Grands groupes de microorganismes Flashcards
Hiérarchie taxonomique (8)
domaine règne embranchement classe ordre famille genre espèce
2 types cellulaires
+ principales caractéristiques
EUCARYOTES
- complexe
- noyau
- plusieurs chromosomes
PROCARYOTES
- simple
- pas de niyau
- un seul chromosome libre dans cytoplasme
les 3 domaines
- bactéries (procaryotes)
- archées (procaryotes)
- eucaryotes
domaine des bactéries vs domaine des archées
BACTÉRIES
= comprend procaryotes patho, bcp de procaryotes non patho de l,eau et du sol et des procacryotes qui font de la photosynthèse
ARCHÉES = tous les procaryotes qui: - pas de peptidoglycane dans paroi cell - conditions envrio. extrêmes - siège de processus métaboliques exceptionnels
- règnes possibles des eucaryotes
- règnes possibles des procaryotes
mycètes
protistes
plantes animaux
procaryotes ont PAS de règne
Nomenclature binomiale des organismes
Genre espèce
en italique ou souligné
Signification de pneumocoque
diminutif utilisé en labo pour dire Streptococcus pneumoniae
**bactéries fréquemment isolées au svt des noms
Une souche
- c’est quoi
- comment l’identifier
- les bactéries retrouvées dans une culture pure ne contenant qu’une même espèce ne sont pas toujours complètement identiques. C’est pourquoi on utilise le terme de souche pour désigner chaque isolat, une souche étant un ensemble de cellules filles descendant toutes d’une même cellule mère
- identifiée par numéro, lettre ou nom
génotype vs phénotype
+ les tests de labo sont davantage génotypique ou phénotypique?
Génotype:
connaissance des gènes microbiens
Phénotype:
expression à laquelle donne lieu le génotype
phénotypique ++ pour les tests
classification vs identification des microorganismes
+ lequel est le plus utile dans un contexte de médecine?
Classification
: taxonomie des microbes
Identification
: nécessité de savoir auquel on a affaire
l’identification pour savoir précisément la cause de la maladie chez le patient
qu’est-ce qu’un protozoaires?
un eucaryote unicellulaire faisant partie des protistes
le mot microorganismes (ou microbes) regroupe quoi (4) et quels sont leurs caractéristiques (7)?
= bactéries, virus, mycètes et protozoaires
- Organismes de très petite taille
(besoin d’un microscope) - Omniprésence et abondance dans la nature
- Unicellulaires
(Notes** les mycètes incluent des unicellulaires et des pluricellulaires) - Niveau d’organisation relativement simple
- Inclut des procaryotes et des eucaryotes
- Disposent d’un potentiel métabolique (sauf les virus)
- Capables de se reproduire de façon autonome (sauf les virus).
- Disposent d’un potentiel métabolique (sauf les virus)
- Capables de se reproduire de façon autonome (sauf les virus).
Ces deux caractéristiques des microbes ne s’appliquent pas aux virus. Pourquoi?
car les virus n’appartiennent à aucun domaine
ce sont des agents infectieux acellulaires considérés NON vivants
qu’est-ce qu’un:
- Viroïdes
- Prions
viroides
= ARN infectieux pour les plantes
prions
= agents pathogènes de nature protéique affectant le sys. nerveux
Les procaryotes sont toujours unicellulaires? V/F
Vrai
alors que les eucaryotes peuvent être les 2
Contrairement aux autres êtres vivants, les microbes possèdent plusieurs moyens de se procurer de l’énergie. Lesquels? (4)
- respiration
- fermentation
- photsynthèse
- dégradation de produits organiques
Pourquoi dit-on que les microbes sont omniprésents dans la nature (ubiquité)?
car on peut les retrouver en très grande qté autant dans l’eau, dans l’air, dans le sol, dans les tissus animaux et végétaux
les microorganismes forment le groupe le plus abondant de tous les êtres vivants? V/F
Vrai
pourquoi les microorganismes ont des fct très importantes dans les écosystèmes?
car ils participent aux cycles biogéochimiques
Types de microbes: les caractéristiques des bactéries (9)
- procaryotes
- pas de noyau
- pas d’organites
- un seul chromosome libre dans cyto
- ont de l’ADN et ARN
- réplication autonome par division binaire
- visibles au microscope optique
- peuvent vivre à l’intérieur et à l’extérieur des cell
- svt cultivables en milieu de culture artificiels
Types de microbes: les caractéristiques des virus
- non-vivants
- visibles en microscopie ÉLECTRONIQUE
- pas de réplication autonome: ce sont des parasites obligatoires
- possèdent un ADN OU un ARN
- possèdent une structure protéique (capside) qui entoure le matériel génétique
Expliquer de façon générale comment un virus fait une infection et assure ainsi sa survie
Lors d’une infection, l’ADN ou l’ARN est injecté à la cellule infectée, et les gènes viraux donnent des ordres pour la construction de nouvelles particules virales en détournant à leurs fins le matériel de la cellule-hôte (acides aminés, nucléotides, etc.). Les composantes virales sont assemblées puis les virions sont libérés, souvent au coût de la mort de la cellule parasitée
Types de microbes: les caractéristiques des mycètes
- plus gros et plus complexe que les bactéries
- eucaryotes
- sont des saprophytes environnementaux
- 2 grandes catégories: levures et moisissures
Signification de saprophytes environnementaux
= tirent les substances qui leur sont nécessaires de matières organiques en décomposition, sans nécessairement être pathogènes en soi pour l’homme.
