Klinisk genetik - Metoder

Question 1

Hyppigste typer af gendefekter?

Answer 1

1. Aneuploidi (forskelligt antal kromosomer)
2. Translokationer
3. Copy number variations (CNV), insertioner, inversioner
4. Små deletioner/duplikationer (få exoner)
5. Enkeltbasedeletioner (duplikationer/deletioner)
6. Single nucleotide variations (SNV, splice site variant, silent variant)
7. Repeat expansion/contraction

Question 2

Definition på Single nucleotide variations (SNV)?

Answer 2

En enkeltnukleotidvariant (SNV) er en variation i et enkelt nukleotid uden nogen begrænsninger i frekvensen.

Question 3

Definition af CNV (copy number variation)?

Answer 3

Variationer i vores genom, som er skabt igennem evolutionen.
Disse variationer dannes hele tiden, og skyldes gentagne sekvenser i vores genetiske kode, som kan danne mikrodeletioner og duplikationer, der kan give alvorlige defekter.

Question 4

Udredningsplan i klinisk genetik?

Answer 4

Først starter man typisk med en generel gen/mutationsteknik.
Senere vil man gøre metoderne mere specifikke, når man har udelukket de mest generelle tilstande.

Question 5

7 vigtige teknikker i klinisk genetik?

Answer 5

1. Standard karyotype
2. FISH
3. Kromosomal mikroarray (ArrayCGH)
4. MLPA
5. PCR
6. DNA sekventering
7. Kromosom abnormaliteter.

Question 6

Indikationer for standard karyotype?

Answer 6

Mistanke om kromosomanormali (trisomi 13, 18, 21, Turners) eller flere spontane aborter.

Question 7

Indikationer for FISH?

Answer 7

Mistanke om translokationer, som ikke kan ses på karyotyping.

Question 8

Indikationer for Array CGH?

Answer 8

Screening ved fx erkendt mental retardering. Kan dog ikke se balancerede translokationer eller repeatsygdomme.

Question 9

Indikationer for MLPA?

Answer 9

Beckers og Duchennes muskeldystrofi.

Question 10

Indikationer for QF-PCR?

Answer 10

Kan bruges ved fostervandsprøver og CVS til påvisning af gendefekter især på kromosom 13, 18 og 21 X/Y.

Question 11

Indikationer for triplet primed PCR?

Answer 11

Mistanke om repeatsygdomme (Fragilt X, dystrofia myotonica og Huntintons).

Question 12

Indikationer for SNP?

Answer 12

alfa1-antitrypsinmangel (fx hos nyfødte med ukonjugeret hyperbilirubinæmi)

Question 13

Indikationer for next generation sequencing (NGS)?

Answer 13

Påvisning af monogene sygdomme (fx BRCA, CF). Kan i fremtiden bruges til at screene for alle genetiske sygdomme.