Genetisk diagnostik Flashcards
Vilka metoder ger en översikt över hela genomet?
Kromosomanalys och SNP (single nucleotide polymorphism) array.
Vilken metod ger en analys av specifika kromosomområden?
FISH – fluorescence in situ hybridisation
Vilka metoder används vid gen analyser?
PCR-baserade metoder (fragmentanalys, sekvensering (sanger och NGS) och NGS- next generation sekvensering – helgenom, exome, genpaneler.
Vilka är de PCR-baserade metoderna?
Fragmentanalys, Sekvensering (Sanger) och NGS.
Ge exempel på de strukturella kromosomrubbningarna
Translokation, deletion, insertion, duplikation och isokromosom
A) Vad är translokation i relation till kromosom?
B) Vad menas med deletion av kromosom?
C) Vad menas med duplikation av kromosom?
D) Vad menas med insertion i relation till kromosom?
E) Vad menas med inversion i relation till kromosom?
A) Det är när kromosomer bytt plats
B) Det är när delar av kromosomen saknas.
C) Det är när extra delar har tillkommit till kromosomen
D) Är när ett kromosomsegment har flyttats från sin normala plats till en annan i samma eller i en annan kromosom.
E) Det är när ett kromosomsegment har ändrat håll, första hamnade sist och sista först.
Ge exempel på två numeriska kromosomrubbningar
Aneuploidi och polyploidi
Vad analyserar man med FISH?
Man analyserar specifika områden på kromosomen
Vad är fördelarna med FISH?
Resultat inom 12 - 24h, hög sensitivitet, många interfaskärnor kan analyseras och en dålig kromosomstruktur påverkar inte analysen.
Vad färgar FISH prober in?
Centromer området, hela kromosomen, lokus eller gen samt subtelomer och telomerer.
Vad är SNP-array för metod?
Det är en metod som ger en översikt över hela genomet, patientens DNA hybridiseras mot genetiska markörer, SNPs.
Vad är fördelarna med SNP-array?
Liten materialmängd, detekterar duplikationer och deletioner, postmortem material kan användas, kräver mindre arbetsinsats, billigare och kan upptäcka mosaikism.
Vad är nackdelarna med SNP-array?
Man kan inte detektera punktmutationer, balanserade translokationer eller inversioner.
Vad är HUGO och vad hade de för mål?
Deras mål var att sekvensera hela det mänskliga genomet och pågick mellan 1990 - 2003. Kartlade genlokalisationen på kromosomer samt kopplingen till sjukdomar.
Vad är kopplingsanalys och hur utförs det?
Det är en statistisk metod som används för att hitta sjukdomsgener. Det första man gör är att titta på markörer som är jämnt utspridda över hela genomet. Stort familjematerial innebär att färre markörer behövs. Man gör en statistisk beräkning på allelerna genom att räkna på lod score - vilket genomiskt område som nedärvs tillsammans med sjukdomen.
Vad är lod score?
Ett statistiskt test där man jämför sannolikheten att vissa alleler nedärvs tillsammans med en sjukdom i jämförelse med om den skulle nedärvas av en slump.
Lod core över 3 innebär att det är 1000 ggr mer troligt att markören är kopplad till sjukdomen än om den inte är det.
Vad är VNTR markörer (mikrosatelliter)
Mikrosatelliter är repetitiva områden i genomet som ej är sjukdomsframkallande. Det är polymorfa men oftast stabila mellan generationer. Mikrosatelliterna sätts på en känd position i genomet och används för att skilja på de två anlag man har för att fastställa vem man har ärvt anlaget ifrån.
Vad menas med en markör som är kopplad till sjukdom?
Det är när en specifik markör segregerar med sjukdom i familjen, vilket indikerar att markören är kopplad till en viss sjukdom
Vad menas med en okopplad markör
Det är när ingen markör segregerar med sjukdomen i familjen, alltså att markören inte är kopplad till sjukdom.
Vad är JEB-H och vad är symtomen och ärvningsmönstret?
En sjukdom som drabbar slemhinnor, gör personen känslig för beröring. Symtomen är hudavlossning, vätskeförlust och extremt infektionskönslighet och den ärvs recessivt.
Vilken mutation leder till JEB-H?
Mutationer i Laminin-5, finns ett 20-tal kända mutationer i dagens läge.
Vad står PTC för?
Premature Termination Codon
Vad är skillnaderna mellan Sanger sekvensering och NGS?
Sanger: Sekvenserar ett område, är en reaktion vilket ger en produkt och det tar tid och är arbetsamt.
NGS: Sekvenserar flera områden samtidigt, helgenom (DNA), helexom (transkription, RNA) och genpaneler (DNA) En reaktion generera massor med data och det är en käsnligare metod som mäter djupt och tar mer tid för att analysera data.
Vad är strategin för att hitta genetisk sjukdomsorsak i en familj?
- Verkar det ärfligt? Finns det redan kända orsaker, kända gener?
- Screena gener som är kopplade till fenotypen.
Varför behöver man veta om en mutation är sjukdomsorsakande?
Om man inte vet om en mutation är sjukdomsorsakande så kan man inte göra en anlagsbärardiagnostik inom familjen.
Vilka är ACMG riktlinjernas kriterier?
Very strong evidence of pathogenicity (PVS)
Moderate evidence of pathogenicity (PM)
Supporting evidence of pathogenicity (PP)
Strong evidence of benignimpact (BS)
Stand-Alone evidence of benign impact (BA)
Vad menas med VUS?
Variant av okänd signifikans, menas att kunskapsläget i dagens läge inte är tillräckligt för att göra en bedömning, en ny bedömning görs vid ett senare tillfälle för att se om ny kunskap uppkommit
Vad erbjuds vid etablering av korrekt genetisk diagnos?
Specifik behandling, kontrollprogram, prognos, behandlingsstudier, genetisk vägledning om av betydelse för patienten och/eller familjen.
