Polimorfismos Flashcards
Definicion
Afectan a 1 solo nucleotido por insercion, delecion o sustitucion
Constituye al 90% de variaciones genomicas humanas (1 de cada 1.3 kb)
Polimorfismos SNP
2 tipos de sustituciones de los SNP
- Transicion: cambio nucleotido por otro de misma naturaleza quimica (A por G o C por T)
- Transversion: cambio nucleotido por otro de diferente naturaleza quimica
Clasificacion por naturaleza de los SNP
Son 3
- Noncoding SNP
- Coding SNP
- Regulatory SNP
Noncoding SNP
Afectan una zona no codificante: no transcribe, no traduce, un intron (cualquier region intragenica)
Coding SNP
El cambio afecta zona codificantr del genoma pero NO necesariamente el producto final
Por ejemplo: polimorfismo de sustitucion, sin sentido o silencioso
Regulatory SNP
Afecta funcion del gen a traves de regulacion de su transcipcion, traduccion, splicing o estabilidad del ARN
Como es la distribucion de los SNP
Equilibrio entre frecuencia con que se generan las mutaciones y la frecuencia con la que se van perdiendo resultados del azar
Como se genotipan los SNP
Por tecnologia de los microarrays
Para que son los microarrays
Para conocer en que zona del genoma se encuetra localizado un gen relevante y junto a que SNP esta ligado
Ventaja de microarrays
Permite analisis de hasta 2 millones de SNP por muestra
Explica en que consiste el uso de microarrays
- Coloca miles de secuencias genicas en lugares deteminados dobre un chip
- El apareamiento de bases complementarias entre la muestra y las secuencias de genes en el chip produce gran cantidad de luz que se puede medir
- Esas areas identifican los genes que se expresan en esa muestra
Como se ve el resultado de los microarrays
Imagen
Que es el polimorfismo INDEL
Contraccion de insercion y delecion pequeños (1-10 kb)
* Se usa cuando no se puede distinguir cual de ambas mutaciones han originado la diferencia entre 2 secuencias
Consecuencias de INDEL
Cambio en la pauta de lectura
Hay 1.5 millones en el genoma humano
Si afectan al promotor o exones genicos puede causar alteracion
A que hacen referencia los polimorfismos CNV
Copy Number Variations
Fragmento de ADN igual o mayor de 1kb cuyo numero de copias varia entre individuos al comparar con un genoma de referencia
Porcentaje de conformacion de polimorfismos CNV en el genoma humano
4% = mas de 8 millones
Variantes en polimorfismos CNV
Con susceptibilidad a desarrollar enfermedades (especialmente de neuro)
Por ejemplo: duplicación en cromosoma 7 = +15% de esquizofrenia
La mejor manera de identificar es por secuenciacion y microarrays
Cuales son los marcadores mas utilzados
RFLP, VNTR y SNP
Para que sirve genotipar marcadores en familias
Calcular fraccion de recombinacion, osea la distancia entre marcador y locus responsable de enferemdad
Que se toma en cuenta para elegir un marcador
Se usan los mas informativos (mas alelos, heterocigocidad, heterocigotos distintos en poblacion y PIC)
Ventajas de estuidos de ligamientos con SNP
- Abundantes en el genoma
- Unformemente distribuidos
- Analizados con microarrays (muchos a la vez)
Que son los haplotipos
Combinacion de alelos de diferentes loci situados en un mismo cromosoma que se transmiten juntos de generacion en generacion
Combinacion de SNP de una region pequeña de ADN que se transmite sin romperse de generacion en generacion
Haplotipos
Que es el tag SNP
SNP en haplotipo que tiene mayor parte de variabilidad
Reduce costos y tiempos cuando se llevan acabo estuidos de asociacion de polimorfismos con patologias
Ejemplo haplotipos
Funcion del proyecto Hapmap
Mapear mutaciones de tipo SNP
Las personas con la patologia tendran SNP … a una persona
Diferentes
Que hacen los estudios de asociacion en todo el genoma (GWAS)
Estudia la asociacion de genes con determinadas enferemedades
Degeneracion macular relacionada con la edad
A que se asocia GWAS
al genoma completo, se usa para enfermedades complejas
Limitantes GWAS
- Solo en USA
- No interpreta interaccion gen-gen, mutaciones ni gen-ambiente
Cual es el objetivo de la cartografia genetica
Conocer la localizacion fisica de un gen en el genoma
Cuales son los tipos de mapas cromosomicos
- Geneticos
- Fisicos/restriccion: utilza fragmentacion o secuenciacion del ADN
- Citologicos: si el estudio se acompaña de observaciones citologicas
Caracteristicas de los mapas geneticos/ligamiento
- Determina posicion relativa de distintos loci en cromosma y la distancia genetica entre ellos
- Se basa en datos de recombinacion
- Mas cerca los loci = mas probable de heredarlos juntos
- Distancia se mide en centrimorgan
caracteristicas del mapa fisico
- Reperesnta localizacion entre distintos puntos de referencia en ADN, independientemente de los patrones de herencia
- Distancia se mide entre kb o Mb
- Analisis de fragmentos de restriccion del ADN mediante fragmentacion del genoma usando endonucleasa de restriccion
- Separacion de fragmentos despues por electroforesis
- Asi se ven los RFLP
- Primero mapa genetico, despues este
caracteristicas mapas citologicos
- Basado en observacion del cromosoma completo
- Toma en cuenta observacion de bandas, posicion de centrometo o longitud de brazos
Enfermedad de higado graso
HDL bajo, inflamacion, resistencia de insulina, hombres, cirrosis
SNP en PNLP3: sin hidrolisis
SNP en RS730489: sustitucion
