Microbio - Grands groupes de microorganismes Flashcards
Quelle est la principale différence qui permet de distinguer les procaryotes des eucaryotes?
La présence/l’absence de noyau:
Les procaryotes n’ont pas de noyau
Les eucaryotes ont un noyau
Vrai ou faux: la majorité des bactéries sont pathogènes pour l’humain.
Faux: l’immense majorité n’est pas pathogène
Vrai ou faux: certains eukaryotes sont unicellulaires et certaines sont pluricellulaires.
Vrai
Quels sont les trois domaines de la vie?
Bactéries, archées et eucaryotes
Quels domaines font partie des procaryotes?
Bactéries et archées
Quel domaine de la vie ne contient aucun pathogène pour l’humain?
Archées
Quel domaine de la vie est à l’origine des mitochondries et chloroplastes retrouvées dans certaines familles d’eukaryotes?
Bactéries (endosymbiose)
Entre les eucaryotes et les procaryotes, quels sont les plus gros?
Eucaryotes
Quelle est la taille des procaryotes?
Toujours environ 1 um
Quelle est la taille des eucaryotes?
Supérieur à 10 um
Classe les différentes catégories en ordre du plus petit au plus gros:
Virus
Eucaryotes
Petites molécules
Procaryotes
Atomes
Protéines
Atomes
< Petites molécules
< Protéines
< Virus
< Procaryotes
< Eucaryotes
Le terme “microbe” regroupe les ______ , les ______, les _____ et les _______ .
Bactéries
Virus
Mycètes
Protozoaires
Quelles sont les caractéristiques des microbes? (6)
Très petite taille (besoin de microscope)
Omniprésence et abondance dans la nature
Unicellulaires (sauf certains mycètes et virus)
Niveau d’organisation relativement simple
Potentiel métabolique (sauf le virus)
Potentiel de reproduction de façon autonome (sauf le virus)
Vrai ou faux: tout comme les bactéries, les virus sont des microbes unicellulaires.
Faux: les virus sont acellulaires car ils ne sont pas vivants.
Quels sont les 4 règnes des eucaryotes?
Protistes
Fungi
Plantes
Animaux
Vrai ou faux: les bactéries et les archées ont plusieurs règnes.
Faux: ils n’ont pas de règne définis.
Les virus et les prions sont des agents infectieux _____ qui ne sont pas _____.
Acellulaires
Vivants
Vrai ou faux: les virus et les prions peuvent généralement attaquer plusieurs types d’hôtes différents.
Faux: leur spectre d’hôte est en général restreint, souvent même limité à une seule espèce.
Grâce à leurs ______, les virus sont des réplicons _____.
Acides nucléiques
Semi-autonomes
De quoi ont besoin les virus pour se répliquer?
Un hôte: la machinerie cellulaire de l’hôte est utilisée pour les répliquer et ils peuvent ensuite migrer hors de la cellule.
Les prions ne sont pas des _____, ce sont des agents pathogènes de nature _____ dépourvus _______.
Réplicons
Protéique
d’acides nucléiques
Un prion infectieux va entraîner une ______ chez des protéines apparentées saines et ainsi provoquer des _____.
Cascade de changements conformationnels
Dommages aux cellules infectées
Décris le matériel génétique, les organites, la reproduction et la grosseur des bactéries.
Matériel génétique: 1 seul chromosome, ADN ou ARN
Organites: aucuns
Reproduction: Division binaire autonome
Grosseur: longeur de 2-5 um et diamètre d’environ 1 um
Quel outil doit être utilisé pour observer des bactéries?
Microscopie optique
Décris le matériel génétique, la reproduction et la grosseur des virus.
Matériel génétique: ADN ou ARN (un ou l’autre) entouré d’une capside
Reproduction: utilisation du mécanisme de leur hôte pour la réplication
Grosseur: environ 0,1 um
Quel outil doit être utilisé pour observer des virus?
