Module 4: La structure primaire des protéines Flashcards
Définir ce qu’est la structure primaire d’une protéine
Il s’agit d’une séquence linéaire de résidus d’acides aminés placé dans un ordre spécifique.
Quelle structure fait intervenir uniquement des lients covalents ?
La structure primaire
Qu’est ce qu’une liaison peptidique?
C’est l’union des acides aminés qui à lieu entre la fonction a-carboxyle de l’acide aminé 1 et la fonction a-amine de l’acide aminé 2
Vrai ou Faux: Une chaine polypeptidique contient plusieurs groupements a-COOH libre et plusieurs groupements a-NH2.
FAUX
Une chaine polypeptidique contient UN SEUL groupement a-COOH libre et UN SEUL groupement a-NH2.
Quelle formule permet de calculer le nombre de peptides possibles?
20^n , où n correspond au nombre de résidu possible.
Qu’est-ce qu’une protéine monomérique ?
C’est une protéine qui contient UNE seule chaine peptidique.
Qu’est-ce qu’une protéine multimérique?
C’est une protéine qui contient PLUSIEURS chaines polypeptidiques.
Vrai ou Faux: Les étapes de purifications varient d’une protéine à l’autre?
VRAI
La solubilité varie-t-elle selon la charge , la polarité, la taille ou l’affinité? (2)
Selon la charge et la polarité
Purification selon la solubilité:
Expliquer l’effet du pH sur la solubilité.
La solubilité est minimale lorsque pH=pI. La solubilité ↑ lorsque le pH se situe de part et autre du pI.
Purification selon la solubilité:
La solubilité est favorisée lorsque la force ionique est faible ou élevée?
À faible force ionique la solubilité augmente en raison de la présence minimal d’ions de sels qui aident à solubiliser les acides aminées et les protéines.
La vitesse d’élution d’une protéine dépend des interactions de ces molécules avec la phase mobile ou la phase stationnaire?
Avec la phase stationnaire.
Quelle méthode est utilisée pour faire une purification selon la taille? Quelles molécules sortent en premier?
La chromatographie d’exclusion. Les grosses molécules ne sont pas retenues par la résine, donc elles sortent en premier.
Quelle méthode est utilisée pour faire une purification selon la charge?
La chromatographie par échange ionique.
Quelle méthode est utilisée pour faire une purification selon l’affinité? Que retrouve-t-on de particulier dans la phase stationnaire?
La chromatographie d’affinité. Dans la phase stationnaire, il y a présence de ligands qui peuvent reconnaitre de façon spécifique les protéine cible.
Quelle méthode est utilisée pour détecter et analyser des protéines?
La spectrophotométrie
Compléter la phrase suivante:
L’absorbance d’une solution contenant un soluté X est ———————– à sa concentration.
directement proportionnelle
Lorsque le coefficient d’extinction molaire est connu, quelle méthode de spectrométrie est utilisée pour déterminer précisément la concentration de l’échantillon?
La spectrométrie UV
Lorsque le coefficient d’extinction molaire n’est pas connu, quelle méthode de spectrométrie est utilisée pour estimer la concentration des protéines de l’échantillon?
La spectrocolorimétrie
Quelle méthode permet de séparer les composantes d’un mélange protéique selon la vitesse de migration en présence d’un champ électrique?
l’électrophorèse
Vrai ou Faux:
Lors d’une électrophorèse, pour une même charge, la plus petite molécule migre presqu’à la même vitesse que la plus grosse molécule.
FAUX.
La plus petite molécule migre plus rapidement, car elle se faufile dans le gel. La plus grosse molécule rencontre une certaine résistance dans le gel.
Nommer les 4 étapes qui permettent d’estimer la charge nette d’un peptide en fonction de son pH.
1- Identifier les différents résidus qui forment le peptide
2- Identifier les groupements ionisables ( un peptide a toujours un seul groupement α-COOH ionisable et un seul groupement α-NH3
ionisable; ce sont les groupements aux extrémités de la chaîne.)
3-Déterminer l’état d’ionisation de chaque groupement selon le pH
4-Déterminer la charge en fonction des états ioniques (charge des groupement)
Quel type d’électrophorèse est utilisée pour déterminer la masse moléculaire, la taille et l’arrangement d’un polypeptide?
Le SDS-PAGE
Que fait le SDS dans une molécule?
Brise les interactions non covalentes
Que fait un agent réducteur comme le b-mercaptoéthanol dans une molécule?
Brise les ponts disulfures
Quel type d’électrophorèse est utilisée pour déterminer le point isoélectrique?
Focalisation isoélectrique
Comment la focalisation isoélectrique permet la détermination du pI?
La charge nette de la molécule subit des modifications lors de la migration, car le pH du gel change. Lorsque la protéine atteint une zone dans le gel où le pH correspond à son pI, elle ne migre plus.
