Alineamiento de secuencias

Question 1

IMPORTANTE

Que es

Answer 1

Forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o proteinas, teniendo una de consulta y una de referencia, para identificar regiones similares entre ellas.

Question 2

IMPORTANTE

Caracteristicas

Answer 2

Estima similitudes, infiere relaciones evoluticas, necesita herramientas precisas para analizar con detalle (diagrama de puntos para analisis grafico y alineaciones locales/globales para analizar residuos)

Question 3

IMPORTANTE

Alineamiento local (de 2)

Alinmiento global (todos - identifica mutaciones)

Answer 3

Identifica regiones conservadas entre 2 secuencias (similitudes)
Ej: BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOS Water

Question 4

Algoritmos de pares (Dot Plot)

Answer 4

Metodo mas simple para identificar similitudes, por pares

Busca caracteristicas en diferente orden y revela patrones complejos

Question 5

Como se interpreta Dot-plot

Answer 5

Como secuencias divergentes donde solo un segmento es homologo
Repeticion en tandem: forma cuadrada

º

Question 6

Needleman - wunch

Answer 6

Se genera una matriz de (m+1)x(n+1)
- M es tamaño de la primera secuencia
- N es tamaño de la segunda secuencia

Valor de c/celda basado en 3 condiciones

Question 6

Valor de c/celda basado en 3 condiciones, ¿cuales?

Answer 6

1. Match
2. Mismatch
3. Gap

Question 7

Smith and waterman

Answer 7

Optimizado para alineamientos locales
Via de alineamiento inicia de cualquier punto
Valor minimo permitido es 0