Microscopie électronique
Quel sont les caractéristiques qui permettent de classifier les virus? (7)
Taille
Nature chimique
Conformation structurale
Sens de l’encodage génétique
Présence ou non d’enveloppe membranaire autour de la capside
Architecture de la capside
Hôtes pouvant être infectés
Décris la taille, la structure cellulaire et l’origine des substances nécessaires des mycètes.
Taille: plus grande que bactéries
Structure cellulaire: plus complexe que bactéries
Origine des substances: matière organique en décomposition
Que veut dire le terme “saprophyte environnemental”?
Organisme qui tire les substances lui étant nécessaire de matières organiques en décomposition
Vrai ou faux: plusieurs mycètes sont pathogènes pour l’homme.
Faux: quelques mycètes ne sont pas nécessairement pathogènes en soi pour l’homme, mais peuvent causer des infections chez des personnes avec un déficit immunitaire.
Quelles sont les deux classes de mycètes?
Levures
Moisissures
Classifie les caractéristiques suivantes soit aux levures, aux moisissures, ou aux deux.
a) Multicellulaire
b) Unicellulaire
c) Forme filamenteuse
d) Utilisés dans l’industrie alimentaire
e) Peuvent être pathogènes
f) Reproduction par bourgeonnement
g) Utilisés dans l’industrie pharmaceutique
Les deux: d - e
Levures: b - f
Moisissures: a - c - g
Le terme infestation réfère aux parasites _______ et _______ .
Macroscopiques
Non-microbiens
Lorsque l’infestation est limitée à la surface de l’hôte, on parle d’_______.
Ectoparasites
Cite trois exemples d’ectoparasites.
Tiques
Poux
Punaises de lit
Lorsque l’infestation est interne à l’hôte, on parle d’_______.
Endoparasites
Cite un exemple d’endoparasite
Vers
Le terme infection est utilisé pour décrire l’envahissement de l’intérieur d’un hôte par des ________.
Microorganismes
Les protozoaires sont-ils unicellulaires ou multicellulaires?
Unicellulaires
Vrai ou faux: les protozoaires causent des infections.
Vrai
Donne trois exemples de maladies causées par une infection de protozoaire.
Toxoplasmose
Malaria
Dysentérie amibienne
Quelles sont les trois appellations utilisées pour la nomenclature des bactéries?
Suivant la racine latine
Suivant la racine grecque
En l’honneur de personnalités
Comment fait-on la nomenclature d’une bactérie en nomenclature binomiale en latin?
Genre et espèce, en italique ou souligné
ex: Staphylococcus aureus
Quels sont les constituant internes des bactéries?
Cytoplasme
Ribosomes
Matériel génétique
Le cytoplasme est un fluide qui contient plus de ____% d’eau et dans lequel on retrouve un grand nombre de substances ______ .
95%
Dissoutes
Le cytoplasme contient de nombreux ____, responsables de la synthèse des protéines à partir de l’information véhiculée par _________ .
Ribosomes
l’ARN messager
Quelles sont les deux sous-unités des ribosomes bactériens et en quoi sont-ils utiles pour l’antibiothérapie?
50S et 30S
Utiles car ont une structure et composition chimique différente des ribosomes humains = peuvent être ciblés
Plusieurs bactéries possèdent, en addition de leur chromosome, de petites molécules d’ADN _______ douées de réplication _______, transférables d’un microbe à l’autre, appelées _______ .
Circulaire
Réplication autonome
Plasmides
Les plasmides sont médiateurs de nombreuses propriétés, dont une qui peut être problématique à l’antibiothérapie. Laquelle?
La capacité de véhiculer des gènes conférant aux bactéries la capacité de résister à des antibiotiques
Plusieurs _____ irritantes pour l’intestin sont d’origine plasmidique.
entérotoxines
La membrane cytoplasmique est une structure _____, à la fois ______ et ______, qui s’étend sous la ____ cellulaire et retient le cytoplasme de la cellule.
