Microbiologie Flashcards
Flore saprophyte
Lorsque les microbes n’ont pas de pouvoirs pathogenes propres. Dans l’environnement les micro organismes se nourrissent de matière en décomposition.
Flore commensale
Les agents microscopiques consomment les produits d’un organisme vivant sans lui nuire, voire en lui procurant certains avantages.
Pathogène strict
Pathogène strict: ils provoquent une maladie chez un hôte dont les défenses immunitaires sont normales
Pathogène occasionnel
Pathogène occasionnel: par exemple les micro organismes des flores commensales de l’homme qui, lorsqu’ils ne se trouvent dans leur milieu habituel, peuvent devenir agressif
Pathogène opportuniste
Agent non pathogène qui se révèle offensif chez des sujets immunodéprimés.
Transmission d’un agent infectieux
Via un environnement souillé, un vecteur, de façon inter humaine, horizontale ou verticale
Les transmissions de contact
Directes: contact avec une personne infectée
Indirectes: contact avec un objet souillé par une personne infectée
Les transmissions aéroportées
Émises par la parole, la toux etc.
Par gouttelettes: grosses particules présentes à court terme sur 1 à 3 mètres
Par aérosols: petites particules présentes à long terme à une distance de plus de 3 mètres
Les agents pathogènes les plus connus
Bactéries, virus, champignons (fungi ou mycètes), parasites
Les prions
Dégénérescence du SNC et formation d’agrégat d’une protéine spécifique.
Encéphalopathies subaiguë spongiforme transmissible.
Protéine normale mais mal conformée: prion.
Creutzfeldt Jakob, Kuru, tremblante du mouton
Les virus
Agent infectieux de 20 à 500 nanomètres . Infectent les animaux et végétaux. Ils sont composés d’ARN ou d’ADN, nus ou enveloppés avec capside qui protège le matériel génétique.
Spécifiques à un hôte. Parasite intracellulaire obligatoire.
2 structures différentes de virus
Virus nu: composés d’une simple capside contenant le matériel génétique. Ils sont plus résistants et se transmettent de manière indirectes.
Virus enveloppés: capside contenue dans une enveloppe qui comporte des glycoprotéines à sa surface. Plus fragiles et se transmettent de manière directe.
La réplication virale
6 étapes:
Attachement
Pénétration
Decapsidation
Réplication
Assemblage et maturation
La libération des virions
L’attachement
Le virus se lie à un récepteur membranaire d’une cellule
La pénétration
Le virus est internalisé par la cellule, soit par fusion, soit par endocytose.
La décapsidation
Après avoir pénétré dans la cellule, le virus se délivre de sa capside et libère son matériel génétique.
La réplication
Pour les virus contenant de l’arn, le processus de transcription du inverse est nécessaire en amont de la réplication. Il permet de synthétiser 2 brins d’ADN à partir d’un brin d’ARN. Une fois l’ADN viral reconstitué, il va pouvoir s’intégrer dans l’ADN de la cellule hôte pour se multiplier dans le noyau. Le génome viral va d’abord être exprimé sous forme d’ARNm lors de la transcription, puis cet ARNm. Sera traduit en protéines lors de la traduction.
L’assemblage et la maturation
Les nouveaux ARN et protéines formées s’assemblent. Le matériel génétique est encapsidé. Les nouveaux virus, appelés virions, acquièrent leur enveloppe par bourgeonnement grâce à la membrane plasmiques de la cellule.
La libération des virions
Une fois reconstitués, les virions sont libérés à l’extérieur de la cellule.
Bactérie
1 à 5 micromètres.
Elles peuvent être sphériques (cocci), bâtonnets (bacilles), incurvées/spiralees (spirochètes, vibrions).
Cellules procaryotes.
3 étapes pour qu’une infection se déclare
Colonisation de la peau: les bactéries adhèrent à la peau ou muqueuses et se multiplient. Peuvent provenir d’un réservoir exogène ou endogène.
