent kaldet sidekæde.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvilket kemikalie kan nedbryde disulfidbindinger?

A

Beta-mercaptoethanol

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvornår er et aminosyre en kation?

A

Ved lave pH´er

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvornår er et aminosyre en anion?

A

Ved høje pH´er

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hvornår er et aminosyre en Zwitterion?

A

Ved en bestemt intermediær pH, hvor den ikke er ladet, men stadig er ioniserede

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvad er det isoionic point?

A

Den pH hvor Zwitterioner er dominerende

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvornår vil anion og zwitterion kunne være i ligevægt sammen?

A

Når pH er højere end det isoionic point (pI)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hvornår vil cation og zwitterion kunne være i ligevægt sammen?

A

Når pH er lavere end det isoionic point (pI)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvorfor er ioniserings mønstret anderledes for aspartansyre?

A

Fordi den har to carboxyl grupper som kan ioniseres

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvorfor er ioniserings mønstret anderledes for Lysin?

A

Fordi den har to amino grupper, som kan modtage protoner.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvordan kan små forskelle i aminosyre detekteres?

A

Electroforetisk

Ion-excange chromatografisk seperation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Under formeringen af proteiner vil aminogrupperne og carboxylgrupperne blive brugt i peptidbindinger og kan derfor ikke længere ioniseres, udover de to terminaler. Istedet er det sidekæderne der er frie til at kunne ioniseres. Hvilke sidesæder kan der side på et peptid?

A 
Aminogrupper 
Carboxylgrupper 
Amidazolyl grupper Guanidino grupper 
Phenolic grupper 
Sulphyldryl grupper
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Når proteiner folder, hvor vil sidekæderne da placerer sig og hvilken funktion har de for proteinet?

A

De vil så vidt muligt side på ydersiden af proteinet så de interagerer med omgivelserne.
Derudover hjælper de til at danne den tertiære struktur.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvad er det isoelectriske punkt for et protein?

A

Den pH hvor proteinet er elektroforetisk immobilt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvad bruges en extraction buffer til og hvad er vigtigt i sammensætningen af den?

A

Den bruges til at stabiliserer de proteiner, som man gerne vil udvinde.
Derfor er det vigtigt at pH´en er det samme som inde i cellen.
Dertil er der specielle tilsætninger alt efter hvilke proteiner man ønsker at isolerer.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvad er de mest brugte extraction buffers?

A

Tris

Phosphate

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hvad gør anti-oxidanter i en extraction buffer?

A

Forhindre inter- og intramolekulære disulfidbindinger mellem proteiner som frigives i bufferen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Nævn nogle anti-oxidanter

A

Dithiothreitol
Beta-mercaptoethanol
Cystein
Glutathion

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Hvad gør enzym-inhibitorer i en extraction buffer?

A

Blokerer proteaser og proteolytiske enzymer fra lysosomer, der kan skade proteinerne.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Udover enzym-inhibitorer hvad kan man ellers gøre for at forhindre proteolyse?

A

Under hele oprensningen arbejdes der ved 4 grader.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hvad gør enzym substrat og cofaktorer i en extraction buffer?

A

Stabiliserer enzymer ved at substratet binder til den aktive del af enzymet. De relevante cofaktorer som mistes i oprensningen tilføjes for at vedligeholde enzym aktiviteten.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Hvad gør EDTA i en extraction buffer?

A

Fjerner metalioner som reagere med thiol gruppen i proteiner.
Fjerner også magnesium og calcium.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hvad gør sodium azide i en extraction buffer?

A

Holder bufferen fri for bakterier og svampe så det opbevares i længere tid.

25
Q

Membran proteiner er svære at udvinde da de ikke frigøres ved almindelig ødelæggelses procedure. Hvilke to former for membran proteiner finde der?

A

Extrinsiske og intrinsiske

26
Q

Hvordan oprenser man extrinsiske membran proteiner?

A

Hæve ionisk konc. i extraktionsbufferen til 1 M NaCl

Ændre pH til 3-5 eller 9-12.

27
Q

Hvordan oprenser man intrinsiske membran proteiner?

A

Bufferen skal have tilført detergenter, såsom SDS, sodium deoxycholate
Eller non-ionic detegenter såsom Triton x-100

28
Q

Hvordan kan mammalian celler blive ødelagt?

A

ved shear forces

29
Q

Nævn de forskellige typer af metoder til at ødelægge celler

A 
Blenders 
Slibning 
Presning 
Enzymatiske metoder 
Lydbølger
30
Q

Hvilken celler ødelægger man med blender metoden?

A

Mammalian celler eller plantevæv, da blendning opbygger shear forces.

31
Q

Hvilken celler ødelægger man med slibning metoden?

A

Planteceller

Bakterier

32
Q

Hvilken celler ødelægger man med presning metoden?

A

Mikrobakterielle celler

33
Q

Hvilken celler ødelægger man med enzymatisk metoden?

A

Gram-positive bakterier
Gram-negative bakterier
Svampe/gær

34
Q

Hvilken celler ødelægger man med lydbølge metoden?

A

Mammalian celler

Mikrobakterielle celler

35
Q

Hvad er ideen bag fraktionerings metoder?

A

At inddele proteiner yderligere i f.eks. hydrofobe og hydrofile, som vil gøre oprensningen nemmere.