Mince
Souple
Résistante
Paroi
De quoi est constituée la membrane cytoplasmique?
Bicouche de phospholipides
Protéines mobiles
La membrane cytoplasmique forme une barrière _____, régulant la concentration d’ions et de _________ intracellulaires versus extracellulaires.
Osmotique
Substances nutritives
Pour assurer la pénétration sélective de certaines substances, que contient la membrane cytoplasmique?
Systèmes de transport (perméases)
La paroi est une enveloppe ________ donnant sa forme à la bactérie.
Semi-rigide
De quoi est constitué la paroi?
De peptidoglycane
Quels sont les deux constituants du peptidoglycane?
Polysaccharide
Partie peptidique
Quels sont les deux composants du polysaccharide retrouvé dans le peptidoglycane?
N-acétyl-glucosamine (NAG)
N-acétyl-muramique (NAM)
Qu’est-ce qui explique le fait que la paroi peut avoir des différentes épaisseurs selon le type de bactérie?
Les chaines de polymères qui forment la paroi sont reliées entre elles par des ponts peptidiques
Pourquoi la paroi des bactéries peut-elle être une cible de l’antiobiothérapie?
Car le peptidoglycane est un polymère qu’on ne retrouve pas dans les cellules humaines
Comment fonctionne la pénicilline?
Elle interfère avec la synthèse du peptidoglycane en s’attachant à des protéines nommées “Penicillin Binding Proteins” (PBD), ce qui déstabilise l’intégrité de la bactérie.
Comment est la paroi des bactéries à Gram +? (constitution, relief, épaisseur, contenu lipidique, acide téichoïque, LPS)
Constituée en majeure partie d’un épais peptidoglycan
Lisse
Épaisseur de 20 - 80 nm
Contenu lipidique très faible
Présence d’acide téichoïque
Absence de LPS (antigène O)
Comment est la paroi des bactéries à Gram - ? (constitution, relief, épaisseur, contenu lipidique, LPS)
Plus complexe:
Composée d’un plus mince peptidoglycan mais recouverte d’une membrane externe (2 couches total)
Ondulée
Épaisseur de 8 -10 nm
Présence de LPS
De quoi est composée la membrane externe de la paroi des bactéries à Gram - ?
Antigène O : Lipopolysaccharides (LPS) appelés endotoxine
Porines: canaux par lesquels des substances nutritives peuvent pénétrer la cellule
Quels types de bactéries (Gram + ou Gram -) limitent plus l’accès à certains antibiotiques? Pourquoi?
Gram - , à cause de la membrane externe supplémentaire
À quoi servent les pili?
Adhérence
À quoi servent les flagelles?
Mobilité
Chez les bactéries Gram - , quel produit est responsable de la fièvre?
Antigène O (LPS endotoxine)
Vrai ou faux: la plupart des bactéries possèdent une capsule.
Faux, seulement certaines
À quoi sert la capsule de certaines bactéries?
Procure un pouvoir pathogène en empêchant la phagocytose.
De quoi est constituée la capsule de certaines bactéries?
Polysaccharides (Antigène K)
À quoi ressemblent les colonies de cultures des bactéries qui ont une capsule?
Sécrètent de la “slime”, ce qui donne un accès mucoïde aux colonies
Qu’est-ce que le glycocalyx?
Sorte de “capsule” intercellulaire qui agglutine les bactéries
À quoi sert le glycocalyx?
Favorise l’adhésion aux surfaces
Contribue à la formation de biofilms
Qu’est-ce qu’un biofilm?
Agglutination de bactéries qui créé une zone d’anaérobie et empêche l’attaque
Qu’est-ce que la couche S et à quoi sert-elle?
Protéines extracellulaires organisées en un réseau répétitif régulier qui permet aux bactéries de s’agglutiner.
Quelles sont les deux sortes d’appendices externes des bactéries?
Flagelles et pili
À quoi servent les flagelles?
Mobilité
De quoi sont composées les flagelles?