Invasion: bactéries franchissent la barrière cutanée muqueuse grâce à une porte d’entrée ou à l’aide d’enzymes ou de toxines bactériennes.
Infection: les défenses immunitaires du sujet sont mobilisées mais insuffisantes face à l’envahissement de micro organismes.
Les chlamydiaes
Groupe de bactéries qui sont toutes des parasites intracellulaires de cellules d’eucaryotes. Proviennent majoritairement d’IST.
Les mycoplasmes
Un genre de bactérie sans paroi cellulaire. Insensible aux antibiotiques ciblant les parois cellulaires. Ce genre contient plus de 100 espèces qui sont parasites ou sapotrophes appartenant à la famille des mycoplasmataceae.
Les mycoses
Les champignons connus sous le nom de fungi, cellules eucaryotes d’origine végétale. Se propagent par diffusion de spores dans l’air.
Transmission par inoculation, inhalation, contact.
Plusieurs types connus:
Les levures: candidose, crypto coques
les mycoses à filament: aspergillose
les mycoses à grain: mycétome, nocardiose
Les parasites
Etres vivants du règne animal qui tirent profit d’un hôte. Ils peuvent provoquer des maladies dites parasitoses.
Transmission par contact ou vecteur.
3 grandes catégories:
Protozoaires
Métazoaires
Arrhropodes
Protozoaires
Souvent unicellulaires, vivent exclusivement dans l’eau ou dans les sols humides ou à l’intérieur d’un organisme.
Les métazoaires
Vers où helminthes. Etres eucaryotes, pluricellulaires hétérotrophes et généralement mobiles .
3 types: les trématodes, les cestodes, les nématodes
Les arthropodes
Les arthropodes: invertébrés au corps formé de segments articulés.
Flore
Regroupement de populations bactériennes en fonction de leur mode de vie et nutrition.
Réservoir
Milieu dans lequel se développe un microbe.
Ex: environnement, hôte spécifique
Toxoplasmose
Toxoplasma gondii : protozoaire intracellulaire obligatoire. L’homme s’infecte par ingestion de parasites contenus dans la viande crue ou mal cuite ou présent dans l’eau ou sur des aliments souillées par les déjections de chats infectés.
Paludisme/Malaria
Parasite Plasmodium. Essentiellement transmis à l’humain par la piqûre de moustique, anophele femelle.
Gale ou scabiose
Sarcopte (parasite acariens)
Flore bactérienne commensale résidente chez l’homme
Regroupe l’ensemble des bactéries qui vivent à l’intérieur ou sur l’organisme chez les personnes en bonne santé . Toutes ces bactéries contribuent chacune à leur niveau au bon fonctionnement de l’organisme et sont indispensables pour la santé.
4 grands types de flores commensales
Cutanée
Respiratoire
Génitale (femme uniquement)
Digestive
La principale bactérie de la flore génitale
Lactobacilles acidophiles ou Bacille de Döderlein
Bactéries de la flore cutanée
Staphylocoques non pathogénes
Corynébacteries
Propionibacterium acnés
Bactéries de la flore respiratoire
Staphylocoque doré
Streptocoques dont le pneumocoque
Corynébactérie
Lactobacilles
Bactéries anaérobies
Les bactéries de la flore digestive
Bouche: bactéries de la flore respiratoire
Estomac: limitée par PH acide (1)
Intestin grêle: streptocoques, staphylocoque, Lactobacilles
Côlon : bactéries anaerobies, entérobactéries, entérocoques, staphylocoques
Les 2 approches permettant l’identification bactérienne
Analyser le polymorphisme phénotypique
Approches moléculaires
Les caractères morphologies de l’identification microbienne
Étude simple microscopie. Forme de coque, bacille, spiralée, filamenteuse. Présence ou non de flagelle, capsule et spores.
