POLYMORPHISMES Flashcards
allèle mineur vs majeur
mineur = moins fréquent dans pop; majeur est contraire
nb de pb de chaque individu
3 milliard par brin ADN donc x2 (diploïde): 6 milliards pb
nb de différences vs similarité dans les pb de 2 individus
- 8% des pb sont identique chez les 2
0. 2% de différences => 6 million de différences donc 1 pb différente pour 1000
natures des différences dans les pb de 2 individus
SNP
1 nucléotide variant à chaque 100 pb
PETITES INDELS
1 insertion ou délétion (dur à dire) chaque 1000 pb
STR
répétition simple de microsatellite à tous les quelques kb
MINISATELLITES
séquences répétées de façon variable à tous les quelques kb => utiliser comme marqueur => 0.04% du génome
GÈNES RÉPÉTÉS
variants dans histone ou ARNr
GRANDES INVERSIONS/DÉLÉTIONS
dont font partie les CNV (variant du nombre de copie) souvent associé à des troubles de santé mentale
v ou f
les polymorphismes sont transmis héréditairement d’une génération à une autre
v
CNP
copie number polymorphisms
CNV
copie number variations
CNA
copie number aberrations or alterations
variable binaire
2 allèles
un SNP est généralement binaire
v ou f
les mutations récurrentes qui affecte le même locus sur les 2 allèles d’un gène est fréquent quand on parle de SNP
f
faible
& qd on parle d’allèle triple, on les considère comme des erreurs de génotypage
v ou f
le nombre de variations SNP est indépendant de la taille du chromosome
f
+ grand chR = + de variations ( chR 1»_space; chR 22)
haplotype
plusieurs gènes sur plusieurs lieux physiques d’un chR (loci) sont transmis ensemble
=> groupe de SNPs liés sur le même segment chromosomique
v ou f
quand on fait le génotypage d’un patient pour dépister une variation génétique dans une population dotée de 3 haplotypes, on regarde souvent son génome complet
f
on peut spot seulement les SNP (on enlève tous les nucléotides invariables des allèles à évaluer)
les 3 haplotypes = 3 régions où les nucléotides sont différents pour les individus de cette population. le reste des nucléotides est invariable et ne bouge pas et les variations sont aux mêmes endroits d’un individu à l’autre
dans quelle circonstance un SNP a plus tendance a mené un phénotype
s’il est dans un codon (code pour aa et peut changer le sens du codon: faux-sens, non-sens, homologue)
différents SNP
rSNP
(régulateur)
iSNP
(intronique)
cSNP
(codant)
gSNP
(génomique)
v ou f
un SNP non-codant peut avoir une influence sur l’expression génique
v
5’UTR: sur régulation transcrit
3’UTR: variation dans la stabilité d’un transcrit: changement dans la demi-vie
intron: variation de l’épissage
codant:
exon: impact l’aa et pt la prot
v ou f
un caractère polymorphe dans une pop peut être monomorphe dans une autre, ce qui lui donne un intérêt d’investigation particulier
v
qu’est-ce qui permet l’évolution des espèces au niveau des fréquences alléliques
2 pop presque monomorphes qui métissent et forme une pop polymorphe, on change les fréquences alléliques pour donner diversité et évolution de l’espère
v ou f
une mutation dans une cellule de peau est transmise à la génération future
f
les mutations/variations doivent être dans les gamètes si elles veulent être transmises à la descendance (enfants)
cycle de vie SNP
- mutation => nouveau variant
- survie d’un allèle rare dans la prochaine génération dans un cas où il y a eu goulot d’étranglement (moins de diversité génétique dans cette pop)
- élévation fréquence allélique plus la population s’expand
- nouvel allèle fixé comme SNP dans la population
CCR5 est un gène qui code pour quoi
récepteur de surface pour l’attachement d’un virus à la cellule qu’il infecte (VIH/peste/variole)
*il a plus de 20 variants
hétérozygotes de del32 de CCR5
protection contre VIH/peste/variole, ralentit sa progression
10% des européens
homozygotes de del32 de CCR5
résiste à l’infection VIH
1% caucasien
1985 génome
naissance projet de séquencer le génome humain
1996 génome
carte génétique: on marque les polymorphismes récurrents
1998 génome
carte physique: on associe les séquences ADN du génome à des locus, des endroits physiques sur le chR
en quelle année on finit le séquençage du génome du chR 22? pourquoi est-ce le premier à être terminé?
1999
plus petit chR
en quelle années on fini HUGO à 99%
2003 mais annotation toujours en cours
v ou f
seulement 5 % du génome est codant par les exons
f
1.5% codant dans les exons
3% en tout pcq 2 copies ADN par individu
taux de répétitions dans le génome
50% répété
maladie mendelienne
- gène muté = maladie (monogénique)
- on identifie le mode de transmission
- maladies rares: sur + de 6000 maladies, seulement 50 représentent 80% des malades
myopathie est une maladie complexe ou mendélienne
mendélienne
maladie complexe/gène de susceptibilité
- ++ gènes et environnement impliqués
- gène modifie le risque à la maladie mais n’est pas directement respo d’elle.
- pas vrm mode de transmission identifiables
- maladies communes
thalassémie maladie complexe ou mendélienne
mendélienne
cancer et troubles cardiovasculaires sont maladies complexes ou mendéliennes
complexes: communes dans la pop
* les maladies communes sont souvent associé à un allèle fréquent dans la population qui ne l’empêche pas de survivre, peu de pénétrance ou impact faible pcq si l’ampleur de l’impact était grand et la fréquence élevée, on aurait une pop mourante, maladequi ne pourrait se reproduire.
* si allèle bas en fréquence, ça veut dire qu’il nuit à l’évolution/survie donc maladie rare dans laquelle la mutation a un impact très grand avec 100% de pénétrance
les études d’association sont plus appropriés pour les maladies mendéliennes ou complexes?
maladies complexes, pas maladies rares mendéliennes
on veut détecter une asso entre les variantes génétiques et la maladie à travers des familles en faisant des design de chohorte, de cas-contrôle et de famille (trio parental atteint par exemple où mère/père/enfant sont atteints)
cas contrôle en étude d’association
on compare un groupe atteint avec un contrôle non-atteint
on veut voir si une allèle est + associée à la maladie que chez les contrôles
étude d’association pangénomique vs gène candidat
pangénomique:
- libre d’hypothèse
- ++ génotypage nécessaire donc coût élevé
- correction pour des analyses multiples (++ faux positifs et cibles manquées possibles)
gène candidat:
- basé sur hypothèse dans la littérature
- faible coût, pas fuuuull de génotypage nécessaire
v ou f
une étude par gène candidat a plus de faux positifs qu’une étude pangénomique
FAUX moins d’impact de correction statistiques (+ cibles manquées mais moins de faux positifs)
méthode étude pangénomique
- échantillons de cas-contrôles entre 100-1000
- génotypages sur chips (affymetrix et illumina)
- analyse statistique et calcul de valeur p de chaque SNP
ex. si on a plus d’allèles comportant un SNP/polymorphisme/variation chez les patients vs les contrôles, on peut faire l’association allèle-phénotype
v ou f
dès mnt, on a une médecine personnalisée basées sur des tests pharmacogénétique ou de diagnostic moléculaire (on prédit)
v
v ou f
dès mnt, on connait une médecine préventive qui démontre les prédispositions génétiques aux maladies complexes
f
plus tard
v ou f
bientôt, on aura des traitements basé sur la classification génétique de la maladie
v
