Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

BMA042, Molekylärbiologi > Eukaryoter: mRNA processing och proteinsyntes > Flashcards

Eukaryoter: mRNA processing och proteinsyntes Flashcards

1
Q

Varför modifieras tRNA, rRNA och mRNA efter transkription?

A

För att behålla en funktionell form

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Vad är leader- och trailersekvenser för något?

A

De är två sekvenser av RNA som ej genomgår translation och sitter på varsin sida om en kodande RNA sekvens och de utgör tillsammans en untranslated region (UTR)

Leader-sekvensen är på 5’ ändan av den kodande sekvensen

Trailer-sekvensen är på 3’ ändan av den kodande sekvensen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Varför är storleken på RNA transkriptatet större än slutresultatet av posttranskriptionell modifiering?

A

Pga. leader och trailersekvensen som trimmas ner och inte genomgår translation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Ge exempel på post-transkriptionella modifieringar av RNA?

A
  • Trimming av leader och trailersekvenser (tRNA, rRNA)
  • Ilägg av terminala sekvenser (mRNA)
  • Modifiering av strukturen på specifika baser, så kallat editing (mRNA, tRNA)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Ge exempel på post-transkriptionell modifiering (processing) av eukaryot mRNA som sker i cellkärnan?

A
  • 5’-capping av det primära transkriptet
  • poly-adenylering av 3’-änden (polyA-tail)
  • borttagande av introner genom splicing
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hur bildas the 5’ cap?

A

7-metylguanosin kopplas till 5’-änden av RNAt med en 5’, 5’-trifosfat-koppling

  • Den skapas med en GTP-molekyl, cappen är en metylerad guanidylgrupp på 5’-änden av mRNAt
  • Den kan innehålla ytterligare metyleringar på de två nästföljande nukleotiderna på OH-grupper på 2’-kol
  • metylgrupperna fås från S-adenosylmethionine (SAMe)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad för funktioner har 5’ capping?

A
  • Skyddar RNA från nedbrytning av nukleaser, den gör så att enzymerna inte känner igen mRNAt som RNA
  • Skapar en binding-site för ribosomen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Är 5’-capping en flerstegsreaktion?

A

Ja

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

När sker 5’ capping?

A

Nästan direkt efter transkriptionsstart (efter ca. 20-30 nt)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Vad är CBC och hur är det relevant för 5’ capping?

A

CBC - Cap-binding complex

Det är komplexet som håller fast cappingen i CTD-svansen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Vart binder enzymerna som är involverade i 5’- capping?

A

Till CTD-svansen på RNA polymeras II

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Vad kallas uttryckbara (kodande) DNA sekvenser?

A

Exoner

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vad kallas mellanliggande sekvenser som inte uttrycks (icke-kodande)?

A

Introner

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vad sker med introner och exoner i post-transktriptionell modifiering av RNA-prekursorer?

A

Exoner sammanfogas

Introner klipps bort via splicing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Kan splicing ske var som helst?

A

Nej. Det sker endast i specifika säten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Förklara begreppen uppströms och nedströms?

A

Uppströms = mot 5’ änden

Nedströms = mot 3’ änden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Förklara väldigt grundläggande stegen i splicingmekanismen?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Varför måste splicingmekanismen vara så komplicerad?

A

Den är komplicerad pga vi här har höga krav på specificitet

Det måste ske som det gör för att undvika fel i läsramen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Vad är en spliciosom?

A

Ett stort protein-RNA komplex som gör så splicing sker

(storlek = 60S)

20
Q

Vad utgörs spliciosomen av?

A

snRNPs (“snurps” = small nuclear ribonuclear proteins/particles)

21
Q

Vad är snRNA?

A

snRNA = snRNP RNA, small nuclear RNA

100-200 nt långt

22
Q

Hur många snRNA känner vi till i eukaryoter? Namn?

A

Fem stycken - U1, U2, U4, U5, U6

23
Q

Vilka nukleotidsekvenser brukar markera site of splicing i 5’- och 3’-änden av RNA?

A

5’ = GU

3’ = AG

24
Q

Vad är de olika snRNAernas funktion i splicing av mRNA prekursorer?

A
25
Q

Vad är funktionen av att U1 och U2 binder in i splicing-reaktionen?

A
  • U1 hjälper till att definera 5’ splice-siten
  • U2 binder nära 3’-ändan av intronet. Effekter av detta:
    • skapar en utbuktning som delvis förskjuter och aktiverar en A så den blir en bättre nukleofil
    • Det aktiverade A:et skapar 2’5’-fosfodiesterbindningen av lasso-liknande intermidatet i splicing reaktionen
26
Q

Vad sker när U2, U4, U5 och U6 binder in i splicing reaktionen?

A

Spliciosomet bildas

Mer än 50 proteiner kopplas samman för att bilda ett spliciosom

27
Q

Vad krävs i bildningen av spliciosomet?

