Module 3: les protéines, composition, structure et dénaturation Flashcards
Qu’est ce que la dénaturation d’une protéine?
La dénaturation d’une protéine se définit comme un changement dans la structure tridimensionnelle d’une protéine native soit au niveau secondaire, tertiaire ou quaternaire.
Décrire la structure primaire
Structure primaire : enchaînement linéaire des acides aminés dans la chaîne protéique où on connaît le nombre, la nature et la séquence (ordre d’enchaînement) des acides aminés.
Lien : lien peptidique
Décrire la structure secondaire
Structure secondaire : enroulement de la chaîne protéique sur elle-même, laquelle peut adopter trois modèles particuliers : hélice , feuillet , enroulement au hasard.
Lien : hydrogène, hydrophobe, électrostatique.
Décrire la structure tertiaire
Structure tertiaire : repliement de la chaîne protéique (déjà enroulée sur elle-même) pour former une structure tridimensionnelle.
Liens : disulfure, électrostatique, hydrogène, hydrophobe.
Décrire la structure quaternaire
Structure quaternaire : association entre deux ou plusieurs chaînes protéiques possédant chacune une structure primaire, secondaire et tertiaire.
Liens: disulfures, électrostatique, hydrogène, hydrophobe et covalent.
Quels acides aminés contiennent du soufre?
Méthionine et la cystéine
Qu’est ce qu’un acide aminé amphotère?
Les acides sont des molécules pouvant agir à titre d’acide ou de base.
La définition d’un PKa
Le PKa correspond à la valeur du PH où la forme acide du groupement et la forme base conjuguée sont en concentrations égales
La valeur du point isoélectrique?
La valeur correspond à la valeur du PH à mi-chemin entre les valeurs de pKa situées de chaque côté du Zwitterion
Définition d’un groupement polaire
Le groupement polaire porte un ou des atomes chargés ou polarisés. Ces atomes peuvent interagir avec les molécules d’eau qui sont elles-mêmes polarisées.
À quelle série appartient la plupart des acides aminés?
Série L
Que sisgnifie un acide aminé essentiel?
Cela veut dire qu’ils ne peuvent pas se synthétiser par l’organisme et ils douvent absolument être ingérés
Une chaine contenant de deux à cinq acides aminés est nommée comment?
Une chaine de six acide ou plus?
Peptide
polypeptidique
Définir la liaison peptidique
Ce lien résulte de la combinaison entre un groupe carboxyle et un groupement aminé du carbone alpha d’un autre acide aminé pour former un lien amide. Par conséquent, une molécule d’eau est supprimée
Qu’est est l’avantage d’avoir une rotation dans la structure secondaire?
La rotation peut être faite de chaque côté du carbone alpha donc autour des liens.
Elle permet différentes possibilités d’enroulement d’une chaine polypeptidique qui s’effectue selon une hélice, feuillet bêta ou enroulement au hasard
Les caractéristiques de l’hélice alpha
- représente la conformation la plus stable pour une chaine protéique
- Les groupements R sont projetés vers l’extérieur de l’hélice
- Pour stabiliser la structure, des liens hydrogènes se créent entre le groupement c=o et le NH d’un acide aminé 4 positions( résidus) plus loin.
Le feuillet B correspond à?
- il prend la forme d’un zigzag
- antiparallère ou parallèle
- feuillet B stabilisés par les liens hydrogènes.
- lorsque les deux régions se rapprochent, il y a formation de pont hydrogènes entre c=o et NH d’un autre acide aminé
Expliquer la liaison peptidique
Elle assure l’enchainement des acides aminés entre eux et elle est la seule responsable du maintien de a structure primaire des protéines.
Lien covalent très stable
Expliquer la liaison disulfure
elle s’établie entre deux résidus de cystéine, le lien est covalent. Son importante est plus au niveau tertiaire.
Les liens disulfures permettent de souder les différentes régions de cette chaine. Grâce à la soudure, la protéine sera plus riche en lien en cas de dénaturation
Décrire la liasion hydrogène
Lien de faible énergie.
Importante pour le maintien de la structure d’une protéine, surtout au niveau secondaire à cause du nombre élevé de liaisons hydrogènes impliqués dans l’hélice et le feuillet.
Maintien des structures tertiaires et quaternaires
Les interactions électrostatiques qu’est ce que c’est?
Cela se produit lorsque des groupements chargés portés par des acides aminés sont à proximité. Si les charges sont opposées, les charges vont vouloir s’associer.
Du même signe, les charges se repoussent
Les forces de Van Der Waals?
Type d’interactions électrostatiques de très faible énergie. Elles se forment lorsque les molécules se rapprochent et s’attirent à cause d’une variation de densité électronique sur leurs orbitales. Donc cela produit des interactions dipôle-dipôle
Les interactions hydrophobes?
Participe de manière importante dans la structure tertiaire
