Genetisk diagnostik

Question 1

Vilka metoder ger en översikt över hela genomet?

Answer 1

Kromosomanalys och SNP (single nucleotide polymorphism) array.

Question 2

Vilken metod ger en analys av specifika kromosomområden?

Answer 2

FISH – fluorescence in situ hybridisation

Question 3

Vilka metoder används vid gen analyser?

Answer 3

PCR-baserade metoder (fragmentanalys, sekvensering (sanger och NGS) och NGS- next generation sekvensering – helgenom, exome, genpaneler.

Question 4

Vilka är de PCR-baserade metoderna?

Answer 4

Fragmentanalys, Sekvensering (Sanger) och NGS.

Question 5

Ge exempel på de strukturella kromosomrubbningarna

Answer 5

Translokation, deletion, insertion, duplikation och isokromosom

Question 6

A) Vad är translokation i relation till kromosom?
B) Vad menas med deletion av kromosom?
C) Vad menas med duplikation av kromosom?
D) Vad menas med insertion i relation till kromosom?
E) Vad menas med inversion i relation till kromosom?

Answer 6

A) Det är när kromosomer bytt plats
B) Det är när delar av kromosomen saknas.
C) Det är när extra delar har tillkommit till kromosomen
D) Är när ett kromosomsegment har flyttats från sin normala plats till en annan i samma eller i en annan kromosom.
E) Det är när ett kromosomsegment har ändrat håll, första hamnade sist och sista först.

Question 7

Ge exempel på två numeriska kromosomrubbningar

Answer 7

Aneuploidi och polyploidi

Question 8

Vad analyserar man med FISH?

Answer 8

Man analyserar specifika områden på kromosomen

Question 9

Vad är fördelarna med FISH?

Answer 9

Resultat inom 12 - 24h, hög sensitivitet, många interfaskärnor kan analyseras och en dålig kromosomstruktur påverkar inte analysen.

Question 10

Vad färgar FISH prober in?

Answer 10

Centromer området, hela kromosomen, lokus eller gen samt subtelomer och telomerer.

Question 11

Vad är SNP-array för metod?

Answer 11

Det är en metod som ger en översikt över hela genomet, patientens DNA hybridiseras mot genetiska markörer, SNPs.

Question 12

Vad är fördelarna med SNP-array?

Answer 12

Liten materialmängd, detekterar duplikationer och deletioner, postmortem material kan användas, kräver mindre arbetsinsats, billigare och kan upptäcka mosaikism.

Question 13

Vad är nackdelarna med SNP-array?

Answer 13

Man kan inte detektera punktmutationer, balanserade translokationer eller inversioner.

Question 14

Vad är HUGO och vad hade de för mål?

Answer 14

Deras mål var att sekvensera hela det mänskliga genomet och pågick mellan 1990 - 2003. Kartlade genlokalisationen på kromosomer samt kopplingen till sjukdomar.

Question 15

Vad är kopplingsanalys och hur utförs det?

Answer 15

Det är en statistisk metod som används för att hitta sjukdomsgener. Det första man gör är att titta på markörer som är jämnt utspridda över hela genomet. Stort familjematerial innebär att färre markörer behövs. Man gör en statistisk beräkning på allelerna genom att räkna på lod score - vilket genomiskt område som nedärvs tillsammans med sjukdomen.

Question 16

Vad är lod score?

Answer 16

Ett statistiskt test där man jämför sannolikheten att vissa alleler nedärvs tillsammans med en sjukdom i jämförelse med om den skulle nedärvas av en slump.

Lod core över 3 innebär att det är 1000 ggr mer troligt att markören är kopplad till sjukdomen än om den inte är det.

Question 17

Vad är VNTR markörer (mikrosatelliter)

Answer 17

Mikrosatelliter är repetitiva områden i genomet som ej är sjukdomsframkallande. Det är polymorfa men oftast stabila mellan generationer. Mikrosatelliterna sätts på en känd position i genomet och används för att skilja på de två anlag man har för att fastställa vem man har ärvt anlaget ifrån.

Question 18

Vad menas med en markör som är kopplad till sjukdom?

Answer 18

Det är när en specifik markör segregerar med sjukdom i familjen, vilket indikerar att markören är kopplad till en viss sjukdom

Question 19

Vad menas med en okopplad markör

Answer 19

Det är när ingen markör segregerar med sjukdomen i familjen, alltså att markören inte är kopplad till sjukdom.

Question 20

Vad är JEB-H och vad är symtomen och ärvningsmönstret?

Answer 20

En sjukdom som drabbar slemhinnor, gör personen känslig för beröring. Symtomen är hudavlossning, vätskeförlust och extremt infektionskönslighet och den ärvs recessivt.

Question 21

Vilken mutation leder till JEB-H?

Answer 21

Mutationer i Laminin-5, finns ett 20-tal kända mutationer i dagens läge.

Question 22

Vad står PTC för?

Answer 22

Premature Termination Codon

Question 23

Vad är skillnaderna mellan Sanger sekvensering och NGS?

Answer 23

Sanger: Sekvenserar ett område, är en reaktion vilket ger en produkt och det tar tid och är arbetsamt.
NGS: Sekvenserar flera områden samtidigt, helgenom (DNA), helexom (transkription, RNA) och genpaneler (DNA) En reaktion generera massor med data och det är en käsnligare metod som mäter djupt och tar mer tid för att analysera data.

Question 24

Vad är strategin för att hitta genetisk sjukdomsorsak i en familj?

Answer 24

• Verkar det ärfligt? Finns det redan kända orsaker, kända gener?
• Screena gener som är kopplade till fenotypen.

Question 25

Varför behöver man veta om en mutation är sjukdomsorsakande?

Answer 25

Om man inte vet om en mutation är sjukdomsorsakande så kan man inte göra en anlagsbärardiagnostik inom familjen.

Question 26

Vilka är ACMG riktlinjernas kriterier?

Answer 26

Very strong evidence of pathogenicity (PVS)
Moderate evidence of pathogenicity (PM)
Supporting evidence of pathogenicity (PP)
Strong evidence of benignimpact (BS)
Stand-Alone evidence of benign impact (BA)

Question 27

Vad menas med VUS?

Answer 27

Variant av okänd signifikans, menas att kunskapsläget i dagens läge inte är tillräckligt för att göra en bedömning, en ny bedömning görs vid ett senare tillfälle för att se om ny kunskap uppkommit

Question 28

Vad erbjuds vid etablering av korrekt genetisk diagnos?

Answer 28

Specifik behandling, kontrollprogram, prognos, behandlingsstudier, genetisk vägledning om av betydelse för patienten och/eller familjen.