qui est particulièrement à risque d’une infection aux mycètes?
les gens en déficit immunitaire
Levures (2)
= mycètes unicellulaires qui se reproduisent par bourgeonnement
- grande place dans inductrie alimentaire
- peuvent causer des infections chez l’homme (ex: vaginite par Candia albicans))
Moisissures (3)
= champignons multicellulaires
- peuvent se présenter sous forme filamenteuse ou dimorphe
- peuvent être toxiques (mais pas tjrs)
- reproduction par spores asexuées volatiles
Protozoaires (5)
= eucaryotes unicellulaires qui causent des infections
- vivent dans eau, sols humaines ou dans un organisme
- formes variées
- agissent de façon autonome OU parasitaire
- peuvent causer des maladies
- ont des cycles de vie complexes: peuvent affecter plusieurs espèces d’hôtes différents durant leur développement***
3 exemples de maladies causées par des protozoaires
toxoplasmose
malaria
dysenterie
Croissance sur gélose: la différence entre levures et moisissures
levures: colonies lisses et muqueuses
moisissures:
colonies chevelues et poudreuses
Une enveloppe
+ sa composition
= structure qui entoure les cellules bactériennes
- capsule OU glycocalyx
- paroi
- membrane cellulaire
Capsule
- c’est quoi
- chez qui
- rôle
= enveloppe visqueuse d’épaisseur variable
- constituant le + externe
- pas chez toutes les bactéries donc pas nécessaire à la survie
- joue un rôle essentiel dans la virulence, en empêchant la phagocytose par les cellules immunitaires et en favorisant l’adhérence des bactéries aux cellules épithéliales de l’hôte
- composée de polysaccharides variés
ce que la bactérie avec capsule a que la bactérie sans capsule n’a pas
un grand pouvoir pathogène
- Qu’est-ce que les sérotypes?
- Autre façon d’appeler la capsule
- sérotypes = désignent des variantes capsulaires (dépend des polysaccharides présents)
- antigène K
Nb de sérotypes de pneumocoques
83
Glycocalyx
= feutrage extracell de fibres polysaccharidiques
- équivalent de la capsule
- permet des interconnections entre les bactéries
- favorise l’adhésion de la bactérie è des matérieux (tuyaux, prothèses, etc)
3 mots pour désigner le glycocalyx
biofilm, slime, exopolymère
Paroi
= enveloppe semi-rigide
- donne la forme à la bactérie
- deux structures de paroi observées: Gram + et Gram -
Constituant commun des parois Gram + et Gram -
peptidoglycan
Constitution des parois des bactéries à Gram +
constituée en majeure partie d’un épais peptidoglycan
Constitution des parois des bactéries à Gram -
- couche mince de peptidoglycan
- enveloppe externe qui contient des lipopolysaccharides et des porines (canaux)
- Rôle des porines dans l’enveloppe externe des Gram -
- 2 autres façons de nommer les lipopolysaccharides de l’enveloppe externe
- permet aux sub. nutritives de rentrer
- endotoxines et Antigène O
Fonctionnement de la péniciline
La pénicilline interfère avec la synthèse du peptidoglycan en se liant à des protéines nommées ‘protéines liant la pénicilline’ (Penicillin Binding Proteins, PBP).
Paroi et antibiotiques
la paroi étant consitutée de peptidoglycan, les antibiotiques vont s’en servir comme cible pour anéantir les bactéries
Entre les Gram + et les Gram -, chez lesquels la pénicilline est le + efficace? Pourquoi?
la présence de l’enveloppe externe chez les Gram- rend difficile l’accès au peptidoglycan par la pénicilline, qui s’avère donc plus efficace contre les Gram+.
