pathogènes alimentaires Flashcards
Qu’est ce que le microbiote et le microbiome?
Microbiote: Communauté microbienne
Microbiome: Gènes de cette même communauté microbienne
Est ce que le microbiote intestinal est le même partout dans l’intestin?
non, c’est différent selon les partis
Quels facteurs affectes le microbiote?
- diète & nutriments disponibles
- antimicrobiens
- caractéristiques de la niche écologique
- phages
- immun modulation de l’hôte
Quel gène vise-t-on lors des méthodes d’analyses pour les amplicons:
- Bactérien
- Fungi
- Protozoaire
- Bactérien: gène codant pour l’ARN ribosomal 16S
- Fungi: ITS (internal transcribed spacers)
- Protozoaire: gène codant pour l’ARN ribosomal 18S
Pourquoi vise-t-on le gène 16S?
- Ubiquitaire
- Faiblement transféré
- Zones variables et zones conservées
- Taille d’une région = idéale pour les technologies de séquençage
- On peut faire des banques de données avec ça
Lors de l’extraction de l’ADN 16S y a-t-il une possibilité de contamination? Comment peut-on y remédier?
Oui, des contaminations peuvent arriver.
Des contrôles négatifs sont nécessaire.
De plus, il ne faut pas extraire tous leséchantillons d’un même groupe avec la même méthode
Les amorces ciblent quoi?
- différentes amorces
- différentes tailles d’amplicon
Le nettoyage des données via la bio-informatique permet de faire quoi?
– Éliminer les erreurs
– Réduit la taille de la banque de données à analyser
– Moins il y a d’erreur, plus facile sera l’analyse
Quels sont les avantages de OTU?
- Normalisation entre labos
- Diminue la taille des données à analyser
- Conservateur (moins d’erreurs)
Quels sont les désavantages de OTU?
- N’est la le réel reflet de l’espèce
- Ne permet pas de voir les sous-types d’espèce
- Ne capture pas la “vraie” diversité
Qu’est ce que l’OTU?
Ca regroupe toutes les séquence qui sont similaires à plus de 97%.
Donner des caractéristiques de C. jejuni.
- Gram-
- flagelle polaire
- croissance de 37 à 42 degré
- génome très variable
- cause la campylobactériose
- asaccharolytique (utilise a.a ou intermédiare de Krebs au lieu des sucres)
Donner la description microbiologique de C. jejuni.
T: 30-45 degré
pH: 4.9 à 9.0
Aw min: 0.98
Respiration: Micro aérobie obligatoire
Qu’est ce que la campylobactériose?
- C’est une infection causant une diarrhée, des crampes et des vomissements.
- Durée moyenne: 4 jours
- Personnes atteintes: enfant, immunosuprimé ET ceux qui ont des contacts réguliers avec les animaux.
Une infection sévère de campylobactériose cause quoi?
en maladies auto-immunes