Phylogénétique Flashcards
Définir la phylogénétique
Etude des relations d’un point de vue évolution entre les
organismes
Définir la phylogénie
Histoire évolutive d’un groupe d’organismes
Définir l’arbre phylogénétique ou les arbres évolutifs
Diagrammes décrivant les liens entre ancêtres et
descendants au sein d’un groupe d’organismes
Comment fabriquons-nous des arbres phylogénétiques
1. Acquisition de données moléculaires (séquences d’ADN) 2. Reconstructions phylogénétiques 3. Tests statistiques de robustesse de l’hypothèse
Quel est le noeud de l’arbre phylogénétique
Point où une branche se divise en 2 branches ou plus. Représente un ancêtre commun réel ou hypothétique
Quel est le branche de l’arbre phylogénétique
Lien décrivant une relation ancêtre-descendant entre
2 noeuds. La façon dont les branches sont connectées les unes aux autres est appelée la topologie ou un cladogramme. La longueur des branches peut représenter le nombre de changements ayant lieu sur cette branche
Que sont les arbres enracinés
Arbres pour lesquels la direction de l’évolution est insinuée. Besoin de connaître l’état ancestral
Que sont les arbres non enracinés
Arbres indiquant les relations entre taxons sans aucune direction évolutive ni représentation de la position de l’ancêtre commun
Comment savoir si un arbre est enraciné ou non
Enraciner un arbre qui ne l’est pas est comme choisir une branche à un point précis. Il y a toujours plus de topologies enracinées que de topologies non enracinées pour un nombre de taxons donné
Quels sont les caractères phylogénétiques
Caractères peuvent être tout ce qui peut être mesuré dans les taxons: Séquences d’ADN, traits morphologiques, traits comportementaux
Quelles sont les différentes classifications des caractères phylogénétiques
Invariants, Non informatifs et Infomatif
Quel est le caractère phylogénétique invariant
Identique dans tous les taxons (1-2)
Quel est le caractère phylogénétique non informatifs
Variable mais n’apporte pas d’informations phylogénétiques (3-4). Un état peut être partagé par plusieurs taxons mais aucun
autre état n’est présent chez plus d’un taxon
Quel est le caractère phylogénétique informatifs
Caractère avec au moins 2 états où chaque état est partagé par, au moins, 2 taxons (5-6)
Quelle est la méthode cladistique de construction d’un arbre
Arbres construits à partir des caractères communs: Parcimonie maximale, Vraisemblance maximale et Estimation bayésienne
Quelle est la méthode phénétique de construction d’un arbre
Arbres construits sur la base de la similarité, sur des distances estimées: UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using arithmetic Averages) et Neighbour Joining
C’est quoi un clade
Groupe de taxons dérivés d’un ancêtre commun. Inclus tous les taxons descendants d’un nœud particulier
mais pas les autres taxons. Les taxons vivants dans un clade forment toujours un groupe
monophylétique
Comment trouver l’arbre le plus simple avec le parcimonie maximale
Trouver l’arbre le plus simple
1. Construire toutes les possibilités d’arbres (non enracinés).
2. Pour chaque arbre, compter le nombre de changements nécessaires pour chaque caractère et faites la somme de tous les caractères
3. Sélectionner le « meilleur » arbre en choisissant celui
nécessitant le moins de changements/mutations
Comment construire tous les arbres possibles
Exemple avec 5 taxons. On commence avec 3 d’entre eux (ABC). Puis on en ajoute un (D) à chaque branche. On fait la même chose avec le 5e (et les suivants si nécessaire)
C’est quoi l’apomorphie
L’état d’un caractère dérivé
C’est quoi le synapomorphie
Une apomorphie partagée entreplusieurs taxons
C’est quoi le pléisiomorphie
L’état ancestral du caractère
C’est quoi le sympléisiomorphie
Une pléisiomorphie partagée
C’est quoi le variation et divergence
La génétique des populations est l’étude du comportement des gènes dans les populations, ce qui est essentiel pour notre compréhension de l’évolution. La génétique des populations est quantitative. Les marqueurs moléculaires sont l’outil privilégié pour plusieurs raisons
C’est quoi le polymorphisme moléculaire
Polymorphisme de séquence d’ADN
C’est quoi un haplotype
Combinaison donnée de nucléotides polymorphes le long d’une séquence
C’est quoi le théorie de la coalescence
En coalescence, on s’intéresse à la généalogie de loci
homologues au sein d’une espèce/population. En phylogénie moléculaire, on s’interesse à la généalogie
de loci homologues entre les espèces
Quel est l’arbre des espèces
Histoire évolutive d’un groupe d’espèces ou de populations. Le temps de divergence entre 2 espèces correspond au temps à partir duquel les 2 espèces sont devenues isolées génétiquement (barrières reproductives)
Qu’est-ce que l’arbre des gènes
Histoire évolutive d’un échantillon de copies de gènes
Comment la variation génétique est-elle révélée
La variation génétique élevée révélée par l’électrophorèse des protéines a remis en question le dogme que les mutations sont délétères et éliminées par la sélection
Que prouve la théorie neutre sur la phylogénétique
La théorie neutre prédit que la plupart des variants qui
apparaissent suite à des mutations sont sélectivement neutres. Les fréquences alléliques sont ainsi dues à l’équilibre entre la mutation et la dérive génique. Cette nouvelle théorie a permis l’étude de l’évolution au niveau de la population
Comment se produisent les mutations
Les mutations s’accumulent suivant une horloge