Membrane cytoplasmique
- Bicouche de phospholipides avec protéines transmembranaires
- Barrière osmotique: contrôle les taux ioniques
- Transport: régulation des échanges interne/externe
- Enzymes: métabolisme énergétique
Constituants internes d’une bactérie (3)
- cytoplasme
- ribosomes
- matériel génétique
2 formes possibles du matériel génétique dans une bactérie
- le chromosome
- plasmides
Plasmides
= petites molécules d’ADN circulaire
- douées de réplication autonome
- transférables d’un microbe à l’autre
Quels types de plasmides peuvent causer des problèmes médicaux? (2)
- plasmides porteurs de gènes de résistances aux antibiotiques
- plasmides porteurs de gènes qui donnent des propriétés pathogènes
2 types d’appendices externes chez les bactéries
- flagelles
- pili
les appendices externes sont …..
facultatifs
Flagelles
- rôle
- visible comment
- autre nom possible
- assurent la mobilité
- visible qu’avec une coloration spéciale
- nb et disposition selon espèce
- aussi appelés Antigène H
Nb et disposition des flagelles:
Qu’est-ce que veut dire
- monotriche
- lophotriche
- amphitriche
- péritriche
- Monotriche : un seul flagelle à une extrémité de la cellule
- Lophotriche : plusieurs flagelles à une extrémité de la cellule
- Amphitriche : un ou plusieurs flagelles aux deux extrémités de la cellule
- Péritriche : des flagelles répartis sur toute la surface de la cellule
Pili
- rôle
- longueur
- 2 types
= poils
- plus courts que flagelles
- servent à fixer la bactérie
- 2 types: normaux et sexuels
Pili sexuels
+
phénomène de conjugaison
- sert au transfert unilatéral de matériel génétique (des plasmides) d’une bactérie à l’autre
= PAR LE PHÉNOMÈNE APPELÉ CONJUGAISON
Fimbria
autre nom pour pili non sexuel
Spore (ou endospores)
- chez les Gram + du gens Bacillus et Clostridium
- sert à stocker les éléments vitaux en situation de survie et ainsi survivre en environnement défavorable
- leur volume et position dans la bactérie sont des caractéristiques propres à chaque espèce
(donc utile à l’identification)
Spore des bactéries vs spore des mycètes
PAS LA MÊME CHOSE
bactérie = mode de survie mycètes = reproduction
4 maladies dans lesquelles les spores jouent un rôle dnas la dissémination
gangrène, tétanos, botulisme, anthrax
Sporulation et germination
sporulation
= se déclenche en cas de conditions défavorables, c’est la formation de la spore et la lyse du reste de la bactérie
germination
= reprise de la forme végétative quand les conditions le permettent
Entre la forme sporulée et la forme active, laquelle est pathogène?
la forme active
MAIS maladies souvent contractée par la forme sporulée qui s’est ensuite activée dans notre corps
SYNTHÈSE DES COMPOSANTES
- nommer les 3 antigènes de la bactérie
- nommer les composantes facultatives de la bactérie
H = flagelles K = capsules O = endotoxine aka Gram -
Capsule Endotoxine Plasmide Flagelle Pili Spore
Coloration simple
- produit utilisé
- but
- mordant définition
- solution aqueuse ou alcoolisée d’un seul colorant basique
- but: voir les cell en entier
- mordant = agent chimique qui intensifie la coloration
Coloration de Gram
- Différentes étapes
- résultat final
- utilité en micrbio médicale
ÉTAPES 1) Fixation 2) Ajout de violet crystal 3) Ajout d'iode (mordant) 4) Décoloration: Gram + reste violet Gram - sont transparents 5) Ajout de safran: Gram+ reste violet Gram - est rose
UTILITÉ
pour sélectionner les antiobiotiques à administrer
Quel type de bactéries réagit mal au Gram?
Quelle est l’alternative de coloration pour celles-ci?
Mycobactéries
coloration de Ziehl-Nielssen
Coloration de structures spécifiques:
- capsule
- endospore
- flagelles
CAPSULE
- encre de Chime
- bactérie deient noire et capsule translucide
ENDOSPORE
- vert de malachite colore la sport
- safarine contre-colore le reste de la bactérie
FLAGELLES
- ne se voient pas sans coloration
- utilisation de fuschine
5 types de microscopie optique
- à fond clair
- à fond noir
- à contraste de phase
- à inversion
- à fluorescense
microscope à fond clair
- le normal
- examiner tissus avec coloration ou frottis de microorganismes inertes et colorés
microspcope à fond noir
- pour les microbes difficliement colorables ET microbes vivants en suspension
- fonctionnement:
seule la lumière traversant le microbe pénètre l’objectif donc le spécimen non coloré apparait clair sur un fond noir
microscope à contraste de phase
- permet d’augmenter le contraste entre des structures d’épaisseurs variées et donc de rendre des structures non colorées visibles
- fonctionnement:
convertit les différences d’indice de réfraction en différences d’intensité lumineuse - utilité:
permet d’examiner en détail les structures internes de microorganismes vivants sans les déformer
microscope à inversion
- pour observer des cell adhérées aux parois lors de culture
- fonctionnement:
objectifs approchent le spéciment par le bas et la lumière vient du haut
microscope à fluorescence
fait usage de colorants (appelés marqueurs fluorochromes) qui s’attachent aux composantes structurales que l’on veut détecter
Concept d’immunofluorescense
en microscopie à fluorescence:
quand le marqueur est couplé à une anticorps qui reconnait la structure recherchée
Microscopie confocale
- utilisation de lasers et de fluorochromes
- reconstitution en 3D par un ordi
- peut filmer des phénomènes d’interactions vivantes
Microscopie électronique
- forme des image à grande résolution sur une plaque fluorescente
- 2D ou 3D
- grossit vrm bcp
(jusqu’à 100 000x) - fonctionnement:
l’échantillon est traversé par un faisceau d’électrons libres
Quelle catégorie spécifique de microbes la microscopie électronique permet-elle de voir?
