16s sekvensering

Question 1

hva sier deteksjonsgrensen om sensitiviteten?

Answer 1

lav deteksjonsgrense vil si at man har høy sensitivtet siden
man kan fange opp små mengder av en molekyl
høy deteksjonsgrense vil si at man trenger mye av molekylet for å
kunne detektere det i en prøve

Question 2

hva er 16s?

Answer 2

det er et gen som koder for en liten subenhet av ribosomet.

Question 3

hvordan fungerer 16s sekvensering?

Answer 3

først og frems er det viktig å vite at 16s genet er
veldig konservert gen hos forskjellige arter av en bakterie. det vil si at
alle bakterier i en art har akuratt samme gen struktur for 16s genet.
dette kan brukes for å finne ut av hvilke bakterier en har å gjøre med
når dette ikke kan bli funnet på andre måter.
Det blir dannet en primer for den konserverte delen av
en bakterie art som blir satt inn som vanlig pcr. det blir deretter
sekvensert og man får ut svaret om hva bakterien er. dette er en
spesifik metode som gir pekepinner på hvilke bakterie man kan ha
å handle med.

Question 4

Når er 16S fra en bakteriekoloni aktuelt?

Answer 4

• Vekst på skål
• Usikker score på MALDI-TOF
• Analyserer flere ganger på MALDI- TOF
  med usikker score
• 16S (bakteriekoloni)

Question 5

hvorfor vil man fortynne en prøve som ikke gir
riktig utslag på pcr?

Answer 5

Ved for mange celler/templater vil man ikke ha
nok primere/byggesteiner for å få eksponentielt
vekst over tid. Så du får en brå stigning
med engang så man kan si at det er noe her
men må gjøre det igjen etter fortynning
siden man ikke kan si noe om hva bakterien er.

Question 6

hvilke utfordringer har man ved 16s sekvensering?

Answer 6

16 s er universell da den treffer på alle bakterier,
men den er dyr og tidskrevende. Veldig mottagelig for urenheter da
alle bakterier vil bli detektert og sekvensert. Krever ekstremt lite bakterier til å
føre til store problemer. Må derfor skjøres en reagens kontroll sammen med prøven.
Vanskelig å få ut bare bakterie dna fra biopsi, mye mer humant enn bakterie dna som kan kryssbinde
å føre til problemer. Kan få med naturlig flora og ikke bare patogent

Question 7

hva er det man sjekker ved sekvensering av spa-genet?

Answer 7

sjekker for gule staflyokokker, spesielt for MRSA

Question 8

hvorfor har man ofte en ekstra tråd når man gjør spa sekvensering?

Answer 8

den ene tråden er forward og andre er revers. dette er i tilfellet
der den ene tråden ikke er bra nok til å brukes.