Mikrobiom des Menschen Flashcards
Mikrobiom
funktionelle Charakteristik: Mikroorganismus und ihre Genome in umgebenden Umweltbedingungen
Mikrobiota
Ansammlung Mikroorganismen in Umwelt (ohne Funktion)
Metagenome
Genome und Gene aus Mikrobiota
Metatranskriptiom
meta-RNAs
Metabolom
Protein Komplement
Markergene
16S rRNA: Hypervariable Region: Diskrimminierung zwischen bacterial taxa und konservierte Region: primer binding sites
- > kein allgemein verwendbares Markergen für alle Mikrobiota und kein universelles Markierten für Viren
- > Indexsequenzierung wichtig -> zum später Trennen
Next generation sequencing
- prepare genomic DNA sample
- attach DNA to surface
- bridge amplification
- fragments become ds
- denature the ds molecules
- complete amplification
- determine first base
- imagine first base (fluoreszenz-markierte Basen)
- determine & image second base
- sequenzierung und alignment aller Daten
Bioinformatik
Datenprozessierung via Contigs, Dereplikation, Qualitätssicherung, Referenz-alignment etc.
Problem: keine funktionalen Zusammenhänge
Mikrobiota der Haut
- topographische Unterschiede: nicht überall auf der Haut die gleichen Bakterien
- Variationen zwischen Personen
Einflussfaktoren auf Mikrobiota der Haut
- Wirtsphysiologie (Geschlecht, Alter)
- Umwelt
- Immunsystem
- Wirtsgenotyp
- Lifestyle
- Pathobiologie
Mikrobiota in Akne
- inter/intraspecies und Wirt Interaktionen
- Akne: erhöhte Lipid Produktion und erhöhtes C.acnes Wachstum
- metabolomic shift und O2 depletion => komplexe Interaktion
mikrobielle Dysbiose
Veränderung der Komposition der residenten, kommensalen Mikroorganismen in Relation zu gesunden Menschen
Mikrobiota in Stuhl
3 Enterotypen (alle versch. Netzwerke) -> versch. Funktionen -> Ernährung beeinflusst Mikrobiom
- Bacteroides dominiert
- Prevotella dominiert
- Ruminococcus dominiert
Einflussfaktoren der frühen Darmmikrobiota
- Alter
- Variante der Geburt
- Proteine über Muttermilch
mikrobielle Dysbiose
- Frühgeborenen Sepsis
- Ausbleiben der Zunahme der Diversität
- mehr Bacilli