les virus
Microscopie à force atomique
- permet d’analyser les molécules de surfaces des cell
- fonctionnement:
analyse un object point par point en balayant avec une sonde locale - fonctionne dans des environnements particuliers comme milieux sous vide, liquides ou ambiants
- résolution au dixième de nanomètre
- recherche médicale ++
Microscope à effet tunnel
- utilise un phénomène quantique
- résolution égale ou inférieure à la taille des atomes
- rôle ++ dans développement des nanontechnologies
But des épreuves biochimiques
identifier les bactéries une fois leur croissance obtenue en culture pure
Sur quoi se basent les test biochimiques pour fonctionner? (5)
différentes propriétés bactériennes:
- Sources de carbone
- Aérobiose, anaérobiose
- Potentiel de fermentation
- Produits terminaux du métabolisme
- Tolérance aux inhibiteurs métaboliques et antibiotiques
Technologie de tests biochimiques maintenant utilisée en clinique
+ son fonctionnement
Technologie Micro-Scan
- effectue les tests dans des microplaques de 96 puits contenant divers réactifs colorimétriques
- analyse faite par ordi
- chaque rangée obtient un # selon la réponse + ou -
- résultat: on agence les 8 chiffres obtenus et le nombre corrspond à une espèce de bactéries
Avantage de l’APPAREIL Micro-Scan
permet de vérifier le degré de sensibilité d’une souche à différents antibiotiques
Test sérologique:
test d’agglutination sur lame
- permet de distinguer différentes SOUCHES d’une même espèce
- plus précis que tests biochimiques
- fonctionnement:
incorporer des échantillons d’une bactérie inconnue dans des gouttes de solution saline placées sur différentes lames. On ajoute ensuite un antisérum différent à chaque lame. Les bactéries s’agglutinent et forment des grumeaux lorsqu’elles correspondent aux anticorps d’un antisérum particulier.
Test sérologique:
méthode ELISA
- permet de rechercher un antigène dans un échantillon OU un anticorps formé contre cet antigène dans l’échantillon
- fonctionnement:
1) fixer, dans le fond d’une plaque, un anticorps (ou un antigène) qui réagira spécifiquement avec l’antigène (ou l’anticorps) recherché dans le spécimen clinique qu’on répand ensuite dans la plaque. Si l’antigène (ou l’anticorps) recherché est présent, il se fixera à son tour à l’anticorps (ou l’antigène) déjà adhéré
2) ajouter un élément qui va permettre de voir la combinaison antigène-anticorps comme
- une enzyme qui va faire une réaction colorée
- anticorps fluorescent
3) lecture finale: lecteur fluorescent ou spectromètre
ELISA sandwich
un ÉLISA sandwich implique que l’élément recherché se retrouvera imbriqué entre deux anticorps (fournis par la compagnie) utilisés dans le test, le premier étant adhéré au fond de la plaque servant au test, le second venant recouvrir l’antigène qui aura adhéré au premier anticorps.
Séquençage de l’ADN
- identifier des sections d’ADN qui sont propres à chaque espèce
- maintenant existence de techniques de séquencage à haut débit
Dx moléculaire
- permet d’identifier les séquences d’ADN propres à une bactérie dans un échanillon
- se fait avec des sondes génétiques, qui sont de courts segments d’ADN complémentaires à la séquence présente chez le microbe
4 bactéries identifiables par dx moléculaire par des trousses présentes sur le marché
- Streptocoques du groupe B chez la femme enceinte et l’enfant à la naissance;
- Staphylocoques résistants ou non à la méticilline;
- Clostridium difficile donnant des diarrhées difficiles à traiter;
- Entérocoques résistants à la vancomycine.
Appareil Revogene de la compagnie GenePOC
- machine de dx rapide basé sur ADN
- permet de rechercher la présence simultanée de plusieurs microbes potentiels
(pas comme les trousses qui identifient juste un microbe)