Caractéristiques culturales de l’identification microbienne
Bactéries ont besoin d’enzymes pour dégrader l’oxygène (péroxydase)
Aérobie strict: utilisation d’oxygène
Aérobie facultative: plusieurs types métaboliques, densité plus importante avec oxygène
Anaerobie obligatoire: absence d’oxygène
Anaerobie aéro tolérant: oxygène ne favorise pas la croissance
Micro aerophiles: oxygène ne doit pas être trop important.
analyse de la composition chimique dans l’identification microbienne: coloration de GRAM
Permet de mettre en évidence les propriétés de la paroi bactérienne et d’utiliser ces propriétés pour distinguer et classifier les bactéries. Information rapide, facile et bon marché.
GRAM +: grosse couche de peptydoglycane
GRAM -: présence d’une membrane externe
Coloration au violet de gentiane et fushine
Coloration de Ziehl Neelsen
Méthode de coloration qui permet de mettre en évidence les bacilles Acido alcolo résistants (BAAR). Elle sert à détecter les mycobactéries.
3 étapes:
Colorant énergique à chaud (fushine)
Décoloration successive par acide fort et alcool à 90.
Recoloration au bleu de méthylène
Les caractéristiques sérologique de l’identification bactérienne: le principe d’Ouchternoly
Technique non quantitative qui permet d’identifier une interaction anticorps/antigene.
Déterminé à l’œil nu la formation ou non d’un arc de précipité.
Test d’Elisa
Technique du dosage immunologique qui permet la détection d’un anticorps dans un échantillon.
Visualisation d’une réaction Ac/Ag grâce à une réaction enzymatique colorimetrique.
L’enzyme préalablement couplée à l’anticorps catalyse une réaction chimique qui transforme son substrat en composé coloré.
La méthode peut être quantitative ou qualitative.
Définition infection
Manifestations cliniques et biologiques consécutives à la pénétration dans l’organisme d’agents pathogénes microscopiques et vivants.
La détermina d’une maladie infectieuse est
Soit directe: multiplication du germe
Soit indirecte: par des toxines comme le venin. (La protéine que va fabriquer la bactérie va être dangereuse.)
La chaîne de transmission des maladies
Agent infectieux
Réservoir
Porte de sortie
mode de transmission
Porte d’entrée
Hôte réceptif
L’agent infectieux
Micro organisme transmissible. Bactérie, virus, champignon m, parasite ou prion.
Flore endogène ou exogène.
La porte de sortie
Voie par laquelle l’agent infectieux quitte le réservoir.
Sécrétions de toux ou éternuements, bris de peau avec saignement, plaie avec exsudat etc.
Porte d’entrée
Voie par laquelle l’agent infectieux pénètre l’hôte.
Muqueuse, voie génitale, tractus gastro intestinal, tractus urinaire, lésions cutanées. Dispositifs invasifs etc.
Les modes de transmission des maladies
Direct: contact étroit entre sujet infecté et hôte réceptif (tuberculose, sida, siphylis)
Indirect: intermédiaire d’un vecteur ou d’un véhicule (eau, aliment). Poliomyélite, choléra.
Les modes de transmission directe
Cutané
Aérien
Génital
Périnatal
Placentaire
Féco oral
Les modes de transmission indirecte
Aliments
Eau
Objets contamines
Contact de peau (mains souillées)
Vecteurs
Les 3 grands mécanismes de défense
Les barrières naturelles
Les globules blancs non spécifiques
Les globules blancs spécifiques
Les barrières naturelles
Peau : épithélium imperméable, barrière biologique
sueur fonction antiseptique, barrière chimique
muqueuses, cellules épithéliales, barrière mécanique étanche. Mucus, larmes.
Globules blancs non spécifiques
Ou immunité innée
Appelés phagocytes. Ils captent et digèrent les corps étrangers par la phagocytose.il déclenchent la réaction inflammatoire.
Les phagocytes de cette immunité: granulocytes et macrophages, stimulent la production de cytokines et chimiokines.
Globules blancs spécifiques
Immunité adaptative ou acquise
Ciblent un type de microbe. Lorsque les GB reconnaissent l’antigène du microbes, ils fabriquent des anticorps et se fixer sur l’antigène correspondant uniquement.
Voir principe de vaccination.
Principe de vaccination
Sert à entraîner le système immunitaire à lutter contre un microbe qui peut provoquer une maladie grave ou mortelle.
Le microbe peut être un virus, bactérie, parasite (malaria).
Quelques heures après l’injection du vaccin (molécule du microbe désactivée), les GB spécialisés du système immunitaire sont activés: lymphocytes B et T
Après environ 15 jours, les lymphocytes B libèrent dans le sang des anticorps capables de se fixer sur le microbe ciblé par le vaccin.
Vaccins obligatoires en France
Diphtérie
Tétanos
Poliomyélite
Mesures de prévention des maladies infectieuses
Isolement
Désinfection
Asepsie
Stérilisation
Désinfection=
Opération d’élimination des germes, bactéries, virus présente sur une surface inerte. Efficacité temporaire.
Stérilisation
C’est l’action de rendre stérile.
Détruire tous les germes et virus qui pourraient infecter un ustensile.
Par chaleur sèche
Par chaleur humide
Par agents chimiques
Ionisation par rayons gamma
Les types de maladies infectieuses
Hépatites virales A, B, C, D, E, G
VIH
Creutzfeldt Jakob
Covid 19
Hépatite A
VHA, virus ARN
Transmission féco orale
Incubation 20/35 jours
Vaccin existant
Hépatite B
VHB. Virus à ADN enveloppé
Souvent asymptomatique pendant plusieurs années. Si non diagnostiquée m, peut évoluer en cirrhose et cancer du foie.
Transmission par le sang, sperme, sécrétions vaginales.
Période d’incubation 60 à 110 jours.
Vaccin existant.
Hépatite C
VHC: ARN enveloppé
Flavivirus
Transmission par voie sanguine (drogue)
Incubation 35 à 75 jours.
Symptômes souvent inexistants.
Pas de vaccin mais traitement existant.
Hépatite D
VHD: virus à ARN
Touche uniquement les personnes atteintes de l’hépatite B. Même mode de transmission.
Incubation 60 à 110 jours.
Pas de traitement. Infection simultanée = hépatite aiguë
Hépatite E
VHE: virus à ARN
Transmission voie féco orale
Très rare en France souvent bénigne
Incubation 10 à 50 jours
Pas de vaccin
Hépatite G
VHG: virus à ARN découvert en 1995.
Voie sanguine
Aiguë ou chronique mais n’attaque pas le foie. Généralement pas de symptômes.
Pas de vaccin.
Les différentes formes d’hépatites virales
Fulminante ou aiguë grave
Chroniques
Carcinome hepato cellulaire
Hépatite fulminante
Fulminantes ou aiguë grave: nécrose massive du parenchyme hépatique = insuffisance hépatique sévère et troubles neurologiques.
Soit amélioration spontanée, soit aggravation irréversible et décès possible.
Traitement = transplantation hépatique
Hépatite chronique
Dire plus de 6 mois. Souvent concerne les Hépatites B et C, les maladies hépatiques auto immunes et la stéatohépatite.
Biopsie hépatique nécessaire.
Transplantation hépatique si cirrhose décompensée.
Le carcinome hepato cellulaire
Cancer du foie (cellules épithéliales). Lié à l’infection chronique des hépatites B, C et D.
Survient entre 10 à 30 ans après l’infection.
AES
Accident d’exposition au sang.
Il est défini comme tout contact avec du sang ou liquide biologique contenant du sang, et comportant soit:
Une effraction cutanée (piqûre ou coupure)
Une projection sur muqueuse (œil, bouche) ou peau lésée.
Arrête du 10 juillet 2013.
Conduite à tenir en cas de coupure/piqure
Ne pas faire saigner
Laver immédiatement à l’eau avec savon antiseptique ou ordinaire
Rincer abondamment
Faire tremper le doigt ou la main dans un antiseptique type solution de Dakin (eau de javel diluée au 10•) pendant 5 on ou à défaut avec de la povidone iodée (betadine) ou de l’alcool à 70.
En cas de projection sur muqueuse ou dans les yeux
Rincer abondamment pendant au moins 5 mn avec sérum physiologique ou eau du robinet rincer immédiatement la bouche avec bain de bouche à la betadine verte (1/2 bouchon dans un verre d’eau tiède)
En cas d’AES
Recherche du statut sérologique du patient
Avis médical en urgence dans les 2h.
Prévention de l’AES
Vaccination hépatite B
Port de gants
Matériel sécurisé et adapté au geste
Immédiatement après le geste, déposer objet piquant, coupant, tranchant souillé dans un container adapté, tenu à proximité (<50cm)
Ne jamais recapuchonner une aiguille ou un trocart
Disposer d’un flacon de DAKIN non périmé dans sa mallette
Connaître la conduite à tenir en cas d’AES
Connaître le numéro de l’établissement référent le plus proche («carte conduite à tenir» dans la mallette)
Ne pas rester isolé, impact psychologique réel
Les déchets d’activité à risque infectieux doivent être éliminés après collection dans des emballages adaptés.
Maladie de Creutzfeldt Jakob
Maladie due à des prions découverte en 1922. Affection neuro dégénérative caractérisée par une démence et des troubles de l’équilibre.
Évolution rapide et fatale. Forme sporadique + fréquente, représente 85% des encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles.
Possible via greffe de tissus, prise d’hormones de croissance.
Tissus à risques : SNC et œil.
Pas de traitement.
Inactivation par autoclavage à très hâte température, d’oxydation, de traitement par l’urée ou la soude.
VIH
Virus de l’immuno déficience humaine
ARN enveloppé
Affaiblit le système immunitaire
Se transmet par voie sexuelle, sanguine, de la femme enceinte à son enfant.
Il colonise les lymphocytes T CD4
Covid 19
ARN enveloppé
Famille des coronavirus
Apparition à Wuhan en Chine en décembre 2019.
SARS COVID 2 est le 7ème coronavirus pathogène pour l’homme.
Se transmet par 2 voies principales:
Contact direct avec personne ou surface contaminée
Aérienne ou aéroportée: gouttelettes et aérosols
Les 2 méthodes permettant de mettre en évidence la réaction antigène/ anticorps
Méthode d’Ouchterlony
Méthode ELISA
Mode de transmission du choléra
Bactérie Vibriocholerae
Ingestion d’eau et d’aliments contaminés par des matières fécales, mains souillées, surfaces contaminées , par les mouches, décharges humaines
Modes de transmission de la peste
Bactérie Yersinia Pestis
Transmission par piqûres de puces infectées
Contact direct avec fluides corporels ou tissus infectés
Transmission aéroportée (peste pneumonique)
Aliments contaminés (rare)
Vecteurs (rats)
Modes de transmission maladie du charbon
Bactérie Bacillus anthracis
Anthrax
Contact direct avec animaux infectés ou produits animaux
Inhalation de spores
Ingestion de viande contaminée
Transmission cutanée
Transmission interhumaine rare
Mode de transmission orthopoxvirose
Virus
Contact direct (lésion cutanée, objet contaminé, fluides corporels)
Gouttelettes respiratoires
Voie aérienne
Transmission par les animaux
Transmission mère enfant (placenta accouchement)
Modes de transmission des fièvres hémorragiques
Virus
Contact direct fluide corporel
Piqûres d’insectes
Contact animaux infectés
Modes de transmission de la rage
Virus
Morsures, griffures d’animaux
Contacts fluides corporels, muqueuses animaux
Transmission interhumaine et via aérosols rare
Modes de transmission de la tuberculose
Bactérie bacille
Voie aérienne
Contact direct sécrétions respiratoires
Transmission mère enfant rare, par le lait très rare