Flagellines (Antigène H)
Quelles sont les 4 classifications des flagelles (selon nombre et disposition)?
Monotriche
Lophotriche
Amphitriche
Péritriche
À quoi ressemble une bactérie monotriche?
Une flagelle à une seule extrémité
À quoi ressemble une bactérie lophotriche?
Plusieurs flagelles à une seule extrémité
À quoi ressemble une bactérie amphitriche?
Une flagelle aux deux extrémité
À quoi ressemble une bactérie péritriche?
Plusieurs flagelles tout autour
Entre les flagelles et les pili, lesquels sont les plus longs?
Flagelles
À quoi servent les pili réguliers (aussi appelés fimbriae)?
Adhérence aux surfaces
À quoi servent les pili sexuels?
Conjugaison: transfert unilatéral de matériel génétique d’une bactérie à l’autre
Quels type de pili (sexuels ou fimbriae) sont les plus fréquents?
Fimbriae
Quel est l’appareil nucléaire des bactéries?
ADN double brin sans membrane nucléaire
Qu’est-ce que les plasmides?
ADN extra-chromosomique qui a la capacité de faire de la réplication autonome
Que contiennent les endospores?
Matériel génétique et autres éléments vitaux
Sous la forme d’endospore, les bactéries peuvent résister de longues années sans ____ ni ______ , à des températures ______ , et deviennent insensibles à l’action de composés chimiques tels les _______ .
Eau
Nourriture
Extrêmes
Antibiotiques
Quand est-ce que le processus de sporulation s’enclenche?
Lorsque les conditions environnementales deviennent défavorables
Lorsque les conditions environnementales redeviennent favorables, la spore de la bactérie reprend sa forme ______ active par un processus appelé ______ .
“Végétative”
Germination
Vrai ou faux: les spores peuvent se reproduire et être pathogènes.
Faux: seul la forme végétative (active) peut se reproduire et être pathogène
Vrai ou faux: les bactéries de type Bacillus ont typiquement des spores déformantes alors que les bactéries de type Clostridium ont des spores non-déformantes.
Faux, c’est l’inverse
La germination des spores est modulée séquentiellement via quoi? Comment?
Un changement de potentiel électrochimique:
l’exposition à des nutriments cause l’ouverture des canaux K+, ce qui cause la germination
Associe les antigènes aux constituants de la bactéries:
A) Antigène O
B) Antigène K
C) Antigène H
1) Capsule
2) Endotoxine
3) Flagelles
A - 2
B - 1
C - 3
Quels constituants de la bactérie sont obligatoires et lesquels sont facultatifs?
1. Paroi cellulaire
2. Plasmide
3. Membrane plasmique
4. Cytoplasme
5. Chromosome
6. Flagelle
7. Spore
8. Capsule
9. Ribosomes
10. Pili
11. Endotoxine
12. Corps d’inclusion / granule
Obligatoires: 1 -3 - 4 - 5 - 9
Facultatifs: 2 - 6 - 7 - 8 - 10 - 11 - 12
Quels sont les types d’outils de classification et identification des bactéries?
Morphologiques
Biochimiques
Physicochimiques
Sérologiques
Protéomiques
Génétiques
À quoi sert d’étaler les bactéries sur la surface du milieu gélosé d’une boîte de Petri?
Permet d’avoir des individus isolés, qui vont se multiplier et former des colonies.
Quels sont les types de colorations utilisées?
Simple
Différentielle
De composantes spécifiques
En coloration simple, on emploie une solution ______ ou _____ d’un seul colorant ______ , le but étant de faire ressortir ___________ .
Aqueuse
Alcoolisée
Basique
Les cellules en entier
Qu’est-ce qu’un mordant?
Un agent chimique qui permet d’intensifier la coloration simple
Quels sont les colorants simple les plus souvent utilisés?
Bleu de méthylène
Fuschine basique
Violet de cristal
Safranine
Quelle est la coloration différentielle typique?
