pathogènes alimentaires Flashcards
Qu’est ce que le microbiote et le microbiome?
Microbiote: Communauté microbienne
Microbiome: Gènes de cette même communauté microbienne
Est ce que le microbiote intestinal est le même partout dans l’intestin?
non, c’est différent selon les partis
Quels facteurs affectes le microbiote?
- diète & nutriments disponibles
- antimicrobiens
- caractéristiques de la niche écologique
- phages
- immun modulation de l’hôte
Quel gène vise-t-on lors des méthodes d’analyses pour les amplicons:
- Bactérien
- Fungi
- Protozoaire
- Bactérien: gène codant pour l’ARN ribosomal 16S
- Fungi: ITS (internal transcribed spacers)
- Protozoaire: gène codant pour l’ARN ribosomal 18S
Pourquoi vise-t-on le gène 16S?
- Ubiquitaire
- Faiblement transféré
- Zones variables et zones conservées
- Taille d’une région = idéale pour les technologies de séquençage
- On peut faire des banques de données avec ça
Lors de l’extraction de l’ADN 16S y a-t-il une possibilité de contamination? Comment peut-on y remédier?
Oui, des contaminations peuvent arriver.
Des contrôles négatifs sont nécessaire.
De plus, il ne faut pas extraire tous leséchantillons d’un même groupe avec la même méthode
Les amorces ciblent quoi?
- différentes amorces
- différentes tailles d’amplicon
Le nettoyage des données via la bio-informatique permet de faire quoi?
– Éliminer les erreurs
– Réduit la taille de la banque de données à analyser
– Moins il y a d’erreur, plus facile sera l’analyse
Quels sont les avantages de OTU?
- Normalisation entre labos
- Diminue la taille des données à analyser
- Conservateur (moins d’erreurs)
Quels sont les désavantages de OTU?
- N’est la le réel reflet de l’espèce
- Ne permet pas de voir les sous-types d’espèce
- Ne capture pas la “vraie” diversité
Qu’est ce que l’OTU?
Ca regroupe toutes les séquence qui sont similaires à plus de 97%.
Donner des caractéristiques de C. jejuni.
- Gram-
- flagelle polaire
- croissance de 37 à 42 degré
- génome très variable
- cause la campylobactériose
- asaccharolytique (utilise a.a ou intermédiare de Krebs au lieu des sucres)
Donner la description microbiologique de C. jejuni.
T: 30-45 degré
pH: 4.9 à 9.0
Aw min: 0.98
Respiration: Micro aérobie obligatoire
Qu’est ce que la campylobactériose?
- C’est une infection causant une diarrhée, des crampes et des vomissements.
- Durée moyenne: 4 jours
- Personnes atteintes: enfant, immunosuprimé ET ceux qui ont des contacts réguliers avec les animaux.
Une infection sévère de campylobactériose cause quoi?
en maladies auto-immunes
Répondé aux questions suivantes:
1. Quel est la dose infectieuse pour provoquer la campylobactériose?
- Comment peut-elle être contracter?
- Vecteur de la maladie
- environ 500 bactéries
- ingestion et pt via les muqueuse des yeux
- les oiseaux
Campylobacter colonise la volaille de façon asymptomatique et est retrouvé dans le foie et la rate de ceux-ci.
V ou F?
vrai
existe-t-il des oiseaux campylobacter négatifs?
oui
Quelle est l’hypothèse pour la croissance et la prolifération des campylobacter?
il y a d’autres bactéries qui utilise de l’hydrogène ce qui produit du succinate.-> le succinate va être utiliser par Campy. comme source d’énergie et de carbone.
+ ya de succinate -> + ya de Campy.
Donner des caractéristiques de Salmonella
- Gram-
- ne fait pas de spore
- mobile -> péritriche
- anaérobie facultatif
Donner la description microbiologique de Salmonella.
T: 5 à 45 degré
pH: 3.5 à 9
Aw min: 0.93
Répondez à ces questions sur la Salmonellose:
- Que cause la Salmonellose?
- Qui est l’agent pathogène qui cause la Salmonellose?
- Quelle est la dose infectieuse?
- Quels sont les vecteurs?
- maladie entérique sans complication (septicémie mais c’est rare)
- Samonella non-typhoïde
- 10 à 10E6 CFU
- volaille, porc, boeuf, légume et eau contaminée
Qu’est ce qui inhibe la virulence de Salmonella?
butyrate et indole
Quel est le SCFA produit par le microbiote de Clostridia qui diminue la colonisation de Salmonella?
propionate
Donner des caractéristiques de L. monocytogenes.
- Gram+
- bâtonnet, non-sporulé
- ubiquitaire
Donner la description microbiologique de L. monocytogenes.
T: 1 à 45 degré
pH: 4.1 à 9.6
Aw: 0.92
Où se retrouve L. monocytogenes?
dans les produits laitiers et la nourriture prêt–manger
Répondez aux questions de L. monocytogenes:
- Qui peut être infecté?
- Quelle est la dose infectieuse?
- Quelle est la période d’incubation?
- toute le monde!
- 100 à 10E6 CFU
- 3 jours à 3 mois
Quelles sont les 3 formes d’infection de L. monocytogenes?
– Gastro-intestinale
– Systémique
– Néonatale (avortement)
Est ce que L. monocytogenes peut survivre pendant de longue période de temps?
oui (mois/année)