36
Q

Nævn nogle fraktionerings metoder man kan bruge

A

Ladning
Størrelse
Affinitet
Hydrophobisitet

37
Q

Hvilke fraktionerings metoder kan bruges inden oprensning?

A

Hydrofobicitet

Ladning

38
Q

Hvilke fraktionerings metoder kan bruges efter oprensning?

A

Affinitet

Størrelse

39
Q

Proteiner kan blive modificeret ved overudtrykke gener for proteiner frem for at klone dem, som gøres for at sikre sekretion af proteiner fra cellen eller som et mål for oprensning af proteiner. Hvad er fordelen ved at modificerer gener for proteiner?

A

Der vil være mindre kontaminering af andre proteiner, da cellen frigiver det til mediet.
Undgår nedbrydning af proteinet i cellen
Undgår at proteinet bliver toksisk for cellen
Proteinerne undergår post-translationelle modifikationer

40
Q

For at sikre at man selektivt oprenser sit protein tilføjer man et ekstra gen til genet for proteinet, kaldet fusion protein. Når proteinet bliver udtrykt kan fusion proteinet kløves væk for at frigive proteinet. Nævn eksempler på fusion proteiner

A 
Flag^TM
Glutathione affinity agarose 
Protein A
Poly(arginin)
Maltose bindende protein tag (MBP)
His tag
41
Q

Beskriv hvordan Flag bruges i oprensning

A

En aminosekvens påsættes N-terminalen af proteinet
Et monoklonal Flag antistof tilsættes sammen med calcium, da det er calcium afhængigt.
Herefter tilsættes EDTA som binder til calcium og derved frigiver Flag proteinet
Enterokinase tilsættes som fjerner Flag sekvensen

42
Q

Beskriv hvordan glutathion affinity agarose bruges i oprensning

A

Sit protein er udtrykt som et fusions protein med enzymet glutathion S-transferase siddende på sig.
extraktet filtreres igennem et rør med glutathion ´-linked agarose beads, som enzymet vil binde til.
Når alt det protein som ikke har fusions protein på sig er løbet igennem kan man tilsætte en elution blanding som består af reduceret glutathion.
Til sidst kløves fusions proteinet vha. human trombin

43
Q

Beskriv hvordan protein A bruges i oprensning

A

Sit protein er fusioneret med Protein A, som kan binde til Fc regionen af IgG.
Efter oprensning kan IgG fjernes vha. en hæj saltopløsning eller lav pH
Herefter fjernes protein A fra sit protein ved at behandle det med 70% formic acid i 2 dage, som kløver den syre-labile Asp-Pro binding i linker regionen.

44
Q

Beskriv hvordan Maltose binding protein (MBP) tag kan bruges i oprensning

A

Sit protein er fusioneret med MBP, som kan oprenses ved at tilføje amylose resin.
Amylose resin kan efter oprensning fjernes med maltose.
MBP delen kan fjernes ved en specifik protease
Sit protein kan herefter seperares fra MBP ved at bruge affinity chromatografi.

45
Q

Nævn forskellige chromatografi metoder

A

Affinity chromatografi
Ion exchange chromatografi
Size exclusion chromatografi

46
Q

Hvordan fungerer Affinity chromatografi?

A

Ved at isolerer sit protein på baggrund af dens binding til en ligand

47
Q

Hvordan fungerer ion exchange chromatografi?

A

Ved at isolerer sit protein på baggrund af dens ladning

48
Q

Hvordan fungerer size exclusion chromatografi?

A

Ved at isolerer sit protein på baggrund af dens størrelse

49
Q

Hvad er den gennemgående metode til at måle protein koncentrationer?

A

At man farver med et farvestof der binder til proteinet, som derefter kan detekteres spektrofotometrisk.

50
Q

Beskriv kort hvordan affinity chromatography virker

A

Man har et rør hvor der er matrix i.
I matrixen er der noget der hedder en spacer, som gør at liganden ikke binder direkte til matrixen.
Herefter tilsættes liganden til matrixen og ens proteiner tilføjes.
Kontaminerede proteiner vaskes ud af prøven.
Det bundne protein kan fjernes ved at ændre ion konc. eller pH eller ved en kompatativ substans, som senere kan fjernes på samme måde.

51
Q

Hvilke typer matrix kan bruges i affinity chromatography

A 
Agarose 
Polycrylamide 
Polystyrene
Cellulose 
Silica
52
Q

Nævn de to exchanger den stationerer fase kan være i ved ion exchange chromatography og hvad forskellen er på de to

A

Cation exchanger, som er negativ ladet = positive proteiner

Anion exchanger, som er positiv ladet = negative proteiner

53
Q

Hvad kan bruges som cation exchanger?

A

Carboxyl
Carboxyl methyl
Sulpho
Sulpho methyl

54
Q

Nævn de buffere man bruger med en cation exchanger

A

Acetat
Phosphat
Succinate
Lacetate

55
Q

Hvad kan bruges som anion exchanger?

A

Aminoethyl

Trimethyl aminoethyl

56
Q

Nævn de buffere man bruger med en anion exchanger

A

Tris

Pyridin

57
Q

Hvad er røret i size excange chromatography fyldt med?

A

Gel med purose beads

58
Q

Hvad kan gelen bestå af i size excange chromatography?

A

Polystyrene
Dextran
Polyacrylamide
Agarose gel

Molecular and cellular methods in biomedicine (13 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions