Phylogéographie Flashcards
Qu’est-ce que la phylogéographie
Étude de la distribution géographique, passées et présentes, des lignées phylogénétiques, surtout celles au sein des espèces ou des espèces proches et de leurs causes environnementales et historiques. Combine la génétique des populations et la biogéographie pour comprendre l’histoire évolutive d’une espèce
Que sont les arbres phylogéographiques
Création d’un arbre où les UTOs sont les individus d’une même espèce. Réseau habituellement non-enraciné illustrant le nombre de mutations ou de différences de sites de restriction entre les haplotypes. Peut aussi inclure le nombre de chacun des haplotypes observés. On peut ensuite comparer cet arbre avec la géographie
C’est quoi vicariance
Séparation et isolement de groupes d’organismes par une barrière géographique menant à la différenciation
C’est quoi dispersion
Échange d’individus reproducteurs entre populations, s’oppose à la différenciation
C’est quoi l’ADN mitochondrial
Implique souvent l’étude de la phylogénie de l’ADN mitochondrial au sein d’une seule espèce. UTO = individu. Facilement isolé: Nombreuses mitochondries par cellules, Petite molécule (16kb) et Peut souvent être extrait d’échantillons très anciens. Chez tous les organismes: Amorces universelles peuvent être utilisées pour amplifier des régions orthologues et Possible de comparer des données de nombreuses espèce
C’est quoi le transmission maternelle
Transmis de mère à enfants. Ne reflète que les lignées phylogénétiques et le flux génique maternelles. Pas de recombinaison
Quel est mécanisme de mutation bien compris
Mutations presque exclusivement par substitution de bases simples qui s’accumulent selon une horloge moléculaire. On peut donc utiliser les différences de séquences pour déterminer les relations entre les séquences
C’est quoi l’Évolution rapide
Plus rapide que l’ADN nucléaire grâce au taux plus élevé
d’erreur et à la correction d’épreuves moins efficace. Peut permettre de retracer les divergences récentes
Qu’est-ce que la phylogénie épidémiologique
Identification de l’origine évolutive de nouvelles maladies, souvent en lien avec la transmission d’une espèce à une autre. Suivi de l’origine d’un nouveau site d’infection à un individu initial. Suivi de la propagation d’une nouvelle maladie à l’échelle globale. Découverte si de nouvelles lignées virulentes
apparaissent par recombinaison entre les virus
Comment la phylogénie et la conservation fonctionnent-elles ensemble?
La forme de l’arbre phylogénétique peut donner des
informations sur l’histoire démographique et le flux génique. Les efforts de conservation de la biodiversité peuvent être guidés par la phylogénie (l’extinction du taxon A résulterait d’une perte de l’histoire évolutive plus importante que l’extinction du taxon B)
Quelles sont les caractéristiques du chromosome Y
Présence : mâle. Analogie à l’ADN mitochondrial (Haploïde et Transmission uniparentale (mâle)). Recombinaison limitée à la région pseudoautosomique. En dehors de la région pseudoautosomique, histoire ne reflète que les évènements de mutations. Peu de variations au sein d’une espèce. Beaucoup de variations entre espèces. La variation peut être utilisée pour construire des phylogénies
Quels sont les avantages du test sexuel SRY
SRY initie le développement masculin, sa présence
doit indiquer le sexe masculin. SRY est présent chez tous les mammifères supérieurs, ce test est donc applicable à toutes ces espèces
Quels sont les inconvénients du test sexuel SRY
Absence de SRY peut vouloir dire: L’individu est une femelle ou La PCR n’a pas marché. Les amorces pour SRY doivent être combinées avec des amorces pour un autre gène (contrôle positif)
Quel est le test sexuel à l’amélogénine
Dans la région pseudoautosomique. Les homologues ne sont pas identiques. Amorces juste à côté d’une région délétée spécifique au chromosome: AMEL-X et AMEL-Y produisent des produits de PCR de différentes tailles (X plus petit). Contrôle positif interne, pas besoin d’amorces supplémentaires. Quantité de produits de PCR proportionnelle au nombre de chromosome de chaque type
Quand utilisons-nous le test pour le sexe
Criminalistique. Estimation du rapport des sexes. Vérification des prélèvements. Phylogéographie
