NGS i mikrobiologi

Question 1

hvorfor er bakterie og virus genom mer hånderbart enn det humane genomet?

Answer 1

lettere å kjøre sekvensering på disse da de er
mye mindre enn det humane genomet.

Question 2

hvordan påviser man Covid?

Answer 2

før sekvenseringen må man klone eventuell covid i en prøve, dette gjøres med pcr. deretter vil rna
ekstraheres og bli gjort om til cDNA. påvisningen
vil deretter skje ved bruken av real time pcr og taqman probe.

Question 3

hva er sekvensering?

Answer 3

• Nøyaktig bestemme
  rekkefølgen av nukleotider
  (adenin, guanin, cytosin og
  tymin) i et DNA (RNA) molekyl

Question 4

hvorfor er spike proteine til covid så viktig?

Answer 4

de fleste mutasjonene på covid skjer ved spike proteinene,

Question 5

hva betyr aa:S:N501Y?

Answer 5

Aa=amino acid
S=spike protein
N=aspargin
501=base posisjon
Y=aspargin

Question 6

hva er den største forskjellen på sangersekvensering og NGS?

Answer 6

Forskjellen på ngs og sanger er hvor mye data man kan få ut
vi får ut mye mer i ngs enn i sangersekvensering

Question 7

hva er forskjellen på NGS og WGS, og hvorfor brukes WGS oftere på bakterier/virus enn mennesker?

Answer 7

*NGS
- Neste generasjons sekvensering
- Høykapasitets
sekvenseringsteknologi
- Massiv parallell sekvensering
* WGS
- Helgenomsekvensering
Ofte bedre å ta helgenomsekvensering på
bakterier og virus siden de har så lite dna
at man kan gjøre det uten problemer/tid.
Bruker det siden man ofte er usikker på
hvor mutasjonen ligger og hva annet som er mutert i bakterie/virus genomet
det humane genomet er for stort og tidkrevende til at man kan
gjøre det på en daglig basis

Question 8

forklart disse begrepene: Throughput range per run (Gb), Read lenght, Coverage

Answer 8

Throughput range per run (Gb) = Antall gigabaser lest per analyse
Read lenght = antall baser analysert i en “bit”
Coverage = hvor mange ganger en enkelt base har blitt lest

Question 9

hvordan kan man bruke NSG for smittesporing og tilbakevendende infeksjoener?

Answer 9

Tilbakevendende infeksjon
* Tilbakefall eller ny infeksjon?
* Hofteprotese
* Hvite stafylokokker
* Sammenligning av resistens
* Sammenligning av resistensgener: hvis resistensen er lik har man en økt mistanke om at det er samme bakterie
* Sammenligning av hele genomet

Smittesporing
* flere tilfeller enn forventet av en
bestemt sykdom innenfor et
område i en gitt tidsperiode
* to eller flere tilfeller av samme
sykdom med antatt felles kilde