Coloration de Gram
Quelles sont les différentes étapes de la coloration de Gram?
- Fixation du frottis sur surface de verre
- Coloration primaire avec cristal-violet
- Ajout d’iode en tant que mordant
- Décoloration par lavage avec éthanol ou acétone
- Ajout de safranine (contre-colorant)
Décris chaque couleur observée à chaque étape de la coloration de Gram chez une bactérie Gram + .
- Transparent/ blanc
- Violet
- Mauve
- Mauve
- Mauve
Décris chaque couleur observée à chaque étape de la coloration de Gram chez une bactérie Gram - .
- Transparent
- Violet
- Mauve
- Transparent
- Rouge
(truc: rouge = avance pas à la lumière = négatif = gram -)
Pourquoi les bactéries Gram - deviennent rouges à la fin du processus de coloration alors que les bactéries Gram + restent mauves?
Car les Gram -, à cause de leur paroi plus mince, laissent sortir le complexe cristal-violet-iode lors de la décoloration. Alors, il se colorent à la safranine et deviennent rouge.
Les bactéries Gram + ont une paroi trop épaisse pour laisser sortir le complexe de coloration cristal-violet-iode alors elles restent mauves.
Quelles composantes peuvent être mis en évidence par des colorations pour structures spécifiques?
Capsule
Endospore
Flagelles
Quel type de microscopie est utilisée de façon courante en laboratoire?
Microscopie en champ clair
Quels types de spécimens observe-t-on surtout avec la microscopie en champ clair?
Spécimen soumis à une coloration spécifique
Frottis de microorganismes inertes et colorés
Dans quelles circonstances utilise-t-on la microscopie à fond noir?
Lorsque quelques microbes sont difficilement colorés
Comment fonctionne la microscopie en fond noir?
Un condenseur particulier est utilisé pour que seule la lumière traversant le microbe puisse pénétrer l’objectif
À quoi sert la microscopie à contraste de phase?
Augmenter le contraste entre des structures d’épaisseurs variées
Comment fonctionne la microscopie à contraste de phase?
Le microscope convertit les différences d’indices de réfraction des structures cellulaires en différences d’intensité lumineuse.
Comment fonctionne la microscopie à fluorescence?
Utilisation de colorants appelés marqueurs fluorochromes, qui s’attachent aux composantes structurales que l’on veut détecter et qui emetteront de la lumière à des longueurs d’ondes visibles.
En quoi est-ce que la microscopie électronique est différente de la microscopie optique?
La microscopie optique utilise de la lumière visible alors que la microscopie électronique utilise des faisceaux d’électrons.
Quel est l’avantage de la microscopie électronique?
De pouvoir grossir beaucoup le spécimen à observer, même jusqu’à voir un virus
Décris l’évolution du matériel utilisé pour effectuer des test biochimiques.
Tubes éprouvettes (pré 1970)
Plaquettes de cupules
Plaque 96 puits
Micropuits sur cartes
À quoi sert le MALDI-TOF?
Détecter, identifier et quantifier des colonies d’intérêt isolées à partir des milieux de culture de bactéries.
Quelles sont les quatres étapes de la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF?
- Prélèvement de la colonie bactérienne avec un cône.
- Cocristallisation de l’échantillon et d’une matrice photosensible sur la plaque MALDI
- Excitation des molécules photosensibles de la matrice par un laser dans le spectromètre de masse (les molécules vont dans le tube de vol)
- Lecture des résultats
ALLER APPRENDRE TESTS IMMUNOLOGIQUES SLIDE 68 COURS 1
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Quel est l’avantage des séquences d’acide nucléiques par séquençage de l’ADN?
Peu importe la technologie utilisée, le résultat est uniforme d’un labo à l’autre et il existe des bases de données publiques, fiables et exhaustives.
Comment fonctionne le TAAN?
