Mutaties en polymorfismes

Question 1

Wijziging in de samenstelling van het DNA

Answer 1

Variatie
op niveau van chromosoom
op niveau van DNA

Question 2

Variatie in het humaan genoom

Answer 2

Lokalisatie
Frequentie
Type wijziging
- SMP
- enkele baseparen
- variabel aantal repeats
- insertie, deletie, inversie
- copij aantal (CNV)
functionele gevolgen: silent → functioneel
gunstig versus ongunstig (mutatie)

Question 3

Dinucleotide repeat

Answer 3

CA- repeat: variavel aantal CA copies

Question 4

Hoe aantonen dat een variant een mutatie is en een ziekte veroorzaakt

Answer 4

1. Familieonderzoek
2. controle populatie
3. functionele gevolgen

Question 5

Onstaan van mutatie/variatie

Answer 5

Spontaan
-Dna replicatie
-invloeden van paternele 
 leeftijd op frequentie van 
 monogene aandoening
Mutagenen
- ioniserende stralinge
- niet-ioniserende stralingen
- toxische stoffen

Question 6

Puntmutaties

Answer 6

• Silent
• Missense
• nonsense

Question 7

Microdeleties/micro-inserties

Answer 7

Insertie: inframe

deletie: inframe
insetie: Frameshift

Question 8

Verkeerde mRNA processing

Answer 8

Substitutie: splice mutatie

Question 9

Hoe veroorzaakt mutatie ziekt

Answer 9

Eiwit: los-of function
eiwit: gain of function (achondroplasie)
Beide: COL2A1 verminderde hoeveelheid collageen, abnormale structuur

Question 10

Klasieke sanger sequencing

Answer 10

Human genome project

Question 11

Next generation sequencing NGS

Answer 11

Roche GS FLX (454 Life Sciences)​
James Watson, 4.5 months, $ 1.500.000​
Illumina Genome Analyzer II (Solexa)​
Marjolein Kriek, 6 months, € 40.000​
Applied Biosystems SOLiD 3 (Agencourt)​
Illumina HiSeq2000​
PacBio​
NovaSeq​

​

Question 12

illumina sequence by synthesis

Answer 12

DNA fragmentatie, miljoenen korte DNA fragmentjes

Question 13

Reconstruction DNA-sequencing

Answer 13

Algineren van miljoenen korte sequenties 150bp

Question 14

Exoom sequencing

Answer 14

1.5-2% van ganse genoom
-DNA gefragmenteerd​
Elk fragment krijgt een
“linker”​
-Hybridisatie met exoom
array​
-Elueren van het
gecapteerde DNA​
-Sequeneren van
gecapteerde DNA​

Question 15

Incidental finding

Answer 15

To tell or not to tell

Pro and anti discclosure

Question 16

Statement

Answer 16

Total genome analysis for minors ​ is only justifiable if the interests ​of the minor in question​ are given priority.

Question 17

Screening

Answer 17

Prevention
longer and healthier life
              ↨
overestimation benefits screening
over-medicalization