MicroGén Culture Flashcards
Reconnaître la biodiversité des échantillons microbiens en provenance de l’environnement.
Identifier les principes et les limites des méthodes d’enrichissement d’un échantillon microbien et l’obtention de cultures pures.
-Définition culture pure: Population microbienne où tous les individus ont les mêmes caractéristiques (reproduction asexuée)
-Une colonie = culture pure (parfois)
-Techniques pour obtenir une culture pure; Striation sur milieu gélosé, dilution séquentielle milieu liquide (surface/profondeur)
-Définition enrichissement: augmentation de la proportion du microorganisme d’intérêt (favoriser l’organisme voulu ou nuire aux autres)
-Enrichissement par méthodes chimiques, physiques ou biologiques;
-Chimiques; Nutriment/source d’énergie particulière au MO d’intérêt (Carbone, Azote, milieu dilué, substances inhibitrices)
-Physiques; Traitement à la chaleur, dessication, température d’incubation, taille cellulaire
-Biologiques; Besoin de minimum deux organismes (Pathogénicité/ Symbiose)
Méthode de sélection est basée sur les conditions de sélection existant dans la nature.
Résoudre des situations pratiques impliquant les méthodes permettant la conservation de cultures pures.
La culture provient d’une multiplication d’une ou quelques cellules identiques (reproduction asexuée). On peut estimer qu’elles ont le même bagage génétique.
Une colonie= culture pure (parfois)
Plusieurs techniques d’isolement;
-Striation sur milieu gélosé (ensemencement par épuisement), épuisement quantitatif de la population, simple et économique.
Limite: La proportion diminue de l’espèce d’intérêt (si l’enrichissement n’a pas été adéquat)
-Dilution séquentielle en milieu liquide puis…
-Étalement en surface
-Étalement en profondeur 9évite l’étalement d’une cellule)
Reconnaitre les caractères culturaux des bactéries
Les caractères pour «identifier» qu’on travail toujours avec les mêmes organismes.
En milieu solide:
-Taille
-Marge
-Élévation
-Texture
-Caractéristique optiques
-Pigmentation
-Hémolyse (briser le sang, l’intégrité des globules rouges)
-Même milieu
-Colonies isolées
-Différences entre les colonies: contamination ou mutants?
Dans un milieu liquide:
-Quantité de croissance cellulaire
-Distribution
-Texture
Reconnaître l’importance de la croissance microbienne sous forme de biofilm.
Forme de croissance ubiquitaire dans les environnement aqueux
Forme de vie prédominante
Une forme très ancienne. Ex: Stromatolithes (biofilms qui ont accumulés du calcaire et ils sont devenus solide.)
Les biofilms sont une communauté complexe de MO enveloppé dans un mucus (Enrobée d’une matrice de polymère extracellulaire). Les cellules adhèrent les une aux autres et à une surface ou une interface quelle soit organique (cellule vivantes/mortes) ou inorganique(béton, métal, plastique). Formation de flocs (colonies en suspension dans l’air, formation d’agrégats microbiens, formation de macro-colonies libre.)
La matrice est fait de polymères qui varient selon les MO: Substances polymétriques extracellulaires (EPS) Ex: Polysaccharides, protéines, glycolipides, glycoprotéine…
AVANTAGES;
-Une source de nutriments (les déchets d’un MO peut être une source d’énergie pour l’autre)
-Constitue un échafaudage pour la communauté qui fournit stabilité et protection
-Création d’un microenvironnement
-Favorise la croissance
Observation des écologistes; Il y a plus de MO sessile (pluricellulaire, échange de nutriment et signaux moléculaire) (fixé sur des surfaces) que planctoniques (unicellulaire) (flottants librement) dans les milieux aquatiques.
Quorum sensing:
La communication microbienne est chimique, avec de petites molécules qui diffusent dans le milieu environnant.
Les propriétés émergeantes (pathogénies, bioluminescence, production de matrice) nécessitent l’action concerté de la communauté.
Le quorum est le nombre minimal de «membres» requis pour qu’une assemblée soit opérée.
Le biofilm agit comme un comportement multicellulaire; agit comme une structure unitaire.
Identifier les étapes de formation d’un biofilm.
Selon le livre:
1)Pré conditionnement du substrat par des molécules ambiantes
2)Dépôt des cellules
3)Absorption des cellules
4)Désorption
5)Communication intercellulaire et début de production d’exopolymères
6)Transport d’oxygène et de nutriments par convection
7)Réplication et croissance
8)Sécrétion d’une matrice polysaccharide
9)Détachement, érosion et écaillement
Reconnaissance d’une interface par chimiotactisme (MO attirés par des substances de la surface)Le contact se fait avec des flagelles ou des pili. Les signaux mécaniques sont transformés en signaux chimiques, la cellule prendre alors la forme sessile.
1)Attachement à une surface; Réversible et irréversible, favorise les surfaces rugueuses.
Synthèse de protéine adhésine et des molécules de la matrice du biofilm. Attachement sur des structures pour coller au substratum (Glycocalyx)
2)Stabilisation de l’attachement: interaction entre cellule-cellule et cellule-surface
Formation d’une monocouche
3)Formation de micro-colonies : 3-5 couches de cellules, formation de la matrice
4)Maturation du biolfilm: Architecture complexe et hétérogène, diffusion de l’O2, nutriments et déchets. Les cellules ont des états physiologiques différents. La position des cellules dans le biofilm.
5)Essaimage: Dispersion. Érosion et Abrasion: bris mécanique.
Mue: processus biologique
Colonisation de d’autres milieux
Reconnaître les moyens de contrôler les biofilms.
Les biofilms sont une protection pour les MO et il n’est pas possible de prédire les propriétés à partir de seulement une cellule.
Les biofilms sont «protéger»…
-du système immunitaire (la matrice repousse les organismes qui défendent le sys. immunitaire)
-des antibiotiques (seulement à forte concentration, mais cela devient toxique pour l’humain)
-des lumières UV
Crée chez l’organisme des infections d’implants/ prothèse/ cathéters . Sur les lentilles cornéennes.
Dans le domaine industrielles:
-Diminution du débit de liquide (en raison de la forte présence de biofilm): Aqueduc, Oléoducs
-Augmentation de la corrosion des structures
Réduire la présence de biofilm;
-Très difficile
-Peu connue, on recherche encore des techniques
-Il est mieux d’enlever l’implant
-une algue rouge (Delisea pulchra) inhibe le quorum sensing, DONC inhibe la production de matrice. Toxique chez les mammifères.
CIBA; protection des structures immergées
-Marine militaire étatsunienne
-$109/ an
