BLAST tipos Flashcards
qué es BLAST
herramienta de búsqueda de alineación local básica (Encuentra una región de similitud local (secuencia conservada) entre una secuencia de “consulta” de aminoácidos que conforman una proteína o la secuencia de nucleótidos del ADN frente a una base de datos de referencia .)
Basic Local Alignment Search Tool
objetivo de BLAST
inferir las relaciones evolutivas y funcionales entre dos secuencias de ADN o proteínas
¿Cuándo se usa BLAST?
en el alinemiento de secuencias LOCALES
Una secuencia de nucleótidos es contrastada contra otra secuencia de nucleótidos de referencia.
BLASTN
¿qué tipo de BLAST es?
Una secuencia proteínica es contrastada contra otra secuencia proteínica de referencia.
BLASTP
¿qué tipo de BLAST es?
Todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos se contrastan contra una secuencia de proteínas de referencia.
BLASTX
¿qué tipo de BLAST es?
Una secuencia proteínica es contrastada contra todos los marcos de lectura de secuencias de nucleótidos de referencia.
TBLASTN
¿qué tipo de BLAST es?
Las traducciones de seis marcos de la secuencia de nucleótidos se buscan contra seis marcos traducciones de una base de datos de secuencias de nucleótidos.
TBLASTX
¿qué tipo de BLAST es?
Adecuado para encontrar alineación entre secuencias estrechamente relacionadas.
MEGABLAST
¿qué tipo de BLAST es?
Adecuado para buscar homólogos remotos o miembros de una familia de proteínas
PSI-BLAST
¿qué tipo de BLAST es?
Adecuado para encontrar secuencias de proteínas con un patrón específico en la base de datos.
PHI-BLAST
