HC 6 - From Biology To Data

Question 1

Format van sequentie file

Answer 1

tekst format of fasta > met kwaliteit: fastq

Question 2

Waarmee (welk programma) worden reads tegen een referentie neergelegd met mapping?

Answer 2

bwa

Question 3

Illumina / NGS tov Sanger qua read length

Answer 3

kortere reads

Question 4

Waarom is het niet logisch om Sanger sequencing te gebruiken voor mutatie/variant detectie?

Answer 4

Het zegt niets over de positie van de mutatie

Question 5

Standaard volgorde stappen omics

Answer 5

Sampling > processing > measurement > identification/delineation/quantification

Question 6

Verschilt de processing stap bij verschillende -ome’s?

Answer 6

Ja, door het verschil in diversiteit
> het metabolome is het meest divers
> targeted approach: het meest informatieve deel wordt gemeten

Question 7

Manieren om een specifiek deel van het genoom te targeten bij genomics

Answer 7

-Probes: specifieke hybridisatie
-Primers: targeten sequenties
-Adapters: plakken DNA aan de flow cell

Question 8

Hoe weet je dat de nucleotiden uit dezelfde read komen bij Illumina sequencing?

Answer 8

Ze zitten op dezelfde plek (spot) op de flow cell waar de kleuren worden uitgezonden (cluster)

Question 9

Hoe zijn forward en reverse reads te onderscheiden op de flow cell?

Answer 9

Niet, ze zitten op dezelfde plek in het cluster

Question 10

Hoe weet je uit welk sample een read komt?

Answer 10

Barcode (in de multiplexing adapter) die specifiek is voor de sample van waar de reads afkwamen

Question 11

Waarvoor dient een UMI?

Answer 11

Een UMI wordt in de adapter aan DNA geplakt en zo weet je dat twee reads hetzelfde DNA molecuul representeren

Question 12

Hoe weet je of twee reads van hetzelfde chromosoom zijn?

Answer 12

Mapping/alignment aan het referentiegenoom

Question 13

Wat zie je in de software (IGV) als iemand heterozygoot is voor een SNP?

Answer 13

Op de bovenste grijze balk: een samenvatting van de reads: ongeveer de helft van allel A en andere helft van allel B.

Question 14

Kwantificeren van copy number variations in een Manhattan Plot: hoe ziet dat eruit?

Answer 14

Alle varianten gezet over de positie en hoe vaak de copy number variation te zien is (bolletjes in een staaf omhoog), en hoe erg is het geassocieerd met een bepaalde ziekte/conditie

Question 15

Wat is er nodig bij kwantificatie van copy number variations?

Answer 15

Veel mensen die met de ziekte zijn bestudeerd
> in kaart brengen verschillende fenotypes die apart worden gecorreleerd aan copy number variations bij bepaalde genen.
> kan ook 0 zijn = deletie
> de kwantificaite bij genomics is copy number variations

Question 16

Is kwantificatie belangrijker bij genomics of transcriptomics?

Answer 16

Bij transcriptomics om genexpressie te kwantificeren

Question 17

Waarom kunnen genomics en transcriptomics gekoppeld worden?

Answer 17

Voor bestuderen of een SNP effect heeft op de mate van genexpressie van het gen

Question 18

Wat is een eQTL?

Answer 18

Een expression Quantative Trait Locus
> SNPs die bepalen in hoeverre een gen tot expressie komt

Question 19

cis-eQTL

Answer 19

SNP X heeft effect op lokale gen A
> enhancers in upstream en downstream regio
> zitten vaak in de genregio dichtbij de TSS (transcription start site)
> kan ook upstream liggen bij TF-binding sites dichtbij de TSS
> soms best ver weg

Question 20

trans-eQTL

Answer 20

SNP heeft effect op distaal gen B via een intermediate
> de intermediate kan expressie van een transcriptiefactor zijn

Question 21

trans-eQTL: directe TF regulatie

Answer 21

de SNP zit in het gen van de TF en zorgt voor upregulatie: de TF verhoogt expressie van gen X

Question 22

trans-eQTL: indirecte TF regulatie

Answer 22

Er zit nog een gen tussen distaal gen B en de transcriptiefactor
> SNP in gen Y > coregulatie gen Y-TF > upregulatie TF > upregulatie gen X
of
> SNP in TF gen > upregulatie TF > bindt bij gen Y > coregulatie Y-X > upregulatie gen X

Question 23

Coregulatie tussen cis- en trans-eQTL

Answer 23

Door dezelfde eQTL, bv
- SNP in TF gen > upregulatie TF > bindt bij gen Y > coregulatie Y-X > upregulatie gen X

Question 24

Noem een aandoening waarbij eQTLs betrokken zijn

Answer 24

T1D: diabetes type 1

Question 25

Bij welke omics hoort ‘Relatief aantal van alle mRNA moleculen van een gen bepalen’?

Answer 25

Transcriptomics

Question 26

Bij welke omics hoort ‘Abundantie en variatie/modificaties van vele eiwitten tegelijk bepalen’?

Answer 26

Proteomics

Question 27

Bij welke omics hoort ‘Kwantificatie en identificatie van vele metabolieten tegelijk’?

Answer 27

Metabolomics

Question 28

Bij welke omics hoort ‘Nucleotidevolgorde van volledig- of deel van DNA meten’?

Answer 28

genomics

Question 29

Waarom is het transcriptoom makkelijker te meten dan het proteoom?

Answer 29

Er is minder diversiteit
> proteoom zegt echter meer over de staat van de cel

Question 30

Hoe ingewikkelder het systeem, des te … de correlatie tussen mRNA en eiwit aantallen

Answer 30

minder

Question 31

Correlatie van mRNA en eiwit abundantie is afhankelijk van:

Answer 31

-Half-lifes: mRNA is gemiddeld minder stabiel dan eiwitten
-mRNA ratio: meer eiwitten in de cel dan mRNAs

Question 32

Als je de half-life van mRNA tegen de half-life eiwit tegen elkaar uitzet en verschillende eiwitten als stippen invult in de grafiek, kun je vier gates maken. Benoem deze met hun functie:

Answer 32

1. Centrale metabolisme: hoog stabiele mRNA en eiwit
2. RNA processing: instabiel mRNA en stabiel eiwit
3. signaling / adaptation: stabiel mRNA en instabiel eiwit
4. proliferatie: instabiele mRNA en eiwit

Question 33

Verklaar de gate van de proliferatie eiwitten

Answer 33

Voor de proliferatie moet alles instabiel zijn want het signaal moet snel uitdoven, anders krijg je maligniteit

Question 34

Verklaar de gate van de signaleringseiwitten

Answer 34

De snel moet snel op een signaal kunnen reageren, maar dit signaal moet wel meer snel uitdoven (denk aan spasme)
> stabiel mRNA al aanwezig in de cel
> instabiele eiwitten voor snelle signaaluitdoving

Question 35

Verklaar de gate van het centrale metabolisme

Answer 35

Dit omvat essentiële processen die vaak continu zijn, dus moet er stabiel mRNA en eiwit zijn

Question 36

Verklaar de gate van RNA processing eiwitten

Answer 36

Er moeten stabiele eiwitten zijn die hun functie kunnen uitoefenen en het RNA wordt gecontroleerd door het systeem van de eiwitten en is daarom instabiel

Question 37

Kleine p-waarde in een correlatie vakjes tabel (negatieve z-transformatie in p-waarde) betekent:

Answer 37

significante relatie van een gate (mRNA/eiwit half-life) met de biologische functie / eiwitten