A

ATP

28
Q

Vad i spliciosomen är det som ger indikation på att splicing och transkription är koordinerat?

A

Att vissa delar av spliciosomen är kopplade till CTD (carboxy-terminala domänen) på RNA polymeras II

29
Q
A
30
Q

I vilken ände av RNAt sker polyadenylering?

A

I 3’-änden

31
Q

Vad har polyadenyleringen för funktion för mRNA?

A
  • Polyadenyleringen fungerar som ett bindningsställe för ribosomer på mRNAt under translationen
  • Det skyddar mRNAt från nedbrytning
32
Q

Vilken är den välkända klyvnings-sekvensen dit endonukleas binder i poyadenyleringen?

A

AAUAAA (Starkt konserverad)

33
Q

Beskriv den övergripande processen av polyadenylering av prekursor mRNAts 3’ ände?

A
  1. RNA pol II syntetiserar RNA som sträcker sig förbi klyvnings signal-sekvensen
  2. Endonukleas klipper bort allt på RNA strängen 10-30 nt downstream om klyvningssignalen
  3. Polyadenylate polymeras syntetiserar 80-250 nt A (➡️ AAAAAAAAAA…) och vi får vår polyA-svans
34
Q

Vilken “polymeras-struktur” är det som länkar samman transkription och pre-mRNA processing?

A

CTD-svansen på RNA polymeras II

35
Q

Vad är fördelen med alternativ splicing av RNA-transkript?

A

Alternativ splicing ökar protein-repertoaren, vi kan skapa många olika peptider från samma RNA-transkript

36
Q

Ge ett exempel på när mångfald tack vare flera klyvnings- och polyadenyleringsställen är bra?

A

T.ex. i de variabla heavy-chain regionerna på immunoglobulin

37
Q

Vad är ribozymer?

A

RNA molekyler som fungerar som enzymer

Katalytiskt RNA

38
Q

Vilka molekyler kan utföra själv-splicing?

A

Ribozymer

39
Q

Vad är RNAse P för molekyl?

A

Ett ribozym

40
Q

Vilken är den vanligaste modifieringen som görs vid RNA editing i post-transkriptionell modifiering?

A

Deaminering, men även additioner, deletioner och insertioner av nukleotider förekommer

41
Q

IF1, 2 och 3 är initieringsfaktorer av translation. Vad är deras funktion i bakterieceller?

A
42
Q

Det kan vara svårt att hitta startsekvenserna för eukaryoters proteinsyntes. Hur lyder sekvensen som man brukar leta efter för att hitta eukaryoters startposition för proteinsyntes?

A

“AUG”

43
Q

Vilken form får prekursor mRNAt vid initieringskomplexet av eukaryoters proteinsyntes? Vilka posttranslationella modifieringar är extra viktiga här?

A
  • Prekursor mRNAt blir cirkulärt
  • 5’ cappen (start) och polyA svansen (slut) från polyadenyleringen är extra viktiga här
44
Q

Ange några skillnader mellan prokaryoters och eukaryoters translations-initiering?

A
  • Eukaryoters prekursor mRNA blir cirkulärt -> 5’ capping och polyadenylering är viktigt!
  • I den eukaryota translationsinitieringen har vi fler initieringsfaktorer. Eukaryoter har 12 medan prokaryoter har 3
  • I eukaryot translationsinitiering har vi ingen tydlig RBS-sekvens (ribosome binding site) utan att hitta startpositionen för proteinsyntes är mer som en scanningsprocess
  • I eukaryoter har vi inte fMet för initiering av proteinsyntesen, vi har istället ett speciellt metylerat tRNA (init)
45
Q

Vad är huvudskillnaden mellan eukaryot och prokaryot elongering?

A
  • I eukaryot elongering har ribosomerna inget E-site, oladdade tRNAs frigörs från P-site
  • Även olika elongeringsfaktorer: eEF1α (EF-Tu), eEF1βγ (EF-Ts), eEF2 (EF-G)
46
Q

Vad är SRP? Vad är dess roll i translationen?

A
  • SRP = signal recognition particle
  • Den saktar ner translationen vid behov och ser till så att bildade protein + ribosomer transporteras till endoplasmatiska retiklet
47
Q

Beskriv hur proteindegradering via proteasomer går till hos eukaryoter?

A

Mekanismen är ATP beroende. Felveckat protein märks in med ubiquitin i tre steg:

  1. E1, ubiquitin activating enzyme + ATP binder in till proteinet ubiquitin
  2. E2, ubiquitin conjugating enzyme binder in till ubi-E1 komplexet, E1 släpper
  3. E3, ubiquitin ligas ligerar sedan ihop det felveckade proteinet med ubiquitin samtidigt som E2 släpper

Detta upprepas tills dess att många ubiquitin-inmärkningar skett.’

BMA042, Molekylärbiologi (17 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions