Distance génétique Flashcards
Quelles sont les propriétés des distances génétiques
Distance génétique entre une population et elle-même = 0. Distances génétiques entre deux populations > ou = 0. Idéalement, distance entre deux populations devrait être proportionnelle, au temps depuis leur séparation
C’est quoi le modèle à nombre d’allèle infini
Suppose que toute mutation génère un nouvel allèle unique dans la population, chaque allèle à une origine unique
C’est quoi le modèle à nombre d’allèles infini
Suppose que chaque mutation à un nouveau site (nucléotide) unique, ainsi chaque mutation génère un nouvel allèle. Différence avec le modèle à nombre d’allèles infinis, on peut compter le nombre de nucléotides qui varient entre 2 allèle
C’est quoi le modèle à mutations séquentielles
Relations entre allèles modélisées par une chaine, utilise pour les microsatellites
C’est quoi distance de Shriver
Selon le modèle de mutations séquentielles, les allèles de taille proche à un locus microsatellite sont plus apparentés que les allèles de tailles très différentes (différences de taille proportionnelle au temps depuis leur ancêtre commun)
Quelle est la relation entre la distance génétique et la géographie
Nous avons vu que les mesures de distance génétique sont idéalement reliées au temps depuis la séparation des populations si le modèle du processus de mutation générant de la variation est correct. De plus, si le flux génique est relié (négativement) à la distance physique entre les populations, on s’attendrait à voir aussi une relation entre distances génétiques et géographique. Sewall Wright a appele cet effet « isolation par distance
C’est quoi l’isolement par la distance
Effet d’isolement par la distance correspond de flux génique de type « stepping stone ». Les modèles de type « îles » prédisent une migration équivalente entre toutes les populations
Comment interpréter la relation entre la distance génétique et la géographie
Forme de la relation dépend des processus de flux génique (homogénéisation) et de dérive (différenciation). Si la pente est > 0 devient isolement par la distance. Plus la pente est grande, plus l’effet de la distance est important pour la réduction du flux génique. Plus le point d’intersection avec l’ordonnée est haut, plus la moyenne du flux est basse
C’est quoi le test de Mantel
Estimation de la pente et de l’intersection avec l’ordonnée par régression. Significative statistique de la relation est testée en utilisant un test de Mantel. Test basée sur la permutation car les éléments de chaque matrice (distances génétiques et géographique) ne sont pas indépendants et sont définis par comparaison deux à deux (x à y, y à z et z à x)
Comment détecter les barrières dans le flux génétique
Observation de l’impact de barrières potentielles à la migration
Quels sont les différents types d’obstacles
Des barrières peuvent être liées à : Type d’habitat (forets, montagnes, terrains agricoles), Barrières linéaires (rivières, routes, oléoducs), Autres aspects (îles vs. Continents) et Statut phénotypique ou taxonomique
C’est quoi test paritel de Mantel
En plus des distances génétique et géographique, une 3e variable est introduite (population d’un côté ou de l’autre d’une barrière). Contrôle statistique de cette nouvelle variable permettant de tester la corrélation entre Ds et la distance géographique en contrôlant pour cette 3e variable
Qu’est-ce que le test de Mantel partiel nous aide à résoudre
La distance génétique varie-t-elle en fonction de la distance géographique après avoir pris en compte la séparation par la barrière? La distance génétique varie-t-elle en fonction de la séparation par la barrière après avoir pris en compte la distance génétique