Une fois qu’une séquence génétique spécifique a été identifiée dans un microbe, des oligonucléotides (sondes génétiques = courts segments d’ADN complémentaires à cette séquence) sont utilisés pour détecter la présence d’un microbe
Qu’est-ce qui est le plus répandu dans les hôpitaux: le PCR ou le TAAN?
Le TAAN
Quelles sont les deux types de trousses de TAAN (Tests par Amplification d’Acides Nucléiques)?
Trousse de détection d’un seul microbe spécifique soupçonné présent dans un échantillon clinique
Trousse syndromiques (détection simultanée potentielle de plusieurs espèces de microbes)
Vrai ou faux: souvent, un ou deux tests suffisent pour identifier un microbe.
Faux: De nombreuses étapes sont requises pour parvenir à une identification. Selon les résultats séquentiels de différents tests microbiologiques (culture et microscopie) et biochimiques, la séquences des tests qui suivent change.
Les méthodes phénotypiques requièrent une ________ (24-48h) suivie d’une batterie de tests ______ et _______ (+18h).
Culture pure de bactéries
Biochimiques
Microbiologiques
Quelles sont les méthodes d’identification les plus répandues dans les laboratoires médicaux présentement?
Méthodes phénotypiques
Les méthodes génotypiques de type ____ sont rapides car elles permettent de détecter et d’identifier les microbes directement à partir d’ ________ .
TAAN
Échantillons cliniques
En combien de temps un TAAN peut-il être réalisé?
Une heure en pratique, mais il faut compter une ou deux journées pour la communication du laboratoire
Quel est le désavantage du TAAN?
Seulement disponible pour certains pathogènes
Le MALDI-TOF est une méthode ______ qui requière une _______ (24h-48h).
Physicochimique
Culture pure de bactéries
Qu’est-ce qui distingue les virus des autres microorganismes? (8)
Très petits (microscope électronique)
Acellulaires
Structure simple
ARN ou ADN (pas les deux)
Aucun métabolisme ni énergie
Parasites obligatoires
Pas de reproduction autonome
Cycle de réplication dans l’hôte
Quelles caractéristiques sont utilisées pour classifier les virus?
Nature du génome
Configuration du génome
Taille du génome
Présence ou absence d’enveloppe
Morphologie
Taille du virion
Hôte
Quels sont les différentes possibilités de matériel génétique pour un virus?
ADN simple brin
ADN double brin
ARN simple brin +
ARN simple brin -
ARN double brin
Les virus enveloppés sont entourés d’une _______ acquise lors de leur sortie des cellules de l’hôte par bourgeonnement.
Bicouche lipidique
Nomme trois enzymes des rétrovirus
Transcriptase inverse
Intégrase
Protéase
À quoi sert la transcriptase inverse?
Rétro-transcrit l’ARN viral en ADN
À quoi sert l’intégrase?
Intègre l’ADN viral au chromosome de l’hôte
À quoi sert la protéase?
Favorise la maturation des protéines virales
Nomme une enzyme des virus Influenza (grippe)?
Neuraminidase
À quoi sert la neuraminidase?
Contribue au relargage des virus hors de cellules.
Les levures peuvent produire des ______ (reproduction par bourgeonnement).
Pseudohyphes
Les moisissures se reproduisent le plus souvent par _____ .
Spores asexuées volatiles
Quelle est la différence entre les deux catégories de mycètes?
Les levures sont unicellulaires
Les moisissures sont multicellulaires
À quoi ressemble la croissance sur gélose de levures?
Colonies lisses et muqueuses
À quoi ressemble la croissance sur gélose de moisissures?
Colonies chevelues et poudreuses
Nomme trois embranchements de mycètes d’intérêt médical.
Zygomycètes
Ascomycètes
Basidiomycètes
Qu’est-ce qu’un protozoaire?
Protistes unicellulaires ayant des cycles de vie complexes pouvant affecter plusieurs espèces d’hôtes différents dans leur développement
Nomme trois exemples de maladies causées par des protozaires.
Toxoplasmose
Giardiase
Malaria
