Populationsgenetik und Domestikation Flashcards
Grundlagen der Populationsgenetik
- Molekulargenetik: Molekularer Hintergrund von Merkmalen, Focus: Bau und Veränderung der Erbträger, Umsetzung in Proteine
- Populationsgenetik: Vererbung in Populationen unter Berücksichtigung weniger Gene, Focus: Auswirkungen auf qualitative Merkmale, stochastisch
- Quantitative Genetik: Übertragung der Erkenntnisse auf Modelle mit großer Genzahl, Focus: Analyse quantitativer Merkmale, deren Ausprägung von vielen Genen mit kleinen Effekte und Umwelt beeinflusst wird
Homologe Chromosomen
väterliches bzw. mütterliches Chromosom gleicher Bauart in der somatischen Zelle
Gen
Chromosomenabschnitt, der die kodierte Information zur Synthese von Enzymen, Eiweiß u.a. enthält
Genlocus
Position auf den Chromosomen (Arm, Region, cM)
Allele
Varianten eines Gens an einem Genlokus
Genbezeichnungen
- Jedes Gen hat seinen eigenen Namen und sein Kürzel
- wird immer kursiv geschrieben, gezugehörende Proteine normal
Allelbezeichnungen
- Allele eines Gens immer gleichen Basisbuchstaben: E oder A
- Traditionell: dominante Allele mit großen Buchstaben E, rezessive Allele mit kleinen Buchstaben e
- Modern oft mit Hoch- oder Tiefkürzeln, wenn mehrere Allele an einem Locus (multiple Allelie) oder nicht klar dominant/rezessiv
Genotyp auf das gesamte Genom bezogen (Gesamt-GT)
- Bereich der Quantitative Genetik
- Unterstellte Allel-Konstellation an allen Loci, daher unzählbare Anzahl von Genotypvarianten
- umfasst die gesamte genetische Ausstattung eines Individuums
- ist aber in seiner Gesamtheit eher theoretisch, bisher nicht bestimmbar
- Tiere aus Inzuchtlinien oder monozygote Zwillinge sollten den gleichen GT haben, aber immer Spontanmutationen, daher kleine Abweichungen
Genotyp im Ein-Gen/Locus-Fall (SNP-GT)
- Durch eine Punktmutation spontan vor kurzem entstanden (im Zeitraum der Rassezucht) oder schon lange vorhanden (im Verlauf der Evolution)
- Kombination der beiden Allele am jeweiligen einzelnen Genort
Single Nucleotid Polymorphism (SNP)
- kürzester genetischer Marker inner-/außerhalb eines Gens
- liegt vor, wenn mehr als ein GT an einem Nukleotidbasen-Locus
- Interessant für Studien, wenn ausreichend polymorph (Minor-Allel-Frequenz >1%) und informativ (Marker ist mit Merkmal assoziiert)
Population (in der Tierzucht)
- sich sexuell reproduzierende Fortpflanzungsgemeinschaft von Individuen der gleichen Art, die sich regelmäßig paaren und einen bestimmten Raum besiedeln
- Unterscheidet sich von anderen Fortpflanzungsgemeinschaften mehr oder weniger hinsichtlich des spezifischen Genbestandes
- Trotz großer genetischen Übereinstimmung zwischen Tieren einer Population an vielen Loci, existiert eine mehr oder weniger große genetische Variabilität an anderen Loci
Ursache für das Entstehen von Populationen
- erhöhte bzw. verringerte Verpaarungswahrscheinlichkeit durch geografische oder züchterische Trennung
- Abgrenzung von Populationen (Rassen) oft gewünscht
- bisher: Zuchtbücher, beglaubigte Abstammungsnachweise seit 1793
- Neu mit Molekulargenetik
Neu mit Molekulargenetik
- z.B. Informationen aus SNP-Analyse mit Illumina SNP Beadchips
- viele Vorteile, da vorhandene genetische Struktur berücksichtigt
- Innerhalb der Cluster: hohe Ähnlichkeit im SNP-GT-Muster, Diversität zwischen den Populationen/Rassen
- Aber auch Probleme, da rassespezifische Mutationen oft noch nicht bekannt
Genetische Populationsgenetik
Populationsgenetik betrachtet nicht das Einzeltier, sondern eine Gruppe => Beschreibung der genetischen Struktur
- Basis-Kennwerte
- Genotypen an einem SNP-Locus A
- Genotypen an mehreren SNP-Loci
Genetische Populationsgenetik: Basis Kennwerte
- Genotypen (GT), Varianten der verschiedenen GT-Kombinationen
- Absolute Gesamtzahl der vorliegenden GT = untersuchte Tierzahl
- Genotypenfrequenz, relative Häufigkeit eines bestimmten GTs in einer Population
- Absolute Gesamtzahl der Allele (Tierzahl x2, da immer ein Allel von Mutter und eins vom Vater)
- Allelfrequenz, relative Häufigkeit eines bestimmten Allels in der Population
Genetische Populationsgenetik: Genotypen an einem SNP-Locus A
- verschieden Allele: 2 (diallel)
- Eizelle: A1 oder A2
- Anzahl der Gameten (m+w): 2
- Anzahl der Kombinationen: 4
- Anzahl verschiedener Genotypen: 3
Genetische Populationsgenetik: Genotypen bei mehreren Loci
- bei freier Kombinierbarkeit der Loci: Genotypenklassen
- maximal mögliche Anzahl der Genotypenklassen hängt ab von Anzahl betrachteter Loci (n) und der Anzahl an Allelen/Locus (m)
Kennwerte an einem Locus
=> Genotypenfrequenzen:
- P: relative Häufigkeit des ersten homozygoten GT
- H: relative Häufigkeit des heterogenen GT
- Q: relative Häufigkeit des zweiten homozygoten GT
=> Allelfrequenz:
- p: relative Häufigkeit des ersten Allels
- q: relative Häufigkeit des zweiten Allels
=> Summe der Genotyp- bzw. Allel-Frequent ist immer 1 (100%)
Gen
Proteincodierender Chromosomenabschnitt
Locus
Position eines Gens auf dem Chromosom