Goulots d'étranglement Flashcards
Que sont les goulots d’étranglement
Lorsqu’une population passe à travers une période ou ses effectifs sont réduits dramatique. Reduction en taille de la population. Perte de diversité génétique
Quelles sont les causes des goulots d’étranglement
Les goulots d’étranglement peuvent être causes par : La perte ou la fragmentation de l’habitat, Les maladies, Un effet fondateur et un Autre évènement naturel ou d’origine humaine
Quels sont les résultats d’un goulot d’étranglement
Perte de diversité produit une population plus vulnérable aux changements environnementaux. Diminue la faculté d’adaptation aux changements environnementaux futurs. Augmente la consanguinité due à une réduction du nombre d’individus reproducteurs
Qu’est-ce qu’une population effective
La population effective est symbolisée par Ne et représente le nombre idéal de reproducteurs : Chaque individu se reproduit également, Le sexe ratio est 1, Les générations sont discrètes, Il n’y a pas de consanguinité, La taille de la population est stable
C’est quoi le variation génétique au fil des générations
La variation génétique diminue dans les populations isolées en raison d’un effet similaire à la consanguinité (si on ignore les mutations et la sélection). En une génération le niveau de consanguinité f augmente avec la chance de reproduction entre individus de la même famille
Quelle est la méthode de deux populations
Dans cet exemple, nous avons une mesure de référence pour la diversité génétique passée. D’autres sources pour la même information pourraient venir d’échantillons de musée, d’une étude passée ou de la population source d’une population récemment fondée
Quelle est la méthode de deux populations: H, P ou A
Changements de la diversité liés à un goulot. La variation génétique va diminuer quand Ne diminue. On peut comparer He, Ho, la proportion de loci polymorphiques (P) et/ou la diversité allélique (A)
Quelle est la méthode de deux échantillons: fréquence allélique
Goulot produit les allèles rares sont plus susceptibles d’être perdus à cause de la dérive que les plus courants. Changements de la distribution des fréquences alléliques dans la population en réduisant la proportion d’allèles rares. Si des échantillons précédant et suivant le goulot sont disponibles, ils peuvent être comparés
Comment calculer Ne?
Avec suffisamment de données démographiques, on pourrait corriger Nc. C’est rarement le cas. On peut cependant estimer les changements de Ne à partir de marqueurs génétiques neutres. On se base sur les effets prévisibles du goulot d’étranglement : Augmentation de la consanguinité et réduction de la variation génétique. Dans une population isolée, l’effet est continu par suite d’un goulot d’étranglement
C’est quoi le méthode à un échantillon
Sans échantillon de référence, on peut détecter la trace d’un goulot d’étranglement récent. Lors d’un goulot d’étranglement, la diversité allélique plus vite que l’hétérozygote (car les allèles rares ont de fortes chances d’être perdus). Cela résulte en un excès d’hétérozygotes par rapport au nombre attendu basé sur le nombre d’allèles
C’est quoi le méthode à un échantillon : Hétérozygotie
Pour un nombre d’allèles donné, on peut calculer Heq, l’hétérozygotie prédite pour un nombre d’allèles donné. C’est une valeur théorique, différente de He qui dépend des fréquences alléliques et de la loi de HW. Heq est calculée selon un modèle de mutation par un programme informatique
Comment comparer He vs Heq
Dans une population qui n’a pas subi un goulot d’étranglement, He à un locus aura 50% de chances d’être inférieure et 50% de chances d’être supérieure à la valeur théorique Heq. Dans une population ayant subi un goulot d’étranglement, on verra un excès de locus pour lesquels He > Heq. Un test statistique est utilisé pour vérifier que l’excès est significatif
C’est quoi le méthode à un échantillon : Étendue de taille allélique
Lors d’un goulot, les allèles rares seront perdus créant des manques dans la distribution des fréquences alléliques des microsatellites. Puisque les allèles perdus ne sont pas forcément aux extrémités de la distribution de taille, l’étendue de taille d’allèle r (« range ») ne sera pas affectée autant que le nombre d’allèles observées k. Le rapport M = k/r diminuera par suite d’un goulot
Comment voyons-nous les goulots d’étranglement
Par suite d’un goulot d’étranglement, le nombre d’individus d’une population peut remonter rapidement au nombre original mais la diversité génétique garde la trace de l’évènement. On peut utiliser les marqueurs génétiques pour détecter et quantifier cet effet
La méthode à un ou à deux échantillons est-elle meilleure pour examiner les goulots d’étranglement?
Méthodes à 2 échantillons sont plus fiables mais on a besoin d’une population de référence qui n’est pas toujours disponible
